| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,867,926 | (C)6→8 | coding (828/1140 nt) | nlpD ← | murein hydrolase activator NlpD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,867,920 | 1 | . | C | 100.0% | 174.9 / NA | 50 | G278G (GGC→GGG) | nlpD | murein hydrolase activator NlpD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/0); new base C (29/21); total (29/21) | |||||||||||
| * | NC_000913 | 2,867,920 | 2 | . | C | 100.0% | 176.4 / NA | 50 | G278G (GGC→GGG) | nlpD | murein hydrolase activator NlpD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/0); new base C (29/21); total (29/21) | |||||||||||
TCAGGTAATCATCATTATGTTTGATGATAATCAGATTACCGTAGCCGCGCAGCGCGTTACCAGCATAAACAACGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTG‑‑‑CCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAGCGCCAGGTGGAGATAGGCGTACTGGTTGATGTACTGCTGACAGTCGGCTCGGTTGTGCTTGCTGTTGGTACCGTTACA > NC_000913/2867784‑2868049 || tCAGGTAATCATCATTATGTTTGATGATAATCAGATTACCGTAGCCGCGCAGCGCGTTACCAGCATAAACAACGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTG‑‑‑ccc > 1:83233/1‑140 (MQ=255)tCAGGTAATCATCATTATGTTTGATGATAATCAGATTACCGTAGCCGCGCAGCGCGTTACCAGCATAAACAACGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTG‑‑‑cc < 2:578307/139‑1 (MQ=255)tCAGGTAATCATCATTATGTTTGATGATAATCAGATTACCGTAGCCGCGCAGCGCGTTACCAGCATAAACAACGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTG‑‑‑cc > 1:578307/1‑139 (MQ=255) cAGGTAATCATCATTATGTTTGATGATAATCAGATTACCGTAGCCGCGCAGCGCGTTACCAGCATAAACAACGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTG‑‑‑cccc < 2:419968/140‑1 (MQ=255) aaTCATCATTATGTTTGATGATAATCAGATTACCGTAGCCGCGCAGCGCGTTACCAGCATAAACAACGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTG‑‑‑ccccccctc > 1:1116342/1‑137 (MQ=255) tcatcaTTATGTTTGATGATAATCAGATTACCGTAGCCGCGCAGCGCGTTACCAGCATAAACAACGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTG‑‑‑ccccccctcag < 2:1116342/140‑6 (MQ=255) atcatTATGTTTGATGATAATCAGATTACCGTAGCCGCGCAGCGCGTTACCAGCATAAACAACGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTG‑‑‑cccccccctcaga < 1:799821/140‑8 (MQ=255) atcatTATGTTTGATGATAATCAGATTACCGTAGCCGCGCAGCGCGTTACCAGCATAAACAACGCGGCCAACTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTG‑‑‑cccccccctcaga > 1:1044014/1‑133 (MQ=255) gTTTGATGATAATCAGATTACCGTAGCCGCGCAGCGCGTTACCAGCATAAACAACGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCC‑CCCCCCTCAGAAGCGCCaa > 2:618912/1‑140 (MQ=255) ttGATGATAATCAGATTACCGTAGCCGCGCAGCGCGTTACCAGCATAAACAACGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCC‑CCCCCCTCAGAAGCGCCAAAg < 2:1359916/140‑1 (MQ=255) gatgatAATCAGATTACCGTAGCCGCGCAGCGCGTTACCAGCATAAACAACGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCC‑CCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGt > 1:114793/1‑140 (MQ=255) gatAATCAGATTACCGTAGCCGCGCAGCGCGTTACCAGCATAAACAACGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCC‑CCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTc > 1:368310/1‑140 (MQ=255) aTCAGATTACCGTAGCCGCGCAGCGCGTTACCAGCATAAACAACGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCC‑CCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATc > 1:436932/1‑140 (MQ=255) aGATTACCGTAGCCGCGCAGCGCGTTACCAGCATAAACAACGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCC‑CCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACt < 2:114793/140‑1 (MQ=255) aCCGTAGCCGCGCAGCGCGTTACCAGCATAAACAACGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCC‑CCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGcc < 2:499323/140‑1 (MQ=255) cGTAGCCGCGCAGCGCGTTACCAGCATAAACAACGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCC‑CCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGcc > 2:598784/1‑138 (MQ=255) cGTAGCCGCGCAGCGCGTTACCAGCATAAACAACGCGGCCATCTGCAGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCC‑CCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGcc < 1:598784/138‑1 (MQ=255) tAGCCGCGCAGCGCGTTACCAGCATAAACAACGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCCCCCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTc > 2:1548309/1‑140 (MQ=255) tAGCCGCGCAGCGCGTTACCAGCATAAACAACGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCC‑CCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCa > 1:4856/1‑140 (MQ=255) ccGCGCAGCGCGTTACCAGCATAAACAACGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCC‑CCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTc > 1:42689/1‑140 (MQ=255) ccGCGCAGCGCGTTACCAGCATAAACAACGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCC‑CCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTc > 1:1326203/1‑140 (MQ=255) ccGCGCAGCGCGTTACCAGCATAAACAACGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCC‑CCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTc > 2:801202/1‑140 (MQ=255) ccGCGCAGCGCGTTACCAGCATAAACAACGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCC‑CCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTc > 2:1570566/1‑140 (MQ=255) cgcAGCGCGTTACCAGCATAAACAACGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCC‑CCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGc < 2:42689/140‑1 (MQ=255) gcAGCGCGTTACCAGCATAAACAACGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCC‑CCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGcc > 1:1416307/1‑140 (MQ=255) gcAGCGCGTTACCAGCATAAACAACGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCC‑CCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGcc > 1:2463/1‑140 (MQ=255) cAGCGCGTTACCAGCATAAACAACGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCC‑CCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCa < 2:1326203/140‑1 (MQ=255) aCCAGCATAAACAACGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCC‑CCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAGCGCCAGGt < 2:387133/140‑1 (MQ=255) gCATAAACAACGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCC‑CCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAGCGCCAGGTGgag > 2:490254/1‑140 (MQ=255) cATAAACAACGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCC‑CCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAGCGCCAGGTGgaga > 2:229233/1‑140 (MQ=255) aacaacGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCC‑CCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAGCGCCAGGTGGAGATAgg > 2:1445568/1‑140 (MQ=255) acGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCC‑CCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAGCGCCAGGTGGAGATAGGCGTa < 2:1474710/140‑1 (MQ=255) cgcgGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCC‑CCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAGCGCCAGGTGGAGATAGGCGTAc > 1:1341681/1‑140 (MQ=255) cgcgGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCC‑CCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAGCGCCAGGTGGAGATAGGCGTAc > 2:1229924/1‑140 (MQ=255) gcgGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCC‑CCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAGCGCCAGGTGGAGATAGGCGTACt > 2:1192151/1‑140 (MQ=255) gcgGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCC‑CCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAGCGCCAGGTGGAGATAGGCGTACt > 1:708026/1‑140 (MQ=255) gcgGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCC‑CCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAGCGCCAGGTGGAGATAGGCGTACt < 1:490254/140‑1 (MQ=255) gcgGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCC‑CCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAGCGCCAGGTGGAGATAGGCGTACt < 2:4856/140‑1 (MQ=255) gcgGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCC‑CCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAGCGCCAGGTGGAGATAGGCGTACt > 2:1014936/1‑140 (MQ=255) cgGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCC‑CCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAGCGCCAGGTGGAGATAGGCGTACTg > 2:1423124/1‑140 (MQ=255) gCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCC‑CCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAGCGCCAGGTGGAGATAGGCGTACTGGt < 1:825050/140‑1 (MQ=255) tCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCC‑CCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAGCGCCAGGTGGAGATAGGCGTACTGGTTGAt < 2:368310/140‑1 (MQ=255) gCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCC‑CCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAGCGCCAGGTGGAGATAGGCGTACTGGTTGATGTa < 2:708026/140‑1 (MQ=255) cGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCC‑CCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAGCGCCAGGTGGAGATAGGCGTACTGGTTGATGTAc < 2:1416307/140‑1 (MQ=255) aTAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCC‑CCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAGCGCCAGGTGGAGATAGGCGTACTGGTTGATGTACTGCTGACa > 2:1386148/1‑140 (MQ=255) tGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCC‑CCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTGGGCCAGCGCCAGGTGGAGATAGGCGTACTGGTTGATGTACTGCTGACAGTCgg > 2:1008662/1‑140 (MQ=255) tGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCC‑CCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAGCGCCAGGTGGAGATAGGCGTACTGGTTGATGTACTGCTGACAGTCgg < 1:1462252/140‑1 (MQ=255) tGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCC‑CCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAGCGCCAGGTGGAGATAGGCGTACTGGTTGATGTACTGCTGACAGTCgg > 1:1271111/1‑140 (MQ=255) ccTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCC‑CCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTGGGCCAGCGCCAGGTGGAGATAGGCGTACTGGTTGATGTACTGCTGACAGTCGGCt < 1:1008662/140‑1 (MQ=255) ccTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCC‑CCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAGCGCCAGGTGGAGATAGGCGTACTGGTTGATGTACTGCTGACAGTCGGCt < 1:801202/140‑1 (MQ=255) tCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCC‑CCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAGCGCCAGGTGGAGATAGGCGTACTGGTTGATGTACTGCTGACAGTCGGCTCGGt < 2:1044014/140‑1 (MQ=255) tgctgcCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCC‑CCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAGCGCCAGGTGGAGATAGGCGTACTGGTTGATGTACTGCTGACAGTCGGCTCGGTTGtgc > 2:978427/1‑140 (MQ=255) cctgcGATATCAATCCCCTTGTTGCC‑CCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAGCGCCAGGTGGAGATAGGCGTACTGGTTGATGTACTGCTGACAGTCGGCTCGGTTGtgcttgct > 2:842231/1‑140 (MQ=255) tgcGATATCAATCCCCTTGTTGCC‑CCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAGCGCCAGGTGGAGATAGGCGTACTGGTTGATGTACTGCTGACAGTCGGCTCGGTTGTGCTTGCTGt > 2:1214345/1‑140 (MQ=255) cGATATCAATCCCCTTGTTGCC‑CCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAGCGCCAGGTGGAGATAGGCGTACTGGTTGATGTACTGCTGACAGTCGGCTCGGTTGTGCTTGCTGTTg < 1:618912/140‑1 (MQ=255) gATATCAATCCCCTTGTTGCC‑CCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAGCGCCAGGTGGAGATAGGCGTACTGGTTGATGTACTGCTGACAGTCGGCTCGGTTGTGCTTGCTGTTgg < 1:1229924/140‑1 (MQ=255) tCCCCTTGTTGCC‑CCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAGCGCCAGGTGGAGATAGGCGTACTGGTTGATATACTGCTGACAGTCGGCTCGGTTGTGCTTGCTGTTGGTACCGTTa > 1:831761/1‑140 (MQ=255) cccTTGTTGCC‑CCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAGCGCCAGGTGGAGATAGGCGTACTGGTTGATGTACTGCTGACAGTCGGCTCGGTTGTGCTTGCTGTTGGTACCGTTACa < 1:378975/140‑1 (MQ=255) || TCAGGTAATCATCATTATGTTTGATGATAATCAGATTACCGTAGCCGCGCAGCGCGTTACCAGCATAAACAACGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTG‑‑‑CCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAGCGCCAGGTGGAGATAGGCGTACTGGTTGATGTACTGCTGACAGTCGGCTCGGTTGTGCTTGCTGTTGGTACCGTTACA > NC_000913/2867784‑2868049 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |