| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,585,779 | (T)7→8 | coding (49/1701 nt) | narQ → | sensory histidine kinase NarQ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,585,772 | 1 | . | T | 86.4% | 133.3 / 13.1 | 44 | coding (42/1701 nt) | narQ | sensory histidine kinase NarQ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (3/3); new base T (20/18); total (23/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.32e-01 | |||||||||||
TTCGCTATAAACTGTGGCAGATCAAATAATCCCATCACTGACTAAATTGCGTTTCAGCGAACTGGAACATTAATGATTTTTTGTGGAGAAGACGCGTGTGATTGTTAAACGACCCGTCTCGGCCAGTCTGGCCCGGG‑CC‑TTT‑TTTTACATTGTGCTGCTGTCGATTCTTTCCACGGGTATCGCTCTGCTAACTCTGGCGAGCAGTTTGCGCGACGCTGAGGCTATCAATATTGCCGGATCGCTGCGTATGCAGAGTTACCGCCTG > NC_000913/2585634‑2585898 | ttCGCTATAAACTGTGGCAGATCAAATAATCCCATCACTGACTAAATTGCGTTTCAGCGAACTGGAACATTAATGATTTTTTGTGGAGAAGACGCGTGTGATTGTTAAACGACCCGTCTCGGCCAGTCTGGCCCGGG‑CC‑t < 1:490076/140‑1 (MQ=255)ttCGCTATAAACTGTGGCAGATCAAATAATCCCATCACTGACTAAATTGCGTTTCAGCGAACTGGAACATTAATGATTTTTTGTGGAGAAGACGCGTGTGATTGTTAAACGACCCGTCTCGGCCAGTCTGGCCCGGG‑CC‑t < 1:377923/140‑1 (MQ=255) gCTATAAACTGTGGCAGATCAAATAATCCCATCACTGACTAAATTGCGTTTCAGCGAACTGGAACATTAATGATTTTTTGTGGAGAAGACGCGTGTGATTGTTAAACGACCCGTCTCGGCCAGTCTGGCCCGGG‑CC‑ttt‑t > 2:52006/1‑140 (MQ=255) aaaCTGTGGTAGATCAAATAATCCCATCACTGACTAAATTGCGTTTCAGCGAACTGGAACATTAATGATTTTTTGTGGAGAAGACGCGTGTGATTGTTAAACGACCCGTCTCGGCCAGTCTGGCCCGGG‑CC‑ttt‑ttttta < 2:38274/140‑3 (MQ=255) tgGCAGATCAAATAATCCCATCACTGACTAAATTGCGTTTCAGCGAACTGGAACATTAATGATTTTTTGTGGAGAAGACGCGTGTGATTGTTAAACGACCCGTCTCGGCCAGTCTGGCCCGGG‑CCTTTT‑TTTTACATtgt > 1:374831/1‑140 (MQ=255) tgGCAGATCAAATAATCCCATCACTGACTAAATTGCGTTTCAGCGAACTGGAACATTAATGATTTTTTGTGGAGAAGACGCGTGTGATTGTTAAACGACCCGTCTCGGCCAGTCTGGCCCGGG‑CCTTTT‑TTTTACATtgt > 1:694033/1‑140 (MQ=255) ggCAGATCAAATAATCCCATCACTGACTAAATTGCGTTTCAGCGAACTGGAACATTAATGATTTTTTGTGGAGAAGACGCGTGTGATTGTTAAACGACCCGTCTCGGCCAGTCTGGCCCGGG‑CC‑ttt‑tttttaca < 1:542879/135‑5 (MQ=255) ggCAGATCAAATAATCCCATCACTGACTAAATTGCGTTTCAGCGAACTGGAACATTAATGATTTTTTGTGGAGAAGACGCGTGTGATTGTTAAACGACCCGTCTCGGCCAGTCTGGCCCGGG‑CC‑ttt‑tttttaca > 2:542879/1‑131 (MQ=255) ggCAGATCAAATAATCCCATCACTGACTAAATTGCGTTTCAGCGAACTGGAACATTAATGATTTTTTGTGGAGAAGACGCGTGTGATTGTTAAACGACCCGTCTCGGCCAGTCTGGCCCGGG‑CC‑ttt‑tttttaca > 1:230100/1‑131 (MQ=255) ggCAGATCAAATAATCCCATCACTGACTAAATTGCGTTTCAGCGAACTGGAACATTAATGATTTTTTGTGGAGAAGACGCGTGTGATTGTTAAACGACCCGTCTCGGCCAGTCTGGCCCGGG‑CC‑ttt‑tttttaca < 2:230100/135‑5 (MQ=255) 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(MQ=255) aCTAAATTGCGTTTCAGCGAACTGGAACATTAATGATTTTTTGTGGAGAAGACGCGTGTGATTGTTAAACGACCCGTCTCGGCCAGTCTGGCCCGGG‑CCTTTT‑TTTTACATTGTGCTGCTGTCGATTCTTTCCACGGGTa > 1:205993/1‑140 (MQ=255) aCTAAATTGCGTTTCAGCGAACTGGAACATTAATGATTTTTTGTGGAGAAGACGCGTGTGACTGTTAAACGACCCGTCTCGGCCAGTCTGGCCCGGG‑CCTTTT‑TTTTACATTGTGCTGCTGTCGATTCTTTCCACGGGTa > 2:287719/1‑140 (MQ=255) aaaTTGCGTTTCAGCGAACTGGAACATTAATGATTTTTTGTGGAGAAGACGCGTGTGATTGTTAAACGACCCGTCTCGGCCAGTCTGGCCCGGG‑CCTTTT‑TTTTACATTGTGCTGCTGTCGATTCTTTCCACGGGTATCg < 2:622006/140‑1 (MQ=255) aaTTGCGTTTCAGCGAACTGGAACATTAATGATTTTTTGTGGAGAAGACGCGTGTGATTGTTAAACGACCCGTCTCGGCCAGTCTGGCCCGGG‑CCTTTT‑TTTTACATTGTGCTGCTGTCGAtt < 2:265322/123‑1 (MQ=255) aaTTGCGTTTCAGCGAACTGGAACATTAATGATTTTTTGTGGAGAAGACGCGTGTGATTGTTAAACGACCCGTCTCGGCCAGTCTGGCCCGGG‑CCTTTT‑TTTTACATTGTGCTGCTGTCGAtt > 1:265322/1‑123 (MQ=255) aaTTGCGTTTCAGCGAACTGGAACATTAATGATTTTTTGTGGAGAAGACGCGTGTGATTGTTAAACGACCCGTCTCGGCCAGTCTGGCCCGGG‑CCTTTT‑TTTTACATTGTGCTGCTGTCGATTCTTTCCACGGGTATCGc < 1:35436/140‑1 (MQ=255) gTTTCAGCGAACTGGAACATTAATGATTTTTTGTGGAGAAGACGCGTGTGATTGTTAAACGACCCGTCTCGGCCAGTCTGGCCCGGG‑CCTTTT‑TTTTACATTGTGCTGCTGTCGATTCTTTCCACGGGTATCGCTCTGCt > 1:273788/1‑140 (MQ=255) tGGAACATTAATGATTTTTTGTGGAGAAGACGCGTGTGATTGTTAAACGACCCGTCTCGGCCAGTCTGGCCCGGG‑CCTTTT‑TTTTACATTGTGCTGCTGTCGATTCTTTCCACGGGTATCGCTCTGCTAACTCTGGCGAg < 1:130303/140‑1 (MQ=255) tAATGATTTTTTGTGGAGAAGACGCGTGTGATTGTTAAACGACCCGTCTCGGCCAGTCTGGCCCGGG‑CCTTTT‑TTTTACATTGTGCTGCTGTCGATTCTTTCCACGGGTATCGCTCTGCTAACTCTGGCGAGCAGTTTgc > 1:418679/1‑140 (MQ=255) aaTGATTTTTTGTGGAGAAGACGCGTGTGATTGTTAAACGACCCGTCTCGGCCAGTCTGGCCCGGG‑CCTTTT‑TTTTACATTGTGCTGCTGTCGATTCTTTCCACGGGTATCGCTCTGCTAACTCTGGCGAGCAGTTTgcg < 2:418679/140‑1 (MQ=255) aTGATTTTTTGTGGAGAAGACGCGTGTGATTGTTAAACGACCCGTCTCGGCCAGTCTGGCCCGGG‑CCTTTT‑TTTTACATTGTGCTGCTGTCGATTCTTTCCACGGGTATCGCTCTGCTAACTCTGGCGAGCAGTTTgcgc > 1:650234/1‑140 (MQ=255) aTGATTTTTTGTGGAGAAGACGCGTGTGATTGTTAAACGACCCGTCTCGGCCAGTCTGGCCCGGG‑CCTTTT‑TTTTACATTGTGCTGCTGTCGATTCTTTCCACGGGTATCGCTCTGCTAACTCTGGCGAGCAGTTTgcgc > 2:319414/1‑140 (MQ=255) ttttGTGGAGAAGACGCGTGTGATTGTTAAACGACCCGTCTCGGCCAGTCTGGCCCGGG‑CCTTTT‑TTTTACATTGTGCTGCTGTCGATTCTTTCCACGGGTATCGCTCTGCTAACTCTGGCGAGCAGTTTGCGCGACGCt < 2:273788/140‑1 (MQ=255) tgtgGAGAAGACGCGTGTGATTGTTAAACGACCCGTCTCGGCCAGTCTGGCCCGGG‑CCTTTT‑TTTTACATTGTGCTGCTGTCGATTCTTTCCACGGGTATTGCTCTGCTAACTCTGGCGAGCAGTTTGCGCGACGCTGAg < 1:241799/140‑1 (MQ=255) tgtgGAGAAGACGCGTGTGATTGTTAAACGACCCGTCTCGGCCAGTCTGGCCCGGG‑CCTTTT‑TTTTACATTGTGCTGCTGTCGATTCTTTCCACGGGTATCGCTCTGCTAACTCTGGCGAGCAGTTTGCGCGACGCTGAg < 2:694033/140‑1 (MQ=255) ggAGAAGACGCGTGTGATTGTTAAACGACCCGTCTCGGCCAGTCTGGCCCGGGCCC‑TTT‑TTTTACATTGTGCTGCTGTCGATTCTTTCCACGGGTATCGCTCTGCTAACTCTGGCGAGCAGTTTGCGCGACGCTGAGGCt < 2:577414/140‑1 (MQ=255) gagaAGACGCGTGTGATTGTTAAACGACCCGTCTCGGCCAGTCTGGCCCGGG‑CCTTTT‑TTTTACATTGTGCTGCTGTCGATTCTTTCCACGGGTATCGCTCTGCTAACTCTGGCGAGCAGTTTGCGCGACGCTGAGGCTa < 2:287831/140‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tgtgATTGTTAAACGACCCGTCTCGGCCAGTCTGGCCCGGG‑CCTTTT‑TTTTACATTGTGCTGCTGTCGATTCTTTCCACGGGTATCGCTCTGCTAACTCTGGCGAGCAGTTTGCGCGACGCTGAGGCt < 2:103924/128‑1 (MQ=255) tGTTAAACGACCCGTCTCGGCCAGTCTGGCCCGGG‑CCTTTT‑TTTTACATTGTGCTGCTGTCGATTCTTTCCACGGGTATCGCTCTGCTAACTCTGGCGAGCAGTTTGCGCGACGCTGAGGCTATCAATATTGCCGGATCg < 2:537131/140‑1 (MQ=255) tAAACGACCCGTCTCGGCCAGTCTGGCCCGGG‑CCTTTT‑TTTTACATTGTGCTGCTGTCGATTCTTTCCACGGGTATCGCTCTGCTAACTCTGGCGAGCAGTTTGCGCGACGCTGAGGCTATCAATATTGCCGGATCGCTg < 1:52006/140‑1 (MQ=255) aCCCGTCTCGGCCAGTCTGGCCCGGG‑CCTTTT‑TTTTACATTGTGCTGCTGTCGATTCTTTCCACGGGTATCGCTCTGCTAACTCTGGCGAGCAGTTTGCGCGACGCTGAGGCTATCAATATTGCCGGATCGCTGCGTATg > 1:860359/1‑140 (MQ=255) aCCCGTCTCGGCCAGTCTGGCCCGGG‑CCTTTT‑TTTTACATTGTGCTGCTGTCGATTCTTTCCACGGGTATCGCTCTGCTAACTCTGGCGAGCAGTTTGCGCGACGCTGAGGCTATCAATATTGCCGGATCGCTGCGTATg < 1:287719/140‑1 (MQ=255) aCCCGTCTCGGCCAGTCTGGCCCGGG‑CCTTTT‑TTTTACATTGTGCTGCTGTCGATTCTTTCCACGGGTATCGCTCTGCTAACTCTGGCGAGCAGTTTGCGCGACGCTGAGGCTATCAATATTGCCGGATCGCTGCGTATg < 1:268654/140‑1 (MQ=255) cGTCTCGGCCAGTCTGGCCCGGG‑CCTTTT‑TTTTACATTGTGCTGCTGTCGATTCTTTCCACGGGTATCGCTCTGCTAACTCTGGCGAGCAGTTTGCGCGACGCTGAGGCTATCAATATTGCCGGATCGCTGCGTATGCag > 1:13264/1‑140 (MQ=255) cGGCCAGTCTGGCCCGGG‑CC‑TTT‑TTTTACATTGTGCTGCTGTCGATTCTTTCCACGGGTATCGCTCTGCTAACTCTGGCGAGCAGTTTGCGCGACGCTGAGGCTATCAATATTGCCGGATCGCTGCGTATGCAGAGTTAc < 2:369154/140‑1 (MQ=255) tCTGGCCCGGG‑CCTTTT‑TTTTACATTGTGCTGCTGTCGATTCTTTCCACGGGTATCGCTCTGCTAACTCTGGCGAGCAGTTTGCGCGACGCTGAGGCTATCAATATTGCCGGATCGCTGCGTATGCAGAGTTACCGCCTg > 2:342681/1‑140 (MQ=255) | TTCGCTATAAACTGTGGCAGATCAAATAATCCCATCACTGACTAAATTGCGTTTCAGCGAACTGGAACATTAATGATTTTTTGTGGAGAAGACGCGTGTGATTGTTAAACGACCCGTCTCGGCCAGTCTGGCCCGGG‑CC‑TTT‑TTTTACATTGTGCTGCTGTCGATTCTTTCCACGGGTATCGCTCTGCTAACTCTGGCGAGCAGTTTGCGCGACGCTGAGGCTATCAATATTGCCGGATCGCTGCGTATGCAGAGTTACCGCCTG > NC_000913/2585634‑2585898 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |