| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,093,358 | (G)6→7 | coding (483/1359 nt) | dgcT → | putative diguanylate cyclase DgcT |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,093,352 | 1 | . | G | 98.8% | 302.6 / ‑3.5 | 85 | coding (477/1359 nt) | dgcT | putative diguanylate cyclase DgcT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/1); new base G (44/40); total (44/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.82e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.04e-01 | |||||||||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
TCTATTATTTGTTTCGTCAGATGAGTTTGTGCATATTAATATTTCTGGCATTGGTGAATAAAGTTAGTGAAAACACAAAACAGCGCAATTTATTTTCCAAAAAAATGACTTTGTGCATAAGTTTGTTTTTTGTTTTT‑G‑GGGGGCCGATAGTTGCTCACATACTTTCTAGTCATTATGAGAGCTACAATTTACACATTGCCGAGTTAACCAATGAAAATGGTCAGGTGGTTTGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGT > NC_000913/1093216‑1093485 | tCTATTATTTGTTTCGTCAGATGAGTTTGTGCATATTAATATTTCTGGCATTGGTGAATAAAGTTAGTGAAAACACAAAACAGCGCAATTTATTTTCCAAAAAAATGACTTTGTGCATAAGTTTGTTTTTTGTTTTT‑g‑gg < 2:265844/140‑1 (MQ=255)tCTATTATTTGTTTCGTCAGATGAGTTTGTGCATATTAATATTTCTGGCATTGGTGAATAAAGTTAGTGAAAACACAAAACAGCGCAATTTATTTTCCAAAAAAATGACTTTGTGCATAAGTTTGTTTTTTGTTTTT‑g‑gg < 1:37204/140‑1 (MQ=255)tCTATTATTTGTTTCGTCAGATGAGTTTGTGCATATTAATATTTCTGGCATTGGTGAATAAAGTTAGTGAAAACACAAAACAGCGCAATTTATTTTCCAAAAAAATGACTTTGTGCATAAGTTTGTTTTTTGTTTTT‑g‑gg < 1:1495441/140‑1 (MQ=255) cTATTATTTGTTTCGTCAGATGAGTTTGTGCATATTAATATTTCTGGCATTGGTGAATAAAGTTAGTGAAAACACAAAACAGCGCAATTTATTTTCCAAAAAAATGACTTTGTGCATAAGTTTGTTTTTTGTTTTT‑g‑ggg < 2:495780/140‑1 (MQ=255) 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2:411466/140‑1 (MQ=255) aaaaTGACTTTGTGCATAAGTTTGTTTTTTGTTTTTGG‑GGGGGCCGATAGTTGCTCACATACTTTCTAGTCATTATGAGAGCTACAATTTACACATTGCCGAGTTAACCAATGAAAATGGTCAGGTGGTTTGGAAAGCCt < 1:835868/140‑1 (MQ=255) aaaTGACTTTGTGCATGAGTTTGTTTTTTGTTTTTGG‑GGGGGCCGATAGTCGCTCACATACTTTCTAGTCATTATGAGAGCTACAATTTACACATTGCCGAGTTAACCAATGAAAATGGTCAGGTGGTTTGGAAAGCCTc < 2:1519143/140‑1 (MQ=255) aaTGACTTTGTGCATAAGTTTGTTTTTTGTTTTTGG‑GGGGGCCGATAGTTGCTCACATACTTTCTAGTCATTATGAGAGCTACAATTTACACATTGCCGAGTTAACCAATGAAAATGGTCAGGTGGTTTGGAGAGCCTCa < 2:1676346/140‑1 (MQ=255) tgtgCATAAGTTTGTTTTTTGTTTTTGG‑GGGGGCCGATAGTTGCTCACATACTTTCTAGTCATTATGAGAGCTACAATTTACACATTGCCGAGTTAACCAATGAAAATGGTCAGGTGGTTTGGAAAGCCTc > 2:828612/1‑131 (MQ=255) tgtgCATAAGTTTGTTTTTTGTTTTTGG‑GGGGGCCGATAGTTGCTCACATACTTTCTAGTCATTATGAGAGCTACAATTTACACATTGCCGAGTTAACCAATGAAAATGGTCAGGTGGTTTGGAAAGCCTc < 1:828612/131‑1 (MQ=255) tgtgCATAAGTTTGTTTTTTGTTTTTGG‑GGGGGCCGATAGTTGCTCACATACTTTCTAGTCATTATGAGAGCTACAATTTACACATTGCCGAGTTAACCAATGAAAATGGTCAGGTGGTTTGGAAAGCCTCATATGTTAc > 1:474577/1‑140 (MQ=255) tgCATAAGTTTGTTTTTTGTTTTTGG‑GGGGGCCGATAGTTGCTCACATACTTTCTAGTCATTATGAGAGCTACAATTTACACATTGCCGAGTTAACCAATGAAAATGGTCAGGTGGTTTGGAAAGCCTCATATGTTACCa > 1:1400657/1‑140 (MQ=255) tgCATAAGTTTGTTTTTTGTTTTTGG‑GGGGGCCGATAGTTGCTCACATACTTTCTAGTCATTATGAGAGCTACAATTTACACATTGCCGAGTTAACCAATGAAAATGGTCAGGTGGTTTGGAAAGCCTCATATGTTACCa > 2:796165/1‑140 (MQ=255) aTAAGTTTGTTTTTTGTTTTTGG‑GGGGGCCGATAGTTGCTCACATACTTTCTAGTCATTATGAGAGCTACAATTTACACATTGCCGAGTTAACCAATGAAAATGGTCAGGTGGTTTGGAAAGCCTCATATGTTACCATaa < 1:1635979/140‑1 (MQ=255) gtttgtttTTTGTTTTTGG‑GGGGGCCGATAGTTGCTCACATACTTTCTAGTCATTATGAGAGCTACAATTTACACATTGCCGAGTTAACCAATGAAAATGGTCAGGTGGTTTGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGAt < 1:1530852/140‑1 (MQ=255) tgttttttgtttttgG‑GGGGGCCGATAGTTGCTCACATACTTTCTAGTCATTATGAGAGCTACAATTTACACATTGCCGAGTTAACCAATGAAAATGGTCAGGTGGTTTGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGAtttt > 1:201317/1‑140 (MQ=255) gttttttgtttttgG‑GGGGGCCGATAGTTGCTCACATACTTTCTAGTCATTATGAGAGCTACAATTTACACATTGCCGAGTTAACCAATGAAAATGGTCAGGTGGTTTGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTc < 2:31250/140‑1 (MQ=255) ttttttgtttttgG‑GGGGGCCGATAGTTGCTCACATACTTTCTAGTCATTATGAGAGCTACAATTTACACATTGCCGAGTTAACCAATGAAAATGGTCAGGTGGTTTGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCa < 1:759968/140‑1 (MQ=255) gtttttg‑g‑GGGGGCCGATAGTTGCTCACATACTTTCTAGTCATTATGAGAGCTACAATTTACACATTGCCGAGTTAACCAATGAAAATGGTCAGGTGGTTTGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGt < 2:650068/138‑1 (MQ=255) | TCTATTATTTGTTTCGTCAGATGAGTTTGTGCATATTAATATTTCTGGCATTGGTGAATAAAGTTAGTGAAAACACAAAACAGCGCAATTTATTTTCCAAAAAAATGACTTTGTGCATAAGTTTGTTTTTTGTTTTT‑G‑GGGGGCCGATAGTTGCTCACATACTTTCTAGTCATTATGAGAGCTACAATTTACACATTGCCGAGTTAACCAATGAAAATGGTCAGGTGGTTTGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGT > NC_000913/1093216‑1093485 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |