Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NC_000913 | 1,474,861 | (G)5→6 | coding (641/861 nt) | pdxI → | pyridoxine 4‑dehydrogenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,474,856 | 1 | . | G | 99.0% | 717.8 / ‑3.1 | 201 | L212L (CTC→CTG) | pdxI | pyridoxine 4‑dehydrogenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/0); major base G (98/101); minor base A (1/1); total (99/102) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.44e-01 |
Only 100 of 225 total aligned reads displayed.
GACGCAGGTTGCAGAGGCGCGCAAGATTGCCGAAATTGTCTGTGTGCAAAACGAATACAACATCGCGCACCGTGCTGATGATGCAATGATTGATGCTTTGGCCCACGATGGCATTGCCTACGTGCCGTTCTTCCCGCTC‑GGGGGCTTTACACCGCTGCAATCGTCCACACTTTCCGATGTTGCTGCGAGCCTGGGTGCAACACCAATGCAGGTGGCGCTGGCGTGGCTGTTACAGCGTTCACCGAATATTTTGCTGATCCCAGGGA > NC_000913/1474718‑1474983 | aCGCAGGTTGCAGAGGCGCGCAAGATTGCCGAAATTGTCTGTGTGCAAAACGAATACAACATCGCGCACCGTGCTGATGATGCAATGATTGATGCTTTGGCCCACGATGGCATTGCCTACGTGCCGTTCTTCCCGCTC‑gg > 1:1526684/1‑140 (MQ=255) cGCAGGTTGCAGAGGCGCGCAAGATTGCCGAAATTGTCTGTGTGCAAAACGAATACAACATCGCGCACCGTGCTGATGATGCAATGATTGATGCTTTGGCCCACGATGGCATTGCCTACGTGCCGTTCTTCTCGCTC‑ggg < 1:1801954/140‑1 (MQ=255) cGCAGGTTGCAGAGGCGCGCAAGATTGCCGAAATTGTCTGTGTGCAAAACGAATACAACATCGCGCACCGTGCTGATGATGCAATGATTGATGCTTTGGCCCACGATGGCATTGCCTACGTGCCGTTCTTCCCGCTC‑ggg < 1:2867948/140‑1 (MQ=255) cGCAGGTTGCAGAGGCGCGCAAGATTGCCGAAATTGTCTGTGTGCAAAACGAATACAACATCGCGCACCGTGCTGATGATGCAATGATTGATGCTTTGGCCCACGATGGCATTGCCTACGTGCCGTTCTTCCCGCTC‑ggg < 2:3225591/140‑1 (MQ=255) 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1:2369096/138‑1 (MQ=255) tACGTGCCGTTCTTCCCGCTCGGGGGGCTTTACACCGCTGCAATCGTCCACACTTTCCGATGTTGCTGCGAGCCTGGGTGCAACACCAATGCAGGTGGCGCTGGCGTGGCTGTTACAGCGTTCACCGAATATTTTGCTGa > 1:1400674/1‑140 (MQ=255) tACGTGCCGTTCTTCCCGCTCGGGGGGCTTTACACCGCTGCAATCGTCCACACTTTCCGATGTTGCTGCGAGCCTGGGTGCAACACCAATGCAGGTGGCGCTGGCGTGGCTGTTACAGCGTTCACCGAATATTTTGCTGa < 2:2164251/140‑1 (MQ=255) cGTGCCGTTCTTCCCGCTCGGGGGGCTTTACACCGCTGCAATCGTCCACACTTTCCGATGTTGCTGCGAGCCTGGGTGCAACACCAATGCAGGTGGCGCTGGCGTGGCTGTTACAGCGTTCACCGAATATTTTGCt < 2:2393519/136‑1 (MQ=255) cGTGCCGTTCTTCCCGCTCGGGGGGCTTTACACCGCTGCAATCGTCCACACTTTCCGATGTTGCTGCGAGCCTGGGTGCAACACCAATGCAGGTGGCGCTGGCGTGGCTGTTACAGAGTTCACCGAATATTTTGCTGATc > 2:415034/1‑140 (MQ=255) ccGTTCTTCCCGCTCGGGGGGCTTTACACCGCTGCAATCGTCCACACTTTCCGATGTTGCTGCGAGCCTGGGTGCAACACCAATGCAGGTGGCGCTGGCGTGGCTGTTACAGCGTTCACCGAATATTTTGCTGATCCCAg > 1:585245/1‑140 (MQ=255) cGTTCTTCCCGCTCGGGGGGCTTTACACCGCTGCAATCGTCCACACTTTCCGATGTTGCTGCGAGCCTGGGTGCAACACCAATGCAGGTGGCGCTGGCGTGGCTGTTACGGCGTTCACCGAATATTTTGCTGATCCCAgg < 2:332558/140‑1 (MQ=255) gTTCTTCCCGCTCGGGGGGCTTTACACCGCTGCAATCGTCCACACTTTCCGATGTTGCTGCGAGCCTGGGTGCAACTCCAATGCAGGTGGCGCTGGCGTGGCTGTTACAGCGTTCACCGAATATTTTGCt < 1:198394/130‑1 (MQ=255) gTTCTTCCCGCTCGGGGGGCTTTACACCGCTGCAATCGTCCACACTTTCCGATGTTGCTGCGAGCCTGGGTGCAACACCAATGCAGGTGGCGCTGGCGTGGCTGTTACAGCGTTCACCGAATATTTTGCTGATCCCAggg < 2:203629/140‑1 (MQ=255) gTTCTTCCCGCTCGGGGGGCTTTACACCGCTGCAATCGTCCACACTTTCCGATGTTGCTGCGAGCCTGGGTGCAACACCAATGCAGGTGGCGCTGGCGTGGCTGTTACAGCGTTCACCGAATATTTTGCTGATCCCAggg < 1:1061022/140‑1 (MQ=255) gTTCTTCCCGCTCGGGGGGCTTTACACCGCTGCAATCGTCCACACTTTCCGATGTTGCTGCGAGCCTGGGTGCAACACCAATGCAGGTGGCGCTGGCGTGGCTGTTACAGCGTTCACCGAATATTTTGCTGATCCCAggg < 2:2683655/140‑1 (MQ=255) ttcttcCCGCTCGGGGGGCTTTACACCGCTGCAATCGTCCACACTTTCCGATGTTGCTGCGAGCCTGGGTGCAACACCAATGCAGGTGGCGCTGGCGTGGCTGTTACAGCGTTCACCGAATATTTTGCTGATCCCAggg > 1:1457242/1‑139 (MQ=255) ttcttcCCGCTCGGGGGGCTTTACACCGCTGCAATCGTCCACACTTTCCGATGTTGCTGCGAGCCTGGGTGCAACACCAATGCAGGTGGCGCTGGCGTGGCTGTTACAGCGTTCACCGAATATTTTGCTGATCCCAggg < 2:1457242/139‑1 (MQ=255) cccGCTCGGGGGGCTTTACACCGCTGCAATCGTCCACACTTTCCGATGTTGCTGCGAGCCTGGGTGCAACACCAATGCAGGTGGCGCTGGCGTGGCTGTTACAGCGTTCACCGAATATTTTGCt < 1:888706/124‑1 (MQ=255) cccGCTCGGGGGGCTTTACACCGCTGCAATCGTCCACACTTTCCGATGTTGCTGCGAGCCTGGGTGCAACACCAATGCAGGTGGCGCTGGCGTGGCTGTTACAGCGTTCACCGAATATTTTGCt > 2:888706/1‑124 (MQ=255) | GACGCAGGTTGCAGAGGCGCGCAAGATTGCCGAAATTGTCTGTGTGCAAAACGAATACAACATCGCGCACCGTGCTGATGATGCAATGATTGATGCTTTGGCCCACGATGGCATTGCCTACGTGCCGTTCTTCCCGCTC‑GGGGGCTTTACACCGCTGCAATCGTCCACACTTTCCGATGTTGCTGCGAGCCTGGGTGCAACACCAATGCAGGTGGCGCTGGCGTGGCTGTTACAGCGTTCACCGAATATTTTGCTGATCCCAGGGA > NC_000913/1474718‑1474983 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |