Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,220,971 | G→A | pseudogene (1371/2648 nt) | ycgH → | putative transporter component, N‑terminal fragment |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,220,971 | 0 | G | A | 100.0% | 220.8 / NA | 61 | pseudogene (1371/2648 nt) | ycgH | putative transporter component, N‑terminal fragment |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (35/26); total (35/26) |
ATTCAGACAGTATTATCAATCTTTCGTATGATGATGGTCAAACATTTACCCAAGGAAAAACATTAACCGTAAAAGGTAATTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCGGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGTTCAACTACCGTCTATGTGAAAAATGCTGGAGGAAGCGGCGCGGCCACGCTAAACGGGATCGAACTCATAACTGTGAATGGCGATGAATCTC > NC_000913/1220835‑1221101 | aTTCAGACAGTATTATCAATCTTTCGTATGATGATGGTCAAACATTTACCCAAGGAAAAACATTAACCGTAAAAGGTAATTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCt < 2:406560/140‑1 (MQ=255) ttCAGACAGTATTATCAATCTTTCGTATGATGATGGTCAAACATTTACCCAAGGAAAAACATTAACCGTAAAAGGTAATTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTa > 1:523594/1‑140 (MQ=255) ttCAGACAGTATTATCAATCTTTCGTATGATGATGGTCAAACATTTACCCAAGGAAAAACATTAACCGTAAAAGGTAATTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTa > 2:53992/1‑140 (MQ=255) gACAGTATTATCAATCTTTCGTATGATGATGGTCAAACATTTACCCAAGGAAAAACATTAACCGTAAAAGGTAATTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGa < 1:415941/140‑1 (MQ=255) aCAGTATTATCAATCTTTCGTATGATGATGGTCAAACATTTACCCAAGGAAAAACATTAACCGTAAAAGGTAATTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGAc > 1:659022/1‑140 (MQ=255) aGTATTATCAATCTTTTGTATGATGATGGTCAAACATTTACCCAAGGAAAAACATTAACCGTAAAAGGTAATTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAg < 2:269319/140‑1 (MQ=255) tattatCAATCTTTCGTATGATGATGGTCAAACATTTACCCAAGGAAAAACATTAACCGTAAAAGGTAATTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGAc > 2:259337/1‑140 (MQ=255) tattatCAATCTTTCGTATGATGATGGTCAAACATTTACCCAAGGAAAAACATTAACCGTAAAAGGTAATTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGAc < 1:150999/140‑1 (MQ=255) cAATCTTTCGTATGATGATGGTCAAACATTTACCCAAGGAAAAACATTAACCGTAAAAGGTAATTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGAACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTAttg < 1:4645/140‑1 (MQ=255) aTCTTTCGTATGATGATGGTCAAACATTTACCCAAGGAAAAACATTAACCGTAAAAGGTAATTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTAttgtt < 1:259337/140‑1 (MQ=255) aTCTTTCGTATGATGATGGTCAAACATTTACCCAAGGAAAAACATTAACCGTAAAAGGTAATTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTAttgtt < 1:53992/140‑1 (MQ=255) aTCTTTCGTATGATGATGGTCAAACATTTACCCAAGGAAAAACATTAACCGTAAAAGGTAATTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTAttgtt < 2:679890/140‑1 (MQ=255) aTCTTTCGTATGATGATGGTCAAACATTTACCCAAGGAAAAACATTAACCGTAAAAGGTAATTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTAttgtt < 2:523594/140‑1 (MQ=255) ttCGTATGATGATGGTCAAACATTTACCCAAGGAAAAACATTAACCGTAAAAGGTAATTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAgg > 1:471647/1‑140 (MQ=255) atgGTCAAACATTTACCCAAGGAAAAACATTAACCGTAAAAGGTAATTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGAGAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCg > 2:803364/1‑140 (MQ=255) gTCAAACATTTACCCAAGGAAAAACATTAACCGTAAAAGGTAATTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGt > 1:50341/1‑140 (MQ=255) gTCAAACATTTACCCAAGCAAAAACATTAACCGTAAAAGGTAATTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGt > 1:540106/1‑140 (MQ=255) tCAAACATTTACCCAAGGAAAAACATTAACCGTAAAAGGTAATTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGtt < 2:50341/140‑1 (MQ=255) cAAACATTTACCCAAGGAAAAACATTAACCGTAAAAGGTAATTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGTTc > 2:517202/1‑140 (MQ=255) aGGAAAAACATTAACCGTAAAAGGTAATTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGTTCAACTACCGTCTAtg < 2:471647/140‑1 (MQ=255) ggAAAAACATTAACCGTAAAAGGTAATTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGTTCAACTACCGTCTAtgt > 2:384548/1‑140 (MQ=255) aaaaCATTAACCGTAAAAGGTAATTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGTTCAACTACCGTCTATGTGaa < 1:341758/140‑1 (MQ=255) aTTAACCGTAAAAGGTAATTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGTTCAACTACCGTCTATGTGAAAAATg < 2:798984/140‑1 (MQ=255) aCCGTAAAAGGTAATTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGTTCAACTACCGTCTATGTGAAAAATGCTgg < 1:384548/140‑1 (MQ=255) aCCGTAAAAGGTAATTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGTTCAACTACCGTCTATGTGAAAAATGCTgg > 1:571276/1‑140 (MQ=255) aCCGTAAAAGGTAATTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGTTCAACTACCGTCTATGTGAAAAATGCTgg > 2:790809/1‑140 (MQ=255) aaaGGTAATTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGTTCAACTACCGTCTATGTGAAAAATGCTggaggatg > 2:584369/1‑138 (MQ=255) gTAATTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGTTCAACTACCGTCTATGTGAAAAATGCTGGAGGAAgcggc < 2:540106/140‑1 (MQ=255) gTAATTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGTTCAACTACCGTCTATGTGAAAAATGCTGGAGGAAgcggc < 1:135243/140‑1 (MQ=255) ttATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGTTCAACTACCGTCTATGTGAAAAATGCTGGAGGAAgcggcgcgg < 1:584369/140‑1 (MQ=255) ttATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGTTCAACTACCGTCTATGTGAAAAATGCTGGAGGAAgcggcgcgg > 2:854949/1‑140 (MQ=255) ttATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGTTCAACTACCGTCTATGTGAAAAATGCTGGAGGAAgcggcgcgg > 1:231706/1‑140 (MQ=255) tCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGTTCAACTACCGTCTATGTGAAAAATGCTGGAGGAAGCGGCGCGGCCACg < 2:231706/140‑1 (MQ=255) tCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGTTCAACTACCGTCTATGTGAAAAATGCTGGAGGAAGCGGCGCGGCCACg < 1:589953/140‑1 (MQ=255) tCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGTTCAACTACCGTCTATGTGAAAAATGCTGGAGGAAGCGGCGCGGCCACg > 1:59225/1‑140 (MQ=255) cGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGTTCAACTACCGTCTATGTGAAAAATGCTGGAGGAAGCGGCGCGGCCACGc > 1:860208/1‑140 (MQ=255) cGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGTTCAACTACCGTCTATGTGAAAAATGCTGGAGGAAGCGGCGCGGCCACGc > 1:365449/1‑140 (MQ=255) aataatGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGTTCAACTACCGTCTATGTGAAAAATGCTGGAGGAAGCGGCGCGGCCACGCTaaa < 1:240216/140‑1 (MQ=255) gTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGTTCAACTACCGTCTATGTGAAAAATGCTGGAGGAAGCGGCGCGGCCACGCTAAACGGGATc < 2:571276/140‑1 (MQ=255) gTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGTTCAACTACCGTCTATGTGAAAAATGCTGGAGGAAGCGGCGCGGCCACGCTAAACGGGATc > 1:588918/1‑140 (MQ=255) cAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGTTCAACTACCGTCTATGTGAAAAATGCTGGAGGAAGCGGCGCGGCCACGCTAAACGGGATCGa < 1:854949/140‑1 (MQ=255) cTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGTTCAACTACCGTCTATGTGAAAAATGCTGGAGGAAGCGGCGCGGCCACGCTAAACGGGATCGAACt > 1:722956/1‑140 (MQ=255) cTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGTTCAACTACCGTCTATGTGAAAAATGCTGGAGGAAGCGGCGCGGCCACGCTAAACGGGATCGAACt > 2:556731/1‑140 (MQ=255) cTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGTTCAACTACCGTCTATGTGAAAAATGCTGGAGGAAGCGGCGCGGCCACGCTAAACGGGATCGAACt > 1:710826/1‑140 (MQ=255) tAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGTTCAACTACCGTCTATGTGAAAAATGCTGGAGGAAGCGGCGCGGCCACGCTAAACGGGATCGAACTCa < 1:366300/140‑1 (MQ=255) gCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGTTCAACTACCGTCTATGTGAAAAATGCTGGAGGAAGCGGCGCGGCCACGCTAAACGGGATCGAACTCATAACtgtg > 1:648133/1‑140 (MQ=255) gCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGTTCAACTACCGTCTATGTGAAAAATGCTGGAGGAAGCGGCGCGGCCACGCTAAACGGGATCGAACTCATAACtgtg > 1:450497/1‑140 (MQ=255) gCACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGTTCAACTACCGTCTATGTGAAAAATGCTGGAGGAAGCGGCGCGGCCACGCTAAACGGGATCGAACTCATAACtgtg > 1:87211/1‑140 (MQ=255) cACCGTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGTTCAACTACCGTCTATGTGAAAAATGCTGGAGGAAGCGGCGCGGCCACGCTAAACGGGATCGAACTCATAACTGTGa > 1:151471/1‑140 (MQ=255) gTATTAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGTTCAACTACCGTCTATGTGAAAAATGCTGGAGGAAGCGGCGCGGCCACGCTAAACGGGATCGAACTCATAACTGTGAATgg > 1:165431/1‑140 (MQ=255) tAGGTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGTTCAACTACCGTCTATGTGAAAAATGCTGGAGGAAGCGGCGCGGCCACGCTAAACGGGATCGAACTCATAACTGTGAATGGCGAt < 1:556731/140‑1 (MQ=255) ggTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGTTCAACTACCGTCTATGTGAAAAATGCTGGAGGAAGCGGCGCGGCCACGCTAAACGGGATCGAACTCATAACTGTGAATGGCGATGa < 1:458552/140‑1 (MQ=255) ggTGATGATAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGTTCAACTACCGTCTATGTGAAAAATGCTGGAGGAAGCGGCGCGGCCACGCTAAACGGGATCGAACTCATAACTGTGAATGGCGATGa < 1:790809/140‑1 (MQ=255) gatgatAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGTTCAACTACCGTCTATGTGAAAAATGCTGGAGGAAGCGGCGCGGCCACGCTAAACGGGATCGAACTCATAACTGTGAATGGCGATGAAtc > 1:717683/1‑140 (MQ=255) atgatAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGTTCAACTACCGTCTATGTGAAAAATGCTGGAGGAAGCGGCGCGGCCACGCTAAACGGGATCGAACTCATAACTGTGAATGGCGATGAAtct > 1:581106/1‑140 (MQ=255) tgatAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGTTCAACTACCGTCTATGTGAAAAATGCTGGAGGAAGCGGCGCGGCCACGCTAAACGGGATCGAACTCATAACTGTGAATGGCGATGAAtctc > 2:88226/1‑140 (MQ=255) tgatAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGTTCAACTACCGTCTATGTGAAAAATGCTGGAGGAAGCGGCGCGGCCACGCTAAACGGGATCGAACTCATAACTGTGAATGGCGATGAAtctc > 2:91451/1‑140 (MQ=255) tgatAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGTTCAACTACCGTCTATGTGAAAAATGCTGGAGGAAGCGGCGCGGCCACGCTAAACGGGATCGAACTCATAACTGTGAATGGCGATGAAtctc > 2:626352/1‑140 (MQ=255) tgatAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGTTCAACTACCGTCTATGTGAAAAATGCTGGAGGAAGCGGCGCGGCCACGCTAAACGGGATCGAACTCATAACTGTGAATGGCGATGAAtctc > 2:572886/1‑140 (MQ=255) tgatAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGTTCAACTACCGTCTATGTGAAAAATGCTGGAGGAAGCGGCGCGGCCACGCTAAACGGGATCGAACTCATAACTGTGAATGGCGATGAAtctc > 1:68031/1‑140 (MQ=255) tgatAAATCAGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGTTCAACTACCGTCTATGTGAAAAATGCTGGAGGAAGCGGCGCGGCCACGCTAAACGGGATCGAACTCATAACTGTGAATGGCGATGAAtctc > 1:446466/1‑140 (MQ=255) | ATTCAGACAGTATTATCAATCTTTCGTATGATGATGGTCAAACATTTACCCAAGGAAAAACATTAACCGTAAAAGGTAATTATGTCGGTAATAATGGTCAGCTTAATATCCGCACCGTATTAGGTGATGATAAATCGGCTACGGACAGACTTATTGTTGAGGGTAATACTTCGGGTTCAACTACCGTCTATGTGAAAAATGCTGGAGGAAGCGGCGCGGCCACGCTAAACGGGATCGAACTCATAACTGTGAATGGCGATGAATCTC > NC_000913/1220835‑1221101 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |