| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,582,314 | T→C | L151P (CTC→CCC) | yhhZ → | putative endonuclease YhhZ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,582,314 | 0 | T | C | 99.6% | 1011.7 / NA | 279 | L151P (CTC→CCC) | yhhZ | putative endonuclease YhhZ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (153/124); minor base A (0/1); total (153/126) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.50e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 289 total aligned reads displayed.
CTAAGAGGCGCTTTTTTATCGGCTATTCATCACCAGATCATTGAAAACCAACTGGATACAGAAACAATAACTATTAGTTATGAATTTATCCTCTGTCAACATCTTATCGCAAATACCGAGTTCAGCTATTTGGCACTCCCTGAAAATTATAACCGTTTGTTTTTACCAAATTCAAAAAACCAAACAAATAATCGTTTCAAAACGTTAAACAGCAAAGCTATTGGCAGGCTACTTGCTGCTGGTGGCGTATACAATGGGAACATTGAAGGA > NC_000913/3582178‑3582447 | cTAAGAGGCGCTTTTTTATCGGCTATTCATCACCAGATCATTGAAAACCAACTGGATACAGAAACAATAACTATTAGTTATGAATTTATCCTCTGTCAACATCTTATCGCAAATACCGAGTTCAGCTATTTGGCACcccc > 2:1410953/1‑140 (MQ=255)cTAAGAGGCGCTTTTTTATCGGCTATTCATCACCAGATCATTGAAAACCAACTGGATACAGAAACAATAACTATTAGTTATGAATTTATCCTCTGTCAACATCTTATCGCAAATACCGAGTTCAGCTATTTGGCACcccc > 1:459027/1‑140 (MQ=255)cTAAGAGGCGCTTTTTTATCGGCTATTCATCACCAGATCATTGAAAACCAACTGGATACAGAAACAATAACTATTAGTTATGAATTTATCCTCTGTCAACATCTTATCGCAAATACCGAGTTCAGCTATTTGGCACcccc > 2:1617100/1‑140 (MQ=255) agagGCGCTTTTTTATCGGCTATTCATCACCAGATCATTGAAAACCAACTGGATACAGAAACAATAACTATTAGTTATGAATTTATCCTCTGTCAACATCTTATCGCAAATACCGAGTTCAGCTATTTGGCACCCCCTGa > 1:780463/1‑140 (MQ=255) cgcTTTTTTATCGGCTATTCATCACCAGATCATTGAAAACCAACTGGATACAGAAACAATAACTATTAGTTATGAATTTATCCTCTGTCAACATCTTATCGCAAATACCGAGTTCAGCTATTTGGCAcccc > 2:2706018/1‑131 (MQ=255) cgcTTTTTTATCGGCTATTCATCACCAGATCATTGAAAACCAACTGGATACAGAAACAATAACTATTAGTTATGAATTTATCCTCTGTCAACATCTTATCGCAAATACCGAGTTCAGCTATTTGGCACCCCCTGAAAAtt > 2:1213597/1‑140 (MQ=255) cgcTTTTTTATCGGCTATTCATCACCAGATCATTGAAAACCAACTGGATACAGAAACAATAACTATTAGTTATGAATTTATCCTCTGTCAACATCTTATCGCAAATACCGAGTTCAGCTATTTGGCACCCCCTGAAAAtt > 1:134005/1‑140 (MQ=255) cgcTTTTTTATCGGCTATTCATCACCAGATCATTGAAAACCAACTGGATACAGAAACAATAACTATTAGTTATGAATTTATCCTCTGTCAACATCTTATCGCAAATACCGAGTTCAGCTATTTGGCACCCCCTGAAAAtt > 2:1999076/1‑140 (MQ=255) cTTTTTTATCGGCTATTCATCACCAGATCATTGAAAACCAACTGGATACAGAAACAATAACTATTAGTTATGAATTTATCCTCTGTCAACATCTTATCGCAAATACCGAGTTCAGCTATTTGGCACCCCCTGAAAATtat < 2:459027/140‑1 (MQ=255) tATCGGCTATTCATCACCAGATCATTGAAAACCAACTGGATACAGAAACAATAACTATTAGTTATGAATTTATCCTCTGTCAACATCTTATCGCAAATACCGAGTTCAGCTATTTGGCACCCCCTGAAAATTATAACCgt < 1:3045970/140‑1 (MQ=255) tATCGGCTATTCATCACCAGATCATTGAAAACCAACTGGATACAGAAACAATAACTATTAGTTATGAATTTATCCTCTGTCAACATCTTATCGCAAATACCGAGTTCAGCTATTTGGCACCCCCTGAAAATTATAACCgt < 2:2408448/140‑1 (MQ=255) gCTATTCATCACCAGATCATTGAAAACCAACTGGATACAGAAACAATAACTATTAGTTATGAATTTATCCTCTGTCAACATCTTATCGCAAATACCGAGTTCAGCTATTTGGCACCCCCTGAAAATTATAACCgtttgtt > 2:2165417/1‑140 (MQ=255) tATTCATCACCAGATCATTGAAAACCAACTGGATACAGAAACAATAACTATTAGTTATGAATTTATCCTCTGTCAACATCTTATCGCAAATACCGAGTTCAGCTATTTGGCACCCCCTGAAAATTATAACCGTTTGtttt > 2:878806/1‑140 (MQ=255) ttCATCACCAGATCATTGAAAACCAACTGGATACAGAAACAATAACTATTAGTTATGAATTTATCCTCTGTCAACATCTTATCGCAAATACCGAGTTCAGCTATTTGGCACCCCCTGAAAATTATAACCgt < 1:2577097/131‑1 (MQ=255) aCCAGATCATTGAAAACCAACTGGATACAGAAACAATAACTATTAGTTATGAATTTATCCTCTGTCAACATCTTATCGCAAATACCGAGTTCAGCTATTTGGCACCCCCTGAAAATTATAACCGTTTGTTTTTACCAAAt > 2:2988668/1‑140 (MQ=255) ccAGATCATTGAAAACCAACTGGATACAGAAACAATAACTATTAGTTATGAATTTATCCTCTGTCAACATCTTATCGCAAATACCGAGTTCAGCTATTTGGCACCCCCTGAAAATTATAACCGTTTGTTTTTACCAAAtt > 2:1650019/1‑140 (MQ=255) 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gCTATTTGGCACCCCCTGAAAATTATAACCGTTTGTTTTTACCAAATTCAAAAAACCAAACAAATAATCGTTTCAAAACGTTAAACAGCAAAGCTATTGGCAGGCTACTTGCTGCTGGTGGCGTATACAATGGGAACAtt > 2:2655238/1‑140 (MQ=255) tttGGCACCCCCTGAAAATTATAACCGTTTGTTTTTACCAAATTCAAAAAACCAAACAAATAATCGTTTCAAAACGTTAAACAGCAAAGCTATTGGCAGGCTACTTGCTGCTGGTGGCGTATACAATGGGAACATTGAAg < 2:2310603/140‑1 (MQ=255) tttGGCACCCCCTGAAAATTATAACCGTTTGTTTTTACCAAATTCAAAAAACCAAACAAATAATCGTTTCAAAACGTTAAACAGCAAAGCTATTGGCAGGCTACTTGCTGCTGGTGGCGTATACAATGGGAACATTGAAg < 2:1330699/140‑1 (MQ=255) tttGGCACCCCCTGAAAATTATAACCGTTTGTTTTTACCAAATTCAAAAAACCAAACAAATAATCGTTTCAAAACGTTAAACAGCAAAGCTATTGGCAGGCTACTTGCTGCTGGTGGCGTATACAATGGGAACATTGAAg < 1:1639571/140‑1 (MQ=255) tttGGCACCCCCTGAAAATTATAACCGTTTGTTTTTACCAAATTCAAAAAACCAAACAAATAATCGTTTCAAAACGTTAAACAGCAAAGCTATTGGCAGGCTACTTGCTGCTGGTGGCGTATACAATGGGAACATCGAAg < 1:534722/140‑1 (MQ=255) tGGCACCCCCTGAAAATTATAACCGTTTGTTTTTACCAAATTCAAAAAACCAAACAAATAATCGTTTCAAAACGTTAAACAGCAAAGCTATTGGCAGGCTACTTGCTGCTGGTGGCGTATACAATGGGAACATTGAAGGa < 1:1876514/140‑1 (MQ=255) tGGCACCCCCTGAAAATTATAACCGTTTGTTTTTACCAAATTCAAAAAACCAAACAAATAATCGTTTCAAAACGTTAAACAGCAAAGCTATTGGCAGGCTACTTGCTGCTGGTGGCGTATACAATGGGAACATTGAAGGa > 1:1897048/1‑140 (MQ=255) cACCCCCTGAAAATTATAACCGTTTGTTTTTACCAAATTCAAAAAACCAAACAAATAATCGTTTCAAAACGTTAAACAGCAAAGCTATTGGCAGGCTACTTGCTGCTGGTGGCGTATACAATGGGAACATTGAAGGa < 2:2955573/137‑1 (MQ=255) | CTAAGAGGCGCTTTTTTATCGGCTATTCATCACCAGATCATTGAAAACCAACTGGATACAGAAACAATAACTATTAGTTATGAATTTATCCTCTGTCAACATCTTATCGCAAATACCGAGTTCAGCTATTTGGCACTCCCTGAAAATTATAACCGTTTGTTTTTACCAAATTCAAAAAACCAAACAAATAATCGTTTCAAAACGTTAAACAGCAAAGCTATTGGCAGGCTACTTGCTGCTGGTGGCGTATACAATGGGAACATTGAAGGA > NC_000913/3582178‑3582447 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |