| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,356,430 | (A)6→5 | coding (910/1191 nt) | glpC → | anaerobic glycerol‑3‑phosphate dehydrogenase subunit C |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,356,425 | 0 | A | . | 96.8% | 118.1 / ‑2.1 | 31 | coding (905/1191 nt) | glpC | anaerobic glycerol‑3‑phosphate dehydrogenase subunit C |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base . (13/17); total (13/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TCGACAACAAAGGCTTGCGCGATCATATCGAACTGGCAACCCGCTGGCTGTGGCGCAAGCTGGACGAAGGCAAAACGTTACCGCTGAAACCGCTGCCGCTGAAAGTGGTTTATCACACTCCGTGCCATATGGAAAAAATGGGCTGGACGCTCTACACCCTGGAGCTGTTGCGTAACATCCCGGGGCTTGAGTTAACGGTGCTGGATTCCCAGTGCTGCGGTATTGCGGGTACTTACGGTTTCAAAAAAGAGAACTACCCCACC > NC_000913/2356293‑2356555 | tCGACAACAAAGGCTTGCGCGATCATATCGAACTGGCAACCCGC‑GGCTGTGGCGCAAGCTGGACGAAGGCAAAACGTTACCGCTGAAACCGCTGCCGCTGAAAGTGGTTTATCACACTCCGTGCCATATGGaaaaatggg < 2:419565/140‑5 (MQ=255) cGACAACAAAGGCTTGCGCGATCATATCGAACTGGCAACCCGCTGGCTGTGGCGCAAGCTGGACGAAGGCAAAACGTTACCGCTGAAACCGCTGCCGCTGAAAGTGGTTTATCACACTCCGTGCCATATGGaaaaatggg > 2:300741/1‑136 (MQ=255) acaacaAAGGCTTGCGCGATCATATCGAACTGGCAACCCGCTGGCTGTGGCGCAAGCTGGACGAAGGCAAAACGTTACCGCTGAAACCGCTGCCGCTGAAAGTGGTTTATCACACTCCGTGCCATATGG‑AAAAATGGGCt < 2:588441/140‑1 (MQ=255) acaacaAAGGCTTGCGCGATCATATCGAACTGGCAACCCGCTGGCTGTGGCGCAAGCTGGACGAAGGCAAAACGTTACCGCTGAAACCGCTGCCGCTGAAAGTGGTTTATCACACTCCGTGCCATATGG‑AAAAATGGGCt > 1:588441/1‑140 (MQ=255) aacaaAGGCTTGCGCGATCATATCGAACTGGCAACCCGCTGGCTGTGGCGCAAGCTGGACGAAGGCAAAACGTTACCGCTGAAACCGCTGCCGCTGAAAGTGGTTTATCACACTCCGTGCCATATGG‑AAAAATGGGCTgg < 1:231747/140‑1 (MQ=255) aacaaAGGCTTGCGCGATCATATCGAACTGGCAACCCGCTGGCTGTGGCGCAAGCTGGACGAAGGCAAAACGTTACCGCTGAAACCGCTGCCGCTGAAAGTGGTTTATCACACTCCGTGCCATATGG‑AAAAATGGGCTgg < 1:566714/140‑1 (MQ=255) gCTTGCGCGATCATATCGAACTGGCAACCCGCTGGCTGTGGCGCAAGCTGGACGAAGGCAAAACGTTACCGCTGAAACCGCTGCCGCTGAAAGTGGTTTATCACACTCCGTGCCATATGG‑AAAAATGGGCTGGACGctct < 1:300741/140‑1 (MQ=255) cTTGCGCGATCATATCGAACTGGCAACCCGCTGGCTGTGGCGCAAGCTGGACGAAGGCAAAACGTTACCGCTGAAACCGCTGCCGCTGAAAGTGGTTTATCACACTCCGTGCCATATGG‑AAAAATGGGCTGGACGCTCTa > 2:325426/1‑140 (MQ=255) cgcgATCATATCGAACTGGCAACCCGCTGGCTGTGGCGCAAGCTGGACGAAGGCAAAACGTTACCGCTGAAACCGCTGCCGCTGAAAGTGGTTTATCACACTCCGTGCCATATGG‑AAAAATGGGCTGGACGCTCTACAcc > 2:490898/1‑140 (MQ=255) aTCATATCGAACTGGCAACCCGCTGGCTGTGGCGCAAGCTGGACGAAGGCAAAACGTTACCGCTGAAACCGCTGCCGCTGAAAGTGGTTTATCACACTCCGTGCCATATGG‑AAAAATGGGCTGGACGCTCTACACCCTgg < 1:490898/140‑1 (MQ=255) tCATATCGAACTGGCAACCCGCTGGCTGTGGCGCAAGCTGGACGAAGGCAAAACGTTACCGCTGAAACCGCTGCCGCTGAAAGTGGTTTATCACACTCCGTGCCATATGG‑AAAAATGGGCTGGACg < 1:250204/126‑1 (MQ=255) tCATATCGAACTGGCAACCCGCTGGCTGTGGCGCAAGCTGGACGAAGGCAAAACGTTACCGCTGAAACCGCTGCCGCTGAAAGTGGTTTATCACACTCCGTGCCATATGG‑AAAAATGGGCTGGACg > 2:250204/1‑126 (MQ=255) tCATATCGAACTGGCAACCCGCTGGCTGTGGCGCAAGCTGGACGAAGGCAAAACGTTACCGCTGAAACCGCTGCCGCTGAAAGTGGTTTATCACACTCCGTGCCATATGG‑AAAAATGGGCTGGACGCTCTACACCCTGGa > 2:606345/1‑140 (MQ=255) tCATATCGAACTGGCAACCCGCTGGCTGTGGCGCAAGCTGGACGAAGGCAAAACGTTACCGCTGAAACCGCTGCCGCTGAAAGTGGTTTATCACACTCCGTGCCATATGG‑‑AAAATGGGCTGGACGCTCTACACCCTGGAg < 2:71677/140‑1 (MQ=255) atCGAACTGGCAACCCGCTGGCTGTGGCGCAAGCTGGACGAAGGCAAAACGTTACCGCTGAAACCGCTGCCGCTGAAAGTGGTTTATCACACTCCGTGCCATATGG‑AAAAATGGGCTGGACGCTCTACACCCTGGAGCTg < 2:392452/140‑1 (MQ=255) cGAACTGGCAACCCGCTGGCTGTGGCGCAAGCTGGACGAAGGCAAAACGTTACCGCTGAAACCGCTGCCGCTGAAAGTGGTTTATCACACTCCGTGCCATATGG‑AAAAATGGGCTGGACGCTCTACACCCTGGAGCTGtt < 1:606345/140‑1 (MQ=255) cTGGCAACCCGCTGGCTGTGGCGCAAGCTGGACGAAGGCAAAACGTTACCGCTGAAACCGCTGCCGCTGAAAGTGGTTTATCACACTCCGTGCCATATGG‑AAAAATGGGCTGGACGCTCTACACCCTGGAGCTGTTGCGt > 2:33932/1‑140 (MQ=255) aaCCCGCTGGCTGTGGCGCAAGCTGGACGAAGGCAAAACGTTACCGCTGAAACCGCTGCCGCTGAAAGTGGTTTATCACACTCCGTGCCATATGG‑AAAAATGGGCTGGACGCTCTACACCCTGGAGCTGTTGCGTAACAt > 2:440802/1‑140 (MQ=255) ggCAAAACGTTACCGCTGAAACCGCTGCCGCTGAAAGTGGTTTATCACACTCCGTGCCATATGG‑AAAAATGGGCTGGACGCTCTACACCCTGGAGCTGTTGCGTAACATCCCGGGGCTTGAGTTAACGGTGCTGGATTcc < 1:213566/140‑1 (MQ=255) ggCAAAACGTTACCGCTGAAACCGCTGCCGCTGAAAGTGGTTTATCACACTCCGTGCCATATGG‑AAAAATGGGCTGGACGCTCTACACCCTGGAGCTGTTGCGTAACATCCCGGGGCTTGAGTTAACGGTGCTGGATTcc < 1:440802/140‑1 (MQ=255) aaCGTTACCGCTGAAACCGCTGCCGCTGAAAGTGGTTTATCACACTCCGTGCCATATGG‑AAAAATGGGCTGGACGCTCTACACCCTGGAGCTGTTGCGTAACATCCCGGGGCTTGAGTTAACGGTGCTGGATTCCCAGtg < 1:616147/140‑1 (MQ=255) aaCGTTACCGCTGAAACCGCTGCCGCTGAAAGTGGTTTATCACACTCCGTGCCATATGG‑AAAAATGGGCTGGACGCTCTACACCCTGGAGCTGTTGCGTAACATCCCGGGGCTTGAGTTAACGGTGCTGGATTCCCAGtg < 1:325426/140‑1 (MQ=255) ttACCGCTGAAACCGCTGCCGCTGAAAGTGGTTTATCACACTCCGTGCCATATGG‑AAAAATGGGCTGGACGCTCTACACCCTGGAGCTGTTGCGTAACATCCCGGGGCTTGAGTTAACGGTGCTGGATTCCCAGtgctgc > 2:300646/1‑140 (MQ=255) ttACCGCTGAAACCGCTGCCGCTGAAAGTGGTTTATCACACTCCGTGCCATATGG‑AAAAATGGGCTGGACGCTCTACACCCTGGAGCTGTTGCGTAACATCCCGGGGCTTGAGTTAACGGTGCTGGATTCCCAGtgctgc < 1:300646/140‑1 (MQ=255) cccGCTGAAACCGCTGCCGCTGAAAGTGGTTTATCACACTCCGTGCCATATGGAAAAAATGGGCTGGACGCTCTACACCCTGGAGCTGTTGCGTAACATCCCGGGGCTTGAGTTAACGGTGCTGGATTCCCAGTGCTGCg < 2:430725/139‑1 (MQ=255) cGCTGAAACCGCTGCCGCTGAAAGTGGTTTATCACACTCCGTGCCATATGG‑AAAAATGGGCTGGACGCTCTACACCCTGGAGCTGTTGCGTAACATCCCGGGGCTTGAGTTAACGGTGCTGGATTCCCAGTGCTGCGGTa < 1:257642/140‑1 (MQ=255) aaaCCGCTGCCGCTGAAAGTGGTTTATCACACTCCGTGCCATATGG‑AAAAATGGGCTGGACGCTCTACACCCTGGAGCTGTTGCGTAACATCCCGGGGCTTGAGTTAACGGTGCTGGATTCCCAGTGCTGCGGTATTGCg < 1:33932/140‑1 (MQ=255) tGGTTTATCACACTCCGTGCCATATGG‑AAAAATGGGCTGGACGCTCTACACCCTGGAGCTGTTGCGTAACATCCCGGGGCTTGAGTTAACGGTGCTGGATTCCCAGTGCTGCGGTATTGCGGGTACTTACGGTTTCaaaa > 1:580173/1‑140 (MQ=255) cTCCGTGCCATATGG‑AAAAATGGGCTGGACGCTCTACACCCTGGAGCTGTTGCGTAACATCCCGGGGCTTGAGTTAACGGTGCTGGATTCCCAGTGCTGCGGTATTGCGGGTACTTACGGTTTCAAAAAAGAGAACTAcc > 2:411437/1‑140 (MQ=255) cGTGCCATATGG‑AAAAATGGGCTGGACGCTCTACACCCTGGAGCTGTTGCGTAACATCCCGGGGCTTGAGTTAACGGTGCTGGATTCCCAGTGCTGCGGTATTGCGGGTACTTACGGTTTCAAAAAAGAGAACTAcccc < 1:544510/139‑1 (MQ=255) cGTGCCATATGG‑AAAAATGGGCTGGACGCTCTACACCCTGGAGCTGTTGCGTAACATCCCGGGGCTTGAGTTAACGGTGCTGGATTCCCAGTGCTGCGGTATTGCGGGTACTTACGGTTTCAAAAAAGAGAACTAcccc > 2:544510/1‑139 (MQ=255) tGCCATATGG‑AAAAATGGGCTGGACGCTCTACACCCTGGAGCTGTTGCGTAACATCCCGGGGCTTGAGTTAACGGTGCTGGATTCCCAGTGCTGCGGTATTGCGGGTACTTACGGTTTCAAAAAAGAGAACTACCCCAcc > 1:256868/1‑140 (MQ=255) tGCCATATGG‑AAAAATGGGCTGGACGCTCTACACCCTGGAGCTGTTGCGTAACATCCCGGGGCTTGAGTTAACGGTGCTGGATTCCCAGTGCTGCGGTATTGCGGGTACTTACGGTTTCAAAAAAGAGAACTACCCCAcc > 1:103870/1‑140 (MQ=255) | TCGACAACAAAGGCTTGCGCGATCATATCGAACTGGCAACCCGCTGGCTGTGGCGCAAGCTGGACGAAGGCAAAACGTTACCGCTGAAACCGCTGCCGCTGAAAGTGGTTTATCACACTCCGTGCCATATGGAAAAAATGGGCTGGACGCTCTACACCCTGGAGCTGTTGCGTAACATCCCGGGGCTTGAGTTAACGGTGCTGGATTCCCAGTGCTGCGGTATTGCGGGTACTTACGGTTTCAAAAAAGAGAACTACCCCACC > NC_000913/2356293‑2356555 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |