| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,280,275 | T→C | V20A (GTT→GCT) | agaV → | N‑acetyl‑D‑galactosamine specific PTS enzyme IIB component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,280,275 | 0 | T | C | 98.2% | 379.9 / ‑3.1 | 108 | V20A (GTT→GCT) | agaV | N‑acetyl‑D‑galactosamine specific PTS enzyme IIB component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base C (50/56); total (51/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
CAACCATATTCAGGACATCCTGGCGCAGTACCACACAGCCTGTGAAGGCCAATAAGCAAAACAAAGAGGAACACGCTATGCCAAATATTGTTTTAAGCCGGATTGATGAACGCTTGATTCACGGTCAGGTCGGCGTTCAATGGGTCGGATTTGCGGGGGCAAATCTGGTGCTGGTAGCCAACGATGAGGTTGCCGAAGATCCGGTACAACAAAACCTGATGGAAATGGTACTGGCAGAAGGGATCGCCGTACGTTTCTGGACGCTGC > NC_000913/3280140‑3280406 | cAACCATATTCAGGACATCCTGGCGCAGTACCACACAGCCTGTGAAGGCCAATAAGCAAAACAAAGAGGAACACGCTATGCCAAATATTGTTTTAAGCCGGATTGATGAACGCTTGATTCACGGTCAGGTCGGCGCTCaa < 1:1598224/140‑1 (MQ=255) ccATATTCAGGACATCCTGGCGCAGTACCACACAGCCTGTGAAGGCCAATAAGCAAAACAAAGAGGAACACGCTATGCCAAATATTGTTTTAAGCCGGATTGATGAACGCTTGATTCACGGTCAGGTCGGCGCTCAATgg > 1:400984/1‑140 (MQ=255) ccATATTCAGGACATCCTGGCGCAGTACCACACAGCCTGTGAAGGCCAATAAGCAAAACAAAGAGGAACACGCTATGCCAAATATTGTTTTAAGCCGGATTGATGAACGCTTGATTCACGGTCAGGTCGGCGCTCAATgg > 2:1244216/1‑140 (MQ=255) ccATATTCAGGACATCCTGGCGCAGTACCACACAGCCTGTGAAGGCCAATAAGCAAAACAAAGAGGAACACGCTATGCCAAATATTGTTTTAAGCCGGATTGATGAACGCTTGATTCACGGTCAGGTCGGCGCTCAATgg > 2:38652/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) gCTTGATTCACGGTCAGGTCGGCGCTCAATGGGTCGGATTTGCGGGGGCAAATCTGGTGCTGGTAGCCAACGATGAGGTTGCCGAAGATCCGGTACAACAAAACCTGATGGAAATGGTACTGGCAGAAGGGATCGCCGTa < 2:1133331/140‑1 (MQ=255) gCTTGATTCACGGTCAGGTCGGCGCTCAATGGGTCGGATTTGCGGGGGCAAATCTGGTGCTGGTAGCCAACGATGAGGTTGCCGAAGATCCGGTACAACAAAACCTGATGGAAATGGTACTGGCAGAAGGGATCGCCGTa < 1:895739/140‑1 (MQ=255) gCTTGATTCACGGTCAGGTCGGCGCTCAATGGGTCGGATTTGCGGGGGCAAATCTGGTGCTGGTAGCCAACGATGAGGTTGCCGAAGATCCGGTACAACAAAACCTGATGGAAATGGTACTGGCAGAAGGGATCGCCGTa < 1:689672/140‑1 (MQ=255) gCTTGATTCACGGTCAGGTCGGCGCTCAATGGGTCGGATTTGCGGGGGCAAATCTGGTGCTGGTAGCCAACGATGAGGTTGCCGAAGATCCGGTACAACAAAACCTGATGGAAATGGTACTGGCAGAAGGGATCGCCGTa < 1:512162/140‑1 (MQ=255) gCTTGATTCACGGTCAGGTCGGCGCTCAATGGGTCGGATTTGCGGGGGCAAATCTGGTGCTGGTAGCCAACGATGAGGTTGCCGAAGATCCGGTACAACAAAACCTGATGGAAATGGTACTGGCAGAAGGGATCGCCGTa < 1:29957/140‑1 (MQ=255) gATTCACGGTCAGGTCGGCGCTCAATGGGTCGGATTTGCGGGGGCAAATCTGGTGCTGGTAGCCAACGATGAGGTTGCCGAAGATCCGGTACAACAAAACCTGATGGAAATGGTACTGGCAGAAGGGATCGCCGTACGtt > 1:1095914/1‑140 (MQ=255) ggTCAGGTCGGCGCTCAATGGGTCGGATTTGCGGGGGCAAATCTGGTGCTGGTAGCCAACGATGAGGTTGCCGAAGATCCGGTACAACAAAACCTGATGGAAATGGTACTGGCAGAAGGGATCGCCGTACGTTTCTGGAc < 2:438792/140‑1 (MQ=255) ggTCAGGTCGGCGCTCAATGGGTCGGATTTGCGGGGGCAAATCTGGTGCTGGTAGCCAACGATGAGGTTGCCGAAGATCCGGTACAACAAAACCTGATGGAAATGGTACTGGCAGAAGGGATCGCCGTACGTTTCTGGAc < 2:138492/140‑1 (MQ=255) ggTCAGGTCGGCGCTCAATGGGTCGGATTTGCGGGGGCAAATCTGGTGCTGGTAGCCAACGATGAGGTTGCCGAAGATCCGGTACAACAAAACCTGATGGAAATGGTACTGGCAGAAGGGATCGCCGTACGTTTCTGGAc > 1:1534426/1‑140 (MQ=255) ggTCAGGTCGGCGCTCAATGGGTCGGATTTGCGGGGGCAAATCTGGTGCTGGTAGCCAACGATGAGGTTGCCGAAGATCCGGTACAACAAAACCTGATGGAAATGGTACTGGCAGAAGGGATCGCCGTACGTTTCTGGAc > 1:138492/1‑140 (MQ=255) ggTCAGGTCGGCGCTCAATGGGTCGGATTTGCGGGGGCAAATCTGGTGCTGGTAGCCAACGATGAGGTTGCCGAAGATCCGGTACAACAAAACCTGATGGAAATGGTACTGGCAGAAGGGATCGCCGTACGTTTCTGGAc < 2:95487/140‑1 (MQ=255) ggTCGGCGCTCAATGGGTCGGATTTGCGGGGGCAAATCTGGTGCTGGTAGCCAACGATGAGGTTGCCGAAGATCCGGTACAACAAAACCTGATGGAAATGGTACTGGCAGAAGGGATCGCCGTa < 1:132848/124‑1 (MQ=255) ggTCGGCGCTCAATGGGTCGGATTTGCGGGGGCAAATCTGGTGCTGGTAGCCAACGATGAGGTTGCCGAAGATCCGGTACAACAAAACCTGATGGAAATGGTACTGGCAGAAGGGATCGCCGTACGTTTCTGGACGCTGc > 1:208810/1‑140 (MQ=255) | CAACCATATTCAGGACATCCTGGCGCAGTACCACACAGCCTGTGAAGGCCAATAAGCAAAACAAAGAGGAACACGCTATGCCAAATATTGTTTTAAGCCGGATTGATGAACGCTTGATTCACGGTCAGGTCGGCGTTCAATGGGTCGGATTTGCGGGGGCAAATCTGGTGCTGGTAGCCAACGATGAGGTTGCCGAAGATCCGGTACAACAAAACCTGATGGAAATGGTACTGGCAGAAGGGATCGCCGTACGTTTCTGGACGCTGC > NC_000913/3280140‑3280406 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |