Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	NC_000913	1,635,322	C→T	E176K (GAA→AAA)	ydfN ←	Qin prophage; putative side tail fiber assembly protein

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	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_000913	1,635,322	0	C	T	100.0%	45.4 / NA	19	E176K (GAA→AAA)	ydfN	Qin prophage; putative side tail fiber assembly protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (8/11);  total (8/11)

TTCGTGCCACCAAATGCACCGGAACTCTTGTGTTGGTGCGCACCGGCACTATTTGCGGTCCCGCTAATACTATGGGTATGCGCCCCGGTGTTATTCGTGGATTTGGTTCCGTAATCAAACGACGATGTGGTTTCCGTCCCCAAATCCGTACTGGATGCGCTGGCGCTGTGGGTGTGCGATTTAATGCCGTCCTGTTCCT  >  NC_000913/1635189‑1635387                                                                                                                                      |                                                                  ttCGTGCCACCAAATGCACCGGAACTCTTGTGTTGGTGCGCACCGGCACTATTTGCGGTCCCGCTAATACTATGGGTATGCGCCCCGGTGTTATTCGTGGATTTAGTGCCGTAATCAAACGACGATGTGGTTTTCGTccc                                                             <  1:100021/140‑1 (MQ=255)     tGCCACCAAATGCACCGGAACTCTTGTGTTGGTGCGCACCGGCACTATTTGCGGTCCCGCTAATACTATGGGTATGCGCCCCGGGGTTATTCGTGGATTTAGTGCCGTAATCAAACGACGATGTGGTTTTCGTCCCCaaa                                                         >  2:314980/1‑140 (MQ=255)      gCCACCAAATGCACCGGAACTCTTGTGTTGGTGCGCACCGGCACTATTTGCGGTCCCGCTAATACTATGGGTATGCGCCCCGGTGTTATTCGTGGATTTAGTGCCGTAATCAAACGACGATGTGGTTTTCGTCCCCAAAt                                                        <  2:769518/140‑1 (MQ=255)         accaAATGCACCGGAACTCTTGTGTTGGTGCGCACCGGCACTATTTGCGGTCCCGCTAATACTATGGGTATGCGCCCCGGTGTTATTCGTGGATTTAGTGCCGTAATCAAACGACGATGTGGTTTTCGTCCCCAAATctg                                                     >  1:249963/1‑138 (MQ=255)           caAATGCACCGGAACTCTTGTGTTGGTGCGCACCGGCACTATTTGCGGTCCCGCTAATACTATGGGTATGCGCCCCGGTGTTATTCGTGGATTTAGTGCCGTAATCAAACGACGATGTGGTTTTCGTCCCCAAATCTGTa                                                   <  2:662408/140‑1 (MQ=255)                       aaCTCTTGTGTTGGTGCGCACCGGCACTATTTGCGGTCCCGCTAATACTATGGGTATGCGCCCCGGTGTTATTCGTGGATTTAGTGCCGTAATCAAACGACGATGTGGTTTTCGTCCCCAAATCTGTACTGGATgcgctg                                       >  1:241970/1‑140 (MQ=255)                        aCTCTTGTGTTGGTGCGCACCGGCACTATTTGCGGTCCCGCTAATACTATGGGTATGCGCCCCGGTGTTATTCGTGGATTTAGTGCCGTAATCAAACGACGATGTGGTTTTCGTCCCCAAATCTGTACTGGATgcgctgg                                      <  1:77928/140‑1 (MQ=18)                        aCTCTTGTGTTGGTGCGCACCGGCACTATTTGCGGTCCCGCTAATACTATGGGTATGCGCCCCGGTGTTATTCGTGGATTTAGTGCCGTAATCAAACGACGATGTGGTTTTCGTCCCCAAATCTGTACTGGATgcgctgg                                      <  2:122716/140‑1 (MQ=18)                        aCTCTTGTGTTGGTGCGCACCGGCACTATTTGCGGTCCCGCTAATACTATGGGTATGCGCCCCGGTGTTATTCGTGGATTTAGTGCCGTAATCAAACGACGATGTGGTTTTCGTCCCCAAATCTGTACTGGATgcgctgg                                      <  1:656459/140‑1 (MQ=18)                            ttGTGTTGGTGCGCACCGGCACTATTTGCGGTCCCGCTAATACTATGGGTATGCGCCCCGGTGTTATTCGTGGATTTAGTGCCGTAATCAAACGACGATGTGGTTTTCGTCCCCAAATCTGTACTGGATgcgctggcgct                                  <  1:295206/140‑1 (MQ=18)                                 ttGGTGCGCACCGGCACTATTTGCGGTCCCGCTAATACTATGGGTATGCGCCCCGGTGTTATTCGTGGATTTAGTGCCGTAATCAAACGACGATGTGGTTTTCGTCCCCAAATCTGTACTGGATgcgctggcg                                    >  1:380061/1‑133 (MQ=255)                                 ttGGTGCGCACCGGCACTATTTGCGGTCCCGCTAATACTATGGGTATGCGCCCCGGTGTTATTCGTGGATTTAGTGCCGTAATCAAACGACGATGTGGTTTTCGTCCCCAAATCTGTACTGGATgcgctggcg                                    <  2:380061/133‑1 (MQ=255)                                 ttGGTGCGCACCGGCACTATTTGCGGTCCCGCTAATACTATGGGTATGCGCCCCGGTGTTATTCGTGGATTTAGTGCCGTAATCAAACGACGATGTGGTTTTCGTCCCCAAATCTGTACTGGATGCGCTGGCGCTGTggg                             >  2:240401/1‑140 (MQ=255)                                         cACCGGCACTATTTGCGGTCCCGCTAATACTATGGGTATGCGCCCCGGTGTTATTCGTGGATTTAGTGCCGTAATCAAACGACGATGTGGTTTTCGTCCCCAAATCTGTACTGGATGCGCTGGCGCTGTGGGTATGCgct                     >  2:491578/1‑138 (MQ=14)                                               cACTATTTGCGGTCCCGCTAATACTATGGGTATGCGCCCCGGTGTTATTCGTGGATTTAGTGCCGTAATCAAACAACGATGTGGTTTTCGTCCCCAAATCTGTACTGGATGCGCTGGCGCTGTGGGTATGCGATTTAATg               <  2:65374/140‑1 (MQ=14)                                                      tGCGGTCCCGCTAATACTATGGGTATGCGCCCCGGTGTTATTCGTGGATTTAGTGCCGTAATCAAACGACGATGTGGTTTTCGTCCCCAAATCTGTACTGGATGCGCTGGCGCTGTGGGTATGCGATTTAATGCCGTCCt        <  1:812050/140‑1 (MQ=11)                                                        cGGTCCCGCTAATACTATGGGTATGCGCCCCGGTGTTATTCGTGGATTTAGTGCCGTAATCAAACGACGATGTGGTTTTCGTCCCCAAATCTGTACTGGATGCGCTGGCGCTGTGGGTATGCGATTTAATGCCGTCCTGt      >  1:193504/1‑140 (MQ=11)                                                            cccGCTAATACTATGGGTATGCGCCCCGGTGTTATTCGTGGATTTAGTGCCGTAATCAAACGACGATGTGGTTTTCGTCCCCAAATCTGTACTGGATGCGCTGGCGCTGTGGGTATGCGATTTAATGCCGTCCTGTTCCt  >  1:400921/1‑140 (MQ=11)                                                            cccGCTAATACTATGGGTATGCGCCCCGGTGTTATTCGTGGATTTAGTGCCGTAATCAAACGACGATGTGGTTTTCGTCCCCAAATCTGTACTGGATGCGCTGGCGCTGTGGGTATGCGATTTAATGCCGTCCTGTTCCt  <  1:240401/140‑1 (MQ=1)                                                                                                                                      |                                                                  TTCGTGCCACCAAATGCACCGGAACTCTTGTGTTGGTGCGCACCGGCACTATTTGCGGTCCCGCTAATACTATGGGTATGCGCCCCGGTGTTATTCGTGGATTTGGTTCCGTAATCAAACGACGATGTGGTTTCCGTCCCCAAATCCGTACTGGATGCGCTGGCGCTGTGGGTGTGCGATTTAATGCCGTCCTGTTCCT  >  NC_000913/1635189‑1635387

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑