Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 77,407 | A→G | noncoding (41/227 nt) H7R (CAC→CGC) |
sgrS → sgrT → |
small regulatory RNA SgrS putative inhibitor of the PtsG glucose transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 77,407 | 0 | A | G | 100.0% | 309.4 / NA | 86 | noncoding (41/227 nt) H7R (CAC→CGC) | sgrS sgrT | small regulatory RNA SgrS putative inhibitor of the PtsG glucose transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (43/43); total (43/43) |
GTTGCAGACGAGCAGATGGCATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCAGCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCGCAATTCTGAAAGTTGACTTGCCTGCATCATGTGTGA > NC_000913/77278‑77539 | gttgCAGACGAGCAGATGGCATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCAGCGCTATTTTAcc > 1:448400/1‑140 (MQ=255) cAGACGAGCAGATGGCATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCAGCGCTATTTTACCGCGa < 2:674819/140‑1 (MQ=255) gACGAGCAGATGGCATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCAGCGCTATTTTACCGCGACa > 2:282646/1‑140 (MQ=255) cGAGCAGATGGCATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCAGCGCTATTTTACCGCGACAGc > 1:187952/1‑140 (MQ=255) cGAGCAGATGGCATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCAGCGCTATTTTACCGCGACAGc > 1:1255855/1‑140 (MQ=255) gAGCAGATGGCATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCAGCGCTATTTTACCGCGACAGCg < 1:317999/140‑1 (MQ=255) gAGCAGATGGCATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCAGCGCTATTTTACCGCGACAGCg < 1:1181197/140‑1 (MQ=255) gCAGATGGCATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAA‑‑GGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCAGCGCTATTTTACCGCGACAGCGAAGt > 2:1083712/1‑140 (MQ=255) cAGATGGCATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCAGCGCTATTTTACCGCGACAGCGAAg > 2:649406/1‑140 (MQ=255) gCATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCAGCGCTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGc < 1:282646/140‑1 (MQ=255) cATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCAGCGCTATTTTACCGCGACAGCGaa < 2:494289/132‑1 (MQ=255) cATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCAGCGCTATTTTACCGCGACAGCGaa > 1:494289/1‑132 (MQ=255) cATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCAGCGCTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCt < 2:1233859/140‑1 (MQ=255) tAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCAGCGCTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTgg > 1:531396/1‑140 (MQ=255) aaGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCAGCGCTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTg < 1:649406/140‑1 (MQ=255) gAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCAGCGCTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTg > 1:1127568/1‑140 (MQ=255) ccTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCAGCGCTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTaa > 1:388361/1‑140 (MQ=255) tgCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCAGCGCTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGt > 2:726850/1‑140 (MQ=255) gCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCAGCGCTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTc < 2:448400/140‑1 (MQ=255) aaaGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCAGCGCTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCca < 2:444503/140‑1 (MQ=255) aaaGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCAGCGCTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCca < 2:478740/140‑1 (MQ=255) aaGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCAGCGCTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCcac < 2:388361/140‑1 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(MQ=255) cccTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCAGCGCTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGa < 1:1117394/140‑1 (MQ=255) cTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCAGCGCTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAg < 2:187952/140‑1 (MQ=255) tataTTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCAGCGCTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTGGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAgg > 2:1264764/1‑140 (MQ=255) atatTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCAGCGCTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGa < 1:859165/140‑1 (MQ=255) tatTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCAGCGCTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGAc < 1:631901/140‑1 (MQ=255) atTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCAGCGCTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAAc > 2:73436/1‑125 (MQ=255) atTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCAGCGCTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAAc < 1:73436/125‑1 (MQ=255) ttAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCAGCGCTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTg < 2:463286/140‑1 (MQ=255) tAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCAGCGCTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGa < 1:1264764/140‑1 (MQ=255) tAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCAGCGCTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGa < 2:1127568/140‑1 (MQ=255) aGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCAGCGCTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATg > 1:240617/1‑140 (MQ=255) gTCAATAATTCCTAACGATGATGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCAGCGCTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTg > 2:965555/1‑136 (MQ=255) gTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCAGCGCTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTg < 1:965555/136‑1 (MQ=255) ataatTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCAGCGCTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGa > 2:884463/1‑125 (MQ=255) ataatTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCAGCGCTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGa < 1:884463/125‑1 (MQ=255) ataatTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCAGCGCTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAg > 1:72118/1‑138 (MQ=255) ataatTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCAGCGCTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAg < 2:72118/138‑1 (MQ=255) ataatTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCAGCGCTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTg > 2:1346634/1‑140 (MQ=255) ataatTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCAGCGCTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTg > 1:565922/1‑140 (MQ=255) ataatTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCAGCGCTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTg > 2:1059059/1‑140 (MQ=255) ataatTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCAGCGCTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTg > 1:369033/1‑140 (MQ=255) ataatTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCAGCGCTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTg > 1:1363725/1‑140 (MQ=255) ataatTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCAGCGCTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTg > 2:893431/1‑140 (MQ=255) taatTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCAGCGCTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGt > 1:861265/1‑138 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> 2:115975/1‑140 (MQ=255) aTGCGTCAGTTTTATCAGCGCTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCGCAATTCTGAAAGTTGACTTGCCTg > 2:1273885/1‑140 (MQ=255) tGCGTCAGTTTTATCAGCGCTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCGCAATTCTGAAAGTTGACTTGcc > 1:323623/1‑137 (MQ=255) tGCGTCAGTTTTATCAGCGCTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCGCAATTCTGAAAGTTGACTTGcc < 2:323623/137‑1 (MQ=255) tGCGTCAGTTTTATCAGCGCTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCGCAATTCTGAAAGTTGACTTGCCTGc > 1:863388/1‑140 (MQ=255) gCGTCAGTTTTATCAGCGCTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCGCAATTCTGAAAGTTGACTTGCCTGca < 1:189953/140‑1 (MQ=255) gCGTCAGTTTTATCAGCGCTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCGCAATTCTGAAAGTTGACTTGCCTGca < 2:369033/140‑1 (MQ=255) gTCAGTTTTATCAGCGCTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCGCAATTCTGAAAGTTGACTTGCCTGcatc < 2:1333817/140‑1 (MQ=255) aGTTTTATCAGCGCTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCGCATTTCTGAAAGTTGACTTGCCTGCATCAtg > 2:579432/1‑140 (MQ=255) aGTTTTATCAGCGCTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCGCAATTCTGAAAGTTGACTTGCCTGCATCAtg > 1:398577/1‑140 (MQ=255) tATCAGCGCTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCGCAATTCTGAAAGTTGACTTGCCTGCATCATGTGTGa < 1:893431/140‑1 (MQ=255) | GTTGCAGACGAGCAGATGGCATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCAGCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCGCAATTCTGAAAGTTGACTTGCCTGCATCATGTGTGA > NC_000913/77278‑77539 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |