| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,606,161 | (A)7→8 | coding (62/876 nt) | lsrF → | 3‑hydroxy‑2,4‑pentadione 5‑phosphate thiolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,606,154 | 1 | . | A | 95.2% | 359.0 / 7.5 | 105 | coding (55/876 nt) | lsrF | 3‑hydroxy‑2,4‑pentadione 5‑phosphate thiolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (4/1); new base A (59/41); total (63/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.46e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.53e-01 | |||||||||||
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
CTGTTACCGGAGCGCGTGATATTCAACAAAGAGAATATCGGCAAATACGATTTCTGATGTGCATTACTTAACCGGAGTAAGTTATGGCAGATTTAGACGATATTAAAGATGGTAAAGATTTTCGTACCGATCAACCGC‑AAAAAAA‑TATCCCTTTTACCCTGAAAGGTTGCGGTGCGCTGGATTGGGGAATGCAGTCACGCTTATCGCGGATATTTAATCCGAAAACGGGTAAAACCGTGATGCTGGCTTTTGACCATGGTTATTTTCAGGGA > NC_000913/1606017‑1606288 | cTGTTACCGGAGCGCGTGATATTCAACAAAGAGAATATCGGCAAATACGATTTCTGATGTGCATTACTTAACCGGAGTAAGTTATGGCAGATTTAGACGATATTAAAGATGGTAAAGATTTTCGTACCGATCAACCGC‑aa < 2:602834/140‑1 (MQ=255) aCCGGAGCGCGTGATATTCAACAAAGAGAATATCGGCAAATACGATTTCTGATGTGCATTACTTAACCGGAGTAAGTTATGGCAGATTTAGACGATATTAAAGATGGTAAAGATTTTCGTACCGATCAACCGC‑aaaaaaa > 1:553401/1‑140 (MQ=255) ccGGAGCGCGTGATATTCAACAAAGAGAATATCGGCAAATACGATTTCTGATGTGCATTACTTAACCGGAGTAAGTTATGGCAGATTTAGACGATATTAAAGATGGTAAAGATTTTCGTACCGATCAACCGC‑aaaaaaaa > 1:1319794/1‑139 (MQ=255) aGCGCGTGATATTCAACAAAGAGAATATCGGCAAATACGATTTCTGATGTGCATTACTTAACCGGAGTAAGTTATGGCAGATTTAGACGATATTAAAGATGGTAAAGATTTTCGTACCGATCAACCGC‑aaaaaaaatatc > 2:1534137/1‑135 (MQ=255) 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2:569747/140‑1 (MQ=255) aTCAACCGCAAAAAAAA‑TATCCCTTTTACCCTGAAAGGTTGCGGTGCGCTGGATTGGGGAATGCAGTCACGCTTATCGCGGATATTTAATCCGAAAACGGGTAAAACCGTGATGCTGGCTTTTGACCATGGTTATTTTCa > 2:422313/1‑140 (MQ=255) aTCAACCGC‑AAAAAAA‑TATCCCTTTTACCCTGAAAGGTTGCGGTGCGCTGGATTGGGGAATGCAGTCACGCTTATCGCGGATATTTAATCCGAAAACGGGTAAAACCGTGATGCTGGCTTTTGACCATGGTTATTTTCAg > 1:873750/1‑140 (MQ=255) aCCGCAAAAAAAA‑TATCCCTTTTACCCTGAAAGGTTGCGGTGCGCTGGATTGGGGAATGCAGTCACGCTTATCGCGGATATTTAATCCGAAAACGGGTAAAACCGTGATGCTGGCTTTTGACCATGGTTATTTTCAGGGa < 1:1400805/140‑1 (MQ=255) ccGC‑AAAAAAA‑TATCCCTTTTACCCTGAAAGGTTGCGGTGCGCTGGATTGGGGAATGCAGTCACGCTTATCGCGGATATTTAATCCGAAAACGGGTAAAACCGTGATGCTGGCTTTTGACCATGGt > 1:900010/1‑126 (MQ=255) ccGC‑AAAAAAA‑TATCCCTTTTACCCTGAAAGGTTGCGGTGCGCTGGATTGGGGAATGCAGTCACGCTTATCGCGGATATTTAATCCGAAAACGGGTAAAACCGTGATGCTGGCTTTTGACCATGGt < 2:900010/126‑1 (MQ=255) | CTGTTACCGGAGCGCGTGATATTCAACAAAGAGAATATCGGCAAATACGATTTCTGATGTGCATTACTTAACCGGAGTAAGTTATGGCAGATTTAGACGATATTAAAGATGGTAAAGATTTTCGTACCGATCAACCGC‑AAAAAAA‑TATCCCTTTTACCCTGAAAGGTTGCGGTGCGCTGGATTGGGGAATGCAGTCACGCTTATCGCGGATATTTAATCCGAAAACGGGTAAAACCGTGATGCTGGCTTTTGACCATGGTTATTTTCAGGGA > NC_000913/1606017‑1606288 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |