| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,096,185 | Δ1 bp | coding (366/567 nt) | yggT → | uncharacterized protein YggT |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,096,182 | 0 | G | . | 96.2% | 100.5 / ‑1.4 | 26 | coding (363/567 nt) | yggT | uncharacterized protein YggT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base . (13/12); total (14/12) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.69e-01 | |||||||||||
GCCATCGTGCTGTTTAAAGTGGTGACCTTCCTGCCAATCATCTGGATTGCCGGTTTACTGATTCTGCTGAAAACCATCGGCCTGCTGATTTTCTGGGTCCTGCTGGTGATGGCGATTATGAGCTGGGTAAGCCAGGGGCGTAGCCCGATTGAATACGTGCTGATTCAGCTGGCCGATCCGCTGCTGCGCCCGATTCGCCGCCTGCTACCGGCAATGGGTGGGATTGATTTCTCGCCGATGATCCTCGTTCTGCTGCTGTATGT > NC_000913/3096048‑3096310 | gCCATCGTGCTGTTTAAAGTGGTGACCTTCCTGCCAATCATCTGGATTGCCGGTTTACTGATTCTGCTGAAAACCATCGGCCTGCTGATTTTCTGGGTCCTGCTGGTGATGGCGATTATGAGCTGGGTAAGCCAgggcgt > 1:495918/1‑137 (MQ=255) tCGTGCTCTTTAAAGTGGTGACCTTCCTGCCAATCATCTGGATTGCCGGTTTACTGATTCTGCTGAAAACCATCGGCCTGCTGATTTTCTGGGTCCTGCTGGTGATGGCGATTATGAGCTGGGTAAGCCA‑GGGCGTAGcc < 1:280236/140‑1 (MQ=255) gCTGTTTAAAGTGGTGACCTTCCTGCCAATCATCTGGATTGCCGGTTTACTGATTCTGCTGAAAACCATCGGCCTGCTGATTTTCTGGGTCCTGCTGGTGATGGCGATTATGAGCTGGGTAAGCCA‑GGGCGTAGCCCGAt < 2:168473/140‑1 (MQ=255) gtggtgACCTTCCTGCCAATCATCTGGATTGCCGGTTTACTGATTCTGCTGAAAACCATCGGCCTGCTGATTTTCTGGGTCCTGCTGGTGATGGCGATTATGAGCTGGGTAAGCCA‑GGGCGTAGCCCGATTGAATACGTg > 2:175458/1‑140 (MQ=255) ggtgACCTTCCTGCCAATCATCTGGATTGCCGGTTTACTGATTCTGCTGAAAACCATCGGCCTGCTGATTTTCTGGGTCCTGCTGGTGATGGCGATTATGAGCTGGGTAAGCCA‑GGGCGTAGCCCGATTGAAt > 2:327864/1‑133 (MQ=255) ggtgACCTTCCTGCCAATCATCTGGATTGCCGGTTTACTGATTCTGCTGAAAACCATCGGCCTGCTGATTTTCTGGGTCCTGCTGGTGATGGCGATTATGAGCTGGGTAAGCCA‑GGGCGTAGCCCGATTGAAt < 1:327864/133‑1 (MQ=255) tgACCTTCCTGCCAATCATCTGGATTGCCGGTTTACTGATTCTGCTGAAAACCATCGGCCTGCTGATTTTCTGGGTCCTGCTGGTGATGGCGATTATGAGCTGGGTAAGCCA‑GGGCGTAGCCCGATTGAATACGTGCTGa > 2:221833/1‑140 (MQ=255) aCCTTCCTGCCAATCATCTGGATTGCCGGTTTACTGATTCTGCTGAAAACCATCGGCCTGCTGATTTTCTGGGTCCTGCTGGTGATGGCGATTATGAGCTGGGTAAGCCA‑GGGCGTAGCCCGATTGAATACGTGCTGAtt > 1:154446/1‑140 (MQ=255) aCCTTCCTGCCAATCATCTGGATTGCCGGTTTACTGATTCTGCTGAAAACCATCGGCCTGCTGATTTTCTGGGTCCTGCTGGTGATGGCGATTATGAGCTGGGTAAGCCA‑GGGCGTAGCCCGATTGAATACGTGCTGAtt < 2:112879/140‑1 (MQ=255) aCCTTCCTGCCAATCATCTGGATTGCCGGTTTACTGATTCTGCTGAAAACCATCGGCCTGCTGATTTTCTGGGTCCTGCTGGTGATGGCGATTATGAGCTGGGTAAGCCA‑GGGCGTAGCCCGATTGAATACGTGCTGAtt > 1:16921/1‑140 (MQ=255) ccTGCCAATCATCTGGATTGCCGGTTTACTGATTCTGCTGAAAACCATCGGCCTGCTGATTTTCTGGGTCCTGCTGGTGATGGCGATTATGAGCTGGGTAAGCCA‑GGGCGTAGCCCGATTGAATACGTGCTGATTCAGCt < 1:333158/140‑1 (MQ=255) atcatcTGGATTGCCGGTTTACTGATTCTGCTGAAAACCATCGGCCTGCTGATTTTCTGGGTCCTGCTGGTGATGGCGATTATGAGCTGGGTAAGCCA‑GGGCGTAGCCCGATTGAATACGTGCTGATTCAGCTGGCCGAt > 1:437465/1‑140 (MQ=255) tGCCGGTTTACTGATTCTGCTGAAAACCATCGGCCTGCTGATTTTCTGGGTCCTGCTGGTGATGGCGATTATGAGCTGGGTAAGCCA‑GGGCGTAGCCCGATTGAATACGTGCTGATTCAGCTGGCCGATCCGCTGCTgcg < 2:296879/140‑1 (MQ=255) ggTTTACTGATTCTGCTGAAAACCATCGGCCTGCTGATTTTCTGGGTCCTGCTGGTGATGGCGATTATGAGCTGGGTAAGCCA‑GGGCGTAGCCCGATTGAATACGTGCTGATTCAGCTGGCCGATCCGCTGCTGCGCCCg > 2:462776/1‑140 (MQ=255) gTTTACTGATTCTGCTGAAAACCATCGGCCTGCTGATTTTCTGGGTCCTGCTGGTGATGGCGATTATGAGCTGGGTAAGTCA‑GGGCGTAGCCCGATTGAATACGTGCTGATTCAGCTGGCCGATCCGCTGCTGCGCCCGa > 2:487024/1‑140 (MQ=255) ttACTGATTCTGCTGAAAACCATCGGCCTGCTGATTTTCTGGGTCCTGCTGGTGATGGCGATTATGAGCTGGGTAAGCCA‑GGGCGTAGCCCGATTGAATACGTGCTGATTCAGCTGGCCGATCCGCTGCTGCGCCCGAtt > 1:335425/1‑140 (MQ=255) tCTGCTGAAAACCATCGGCCTGCTGATTTTCTGGGTCCTGCTGGTGATGGCGATTATGAGCTGGGTAAGCCA‑GGGCGTAGCCCGATTGAATACGTGCTGATTCAGCTGGCCGATCCGCTGCTGCGCCCGATTCGCCGCCt > 2:546828/1‑140 (MQ=255) ctgAAAACCATCGGCCTGCTGATTTTCTGGGTCCTGCTGGTGATGGCGATTATGAGCTGGGTAAGCCA‑GGGCGTAGCCCGATTGAATACGTGCTGATTCAGCTGGCCGATCCGCTGCTGCGCCCGATTCGCCGCCTGCTa < 1:49932/140‑1 (MQ=255) ctgAAAACCATCGGCCTGCTGATTTTCTGGGTCCTGCTGGTGATGGCGATTATGAGCTGGGTAAGCCA‑GGGCGTAGCCCGATTGAATACGTGCTGATTCAGCTGGCCGATCCGCTGCTGCGCCCGATTCGCCGCCTGCTa < 1:175458/140‑1 (MQ=255) tgctgATTTTCTGGGTCCTGCTGGTGATGGCGATTATGAGCTGGGTAAGCCA‑GGGCGTAGCCCGATTGAATACGTGCTGATTCAGCTGGCCGATCCGCTGCTGCGCCCGATTCGCCGCCTGCTACCGGCAATGGGTGGga < 1:357526/140‑1 (MQ=255) tCTGGGTCCTGCTGGTGATGGCGATTATGAGCTGGGTAAGCCA‑GGGCGTAGCCCGATTGAATACGTGCTGATTCAGCTGGCCGATCCGCTGCTGCGCCCGATTCGCCGCCTGCTACCGGCAATGGGTGGGATTGATTtct < 2:335425/140‑1 (MQ=255) gggTCCTGCTGGTGATGGCGATTATGAGCTGGGTAAGCCAGGGGCGTAGCCCGATTGAATACGTGCTGATTCAGCTGGCCGATCCGCTGCTGCGCCCGATTCGCCGCCTGCTACCGGCAATGGGTGGGATTGATTTCTCg > 1:238952/1‑140 (MQ=255) tCCTGCTGGTGATGGCGATTATGAGCTGGGTAAGCCA‑GGGCGTAGCCCGATTGAATACGTGCTGATTCAGCTGGCCGATCCGCTGCTGCGCCCGATTCGCCGCCTGCTACCGGCAATGGGTGGGATTGATTTCTCGCCga > 2:151611/1‑140 (MQ=255) gATGGCGATTATGAGCTGGGTAAGCCA‑GGGCGTAGCCCGATTGAATACGTGCTGATTCAGCTGGCCGATCCGCTGCTGCGCCCGATTCGCCGCCTGCTACCGGCAATGGGTGGGATTGATTTCTCGCCGATGATCCTCGt < 1:462776/140‑1 (MQ=255) cGATTATGAGCTGGGTAAGCCA‑GGGCGTAGCCCGATTGAATACGTGCTGATTCAGCTGGCCGATCCGCTGCTGCGCCCGATTCGCCGCCTGCTACCGGCAATGGGTGGGATTGATTTCTCGCCGATGATCCTCGTTctgc > 1:103120/1‑140 (MQ=255) tGAGCTGGGTAAGCCA‑GGGCGTAGCCCGATTGAATACGTGCTGATTCAGCTGGCCGATCCGCTGCTGCGCCCGATTCGCCGCCTGCTACCGGCAATGGGTGGGATTGATTTCTCGCCGATGATCCTCGTTCTGCTGCTGt < 2:154446/140‑1 (MQ=255) cTGGGTAAGCCA‑GGGCGTAGCCCGATTGAATACGTGCTGATTCAGCTGGCCGATCCGCTGCTGCGCCCGATTCGCCGCCTGCTACCGGCAATGGGTGGGATTGATTTCTCGCCGATGATCCTCGTTCTGCTGCTGTATGt > 1:218763/1‑140 (MQ=255) | GCCATCGTGCTGTTTAAAGTGGTGACCTTCCTGCCAATCATCTGGATTGCCGGTTTACTGATTCTGCTGAAAACCATCGGCCTGCTGATTTTCTGGGTCCTGCTGGTGATGGCGATTATGAGCTGGGTAAGCCAGGGGCGTAGCCCGATTGAATACGTGCTGATTCAGCTGGCCGATCCGCTGCTGCGCCCGATTCGCCGCCTGCTACCGGCAATGGGTGGGATTGATTTCTCGCCGATGATCCTCGTTCTGCTGCTGTATGT > NC_000913/3096048‑3096310 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |