Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NC_000913 | 1,802,756 | (A)7→6 | intergenic (‑186/‑338) | thrS ← / → arpB | threonine‑‑tRNA ligase/putative ankyrin repeat protein B, N‑terminal fragment |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 1,802,750 | 0 | A | . | 97.9% | 943.2 / 14.1 | 233 | intergenic (‑180/‑344) | thrS/arpB | threonine‑‑tRNA ligase/putative ankyrin repeat protein B, N‑terminal fragment |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (5/0); new base . (113/115); total (118/115) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.99e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 246 total aligned reads displayed.
ACATACAAAGAAAAATTTGTTTATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAATGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGAACAACTGATAACATCACGGTGCGTCTGAAAGGTTTACTGCGAGCGGAT > NC_000913/1802611‑1802884 | acaTACAAAGAAAAATTTGTTTATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAATGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTa > 1:740901/1‑140 (MQ=255) aaaGAAAAATTTGTTTATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAATGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTaaaaaag < 2:3036080/140‑2 (MQ=255) aaGAAAAATTTGTTTATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAATGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTaaaaaagg > 2:2121653/1‑138 (MQ=255) aGAAAAATTTGTTTATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAATGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAggg > 2:2592148/1‑140 (MQ=255) aGAAAAATTTGTTTATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAATGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAggg > 2:330182/1‑140 (MQ=255) aGAAAAATTTGTTTATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAATGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGCTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAggg > 1:1732852/1‑140 (MQ=255) aaaaTTTGTTTATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAATGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGgaga < 2:673868/140‑1 (MQ=255) aaaTTTGTTTATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAATGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTACACATATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGAt > 2:2923297/1‑140 (MQ=255) ttGTTTATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAATGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTa > 1:1074091/1‑140 (MQ=255) tttATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAATGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCt < 1:1972637/140‑1 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tcACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGAACAACTGATa < 1:3256390/129‑1 (MQ=255) tcACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGAACAACTGATAACATCACGGTg > 2:129811/1‑140 (MQ=255) tcACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGAACAACTGATAACATCACGGTg < 2:1681501/140‑1 (MQ=255) cACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGAACAACTGATAACATCACg < 1:2656343/136‑1 (MQ=255) cACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGAACAACTGATAACATCACg > 2:2656343/1‑136 (MQ=255) gTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGAACAACTGATAACATCACgg < 1:595372/124‑1 (MQ=255) 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1:2112367/140‑1 (MQ=255) tGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGAACAACTGATAACATCACGGTGCGTCTGAAAGGTTTACTGCGAGc < 2:1239582/140‑1 (MQ=255) tGTTAACACT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGAACAACTGATAACATCACGGTGCGTCTGAAAGGTTTACTGCGAGc < 1:2275542/140‑1 (MQ=255) acacT‑AAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGAACAACTGATAACATCACGGTGCGTCTGAAAGGTTTACTGCGAGCGGAt < 2:3451638/139‑1 (MQ=255) | ACATACAAAGAAAAATTTGTTTATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAATGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGAACAACTGATAACATCACGGTGCGTCTGAAAGGTTTACTGCGAGCGGAT > NC_000913/1802611‑1802884 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |