| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,788,119 | G→A | pseudogene (1723/2253 nt) | ygaQ → | putative uncharacterized protein YgaQ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,788,119 | 0 | G | A | 95.3% | 135.9 / ‑1.8 | 43 | pseudogene (1723/2253 nt) | ygaQ | putative uncharacterized protein YgaQ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base A (24/17); total (25/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.55e-01 | |||||||||||
AAACCGGGTTCCACAATCTCAAGTATCCCATCAGAAAGACGGATATTGATTAACATTAACCACGATTTTCCTAACAATGGTAATCTTTTCAATGACTTTCTATTTAACCATCAACAAGATGAACAATTAGCAATGGCATATATAGCCGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTC > NC_000913/2787984‑2788255 | aaaCCGGGTTCCACAATCTCAAGTATCCCATCAGAAAGACGGATATTGATTAACATTAACCACGATTTTCCTAACAATGGTAATCTTTTCAATGACTTTCTATTTAACCATCAACAAGATGAACAATTAGCAATGACata < 2:841123/140‑1 (MQ=255) cGGGTTCCACAATCTCAAGTATCCCATCAGAAAGACGGATATTGATTAACATTAACCACGATTTTCCTAACAATGGTAATCTTTTCAATGACTTTCTATTTAACCATCAACAAGATGAACAATTAGCAATGACAtatata > 2:587253/1‑140 (MQ=255) gggTTCCACAATCTCAAGTATCCCATCAGAAAGACGGATATTGATTAACATTAACCACGATTTTCCTAACAATGGTAATCTTTTCAATGACTTTCTATTTAACCATCAACAAGATGAACAATTAGCAATGACATATATAg < 2:2601/140‑1 (MQ=255) cacaATCTCAAGTATCCCATCAGAAAGACGGATATTGATTAACATTAACCACGATTTTCCTAACAATGGTAATCTTTTCAATGACTTTCTATTTAACCATCAACAAGATGAACAATTAGCAATGACATATATAGCCGctc > 1:624103/1‑140 (MQ=255) aGTATCCCATCAGAAAGACGGATATTGATTAACATTAACCACGATTTTCCTAACAATGGTAATCTTTTCAATGACTTTCTATTTAACCATCAACAAGATGAACAATTAGCAATGACATATATAGCCGCTCTGCCGTTcag > 2:613488/1‑140 (MQ=255) aGTATCCCATCAGAAAGACGGATATTGATTAACATTAACCACGATTTTCCTAACAATGGTAATCTTTTCAATGACTTTCTATTTAACCATCAACAAGATGAACAATTAGCAATGACATATATAGCCGCTCTGCCGTTcag < 1:587253/140‑1 (MQ=255) aTCCCATCAGAAAGACGGATATTGATTAACATTAACCACGATTTTCCTAACAATGGTAATCTTTTCAATGACTTTCTATTTAACCATCAACAAGATGAACAATTAGCAATGACATATATAGCCGCTCTGCCGTTcagcag < 2:354152/140‑1 (MQ=255) tCCCATCAGAAAGACGGATATTGATTAACATTAACCACGATTTTCCTAACAATGGTAATCTTTTCAATGACTTTCTATTTAACCATCAACAAGATGAACAATTAGCAATGACATATATAGCCGCTCTGCCGTTcag > 1:508730/1‑136 (MQ=255) tCCCATCAGAAAGACGGATATTGATTAACATTAACCACGATTTTCCTAACAATGGTAATCTTTTCAATGACTTTCTATTTAACCATCAACAAGATGAACAATTAGCAATGACATATATAGCCGCTCTGCCGTTcag < 2:508730/136‑1 (MQ=255) cccATCAGAAAGACGGATATTGATTAACATTAACCACGATTTTCCTAACAATGGTAATCTTTTCAATGACTTTCTATTTAACCATCAACAAGATGAACAATTAGCAATGACATATATAGCCGCTCTGCCGTTCAGCAGGc > 1:187575/1‑140 (MQ=255) cccATCAGAAAGACGGATATTGATTAACATTAACCACGATTTTCCTAACAATGGTAATCTTTTCAATGACTTTCTATTTAACCATCAACAAGATGAACAATTAGCAATGACATATATAGCCGCTCTGCCGTTCAGCAGGc > 1:427976/1‑140 (MQ=255) gtataagaGACAGATATTGATTAACATTAACCACGATTTTCCTAACAATGGTAATCTTTTCAATGACTTTCTATTTAACCATCAACAAGATGAACAATTAGCAATGACATATATAGCCGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCtt > 2:610384/8‑140 (MQ=255) aTCAGAAAGACGGATATTGATTTACATTAACCACGATTTTCCTAACAATGGTAATCTTTTCAATGACTTTCTATTTAACCATCAACAAGATGAACAATTAGCAATGACATATATAGCCGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCtt < 1:548054/140‑1 (MQ=255) aTCAGAAAGACGGATATTGATTAACATTAACCACGATTTTCCTAACAATGGTAATCTTTTCAATGACTTTCTATTTAACCATCAACAAGATGAACAATTAGCAATGACATATATAGCCGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCtt < 1:669287/140‑1 (MQ=255) tCAGAAAGACGGATATTGATTAACATTAACCACGATTTTCCTAACAATGGTAATCTTTTCAATGACTTTCTATTTAACCATCAACAAGATGAACAATTAGCAATGACATATATAGCCGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCttt < 2:256853/140‑1 (MQ=255) tCAGAAAGACGGATATTGATTAACATTAACCACGATTTTCCTAACAATGGTAATCTTTTCAATGACTTTCTATTTAACCATCAACAAGATGAACAATTAGCAATGACATATATAGCCGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCttt > 1:376920/1‑140 (MQ=255) atatTGATTAACATTAACCACGATTTTCCTAACAATGGAAATCTTTTCAATGACTTTCTATTTAACCATCAACAAGATGAACAATTAGCAATGACATATATAGCCGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGa > 1:847569/1‑140 (MQ=255) gATTAACATTAACCACGATTTTCCTAACAATGGTAATCTTTTCAATGACTTTCTATTTAACCATCAACAAGATGAACAATTAGCAATGACATATATAGCCGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGcc < 2:427976/140‑1 (MQ=255) attaacattaacCACGATTTTCCTAACAATGGTAATCTTTTCAATGACTTTCTATTTAACCATCAACAAGATGAACAATTAGCAATGACATATATAGCCGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCa > 1:648999/1‑140 (MQ=255) attaacattaacCACGATTTTCCTAACAATGGTAATCTTTTCAATGACTTTCTATTTAACCATCAACAAGATGAACAATTAGCAATGACATATATAGCCGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCa > 2:716538/1‑140 (MQ=255) acCACGATTTTCCTAACAATGGTAATCTTTTCAATGACTTTCTATTTAACCATCAACAAGATGAACAATTAGCAATGACATATATAGCCGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTaaaa > 1:564970/1‑140 (MQ=255) acCACGATTTTCCTAACAATGGTAATCTTTTCAATGACTTTCTATTTAACCATCAACAAGATGAACAATTAGCAATGACATATATAGCCGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTaaaa > 2:535601/1‑140 (MQ=255) aTCTTTTCAATGACTTTCTATTTAACCATCAACAAGATGAACAATTAGCAATGACATATATAGCCGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTat > 1:449444/1‑140 (MQ=255) ttttCAATGACTTTCTATTTAACCATCAACAAGATGAACAATTAGCAATGGCATATATAGCCGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTatgat > 1:181717/1‑140 (MQ=255) ttttCAATGACTTTCTATTTAACCATCAACAAGATGAACAATTAGCAATGACATATATAGCCGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTatgat > 2:411559/1‑140 (MQ=255) ttCAATGACTTTCTATTTAACCATCAACAAGATGAACAATTAGCAATGACATATATAGCCGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTa > 1:73955/1‑127 (MQ=255) ttCAATGACTTTCTATTTAACCATCAACAAGATGAACAATTAGCAATGACATATATAGCCGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTa < 2:73955/127‑1 (MQ=255) tCAATGACTTTCTATTTAACCATCAACAAGATGAACAATTAGCAATGACATATATAGCCGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATggg > 2:795631/1‑140 (MQ=255) tCAACAAGATGAACAATTAGCAATGACATATATAGCCGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAgg > 2:551877/1‑140 (MQ=255) tCAACAAGATGAACAATTAGCAATGACATATATAGCCGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAgg > 2:721370/1‑140 (MQ=255) tCAACAAGATGAACAATTAGCAATGACATATATAGCCGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAgg > 2:743311/1‑140 (MQ=255) tCAACAAGATGAACAATTAGCAATGACATATATAGCCGCTCTGCCGTTCAACAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAgg > 1:848767/1‑140 (MQ=255) caacaaGATGAACAATTAGCAATGACATATATAGCCGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGc > 1:748356/1‑140 (MQ=255) aacaaGATGAACAATTAGCAATGACATATATAGCCGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCg < 1:411559/140‑1 (MQ=255) aacaaGATGAACAATTAGCAATGACATATATAGCCGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCg < 2:848767/140‑1 (MQ=255) gATGAACAATTAGCAATGACATATATAGCCGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAg < 2:371261/138‑1 (MQ=255) gATGAACAATTAGCAATGACATATATAGCCGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAg > 1:371261/1‑138 (MQ=255) aaCAATTAGCAATGGCATATATAGCCGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTtaat < 2:653242/140‑1 (MQ=255) aaCAATTAGCAATGACATATATAGCCGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTtaat < 1:795631/140‑1 (MQ=255) aCAATTAGCAATGACATATATAGCCGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTtaata > 2:347646/1‑140 (MQ=255) tAGCAATGACATATATAGCCGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGt < 1:524261/140‑1 (MQ=255) aTGACATATATAGCCGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGctc < 1:551877/140‑1 (MQ=255) aTGACATATATAGCCGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGctc < 2:748356/140‑1 (MQ=255) | AAACCGGGTTCCACAATCTCAAGTATCCCATCAGAAAGACGGATATTGATTAACATTAACCACGATTTTCCTAACAATGGTAATCTTTTCAATGACTTTCTATTTAACCATCAACAAGATGAACAATTAGCAATGGCATATATAGCCGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTC > NC_000913/2787984‑2788255 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |