| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 802,118 | 0 | A | C | 33.3% | 78.8 / 12.1 | 45 | T78P (ACC→CCC) | ybhI | putative tricarboxylate transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (27/3); new base C (0/15); total (27/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.37e-09 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCC‑GGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGTAACACCAC > NC_000913/801980‑802257 | gCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCC‑GGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAa‑c > 1:117252/1‑140 (MQ=255) tGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCC‑GGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAa‑ccac > 1:156308/1‑140 (MQ=255) ggTGCTTTTTGGTATTTACCGGGCGGCCTTTGTGGGGCTGTTTATCAAGCCTTCCCC‑GGACCCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTCCCTCAAGGGTGGTGGTCGGTAACTTACCCGACGGTGCGTTAAAAC‑CCAccg < 2:1520001/140‑1 (MQ=255) tgttttttGTTATTTCCCTGGCGGCCTTTGGGGGGCTGTTTATCAAGCCTTCCCC‑GGACCCTGTCGTCCTTTTAATTGCCGTTGCTGCCTAAATGGGGGTGGTGGGTAACTTACCCGACGGTGCTTTAAAAC‑CCAccgcc < 2:1426939/137‑1 (MQ=255) tttttGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCGAGCCTTTCCC‑GGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTa > 2:1439933/1‑140 (MQ=255) tttttGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCC‑GGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTa > 1:1426939/1‑140 (MQ=255) gtttttCCCGGGCGGCCTTTGGGGGGCTGGTTATCAA‑CCTTTCCCGGGACCCTGTCGTCCTGTTATTTGCCGTTGCTCCCTAAGTGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGAGGGTGCTTTAAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGc < 2:1107126/137‑1 (MQ=255) ttttCCCTGGCGGCCTTTGGGGGGCTGTTTATCAAGCCTTTCCC‑GGACCCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTCCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTACCCGACGGTGCTTTAAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCgg < 2:969324/139‑1 (MQ=255) ggcggcTTTTGGGGGGTTGGTTATCAAGCCTTTCCC‑GGACCCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTAAATGGGGGTGGTCGGTAATTTACCCGACGGTGCGTTAAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCtt < 2:453204/140‑1 (MQ=255) ggcggcCTTTGGGGGGCTGTTTATCAAGCTTTCCCG‑GGACCCTGTCGTCCTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGGGGTGGTCGGTAATTTACCCGACGGTGCGTTAAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCtt < 2:197006/140‑1 (MQ=255) gcggcCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCC‑GGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTc > 1:1560632/1‑140 (MQ=255) gcggcCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCC‑GGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTc > 1:423789/1‑140 (MQ=255) gcCTTTGGGGGGCTGGTTATCAACCCTTTCCC‑GGACCCTGTCGTATTGTTAATTCCCTTTCCCCCCTAAATGGGGGTGGTCGGAATCTCACCCGGGGGTGCGTTAAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAgg < 2:117252/140‑1 (MQ=255) gcCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCC‑GGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGAGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAgg > 2:1473319/1‑140 (MQ=255) tttGTGGGGCTGTTTATCAAGCCTTTCCC‑GGACCCTGTCGTACTGTAATTTGCCGTTGCTCCCTAAATGGTGGTGGTCGGTAATTTATCCGAGGGTGCGTTAAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTac < 2:1129173/139‑1 (MQ=255) ggggCTGTTTATCAACCCTTCCCC‑GGACCCTGTCGTACTTTTATTTGCCGTTGCTGCCTCAAGGGGGGTGGTCGGTAACTTACCCGACGGTGCTTTAAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACct < 2:1096669/140‑1 (MQ=255) gTTATCAAGCCTTTCCC‑GGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGgt > 2:909552/1‑140 (MQ=255) ttATCAAGCCTTCCCC‑GAACCCTGTCGTATTGTTAATTGCCGCTGCTGCCTCAAGGGGGGTGGTGGGTAATTTACCCGACGGTGCTTTAAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGgtg < 2:1560632/140‑1 (MQ=255) tCAAGCCTTTCCC‑GGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTtc > 1:1426853/1‑140 (MQ=255) ttcccc‑GGACCCTTTCGTATTTTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAATTTATCGGCGGGTGCGTTTAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGt < 2:543539/137‑1 (MQ=255) ccTGTCGTATTTTTATTTGCTGTTGCTGCCACAGGGGTGGTGGTGGGTAATTTACCCGCCGGTGCTTTAAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAg < 2:793699/140‑1 (MQ=255) tGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAgcc > 1:543539/1‑139 (MQ=255) gTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTTGGCGTTTACCTTAAgcgc > 2:1001525/1‑140 (MQ=255) gTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAgcgc > 1:1203029/1‑140 (MQ=255) tCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGcgcc > 2:1200424/1‑140 (MQ=255) aCTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCAt > 2:13517/1‑140 (MQ=255) gTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTtg > 1:1205458/1‑140 (MQ=255) ttAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTtgt > 1:251773/1‑140 (MQ=255) aaTTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGa > 2:934637/1‑140 (MQ=255) tGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGacca > 1:1664250/1‑140 (MQ=255) gCCTTTCCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGTTAATTTATCCGAGGGTTCTTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGaccac < 2:156308/140‑1 (MQ=255) gCCGTTGCTGCCTCAGTGGTGGTGGTCGGTAATTTATCCGACGGTGCTTTTAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGaccac < 2:1678187/140‑1 (MQ=255) gCCGTTGCTGCCTAAATGGTGGGGGTCGGTAACTTACCCGAGGGTGCGTTAAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGaccac < 2:251773/140‑1 (MQ=255) cGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCg > 1:9886/1‑140 (MQ=255) ttGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAATTTATCCGAGGGTGCTTTAAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGt < 1:1473319/140‑1 (MQ=255) ttGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGaccacc > 2:1312161/1‑137 (MQ=255) ttGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGaccacc < 1:1312161/137‑1 (MQ=255) ttGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGt > 2:746339/1‑140 (MQ=255) gcCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAgg > 1:1248980/1‑140 (MQ=255) ccTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGt < 1:13517/140‑1 (MQ=255) ccTAAATGGGGGTGGTGGGTAATTTATCCGGGGGTGCTTTAAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGt < 2:1468794/140‑1 (MQ=255) aTGGTGGTGGTCGGTACTTTACCCGCCGGTGCTTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACg < 1:1025015/140‑1 (MQ=255) ggtggtggtCGGTACCTTACCCGAGGGTGCGTTAAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTa < 1:874567/140‑1 (MQ=255) gtggtggtCGGTAATTTATCCGAGGGTGCTTTAAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTAt < 2:1205458/140‑1 (MQ=255) ggtggtCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTa < 1:110574/137‑1 (MQ=255) ggtggtCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTa > 2:110574/1‑137 (MQ=255) gtggtCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGc > 2:345974/1‑140 (MQ=255) ggtCGCTAACTTATCCGACGGTGCGTTAAAAC‑CCCCCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCt < 2:211378/140‑1 (MQ=255) cgttAACTTACCCGACGGTGCTTTAAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATc < 1:1486422/137‑1 (MQ=255) ttAACTTACCCGACGGTGCTTTTAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATctg < 1:445288/139‑1 (MQ=255) tATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGact > 1:814523/1‑138 (MQ=255) aTCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTg > 1:900029/1‑140 (MQ=255) tCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTgg > 2:497573/1‑140 (MQ=255) ggggTGCGTTAAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTaaa < 2:956061/138‑1 (MQ=255) gcGGTGCTTTAAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTaaa < 2:1375716/139‑1 (MQ=255) cGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTaaaa > 2:371410/1‑140 (MQ=255) gTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATc > 2:409158/1‑140 (MQ=255) cGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGt < 1:409158/140‑1 (MQ=255) ttttAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGTa < 1:202381/139‑1 (MQ=255) gTTTAAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGt < 1:925173/140‑1 (MQ=255) a‑ccaccGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGTAAcaccac > 2:1077853/1‑140 (MQ=255) | GCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCC‑GGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGTAACACCAC > NC_000913/801980‑802257 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |