| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,245,536 | (C)5→6 | coding (1234/1992 nt) | cirA ← | ferric dihyroxybenzoylserine outer membrane transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,245,531 | 1 | . | C | 92.9% | 86.3 / 0.4 | 28 | coding (1239/1992 nt) | cirA | ferric dihyroxybenzoylserine outer membrane transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/0); new base C (14/12); total (16/12) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.92e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.52e-01 | |||||||||||
AAGCCCCAGCTCCCAACTTTCGCTGGTTTCTGGTTTCAGATCCGGGCTACCCACAATCTTACATGCGCCACGGCAGGAATTGCTCGTCCAGTCAGGGCTAAGTTGCAACAGAGAAGGTGCTTTAAATGCCGTCGCCCAG‑CCCCCTTTCACCGTTACGGTGTCGGTGGCGTTATAAACCAGGTAGGCACGCGGACTCCAGTGTTCACCGTAGGTTTCGTGATCGTCCATACGCACGCCGGTCGTCAGCGCCAGCGGCTCGAAGATCCGCC > NC_000913/2245393‑2245661 | aaGCCCCAGCTCCCAACTTTCGCTGGTTTCTGGTTTCAGATCCGGGCTACCCACAATCTTACATGCGCCACGGCAGGAATTGCTCGTCCAGTCAGGGCTAAGTTGCAACAGAGAAGGTGCTTTAAATGCCGTCGCCCAG‑c > 1:586120/1‑140 (MQ=255) aGCCCCAGCTCCCAACTTTCGCTGGTTTCTGGTTTCAGATCCGGGCTACCCACAATCTTACATGCGCCACGGCAGGAATTGCTCGTCCAGTCAGGGCTAAGTTGCAACAGAGAAGGTGCTTTAAATGCCGTCGCCCAG‑cc > 2:232407/1‑140 (MQ=255) ccccAGCTCCCAACTTTCGCTGGTTTCTGGTTTCAGATCCGGGCTACCCACAATCTTACATGCGCCACGGCAGGAATTGCTCGTCCAGTCAGGGCTAAGTTGCAACAGAGAAGGTGCTTTAAATGCCGTCGCCCAG‑cccc > 2:484980/1‑140 (MQ=255) ccccAGCTCCCAACTTTCGCTGGTTTCTGGTTTCAGATCCGGGCTACCCACAATCTTACATGCGCCACGGCAGGAATTGCTCGTCCAGTCAGGGCTAAGTTGCAACAGAGAAGGTGCTTTAAATGCCGTCGCCCAG‑cccc > 1:39984/1‑140 (MQ=255) ccccAGCTCCCAACTTTCGCTGGTTTCTGGTTTCAGATCCGGGCTACCCACAATCTTACATGCGCCACGGCAGGAATTGCTCGTCCAGTCAGGGCTAAGTTGCAACAGAGAAGGTGCTTTAAATGCCGTCGCCCAG‑cccc > 1:478912/1‑140 (MQ=255) ccccAGCTCCCAACTTTCGCTGGTTTCTGGTTTCAGATCCGGGCTACCCACAATCTTACATGCGCCACGGCAGGAATTGCTCGTCCAGTCAGGGCTAAGTTGCAACAGAGAAGGTGCTTTAAATGCCGTCGCCCAG‑cccc > 2:25153/1‑140 (MQ=255) ccAGCTCCCAACTTTCGCTGGTTTCTGGTTTCAGATCCGGGCTACCCACAATCTTACATGCGCCACGGCAGGAATTGCTCGTCCAGTCAGGGCTAAGTTGCAACAGAGAAGGTGCTTTAAATGCCGTCGCCCAG‑cccccc > 2:506856/1‑139 (MQ=255) ccAGCTCCCAACTTTCGCTGGTTTCTGGTTTCAGATCCGGGCTACCCACAATCTTACATGCGCCACGGCAGGAATTGCTCGTCCAGTCAGGGCTAAGTTGCAACAGAGAAGGTGCTTTAAATGCCGTCGCCCAG‑cccccc > 2:325202/1‑139 (MQ=255) gCTCCCAACTTTCGCTGGTTTCTGGTTTCAGATCCGGGCTACCCACAATCTTACATGCGCCACGGCAGGAATTGCTCGTCCAGTCAGGGCTAAGTTGCAACAGAGAAGGTGCTTTAAATGCCGTCGCCCAG‑CCCCCcttt > 1:190046/1‑139 (MQ=255) gCTCCCAACTTTCGCTGGTTTCTGGTTTCAGATCCGGGCTACCCACAATCTTACATGCGCCACGGCAGGAATTGCTCGTCCAGTCAGGGCTAAGTTGCAACAGAGAAGGTGCTTTAAATGCCGTCGCCCAG‑CCCCCcttt > 2:504484/1‑139 (MQ=255) tctggtttcAGATCCGGGCTACCCACAATCTTACATGCGCCACGGCAGGAATTGCTCGTCCAGTCAGGGCTAAGTTGCAACAGAGAAGGTGCTTTAAATGCCGTCGCCCAGCCCCCCTTTCACCGTTACGGTGTCGGTgg < 2:727834/140‑1 (MQ=255) tctggtttcAGATCCGGGCTACCCACAATCTTACATGCGCCACGGCAGGAATTGCTCGTCCAGTCAGGGCTAAGTTGCAACAGAGAAGGTGCTTTAAATGCCGTCGCCCAGCCCCCCTTTCACCGTTACGGTGTCGGTgg < 2:190046/140‑1 (MQ=255) gtttcAGATCCGGGCTACCCACAATCTTACATGCGCCACGGCAGGAATTGCTCGTCCAGTCAGGGCTAAGTTGCAACAGAGAAGGTGCTTTAAATGCCGTCGCCCAGCCCCCCTTTCACCGTTACGGTGTCGGTGGCGtt < 1:506856/140‑1 (MQ=255) tcAGATCCGGGCTACCCACAATCTTACATGCGCCACGGCAGGAATTGCTCGTCCAGTCAGGGCTAAGTTGCAACAGAGAAGGTGCTTTAAATGCCGTCGCCCAGCCCCCCTTTCACCGTTACGGTGTCGGTGGCGTtata > 2:171563/1‑140 (MQ=255) aGATCCGGGCTACCCACAATCTTACATGCGCCACGGCAGGAATTGCTCGTCCAGTCAGGGCTAAGTTGCAACAGAGAAGGTGCTTTAAATGCCGTCGCCCAGCCCCCCTTTCACCGTTACGGTGTCGGTGGCGTTATaaa < 1:171563/140‑1 (MQ=255) tACCCACAATCTTACATGCGCCACGGCAGGAATTGCTCGTCCAGTCAGGGCTAAGTTGCAACAGAGAAGGTGCTTTAAATGCCGTCGCCCAGCCCCCCTTTCACCGTTACGGTGTCGGTGGCGTTATAAACCAGGTAGGc > 2:242138/1‑140 (MQ=255) aaTCTTACATGCGCCACGGCAGGAATTGCTCGTCCAGTCAGGGCTAAGTTGCAACAGAGAAGGTGCTTTAAATGCCGTCGCCCAGCCCCCCTTTCACCGTTACGGTGTCGGTGGCGTTATAAACCAGGTAGGCACGCGGa < 2:586120/140‑1 (MQ=255) tACATGCGCCACGGCAGGAATTGCTCGTCCAGTCAGGGCTAAGTTGCAACAGAGAAGGTGCTTTAAATGCCGTCGCCCAGCCCCCCTTTCACCGTTACGGTGTCGGTGGCGTTATAAACCAGGTAGGCACGCGGACTCCa > 1:506846/1‑140 (MQ=255) gcgcCACGGCAGGAATTGCTCGTCCAGTCAGGGCTAAGTTGCAACAGAGAAGGTGCTTTAAATGCCGTCGCCCAGCCCCCCTTTCACCGTTACGGTGTCGGTGGCGTTATAAACCAGGTAGGCACGCGGACTCCAGTGtt < 2:159646/140‑1 (MQ=255) gcCACGGCAGGAATTGCTCGTCCAGTCAGGGCTAAGTTGCAACAGAGAAGGTGCTTTAAATGCCGTCGCCCAGCCCCCCTTTCACCGTTACGGTGTCGGTGGCGTTATAAACCAGGTAGGCACGCGGACTCCAGTGTTCa > 1:599733/1‑140 (MQ=255) cACGGCAGGAATTGCTCGTCCAGTCAGGGCTAAGTTGCAACAGAGAAGGTGCTTTAAATGCCGTCGCCCAGCCCCCCTTTCACCGTTACGGTGTCGGTGGCGTTATAAACCAGGTAGGCACGCGGACTCCAGTGTTCAcc > 1:683207/1‑140 (MQ=255) cGGCAGGAATTGCTCGTCCAGTCAGGGCTAAGTTGCAACAGAGAAGGTGCTTTAAATGCCGTCGCCCAGCCCCCCTTTCACCGTTACGGTGTCGGTGGCGTTATAAACCAGGTAGGCACGCGGACTCCAGTGTTCACCGt < 1:504484/140‑1 (MQ=255) gCTCGTCCAGTCAGGGCTAAGTTGCAACAGAGAAGGTGCTTTAAATGCCGTCGCCCAGCCCCCCTTTCACCGTTACGGTGTCGGTGGCGTTATAAACCAGGTAGGCACGCGGACTCCAGTGTTCACCGTAGGTTTCGTGa > 2:559920/1‑140 (MQ=255) cTCGTCCAGTCAGGGCTAAGTTGCAACAGAGAAGGTGCTTTAAATGCCGTCGCCCAGCCCCCCTTTCACCGTTACGGTGTCGGTGGCGTTATAAACCAGGTAGGCACGCGGACTCCAGTGTTCACCGTAGGTTTCGTGAt > 1:11522/1‑140 (MQ=255) cTCGTCCAGTCAGGGCTAAGTTGCAACAGAGAAGGTGCTTTAAATGCCGTCGCCCAGCCCCCCTTTCACCGTTACGGTGTCGGTGGCGTTATAAACCAGGTAGGCACGCGGACTCCAGTGTTCACCGTAGGTTTCGTGAt > 2:284808/1‑140 (MQ=255) cTCGTCCAGTCAGGGCTAAGTTGCAACAGAGAAGGTGCTTTAAATGCCGTCGCCCAGCCCCCCTTTCACCGTTACGGTGTCGGTGGCGTTATAAACCAGGTAGGCACGCGGACTCCAGTGTTCACCGTAGGTTTCGTGAt < 1:484980/140‑1 (MQ=255) cTCGTCCAGTCAGGGCTAAGTTGCAACAGAGAAGGTGCTTTAAATGCCGTCGCCCAGCCCCCCTTTCACCGTTACGGTGTCGGTGGCGTTATAAACCAGGTAGGCACGCGGACTCCAGTGTTCACCGTAGGTTTCGTGAt < 1:325202/140‑1 (MQ=255) ggCTAAGTTGCAACAGAGAAGGTGCTTTAAATGCCGTCGCCCAGCCCCCCTTTCACCGTTACGGTGTCGGTGGCGTTATAAACCAGGTAGGCACGCGGACTCCAGTGTTCACCGTAGGTTTCGTGAt > 2:396440/1‑127 (MQ=255) ggCTAAGTTGCAACAGAGAAGGTGCTTTAAATGCCGTCGCCCAGCCCCCCTTTCACCGTTACGGTGTCGGTGGCGTTATAAACCAGGTAGGCACGCGGACTCCAGTGTTCACCGTAGGTTTCGTGAt < 1:396440/127‑1 (MQ=255) aaGTTGCAACAGAGAAGGTGCTTTAAATGCCGTCGCCCAGCCCCCCTTTCACCGTTACGGTGTCGGTGGCGTTATAAACCAGGTAGGCACGCGGACTCCAGTGTTCACCGTAGGTTTCGTGATCGTCCATACGCACGCCg < 2:599733/140‑1 (MQ=255) cAACAGAGAAGGTGCTTTAAATGCCGTCGCCCAGCCCCCCTTTCACCGTTACGGTGTCGGTGGCGTTATAAACCAGGTAGGCACGCGGACTCCAGTGTTCACCGTAGGTTTCGTGATCGTCCATACGCACGCCGgtcgtc > 1:679888/1‑140 (MQ=255) gaAGGTGCTTTAAATGCCGTCGCCCAGCCCCCCTTTCACCGTTACGGTGTCGGTGGCGTTATAAACCAGGTAGGCACGCGGACTCCAGTGTTCACCGTAGGTTTCGTGATCGTCCATACGCACGCCGGTCGTCAGCGCCa < 2:683207/140‑1 (MQ=255) gTGCTTTAAATGCCGTCGCCCAGCCCCCCTTTCACCGTTACGGTGTCGGTGGCGTTATAAACCAGGTAGGCACGCGGACTCCAGTGTTCACCGTAGGTTTCGTGATCGTCCATACGCACGCCGGTCGTCAGCGCCAGCgg > 2:371608/1‑140 (MQ=255) gCCGTCGCCCAGCCCCCCTTTCACCGTTACGGTGTCGGTGGCGTTATAAACCAGGTAGGCACGCGGACTCCAGTGTTCACCGTAGGTTTCGTGATCGTCCATACGCACGCCGGTCGTCAGCGCCAGCGGCTCGAAGATcc > 1:211523/1‑140 (MQ=255) gTCGCCCAGCCCCCCTTTCACCGTTACGGTGTCGGTGGCGTTATAAACCAGGTAGGCACGCGGACTCCAGTGTTCACCGTAGGTTTCGTGATCGTCCATACGCACGCCGGTCGTCAGCGCCAGCGGCTCGAAGATCCGcc > 2:397178/1‑140 (MQ=255) gTCGCCCAGCCCCCCTTTCACCGTTACGGTGTCGGTGGCGTTATAAACCAGGTAGGCACGCGGACTCCAGTGTTCACCGTAGGTTTCGTGATCGTCCATACGCACGCCGGTCGTCAGCGCCAGCGGCTCGAAGATCCGcc > 2:129946/1‑140 (MQ=255) | AAGCCCCAGCTCCCAACTTTCGCTGGTTTCTGGTTTCAGATCCGGGCTACCCACAATCTTACATGCGCCACGGCAGGAATTGCTCGTCCAGTCAGGGCTAAGTTGCAACAGAGAAGGTGCTTTAAATGCCGTCGCCCAG‑CCCCCTTTCACCGTTACGGTGTCGGTGGCGTTATAAACCAGGTAGGCACGCGGACTCCAGTGTTCACCGTAGGTTTCGTGATCGTCCATACGCACGCCGGTCGTCAGCGCCAGCGGCTCGAAGATCCGCC > NC_000913/2245393‑2245661 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |