New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | NC_000913 | 608007 = | NA (NA) | 14 (0.180) | 8/224 | 5.1 | 14.4% | noncoding (1/1345 nt) | IS186 | repeat region |
? | NC_000913 | 609352 = | 83 (1.070) | intergenic (+175/+107) | insL‑2/entD | IS186/IS421 transposase/phosphopantetheinyl transferase EntD | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 132 total aligned reads displayed.
TCGCGGCGGCGGGTTAGAGCCCCGGCATTACGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATAT‑GGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/608171‑608007 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑caacccttaagttagcgcttatgggaGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGCCCGTGGTCAGTGATGGCTGCGGGCGAATCGTACCAGATGTTGTCAATTAATCGTGTTGGCACAGCGTTATGACT > NC_000913/609352‑609486 TCGCGGCGGCGGGTTAGAGCCCCGGCATTACGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATAT‑GGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCAC < 1:474099/140‑1 TCGCGGCGGCGGGTTAGAGCCCCGGCATTACGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATAT‑GGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCAC < 2:4255/140‑1 CGCGGCGGCGGGTTAGAGCCCCGGCATTACGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTCGTGCTTACCAATAT‑GGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACA < 1:1536308/140‑1 CGCGGCGGCGGGTTAGAGCCCCGGCATTACGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATAT‑GGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACA > 1:1077530/1‑140 CGCGGCGGCGGGTTAGAGCCCCGGCATTACGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATAT‑GGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACA > 2:1539084/1‑140 CGCGGCGGCGGGTTAGAGCCCCGGCATTACGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATAT‑GGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACA < 1:681328/140‑1 CGCGGCGGCGGGTTAGAGCCCCGGCATTACGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATAT‑GGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACA < 1:730465/140‑1 CGCGGCGGCGGGTTAGAGCCCCGGCATTACGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATAT‑GGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACA > 1:765106/1‑140 CGCGGCGGCGGGTTAGAGCCCCGGCATTACGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATAT‑GGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACA < 2:1077530/140‑1 GCGGCGGCGGGTTAGAGCCCCGGCATTACGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATAT‑GGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAA > 2:1205192/1‑140 CGGCGGCGGGTTAGAGCCCCGGCATTACGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATAT‑GGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAAC > 1:567562/1‑140 CGGCGGGTTAGAGCCCCGGCATTACGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATAT‑GGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCT < 2:818937/140‑1 CGGCGGGTTAGAGCCCCGGCATTACGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATAT‑GGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCT < 2:152666/140‑1 CGGCGGGTTAGAGCCCCGGCATTACGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATAT‑GGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCT < 1:1474298/140‑1 CGGCGGGTTAGAGCCCCGGCATTACGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATAT‑GGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCT < 1:386112/140‑1 CGGGTTAGAGCCCCGGCATTACGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATAT‑GGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAA > 1:170829/1‑140 GTTAGAGCCCCGGCATTACGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATAT‑GGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTT < 2:409533/140‑1 TAGAGCCCCGGCATTACGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATAT‑GGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTTAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAG < 2:1122611/140‑1 TAGAGCCCCGGCATTACGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATAT‑GGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAG < 1:74550/140‑1 TAGAACCCCGGCATTACGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATAT‑GGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAG < 2:1256682/140‑1 GAGCCCCGGCATTACGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATAT‑GGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCG < 1:988400/140‑1 CCCCGGCATTACGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATAT‑GGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTT > 2:1020345/1‑140 CCCCGGCATTACGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATAT‑GGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAG > 2:1615814/1‑135 CCCGGCATTACGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATAT‑GGGCCAGAATTGCTGACCAGTTTTCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTA < 2:146278/140‑1 CCCGGCATTACGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATAT‑GGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTA < 2:1165149/140‑1 CCCGGCATTACGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATAT‑GGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTA < 1:1085558/140‑1 CCCGGCATTACGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATAT‑GGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTA < 2:1320340/140‑1 CCCGGCATTACGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATAT‑GGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTA < 2:1342805/140‑1 CCCGGCATTACGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATAT‑GGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTA < 1:1472825/140‑1 CCCGGCATTACGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATAT‑GGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTA < 1:1479237/140‑1 CCCGGCATTACGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATAT‑GGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTA < 1:1539084/140‑1 CCCGGCATTACGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATAT‑GGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTA < 1:1614684/140‑1 aCGGCATTACGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATAT‑GGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTAT < 2:275194/139‑1 CCGGCATTACGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATAT‑GGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTAT < 2:1394072/140‑1 CCGGCATTACGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATAT‑GGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTAT < 2:994516/140‑1 CCGGCATTACGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATAT‑GGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTAT < 2:99072/140‑1 CCGGCATTACGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATAT‑GGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTAT < 2:793767/140‑1 CCGGCATTACGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATAT‑GGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTAT < 2:1140138/140‑1 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CGGCATTACGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATAT‑GGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTA < 1:526637/138‑1 CGGCATTACGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATAT‑GGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTA < 1:777345/138‑1 CGGCATTACGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATAT‑GGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTA < 2:114098/138‑1 GGCATTACGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATAT‑GGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTAT < 2:1226425/138‑1 GGCATTACGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATAT‑GGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTAT > 1:1226425/1‑138 GGCATTACGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATAT‑GGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTA > 1:1310298/1‑137 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AAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGCTCGTGGTCAGAGATGGCTGCGGGCGAATCGTACCAGATGTTGTCAATTAATCGTGTTGGCA > 2:1453122/1‑140 AAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGCCCGTGGTCAGTGATGGCTGCGGGCGAATCGTACCAGATGTTGTCAATTAATCGTGTTGGCA < 2:1555092/140‑1 AAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGCCCGTGGTCAGTGATGGCTGCGGGCGAATCGTACCAGATGTTGTCAATTAATCGTGTTGGCA < 2:296505/140‑1 AAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGCCCGTGGTCAGTGATGGCTGCGGGCGAATCGTACCAGATGTTGTCAATTAATCGTGTTGGCA > 2:1212933/1‑140 AAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGCCCGTGGTCAGTGATGGCTGCGGGCGAATCGTACCAGATGTTGTCAATTAATCGTGTTGGCA > 1:911907/1‑140 AGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGCCCGTGGTCAGTGATGGCTGCGGGCGAATCGTACCAGATGTTGTCAATTAATCGTGTTGGCAC < 2:508062/140‑1 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AGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGCCCGTGGTCAGTGATGGCTGCGGGCGAATCGTACCAGATGTTGTCAATTAAT > 2:233600/1‑125 AGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGCCCGTGGTCAGTGATGGCTGCGGGCGAATCGTACCAGATGTTGTCAATTAAT < 1:233600/125‑1 CGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGCCCGTGGTCAGTGATGGCTGCGGGCGAATCGTACCAGATGTTGTCAATTAATCGTGTTGGCACAGCGTT > 2:1207783/1‑140 CGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGCCCGTGGTCAGTGATGGCTGCGGGCGAATCGTACCAGATGTTGTCAATTAATCGTGTTGGCACAGCGTT > 2:1375573/1‑140 TATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGCCCGTGGTCAGTGATGGCTGCGGGCGAATCGTACCAGATGTTGTCAATTAATCGTGTTGGCACA < 2:517271/131‑1 TATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGCCCGTGGTCAGTGATGGCTGCGGGCGAATCGTACCAGATGTTGTCAATTAATCGTGTTGGCACA > 1:517271/1‑131 TGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGCCCGTGGTCAGTGATGGCTGCGGGCGAATCGTACCAGATGTTGTCAATTAATCGTGTTGGCACAGCGTTATGACT < 1:1375573/140‑1 TGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGCCCGTGGTCAGTGATGGCTGCGGGCGAATCGTACCAGATGTTGTCAATTAATCGTGTTGGCACAGCGTTATGACT < 1:1109921/140‑1 TCGCGGCGGCGGGTTAGAGCCCCGGCATTACGTGCCGAAGTATCCAGTTCTTCGGGCTTACCAATAT‑GGGCCAGAATTGCTGACCAGTTATCGTGAGAGTAATTCATCGGCACGTTAAATCATATCAGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/608171‑608007 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑caacccttaagttagcgcttatgggaGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGCCCGTGGTCAGTGATGGCTGCGGGCGAATCGTACCAGATGTTGTCAATTAATCGTGTTGGCACAGCGTTATGACT > NC_000913/609352‑609486 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |