| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,112,805 | A→G | D648G (GAC→GGC) | opgH → | osmoregulated periplasmic glucans (OPGs) biosynthesis protein H |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,112,805 | 0 | A | G | 97.7% | 145.2 / ‑4.2 | 44 | D648G (GAC→GGC) | opgH | osmoregulated periplasmic glucans (OPGs) biosynthesis protein H |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (23/20); total (23/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.77e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.59e-01 | |||||||||||
TTACATTATCGTTGCTGCTGGAAGTGCTTTTTTCCGTGCTGCTGGCTCCGGTACGCATGCTGTTCCATACGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGTGATGATGACTCCACTTCCTGGGGTGAAGCGTTCAAACGCCACGGCTCACAGCTGCTGTTAGGGTTAGTGTGGGCTGTTGGGATGGCGTGGCTGGATCTGCGTTTCCTGTTCTGGCTGGCACCGATTGTCTTCTCGTTGATC > NC_000913/1112670‑1112938 | ttACATTATCGTTGCTGCTGGAAGTGCTTTTTTCCGTGCTGCTGGCTCCGGTACGCATGCTGTTCCATACGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGTGATGATGGCTcc > 2:351189/1‑140 (MQ=255)ttACATTATCGTTGCTGCTGGAAGTGCTTTTTTCCCTGCTGCTGGCTCCGGTACGCATGCTGTTCCATACGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGTGATGATGGCTcc > 2:625011/1‑140 (MQ=255) aTCGTTGCTGCTGGAAGTGCTTTTTTCCGTGCTGCTGGCTCCGGTACGCATGCTGTTCCATACGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGTGATGATGGCTCCACTTCCt < 1:351189/140‑1 (MQ=255) gTTGCTGCTGGAAGTGCTTTTTTCCGTGCTGCTGGCTCCGGTACACATGCTGTTCCATACGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGTGATGATGGCTCCACTTCCTggg > 1:641806/1‑140 (MQ=255) ttGCTGCTGGAAGTGCTTTTTTCCGTGCTGCTGGCTCCGGTACGCATGCTGTTCCATACGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGTGATGATGGCTcc > 2:225798/1‑129 (MQ=255) ttGCTGCTGGAAGTGCTTTTTTCCGTGCTGCTGGCTCCGGTACGCATGCTGTTCCATACGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGTGATGATGGCTcc < 1:225798/129‑1 (MQ=255) ttGCTGCTGGAAGTGCTTTTTTCCGTGCTGCTGGCTCCGGTACGCATGCTGTTCCATACGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGTGATGATGGCTCCACTTCCTgggg > 1:287090/1‑140 (MQ=255) ttGCTGCTGGAAGTGCTTTTTTCCGTGCTGCTGGCTCCGGTACGCATGCTGTTCCATACGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGTGATGATGGCTCCACTTCCTgggg > 1:345649/1‑140 (MQ=255) ttGCTGCTGGAAGTGCTTTTTTCCGTGCTGCTGGCTCCGGTACGCATGCTGTTCCATACGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGTGATGATGGCTCCACTTCCTgggg > 1:421388/1‑140 (MQ=255) ttGCTGCTGGAAGTGCTTTTTTCCGTGCTGCTGGCTCCGGTACGCATGCTGTTCCATACGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGCTGGGAAGTGGTGCGGAATTCACCGCAGCGTGATGATGGCTCCACTTCCTgggg > 1:6900/1‑140 (MQ=255) gctgctGGAAGTGCTTTTTTCCGTGCTGCTGGCTCCGGTACGCATGCTGTTCCATACGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGTGATGATGGCTCCACTTCCTGGGGTg > 1:854375/1‑140 (MQ=255) gctgctGGAACTGCTTTTTTCCGTGCTGCTGGCTCCGGTACGCATGCTGTTCCATACGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGTGATGATGACTCCACTTCCTGGGGTg > 2:451749/1‑140 (MQ=255) cGTGCTGCTGGCTCCGGTACACATGCTGTTCCATACGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGTGATGATGGCTCCACTTCCTGGGGTGAAGCGTTCAAACGCCACGGCt < 2:641806/140‑1 (MQ=255) gctgGCTCCGGTACGCATGCTGTTCCATACGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGTGATGATGGCTCCACTTCCTGGGGTGAAGCGTTCAAACGCCACGGCTCACAgc < 2:854375/140‑1 (MQ=255) gctgGCTCCGGTACGCATGCTGTTCCATACGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGTGATGATGGCTCCACTTCCTGGGGTGAAGCGTTCAAACGCCACGGCTCACAgc < 1:7781/140‑1 (MQ=255) ctgGCTCCGGTACGCATGCTGTTCCATACGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGTGATGATGGCTCCACTTCCTGGGTTGAAGCGTTCAAACGAcacagctcacagct > 2:533160/1‑140 (MQ=255) ctgGCTCCGGTACGCATGCTGTTCCATACGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGTGATGATGGCTCCACTTCCTGGGGTGAAGCGTTCAAACGCCACGGCTCACAgct > 2:185828/1‑140 (MQ=255) tgGCTCCGGTACGCATGCTGTTCCATACGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGTGATGATGGCTCCACTTCCTGGGGTGAAGCGTTCAAACGCCACGGCTCACAgctg < 2:345649/140‑1 (MQ=255) tgGCTCCGGTACGCATGCTGTTCCATACGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGTGATGATGACTCCACTTCCTGGGGTGAAGCGTTCAAACGCCACGGCTCACAgctg < 1:451749/140‑1 (MQ=255) tCCGGTACGCATGCTGTTCCATACGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGTGATGATGGCTCCACTTCCTGGGGTGAAGCGTTCAAACGCCACGGCTCACAGCTGCTGt < 1:390904/140‑1 (MQ=255) gTACGCATGCTGTTCCATACGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGTGATGATGGCTCCTCTTCCTGGGGTGAAGCGTTCAAACGCCACGGCTCACAGCTGCTGTTa < 2:263498/138‑1 (MQ=255) gTACGCATGCTGTTCCATACGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGTGATGATGGCTCCACTTCCTGGGGTGAAGCGTTCAAACGCCACGGCTCACAGCTGCTGTTa > 1:263498/1‑138 (MQ=255) tACGCATGCTGTTCCATACGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGTGATGATGGCTCCACTTCCTGGGGTGAAGCGTTCAAACGCCACGGCTCACAgctgct < 2:192153/133‑1 (MQ=255) tACGCATGCTGTTCCATACGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGTGATGATGGCTCCACTTCCTGGGGTGAAGCGTTCAAACGCCACGGCTCACAgctgct > 1:192153/1‑133 (MQ=255) gCATGCTGTTCCATACGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGTGATGATGGCTCCACTTCCTGGGGTGAAGCGTTCAAACGCCACGGCTCACAGCTGCTGTTAGGGTTa > 2:857377/1‑140 (MQ=255) cTGTTCCATTCGGTCTTCGTTGTCAGCCCGTTCCTTTGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTCCCCGCAGCGGGATGATGGCTCCCCTTCCTGGGGTGAAGGGTTCAAACGCCACGGCTCACAGCTGCTGTTAGGGTTAGtgtg < 2:220052/140‑1 (MQ=255) cTGTTCCATACGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGTGATGATGGCTCCACTTCCTGGGGTGAAGCGTTCAAACGCCACGGCTCACAGCTGCTGTTAGGGTTAGtgtg < 1:533160/140‑1 (MQ=255) ccATACGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCTGCGTGATGATGGCTCCACTTCCTGGGGTGAAGCGTTCAAACGCCACGGCTCACAGCTGCTGTTAGGGTTAGTGTGGGCTg > 2:599329/1‑140 (MQ=255) ccATACGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGTGATGATGGCTCCACTTCCTGGGGTGAAGCGTTCAAACGCCACGGCTCACAGCTGCTGTTAGGGTTAGTGTGGGCTg > 2:643525/1‑140 (MQ=255) aCGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGTGATGATGGCTCCACTTCCTGGGGTGAAGCGTTCAAACGCCACGGCTCACAGCTGCTGTTAGGGTTAGTGTGGGCTGTTgg > 1:7618/1‑140 (MQ=255) cGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGTGATGATGGCTCCACTTCCTGGGGTGAAGCGTTCAAACGCCACGGCTCACAGCTGCTGTTAGGGTTAGTGTGGGCTGTTggg < 1:857377/140‑1 (MQ=255) ggTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGTGATGATGGCTCCACTTCCTGGGGTGAAGCGTTCAAACGCCACGGCTCACAGCTGCTGTTAGGGTTAGTGTGGGCTGTTGGGa < 2:7618/140‑1 (MQ=255) tCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGTGATGATGGCTCCACTTCCTGGGGTGAAGCGTTCAAACGCCACGGCTCACAGCTGCTGTTAGGGTTAGTGTGGGCTGTTGGGATg > 2:191689/1‑140 (MQ=255) tCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGTGATGATGGCTCCACTTCCTGGGGTGAAGCGTTCAAACGCCACGGCTCACAGCTGCTGTTAGGGTTAGTGTGGGCTGTTGGGATGGCg > 1:496220/1‑140 (MQ=255) cAGCGCGTTCCTTGGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGTGATGATGGCTCCACTTCCTGGGGTGAAGCGTTCAAACGCCACGGCTCACAGCTGCTGTTAGGGTTAGTGTGGGCTGTTGGGATGGCGTGGCTgg > 2:172533/1‑140 (MQ=255) gTTCCTTGGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGTGATGATGGCTCCACTTCCTGGGGTGAAGCGTTCAAACGCCACGGCTCACAGCTGCTGTTAGGGTTAGTGTGGGCTGTTGGGATGGCGTGGCTGGATCTGc > 1:737628/1‑140 (MQ=255) ttGGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGTGATGATGGCTCCACTTCCTGGGGTGAAGCGTTCAAACGCCACGGCTCACAGCTGCTGTTAGGGTTAGTGTGGGCTGTTGGGATGGCGTGGCTGGATCTGCGTTTc < 1:172533/140‑1 (MQ=255) ttGGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGTGATGATGGCTCCACTTCCTGGGGTGAAGCGTTCAAACGCCACGGCTCACAGCTGCTGTTAGGGTTAGTGTGGGCTGTTGGGATGGCGTGGCTGGATCTGCGTTTc < 2:737628/140‑1 (MQ=255) tGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGTGATGATGGCTCCACTTCCTGGGGTGAAGCGTTCAAACGCCACGGCTCACAGCTGCTGTTAGGGTTAGTGTGGGCTGTTGGGATGGCGTGGCTGGATCTGCGTTTCCTGtt < 1:185828/140‑1 (MQ=255) ggAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGTGATGATGGCTCCACTTCCTGGGGTGAAGCGTTCAAACGCCACGGCTCACAGCTGCTGTTAGGGTTAGTGTGGGCTGTTGGGATGGCGTGGCTGGATCTGCGTTTCCTGTTct > 2:661227/1‑140 (MQ=255) aaGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGTGATGATGGCTCCACTTCCTGGGGTGAAGCGTTCAAACGCCACGGCTCACAGCTGCTGTTAGGGTTAGTGTGGGCTGTTGGGATGGCGTGGCTGGATCTGCGTTTCCTGTTctgg < 1:599329/140‑1 (MQ=255) gAATTCACCGCAGCGTGATGATGGCTCCACTTCCTGGGGTGAAGCGTTCAAACGCCACGGCTCACAGCTGCTGTTAGGGTTAGTGTGGGCTGTTGGGATGGCGTGGCTGGATCTGCGTTTCCTGTTCTGGCTGGCACCGa < 2:736928/140‑1 (MQ=255) cACCGCAGCGTGATGATGGCTCCACTTCCTGGGGTGAAGCGTTCAAACGCCACGGCTCACAGCTGCTGTTAGGGTTAGTGTGGGCTGTCGGGATGGCGTGGCTGGATCTGCGTTTCCTGATCTGGCTGGCACCGATTGtc < 1:625011/140‑1 (MQ=255) aCCGCAGCGTGATGATGGCTCCACTTCCTGGGGTGAAGCGTTCAAACGCCACGGCTCACAGCTGCTGTTAGGGTTAGTGTGGGCTGTTGGGATGGCGTGGCTGGATCTGCGTTTCCTGTTCTGGCTGGCACCGATTGtct < 2:287090/140‑1 (MQ=255) cGTGATGATGGCTCCACTTCCTGGGGTGAAGCGTTCAAACGCCACGGCTCACAGCTGCTGTTAGGGTTAGTGTGGGCTGTTGGGATGGCGTGGCTGGATCTGCGTTTCCTGTTCTGGCTGGCACCGATTGTCTTCTCGtt > 1:726068/1‑140 (MQ=255) cGTGATGATGGCTCCACTTCCTGGGGTGAAGCGTTCAAACGCCACGGCTCACAGCTGCTGTTAGGGTTAGTGTGGGCTGTTGGGATGGCGTGGCTGGATCTGCGTTTCCTGTTCTGGCTGGCACCGATTGTCTTCTCGtt < 1:661227/140‑1 (MQ=255) tgatgatggCTCCACTTCCTGGGGTGAAGCGTTCAAACGCCACGGCTCACAGCTGCTGTTAGGGTTAGTGTGGGCTGTTGGGATGGCGTGGCTGGATCTGCGTTTCCTGTTCTGGCTGGCACCGATTGTCTTCTCGTTGa < 2:726068/140‑1 (MQ=255) atgatggCTCCACTTCCTGGGGTGAAGCGTTCAAACGCCACGGCTCACAGCTGCTGTTAGGGTTAGTGTGGGCTGTTGGGATGGCGTGGCTGGATCTGCGTTTCCTGTTCTGGCTGGCACCGATTGTCTTCTCGTTGATc < 2:496220/140‑1 (MQ=255) | TTACATTATCGTTGCTGCTGGAAGTGCTTTTTTCCGTGCTGCTGGCTCCGGTACGCATGCTGTTCCATACGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGTGATGATGACTCCACTTCCTGGGGTGAAGCGTTCAAACGCCACGGCTCACAGCTGCTGTTAGGGTTAGTGTGGGCTGTTGGGATGGCGTGGCTGGATCTGCGTTTCCTGTTCTGGCTGGCACCGATTGTCTTCTCGTTGATC > NC_000913/1112670‑1112938 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |