| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,280,591 | T→C | G204G (GGT→GGC) | yjcE → | putative transporter YjcE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,280,591 | 0 | T | C | 98.0% | 160.5 / ‑5.8 | 51 | G204G (GGT→GGC) | yjcE | putative transporter YjcE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (18/32); total (19/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.73e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGACGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCATTCGCTTCTTATCTGATTGCCGAACATATTGGCGTTTCCGGCATCCTCGC > NC_000913/4280455‑4280716 | gTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATCTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGccgc > 1:601219/1‑140 (MQ=255) gtgtCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTTTGGTGAGCTGGCTGTACGGCcgctcgct > 2:17035/1‑140 (MQ=255) gtgtCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTTTGGGGAGCTGGCTGTACGGccgcccgcc > 2:426301/1‑139 (MQ=255) gtgtCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGCcgctcgct > 1:1521325/1‑140 (MQ=255) tCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGGGAGCTGGCTGTACGGCCGCTCGCTGCg > 1:955482/1‑140 (MQ=255) gTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGCCGCTCGCTGCGAt > 1:251181/1‑140 (MQ=255) gTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGGATTCTCGCCGGTTTTTTGGTGAGCTGGCTGTACGGCCGCTCGCTGCGAt > 2:1470721/1‑140 (MQ=255) ttGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGccgctcgc > 2:154138/1‑133 (MQ=255) ttGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGccgctcgc < 1:154138/133‑1 (MQ=255) ttGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGCCGCTCGCTGCGAtt > 1:1088510/1‑140 (MQ=255) ttGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGGTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGCCGCTCGCTGCGAtt > 1:763168/1‑140 (MQ=255) aGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGACTGTACGGCCGCTCGCTGCGATTCCTc < 1:60829/140‑1 (MQ=255) ttGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGCCGCTCGCTGCGATTCCTCAGc > 2:490240/1‑140 (MQ=255) tGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGCCGCTCGCTGCGATTCCTCAGcc > 1:1334315/1‑140 (MQ=255) cGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGCCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCt < 2:1088510/140‑1 (MQ=255) gCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGCCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTgggg < 2:1444421/140‑1 (MQ=255) cAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGCCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGc < 2:583471/140‑1 (MQ=255) tGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGCCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCggg > 1:374299/1‑139 (MQ=255) gCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGCCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCggggg > 1:1513302/1‑137 (MQ=255) gCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGCCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGtga > 1:455422/1‑140 (MQ=255) aTGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGCCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGtgatga < 2:209157/140‑1 (MQ=255) ggggATGATGATCTTCACCGTCGGCGATGCGAGGGTCGAACTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGCCGCTCTCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAAc < 2:1438000/140‑1 (MQ=255) ggggACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGaaa > 1:1528787/1‑139 (MQ=255) ggggACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGCCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCt > 1:1555482/1‑125 (MQ=255) ggggACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGCCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCt < 2:1555482/125‑1 (MQ=255) ggggACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGCCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTg > 1:714881/1‑126 (MQ=255) ggggACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGCCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTg < 2:714881/126‑1 (MQ=255) gggACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGCCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAAcc < 1:731264/140‑1 (MQ=255) ggACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGCCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAAccc < 2:251181/140‑1 (MQ=255) gACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGCCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCcg > 1:968503/1‑140 (MQ=255) gACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGCCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCcg < 2:1246769/140‑1 (MQ=255) atgatCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGCCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGAc < 2:661653/140‑1 (MQ=255) tgatCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGCCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGACg < 2:32656/140‑1 (MQ=255) tCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGCCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGACGCAGATc < 2:968503/140‑1 (MQ=255) cACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGCCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGACGCAGATCg < 1:1487565/140‑1 (MQ=255) cGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGCCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGACGCAGATCGTcc > 1:245636/1‑140 (MQ=255) cGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGCCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGACGCAGATCGTcc < 2:421719/140‑1 (MQ=255) cGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGCCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGACGCAGATCGTcc < 2:1382327/140‑1 (MQ=255) cGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGCCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGACGCAGATCGTcc < 1:793463/140‑1 (MQ=255) gTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGCCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGACGCAGATCGTCct < 2:601219/140‑1 (MQ=255) tCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGCCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGACGCAGATCGTc < 1:248863/137‑1 (MQ=255) tCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGCCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGACGCAGATCGTc > 2:248863/1‑137 (MQ=255) cggcggTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGCCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGACGCAGATCGTCctgc > 1:1489290/1‑140 (MQ=255) gcggTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGCCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGACGCAGATCGTCctgctg < 2:264669/140‑1 (MQ=255) cGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGCCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGACGCAGATCGTCCTGCTGTTCctg < 2:1303177/140‑1 (MQ=255) cGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGCCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGACGCAGATCGTCCTGCTGTTCctg < 2:452142/140‑1 (MQ=255) gTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGCCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGACGCAGATCGTCCTGCTGTTcc > 1:683493/1‑133 (MQ=255) gTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGCCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGACGCAGATCGTCCTGCTGTTcc < 2:683493/133‑1 (MQ=255) gAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGCCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGACGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCAtt < 1:426301/140‑1 (MQ=255) gAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGCCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGACGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCAtt < 2:156568/140‑1 (MQ=255) aTTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGCCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGACGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCATTCg < 2:1521325/140‑1 (MQ=255) tttATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGCCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGACGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCATTCGc < 2:159571/140‑1 (MQ=255) ttATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGCCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGACGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCATTCGct < 2:1127043/140‑1 (MQ=255) gAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGCCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGACGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCATTCGcttctt > 1:1488715/1‑140 (MQ=255) ttGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGCCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGACGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCATTCGCTTCTTATCTGATTGcc > 2:510259/1‑140 (MQ=255) gCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGCCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGACGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCATTCGCTTCTTATCTGATTGCCGa > 1:1516998/1‑128 (MQ=255) gCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGCCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGACGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCATTCGCTTCTTATCTGATTGCCGa < 2:1516998/128‑1 (MQ=255) cGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGCCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGACGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCATTCGCTTCTTATCTGATTGCCGAACATATTGGCGttt < 2:245636/140‑1 (MQ=255) gtggtgAGCTGGCTGTACGGCCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGACGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCATTCGCTTCTTATCTGATTGCCGAACATATTGGCGTTTCCGGCAt < 2:1488715/140‑1 (MQ=255) aGCTGGCTGTACGGCCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGACGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCATTCGCTTCTTATCTGATTGCCGAACATATTGGCGTTTCCGGCATCCTCGc > 2:1322141/1‑140 (MQ=255) | GTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGGTATTCTCGCCGGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCTCGCTGCGATTCCTCAGCCGCTGGGGCGGTGATGAACCCGCGACGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCATTCGCTTCTTATCTGATTGCCGAACATATTGGCGTTTCCGGCATCCTCGC > NC_000913/4280455‑4280716 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |