Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,594,256 | (C)8→9 | pseudogene (3831/5422 nt) | yneO ← | AIDA‑I family autotransporter YneO |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,594,248 | 1 | . | C | 93.7% | 273.7 / 9.1 | 79 | pseudogene (3839/5422 nt) | yneO | AIDA‑I family autotransporter YneO |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/4); new base C (39/35); total (40/39) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.01e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 |
TTAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATT‑T‑‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTACGCTC > NC_000913/1594109‑1594375 | ttAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAAtt‑t > 1:1213382/1‑140 (MQ=255) tAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATT‑T‑‑c < 2:533161/140‑1 (MQ=255) cacGCAGTGCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATT‑T‑‑ccccccc > 1:834722/1‑140 (MQ=255) acGCAGTGCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATT‑T‑‑cccccccc < 1:444720/140‑1 (MQ=255) cccccccAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATT‑TC‑CCCCCCCCACGATATc > 1:397089/1‑140 (MQ=255) cccccccAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATT‑T‑‑ccc > 1:305868/1‑126 (MQ=255) cccccccAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATT‑T‑‑ccc < 2:305868/126‑1 (MQ=255) ccccccAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATT‑T‑‑CCCCCCCCACGATATCcg < 2:507440/140‑1 (MQ=255) cccccAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATT‑TC‑CCCCCCCCACGATATCcg > 1:910011/1‑140 (MQ=255) ccAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATT‑TC‑CCCCCCCCACGATATCcgtcg > 1:1092216/1‑140 (MQ=255) ccAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATT‑TC‑CCCCCCCCACGATATCcgtcg < 1:1091617/140‑1 (MQ=255) ccAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATT‑TC‑CCCCCCCCACGATATCcgtcg < 2:834722/140‑1 (MQ=255) aGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATT‑TC‑CCCCCCCCACGatat < 1:638579/132‑1 (MQ=255) aGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATT‑TC‑CCCCCCCCACGatat > 2:638579/1‑132 (MQ=255) tAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATT‑TC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTg > 2:62221/1‑140 (MQ=255) tAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATT‑TC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTg > 1:230318/1‑140 (MQ=255) cATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATT‑TC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATAcgcc > 2:731364/1‑140 (MQ=255) tatCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATT‑TC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATAcgccgc < 1:501131/140‑1 (MQ=255) aCCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATT‑TC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGaa < 2:748097/140‑1 (MQ=255) aCCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATT‑TC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGaa > 1:910063/1‑140 (MQ=255) ccTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATT‑TC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGaa < 1:1070504/139‑1 (MQ=255) ccTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATT‑TC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGaa > 2:1070504/1‑139 (MQ=255) cTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTAC‑‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATc < 2:879093/140‑1 (MQ=255) cTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATT‑TC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGAt > 1:1057562/1‑127 (MQ=255) cTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATT‑TC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGAt < 2:1057562/127‑1 (MQ=255) cAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATT‑TC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCgtt > 1:349769/1‑140 (MQ=255) gACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATT‑TC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAaga > 2:1098664/1‑140 (MQ=255) cATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATT‑TC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGt < 1:679046/140‑1 (MQ=255) cATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATT‑TC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGt < 2:910011/140‑1 (MQ=255) tttCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATT‑TC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCa > 2:790317/1‑140 (MQ=255) ttCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATT‑TC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAg < 2:1096635/140‑1 (MQ=255) tCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATT‑TC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAgg > 1:499782/1‑140 (MQ=255) tCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATT‑TC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAgg < 2:910063/140‑1 (MQ=255) cATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATT‑TC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCg < 2:499782/140‑1 (MQ=255) cATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATT‑TC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCg < 2:1213382/140‑1 (MQ=255) cATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATT‑T‑‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCgg < 1:1263603/140‑1 (MQ=255) acacCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATT‑TC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTAc < 1:731364/140‑1 (MQ=255) gCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATT‑TC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGt < 1:427068/140‑1 (MQ=255) cTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATT‑TC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGtt < 1:994030/140‑1 (MQ=255) cTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATT‑T‑‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCCGttt > 1:737090/1‑140 (MQ=255) tGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATT‑TC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGttt > 2:310457/1‑140 (MQ=255) tGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATT‑TC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGttt < 2:397089/140‑1 (MQ=255) ttATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATT‑TC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTg < 2:1092216/140‑1 (MQ=255) gATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATT‑TCCCCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTcac > 1:1073307/1‑140 (MQ=255) gATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATT‑TC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGGGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTcgca > 2:775194/1‑140 (MQ=255) atatAAATGTTTTGCCTTGCCATATAAAGGGCAGAGTCGGACCCGAAAGCAATT‑C‑‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATc < 2:737090/140‑1 (MQ=255) tatTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATT‑TC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATc > 1:548544/1‑140 (MQ=255) tAATGTGTTGACTTGCCATTTTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATT‑TC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATc < 2:909281/137‑1 (MQ=255) tAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATT‑TC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATc > 1:909281/1‑137 (MQ=255) tAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATT‑TC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCacc > 2:1111297/1‑140 (MQ=255) tAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATT‑TC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCacc > 1:690299/1‑140 (MQ=255) aTGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATT‑TC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCaccgc > 2:19355/1‑140 (MQ=255) tgtgTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATT‑TC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCaccgct < 1:19355/140‑1 (MQ=255) tgtgTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTAGGAACCGAAAGCAATT‑TC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCaccgct < 1:181358/140‑1 (MQ=255) gtTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATT‑TC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCaccgctacc > 2:1219389/1‑140 (MQ=255) ttGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATT‑TC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCaccgctaccg > 1:369566/1‑140 (MQ=255) tGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATT‑TC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCaccgctaccgc > 1:249679/1‑140 (MQ=255) gACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATT‑TCCCCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCaccgctaccgc < 2:1073307/140‑1 (MQ=255) aCTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATT‑TC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTg > 2:987537/1‑140 (MQ=255) aCTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATT‑TC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTg > 2:633263/1‑140 (MQ=255) tGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATT‑TC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATa < 2:690299/140‑1 (MQ=255) gCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATT‑TC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATAc > 1:157818/1‑140 (MQ=255) tatTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATT‑TC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACtgtg < 1:310457/140‑1 (MQ=255) aTGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATT‑TC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCa < 2:230318/140‑1 (MQ=255) ggCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATT‑TC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGt > 1:14628/1‑136 (MQ=255) ggCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATT‑TC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGt < 2:14628/136‑1 (MQ=255) ggCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATT‑TC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATc > 2:413810/1‑140 (MQ=255) ggCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATT‑TC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATc > 2:378278/1‑140 (MQ=255) ggCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATT‑TC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATc > 2:524801/1‑140 (MQ=255) cAGAGTCGGAACCGAAAGCAATT‑TC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCa < 2:151831/136‑1 (MQ=255) cAGAGTCGGAACCGAAAGCAATT‑TC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCa > 1:151831/1‑136 (MQ=255) agTCGGAACCGAAAGCAATT‑TC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCa > 1:433733/1‑140 (MQ=255) agTCGGAACCGAAAGCAATT‑TC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCa > 1:245405/1‑140 (MQ=255) agTCGGAACCGAAAGCAATT‑TC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCa > 2:1246943/1‑140 (MQ=255) agTCGGAACCGAAAGCAATT‑TC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCa > 1:1125689/1‑140 (MQ=255) tCGGAACCGAAAGCAATT‑TC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGc > 1:47439/1‑140 (MQ=255) cGGAACCGAAAGCAATT‑TC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCt < 2:773469/140‑1 (MQ=255) cGGAACCGAAAGCAATT‑TC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCt < 2:1125689/140‑1 (MQ=255) gAACCGAAAGCAATT‑TC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTAc > 2:380007/1‑140 (MQ=255) aaCCGAAAGCAATT‑TC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTACg < 2:843604/140‑1 (MQ=255) aaCCGAAAGCAATT‑TC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTACg < 2:548544/140‑1 (MQ=255) aCCGAAAGCAATT‑TC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTACGc < 2:47439/140‑1 (MQ=255) cGAAAGCAATT‑TC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTCCCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTACGCTc < 1:36846/140‑1 (MQ=255) cGAAAGCAATT‑TC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTACGCTc < 2:1160456/140‑1 (MQ=255) cGAAAGCAATT‑TC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTACGCTc < 1:413810/140‑1 (MQ=255) cGAAAGCAATT‑TC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTACGCTc < 1:1111297/140‑1 (MQ=255) | TTAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATT‑T‑‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTACGCTC > NC_000913/1594109‑1594375 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |