| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,324,560 | Δ1 bp | coding (452/651 nt) | atoA → | acetyl‑CoA:acetoacetyl‑CoA transferase subunit beta |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,324,557 | 0 | T | . | 99.5% | 888.9 / ‑2.3 | 211 | coding (449/651 nt) | atoA | acetyl‑CoA:acetoacetyl‑CoA transferase subunit beta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base . (103/107); minor base A (1/0); total (104/107) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.93e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.84e-01 | |||||||||||
Only 100 of 227 total aligned reads displayed.
GACGAAGAAGCAAACCTCGCGAACTGGGTAGTGCCTGGGAAAATGGTGCCCGGTATGGGTGGCGCGATGGATCTGGTGACCGGGTCGCGCAAAGTGATCATCGCCATGGAACATTGCGCCAAAGATGGTTCAGCAAAAATTTTGCGCCGCTGCACCATGCCACTCACTGCGCAACATGCGGTGCATATGCTGGTTACTGAACTGGCTGTCTTTCGTTTTATTGACGGCAAAATGTGGCTCACCGAAATTGCCGACGGGTGTGATTTAGCCACCGTG > NC_000913/2324418‑2324693 | gACGAAGAAGCAAACCTCGCGAACTGGGTAGTGCCTGGGAAAATGGTGCCCGGTATGGGTGGCGCGATGGATCTGGTGACCGGGTCGCGCAAAGTGATCATCGCCATGGAACATTGCGCCAAAGATGGTTCAGCAAAAAt > 2:2883718/1‑140 (MQ=255) gaagaaGCAAACCTCGCGAACTGGGTAGTGCCTGGGAAAATGGTGCCCGGTATGGGTGGCGCGATGGATCTGGTGACCGGGTCGCGCAAAGTGATCATCGCCATGGAACATTGCGCCAAAGATGGTTCAGCAAAAAtttg < 2:2011445/140‑2 (MQ=255) agCAAACCTCGCGAACTGGGTAGTGCCTGGGAAAATGGTGCCCGGTATGGGTGGCGCGATGGATCTGGTGACCGGGTCGCGCAAAGTGATCATCGCCATGGAACATTGCGCCAAAGATGGTTCAGCAAAAA‑TTTGcgccg < 2:1843510/140‑1 (MQ=255) agCAAACCTCGCGAACTGGGTAGTGCCTGGGAAAATGGTGCCCGGTATGGGTGGCGCGATGGATCTGGTGACCGGGTCGCGCAAAGTGATCATCGCCATGGAACATTGCGCCAAAGATGGTTCAGCAAAAA‑TTTGcgccg < 1:2667381/140‑1 (MQ=255) aaaCCTCGCGAACTGGGTAGTGCCTGGGAAAATGGTGCCCGGTATGGGTGGCGCGATGGATCTGGTGACCGGGTCGCGCAAAGTGATCATCGCCATGGAACATTGCGCCAAAGATGGTTCAGCAAAAA‑TTTGCGCCGCTg < 1:723536/140‑1 (MQ=255) aCCTCGCGAACTGGGTAGTGCCTGGGAAAATGGTGCCCGGTATGGGTGGCGCGATGGATCTGGTGACCGGGTCGCGCAAAGTGATCATCGCCATGGAACATTGCGCCAAAGATGGTTCAGCAAAAA‑TTTGCGCCGCTGCa < 1:818529/140‑1 (MQ=255) cTCGCGAACTGGGTAGTGCCTGGGAAAATGGTGCCCGGTATGGGTGGCGCGATGGATCTGGTGACCGGGTCGCGCAAAGTGATCATCGCCATGGAACATTGCGCCAAAGATGGTTCAGCAAAAA‑TTTGCGCCGCTGCAcc < 2:2493595/140‑1 (MQ=255) cgcgAACTGGGTAGTGCCTGGGAAAATGGTGCCCGGTATGGGTGGCGCGATGGATCTGGTGACCGGGTCGCGCAAAGTGATCATCGCCATGGAACATTGCGCCAAAGATGGTTCAGCAAAAAtttg > 2:197095/1‑125 (MQ=255) cgAACTGGGTAGTGCCTGGGAAAATGGTGCCCGGTATGGGTGGCGCGATGGATCTGGTGACCGGGTCGCGCAAAGTGATCATCGCCATGGAACATTGCGCCAAAGATGGTTCAGCAAAAA‑TTTGCGCCGCTGCACCATGc > 1:1057371/1‑140 (MQ=255) cgAACTGGGTAGTGCCTGGGAAAATGGTGCCCGGTATGGGTGGCGCGATGGATCTGGTGACCGGGTCGCGCAAAGTGATCATCGCCATGGAACATTGCGCCAAAGATGGTTCAGCAAAAA‑TTTGCGCCGCTGCACCATGc > 1:2682807/1‑140 (MQ=255) gAACTGGGTAGTGCCTGGGAAAATGGTGCCCGGTATGGGTGGCGCGATGGATCTGGTGACCGGGTCGCGCAAAGTGATCATCGCCATGGAACATTGCGCCAAAGATGGTTCAGCAAAAA‑TTTGCGCCGCTGCACCATGcc < 2:877938/140‑1 (MQ=255) cTGGGTAGTGCCTGGGAAAATGGTGCCCGGTATGGGTGGCGCGATGGATCTGGTGACCGGGTCGCGCAAAGTGATCATCGCCATGGAACATTGCGCCAAAGATGGTTCAGCAAAAA‑TTTGCGCCGCTGCACCATGCcact < 1:2597236/140‑1 (MQ=255) cTGGGTAGTGCCTGGGAAAATGGTGCCCGGTATGGGTGGCGCGATGGATCTGGTGACCGGGTCGCGCAAAGTGATCATCGCCATGGAACATTGCGCCAAAGATGGTTCAGCAAAAA‑TTTGCGCCGCTGCACCATGCcact < 1:890893/140‑1 (MQ=255) cTGGGTAGTGCCTGGGAAAATGGTGCCCGGTATGGGTGGCGCGATGGATCTGGTGACCGGGTCGCGCAAAGTGATCATCGCCATGGAACATTGCGCCAAAGATGGTTCAGCAAAAA‑TTTGCGCCGCTGCACCATGCcact < 1:2414129/140‑1 (MQ=255) gggTAGTGCCTGGGAAAATGGTGCCCGGTATGGGTGGCGCGATGGATCTGGTGACCGGGTCGCGCAAAGTGATCATCGCCATGGAACATTGCGCCAAAGATGGTTCAGCAAAAA‑TTTGCGCCGCTGCACCATGCcactca < 2:3163040/140‑1 (MQ=255) gggTAGTGCCTGGGAAAATGGTGCCCGGTATGGGTGGCGCGATGGATCTGGTGACCGGGTCGCGCAAAGTGATCATCGCCATGAAACATTGCGCCAAAGATGGTTCAGCAAAAA‑TTTGCGCCGCTGCACCATGCcactca > 1:163649/1‑140 (MQ=255) gTAGTGCCTGGGAAAATGGTGCCCGGTATGGGTGGCGCGATGGATCTGGTGACCGGGTCGCGCAAAGTGATCATCGCCATGGAACATTGCGCCAAAGATGGTTCAGCAAAAA‑TTTGCGCCGCTGCACCATGCcactcact < 1:1565144/140‑1 (MQ=255) tGCCTGGGAAAATGGTGCCCGGTATGGGTGGCGCGATGGATCTGGTGACCGGGTCGCGCAAAGTGATCATCGCCATGGAACATTGCGCCAAAGATGGTTCAGCAAAAA‑TTTGCGCCGCTGCACCATGCCACTCACTgcgc > 1:3383321/1‑140 (MQ=255) tGCCTGGGAAAATGGTGCCCGGTATGGGTGGCGCGATGGATCTGGTGACCGGGTCGCGCAAAGTGATCATCGCCATGGAACATTGCGCCAAAGATGGTTCAGCAAAAA‑TTTGCGCCGCTGCACCATGCCACTCACTgcgc < 1:1363139/140‑1 (MQ=255) ccTGGGAAAATGGTGCCCGGTATGGGTGGCGCGATGGATCTGGTGACCGGGTCGCGCAAAGTGATCATCGCCATGGAACATTGCGCCAAAGATGGTTCAGCAAAAA‑TTTGCGCCGCTGCACCATGCcactc < 1:544943/131‑1 (MQ=255) ccTGGGAAAATGGTGCCCGGTATGGGTGGCGCGATGGATCTGGTGACCGGGTCGCGCAAAGTGATCATCGCCATGGAACATTGCGCCAAAGATGGTTCAGCAAAAA‑TTTGCGCCGCTGCACCATGCCACTCACTGCGCaa > 2:2643259/1‑140 (MQ=255) ccTGGGAAAATGGTGCCCGGTATGGGTGGCGCGATGGATCTGGTGACCGGGTCGCGCAAAGTGATCATCGCCATGGAACATTGCGCCAAAGATGGTTCAGCAAAAA‑TTTGCGCCGCTGCACCATGCCACTCACTGCGCaa > 2:1479638/1‑140 (MQ=255) gggAAAATGGTGCCCGGTATGGGTGGCGCGATGGATCTGGTGACCGGGTCGCGCAAAGTGATCATCGCCATGGAACATTGCGCCAAAGATGGTTCAGCAAAAA‑TTTGCGCCGCTGCACCATGCCACTCACTGCGCAACAt > 2:1189173/1‑140 (MQ=255) gggAAAATGGTGCCCGGTATGGGTGGCGCGATGGATCTGGTGACCGGGTCGCGCAAAGTGATCATCGCCATGGAACATTGCGCCAAAGATGGTTCAGCAAAAA‑TTTGCGCCGCTGCACCATGCCACTCACTGCGCAACAt > 1:2199999/1‑140 (MQ=255) gggAAAATGGTGCCCGGTATGGGTGGCGCGATGGATCTGGTGACCGGGTCGCGCAAAGTGATCATCGCCATGGAACATTGCGCCAAAGATGGTTCAGCAAAAA‑TTTGCGCCGCTGCACCATGCCACTCACTGCGCAACAt > 1:2637829/1‑140 (MQ=255) gAAAATGGTGCCCGGTATGGGTGGCGCGATGGATCTGGTGACCGGGTCGCGCAAAGTGATCATCGCCATGGAACATTGCGCCAAAGATGGTTCAGCAAAAA‑TTTGCGCCGCTGCACCATGCCACTCACTGCGCAACATGc < 1:3469054/140‑1 (MQ=255) gAAAATGGTGCCCGGTATGGGTGGCGCGATGGATCTGGTGACCGGGTCGCGCAAAGTGATCATCGCCATGGAACATTGCGCCAAAGATGGTTCAGCAAAAA‑TTTGCGCCGCTGCACCATGCCACTCACTGCGCAACATGc < 1:3249447/140‑1 (MQ=255) 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ccAAAGATGGTTCAGCAAAAA‑TTTGCGCCGCTGCACCATGCCACTCACTGCGCAACATGCGGTGCATATGCTGGTTACTGAACTGGCTGTCTTTCGTTTTATTGACGGCAAAATGTGGCTCACCGAAATTGCCGACGGgt < 2:2119947/140‑1 (MQ=255) aGATGGTTCAGCAAAAA‑TTTGCGCCGCTGCACCATGCCACTCACTGCGCAACATGCGGTGCATATGCTGGTTACTGAACTGGCTGTCTTTCGTTTTATTGACGGCAAAATGTGGCTCACCGAAATTGCCGACGGGTGTGa < 1:412876/140‑1 (MQ=255) aGATGGTTCAGCAAAAA‑TTTGCGCCGCTGCACCATGCCACTCACTGCGCAACATGCGGTGCATATGCTGGTTACTGAACTGGCTGTCTTTCGTTTTATTGACGGCAAAACGTGGCTCACCGAAATTGCCGACGGGTGTGa < 1:2060836/140‑1 (MQ=255) ggTTCAGCAAAAA‑TTTGCGCCGCTGCACCATGCCACTCACTGCGCAACATGCGGTGCATATGCTGGTTACTGAACTGGCTGTCTTTCGTTTTATTGACGGCAAAATGTGGCTCACCGAAATTGCCGACGGGTGTGATTTa < 1:2925978/140‑1 (MQ=255) cAGCAAAAA‑TTTGCGCCGCTGCACCATGCCACTCACTGCGCAACATGCGGTGCATATGCTGGTTACTGAACTGGCTGTCTTTCGTTTTATTGACGGCAAAATGTGGCTCACCGAAATTGCCGACGGGTGTGATTTAGCCa < 1:1548089/140‑1 (MQ=255) aGCAAAAA‑TTTGCGCCGCTGCACCATGCCACTCACTGCGCAACATGCGGTGCATATGCTGGTTACTGAACTGGCTGTCTTTCGTTTTATTGACGGCAAAATGTGGCTCACCGAAATTGCCGACGGgt < 1:1417372/127‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |