| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,015,515 | (T)7→8 | intergenic (+56/‑200) | pqiC → / → rmf | intermembrane transport lipoprotein PqiC/ribosome modulation factor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,015,508 | 1 | . | T | 97.7% | 128.5 / ‑3.4 | 43 | intergenic (+49/‑207) | pqiC/rmf | intermembrane transport lipoprotein PqiC/ribosome modulation factor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/0); new base T (16/26); total (17/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.95e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGATGGTTACGATGAGATGGTTAAAGTGCTGGCCGGTGTCTGGAGTCAGGAAGCCGCTTCTATTGCACAAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTGAGGC‑GG‑TTTTTTTGTCTCTAACGTGCGGAAAAATTTGTTCCTCTTCACATTTTTTGTACAACCGACATGCCCGTGTAGCTCACAAATATGACAGTGGCGTGAATTTTGCGCATTGACGGCAGTTATGATTCGCGGTA > NC_000913/1015369‑1015639 | ggATGGTTACGATGAGATGGTTAAAGTGCTGGCCGGTGTCTGGAGTCAGGAAGCCGCTTCTATTGCACAAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTGAGGC‑gg > 1:424320/1‑140 (MQ=255)ggATGGTTACGATGAGATGGTTAAAGTGCTGGCCGGTGTCTGGAGTCAGGAAGCCGCTTCTATTGCACAAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTGAGGC‑gg > 1:340006/1‑140 (MQ=255) gTTACGATGAGATGGTTAAAGTGCTGGCCGGTGTCTGGAGTCAGGAAGCCGCTTCTATTGCACAAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTGAGGC‑GG‑ttttt > 2:901088/1‑140 (MQ=255) tACGATGAGATGGTTAAAGTGCTGGCCGGTGTCTGGAGTCAGGAAGCCGCTTCTATTGCACAAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTGAGGC‑GG‑ttttttt < 2:340006/140‑1 (MQ=255) 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1:18869/1‑140 (MQ=255) aTGGTTAAAGCGCTGGCCGGTGTCTGGAGTCAGGAAGCCGCTTCTATTGCACAAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTGAGGCGGG‑TTTTTTTGTctctca > 2:827343/1‑138 (MQ=255) gTTAAAGTGCTGGCCGGTGTCTGGAGTCAGGAAGCCGCTTCTATTGCACAAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTGAGGC‑GGTTTTTTTTGTCTCTAACGt < 1:672462/140‑1 (MQ=255) aGTGCTGGCCGGTGTCTGGAGTCAGGAAGCCGCTTCTATTGCACAAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTGAGGC‑GGTTTTTTTTGTCTCTAACGTGCGGa < 1:1178690/140‑1 (MQ=255) tGGCCGGTGTCTGGAGTCAGGAAGCCGCTTCTATTGCACAAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTGAGGC‑GGTTTTTTTTTTTTCTAACGCGGGGAAAAAt > 2:329745/1‑140 (MQ=255) tGGCCGGTGTCTGGAGTCAGGAAGCCGCTTCTATTGCACAAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTGAGGC‑GG‑TTTTTTTTTCTCTAACGTGCGGAAAAAtt > 1:250007/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) ttGCACAAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTGAGGC‑GGTTTTTTTTTTCTTTTAAGCGCGGAAAAATTTTTTTCTCTTCACCTTTTTTTTATAACCGACa > 2:598038/1‑140 (MQ=255) tGCACAAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTAGCCTGAGGC‑GGTTTTTTTTTTCTCTAAAGTGCGGAAAAATTTTTTTCTCTTCACATTTTTTGTACAACCGACAt > 2:1112419/1‑140 (MQ=255) cacaAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTGAGGC‑GGTTTTTTTTTTCTCTAACGTGCGGGAAAATTTGTTCCTCTTCACATTTTTTTTACAACCCACATGc > 2:222411/1‑140 (MQ=255) cacaAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTGAGGC‑GGTTTTTTTTGTCTCTAACGTGCGGAAAAATTTGTTCCTCTTCACATTTTTTGTACAACCGACATGc < 1:222411/140‑1 (MQ=255) aTAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTGAGGC‑GGTTTTTTTTTTTTCTAAACTGCGGGAAAAATTGTTTCTCTTCCCATTTTTTTTTCAACCGACAAGCCCctgtgg > 2:858696/1‑138 (MQ=255) aaGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTGAGGC‑GGTTTTTTTTGTCTCTAACGTGCGGAAAAATTTGTTCCTCTTCACATTTTTTGTACAACCGACATGCCCGTGTAGCTc < 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(MQ=255) tGAGGC‑GGTTTTTTTTGTCTCTAACGTGCGGAAAAATTTGTTCCTCTTCACATTTTTTGTACAACCGACATGCCCGTGTAGCTCACAAATATGACAGTGGCGTGAATTTTGCGCATTGACGGCAGTTATGATTCGCGGTa < 1:635370/140‑1 (MQ=255) | GGATGGTTACGATGAGATGGTTAAAGTGCTGGCCGGTGTCTGGAGTCAGGAAGCCGCTTCTATTGCACAAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTGAGGC‑GG‑TTTTTTTGTCTCTAACGTGCGGAAAAATTTGTTCCTCTTCACATTTTTTGTACAACCGACATGCCCGTGTAGCTCACAAATATGACAGTGGCGTGAATTTTGCGCATTGACGGCAGTTATGATTCGCGGTA > NC_000913/1015369‑1015639 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |