| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,449,796 | C→T | A30T (GCT→ACT) | rpsC ← | 30S ribosomal subunit protein S3 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,449,796 | 0 | C | T | 98.0% | 326.0 / ‑1.9 | 98 | A30T (GCT→ACT) | rpsC | 30S ribosomal subunit protein S3 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base T (50/46); total (51/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.20e-01 | |||||||||||
CCGGGCGAGCAGTGTGAATGGTTACACGGATGCTCTTAGCCGGACGCTCGATAACGATACGAGATACGGACGCTTTAGCCAGTTCCTTAGTCAGGTACTGACGTACTTTAAAATCGCTGTCCAGGTTGTCAGCGAATTCTTTGGTGTTCGCAAACCAGGTAGAGTTCCATGGTTTTACAATACCCAGGCGAATACCATTAGGATGTACTTTCTGACCCATTGCTAGTCTCCAGAGTCTCAGCGATCGGACACAACCACAGTGATGTGGC > NC_000913/3449664‑3449932 | ccGGGCGAGCAGTGTGAATGGTTACACGGATGCTCTTAGCCGGACGCTCGATAACGATACGAGATACGGACGCTTTAGCCAGTTCCTTAGTCAGGTACTGACGTACTTTAAAATCGCTGTCCAGGTTGTCAGTGAATTCt > 2:217369/1‑140 (MQ=255)ccGGGCGAGCAGTGTGAATGGTTACACGGATGCTCTTAGCCGGACGCTCGATAACGATACGAGATACGGACGCTTTAGCCAGTTCCTTAGTCAGGTACTGACGTACTTTAAAATCGCTGTCCAGGTTGTCAGTGAATTCt > 1:730314/1‑140 (MQ=255) gggCGAGCAGTGTGAATGGTTACACGGATGCTCTTAGCCGGACGCTCGATAACGATACGAGATACGGACGCTTTAGCCAGTTCCTTAGTCAGGTACTGACGTACTTTAAAATCGCTGTCCAGGTTGTCAGTGAATTCttt > 1:1069301/1‑140 (MQ=255) gggCGAGCAGTGTGAATGGTTACACGGATGCTCTTAGCCGGACGCTCGATAACGATACGAGATACGGACGCTTTAGCCAGTTCCTTAGTCAGGTACTGACGTACTTTAAAATCGCTGTCCAGGTTGTCAGTGAATTCttt > 1:960116/1‑140 (MQ=255) ggCGCGCAGTGTGAATGGTTACACGGATGCTCTTAGCCGGACGCTCGATAACGATACGAGATACGGACGCTTTAGCCAGTTCCTTAGTCAGGTACTGACGTACTTTAAAATCGCTGTCCAGGTTGTCAGTGAATTCTTTg > 2:1021711/1‑140 (MQ=255) cGAGCAGTGTGAATGGTTACACGGATGCTCTTAGCCGGACGCTCGATAACGATACGAGATACGGACGCTTTAGCCAGTTCCTTAGTCAGGTACTGACGTACTTTAAAATCGCTGTCCAGGTTGTCAGTGAATTCTTTGgt < 1:217369/140‑1 (MQ=255) gAGCAGTGTGAATGGTTACACGGATGCTCTTAGCCGGACGCTCGATAACGATACGAGATACGGACGCTTTAGCCAGTTCCTTAGTCAGGTACTGACGTACTTTAAAATCGCTGTCCAGGTTGTCAGTGAATTCTTTGgtg > 2:886506/1‑140 (MQ=255) gAGCAGTGTGAATGGTTACACGGATGCTCTTAGCCGGACGCTCGATAACGATACGAGATACGGACGCTTTAGCCAGTTCCTTAGTCAGGTACTGACGTACTTTAAAATCGCTGTCCAGGTTGTCAGTGAATTCTTTGgtg > 1:38372/1‑140 (MQ=255) aGCAGTGTGAATGGTTACACGGATGCTCTTAGCCGGACGCTCGATAACGATACGAGATACGGACGCTTTAGCCAGTTCCTTAGTCAGGTACTGACGTACTTTAAAATCGCTGTCCAGGTTGTCAGTGAATTCTTTGgtgt > 1:1235921/1‑140 (MQ=255) cAGTGTGAATGGTTACACGGATGCTCTTAGCCGGACGCTCGATAACGATACGAGATACGGACGCTTTAGCCAGTTCCTTAGTCAGGTACTGACGTACTTTAAAATCGCTGTCCAGGTTGTCAGTGAATTCTTTGGTGTTc > 2:963190/1‑140 (MQ=255) gtgtGAATGGTTACACGGATGCTCTTAGCCGGACGCTCGATAACGATACGAGATACGGACGCTTTAGCCAGTTCCTTAGTCAGGTACTGACGTACTTTAAAATCGCTGTCCAGGTTGTCAGTGAATTCTTTGGTGTTCGc < 1:976010/140‑1 (MQ=255) tgtgAATGGTTACACGGATGCTCTTAGCCGGACGCTCGATAACGATACGAGATACGGACGCTTTAGCCAGTTCCTTAGTCAGGTACTGACGTACTTTAAAATCGCTGTCCAGGTTGTCAGTGAATTCTTTGGTGTTCGCa > 1:1813/1‑140 (MQ=255) gtgAATGGTTACACGGATGCTCTTAGCCGGACGCTCGATAACGATACGAGATACGGACGCTTTAGCCAGTTCCTTAGTCAGGTACTGACGTACTTTAAAATCGCTGTCCAGGTTGTCAGTGAATTCTTTGGTGTTCGCaa < 2:1069301/140‑1 (MQ=255) tgAATGGTTACACGGATGCTCTTAGCCGGACGCTCGATAACGATACGAGATACGGACGCTTTAGCCAGTTCCTTAGTCAGGTACTGACGTACTTTAAAATCGCTGTCCAGGTTGTCAGTGAATTCTTTGGTGTTCGCaaa > 2:77581/1‑140 (MQ=255) gAATGGTTACACGGATGCTCTTAGCCGGACGCTCGATAACGATACGAGATACGGACGCTTTAGCCAGTTCCTTAGTCAGGTACTGACGTACTTTAAAATCGCTGTCCAGGTTGTCAGTGAATTCTTTGGTGTTCGCAAAc < 2:427766/140‑1 (MQ=255) aaTGGTTACACGGATGCTCTTAGCCGGACGCTCGATAACGATACGAGATACGGACGCTTTAGCCAGTTCCTTAGTCAGGTACTGACGTACTTTAAAATCGCTGTCCAGGTTGTCAGTGAATTCTTTGGTGTTCGCAAAcc < 2:740438/140‑1 (MQ=255) aTGGTTACACGGATGCTCTTAGCCGGACGCTCGATAACGATACGAGATACGGACGCTTTAGCCAGTTCCTTAGTCAGGTACTGACGTACTTTAAAATCGCTGTCCAGGTTGTCAGTGAATTCTTTGGTGTTCGCAAACCa > 1:151695/1‑140 (MQ=255) ttACACGGATGCTCTTAGCCGGACGCTCGATAACGATACGAGATACGGACGCTTTAGCCAGTTCCTTAGTCAGGTACTGACGTACTTTAAAATCGCTGTCCAGGTTGTCAGTGAATTCTTTGGTGTTCGCAAACCAGGTa < 1:220178/140‑1 (MQ=255) tACACGGATGCTCTTAGCCGGACGCTCGATAACGATACGAGATACGGACGCTTTAGCCAGTTCCTTAGTCAGGTACTGACGTACTTTAAAATCGCTGTCCAGGTTGTCAGTGAATTCTTTGGTGTTCGc > 1:1268695/1‑129 (MQ=255) tACACGGATGCTCTTAGCCGGACGCTCGATAACGATACGAGATACGGACGCTTTAGCCAGTTCCTTAGTCAGGTACTGACGTACTTTAAAATCGCTGTCCAGGTTGTCAGTGAATTCTTTGGTGTTCGc < 2:1268695/129‑1 (MQ=255) tACACGGATGCTCTTAGCCGGACGCTCGATAACGATACGAGATACGGACGCTTTAGCCAGTTCCTTAGTCAGGTACTGACGTACTTTAAAATCGCTGTCCAGGTTGTCAGTGAATTCTTTGGTGTTCGCAAAcc > 2:1139815/1‑134 (MQ=255) tACACGGATGCTCTTAGCCGGACGCTCGATAACGATACGAGATACGGACGCTTTAGCCAGTTCCTTAGTCAGGTACTGACGTACTTTAAAATCGCTGTCCAGGTTGTCAGTGAATTCTTTGGTGTTCGCAAAcc < 1:1139815/134‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aTGCTCTTAGCCGGACGCTCGATAACGATACGAGATACGGACGCTTTAGCCAGTTCCTTAGTCAGGTACTGACGTACTTTAAAATCGCTGTCCAGGTTGTCAGTGAATTCTTTGGTGTTCGCAAACCAGGTAGAGTTCCa > 1:65658/1‑140 (MQ=255) aTGCTCTTAGCCGGACGCTCGATAACGATACGAGATACGGACGCTTTAGCCAGTTCCTTAGTCAGGTACTGACGTACTTTAAAATCGCTGTCAAGGTTGTCAGTGAATTCTTTGGTGTTCGCAAACCAGGTAGAGTTCCa < 1:79851/140‑1 (MQ=255) aTGCTCTTAGCCGGACGCTCGATAACGATACGAGATACGGACGCTTTAGCCAGTTCCTTAGTCAGGTACTGACGTACTTTAAAATCGCTGTCAAGGTTGTCAGTGAATTCTTTGGTGTTCGCAAACCAGGTAGAGTTCCa > 2:79851/1‑140 (MQ=255) tGCTCTTAGCCGGACGCTCGATAACGATACGAGATACGGACGCTTTAGCCAGTTCCTTAGTCAGGTACTGACGTACTTTAAAATCGCTGTCCAGGTTGTCAGTGAATTCTTTGGTGTTCGCAAACCAGGTAGAGTTCCAt > 2:292108/1‑140 (MQ=255) tGCTCTTAGCCGGACGCTCGATAACGATACGAGATACGGACGCTTTAGCCAGTTCCTTAGTCAGGTACTGACGTACTTTAAAATCGCTGTCCAGGTTGTCAGTGAATTCTTTGGTGTTCGCAAACCAGGTAGAGTTCCAt < 1:1158765/140‑1 (MQ=255) gCTCTTAGCCGGACGCTCGATAACGATACGAGATACGGACGCTTTAGCCAGTTCCTTAGTCAGGTACTGACGTACTTTAAAATCGCTGTCCAGGTTGTCAGTGAATTCTTTGGTGTTCGCAAACCAGGTAGAGTTCCATg > 2:789680/1‑140 (MQ=255) gCTCTTAGCCGGACGCTCGATAACGATACGAGATACGGACGCTTTAGCCAGTTCCTTAGTCAGGTACTGACGTACTTTAAAATCGCTGTCCAGGTTGTCAGTGAATTCTTTGGTGTTCGCAAACCAGGTAGAGTTCCATg > 2:1103383/1‑140 (MQ=255) ctctTAGCCGGACGCTCGATAACGATACGAGATACGGACGCTTTAGCCAGTTCCTTAGTCAGGTACTGACGTACTTTAAAATCGCTGTCCAGGTTGTCAGTGAATTCTTTGGTGTTCGCAAACCAGGTAGAGTTCCATgg < 2:1813/140‑1 (MQ=255) tctTAGCCGGACGCTCGATAACGATACGAGATACGGACGCTTTAGCCAGTTCCTTAGTCAGGTACTGACGTACTTTAAAATCGCTGTCCAGGTTGTCAGTGAATTCTTTGGTGTTCGCAAACCAGGTAGAGTTCCATGGt < 2:38372/140‑1 (MQ=255) ctTAGCCGGACGCTCGATAACGATACGAGATACGGACGCTTTAGCCAGTTCCTTAGTCAGGTACTGACGTACTTTAAAATCGCTGTCCAGGTTGTCAGTGAATTCTTTGGTGTTCGCAAACCAGGTAGAGTTCCATGGtt < 1:789680/140‑1 (MQ=255) ctTAGCCGGACGCTCGATAACGATACGAGATACGGACGCTTTAGCCAGTTCCTTAGTCAGGTACTGACGTACTTTAAAATCGCTGTCCAGGTTGTCAGTGAATTCTTTGGTGTTCGCAAACCAGGTAGAGTTCCATGGtt < 2:1214597/140‑1 (MQ=255) ctTAGCCGGACGCTCGATAACGATACGAGATACGGACGCTTTAGCCAGTTCCTTAGTCAGGTACTGACGTACTTTAAAATCGCTGTCCAGGTTGTCAGTGAATTCTTTGGTGTTCGCAAACCAGGTAGAGTTCCATGGtt < 2:65658/140‑1 (MQ=255) ctTAGCCGGACGCTCGATAACGATACGAGATACGGACGCTTTAGCCAGTTCCTTAGTCAGGTACTGACGTACTTTAAAATCGCTGTCCAGGTTGTCAGTGAATTCTTTGGTGTTCGCAAACCAGGTAGAGTTCCATGGtt > 1:1123717/1‑140 (MQ=255) ttAGCCGGACGCTCGATAACGATACGAGATACGGACGCTTTAGCCAGTTCCTTAGTCAGGTACTGACGTACTTTAAAATCGCTGTCCAGGTTGTCAGTGAATTCTTTGGTGTTCGCAAACCAGGTAGAGTTCCATGGttt > 2:949818/1‑140 (MQ=255) aGCCGGACGCTCGATAACGATACGAGATACGGACGCTTTAGCCAGTTCCTTAGTCAGGTACTGACGTACTTTAAAATCGCTGTCCAGGTTGTCAGTGAATTCTTTGGTGTTCGCAAACCAGGTAGAGTTCCATGGTTTTa < 2:864475/140‑1 (MQ=255) aCGCTCGATAACGATACGAGATACGGACGCTTTAGCCAGTTCCTTAGTCAGGTACTGACGTACTTTAAAATCGCTGTCCAGGTTGTCAGTGAATTCTTTGGTGTTCGCAAACCAGGTAGAGTTCCATGGTTTTACAATAc > 1:266962/1‑140 (MQ=255) cGCTCGATAACGATACGAGATACGGACGCTTTAGCCAGTTCCTTAGTCAGGTACTGACGTACTTTAAAATCGCTGTCCAGGTTGTCAGTGAATTCTTTGGTGTTCGCAAACCAGGTAGAGTTCCATGGTTTTACAATAcc < 1:886506/140‑1 (MQ=255) gCTCGATAACGATACGAGATACGGACGCTTTAGCCAGTTCCTTAGTCAGGTACTGACGTACTTTAAAATCGCTGTCCAGGTTGTCAGTGAATTCTTTGGTGTTCGCAAACCAGGTAGAGTTCCATGGTTTTACAATAccc < 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(MQ=255) aGGTACTGACGTACTTTAAAATCGCTGTCCAGGTTGTCAGTGAATTCTTTGGTGTTCGCAAACCAGGTAGAGTTCCATGGTTTTACAATACCCAGGCGAATACCATTAGGATGTACTTTCTGACCCATTGCTAGTCTCCa > 2:622296/1‑140 (MQ=255) gTACTGACGTACTTTAAAATCGCTGTCCAGGTTGTCAGTGAATTCTTTGGTGTTCGCAAACCAGGTAGAGTTCCATGGTTTTACAATACCCAGGCGAATACCATTAGGATGTACTTTCTGACCCATTGCTAGTCTCCaga > 1:666466/1‑140 (MQ=255) tACTGACGTACTTTAAAATCGCTGTCCAGGTTGTCAGTGAATTCTTTGGTGTTCGCAAACCAGGTAGAGTTCCATGGTTTTACAATACCCAGGCGAATACCA‑TAGGATGTACTTTCTGACCCATTGCTa < 2:266819/129‑1 (MQ=255) tACTGACGTACTTTAAAATCGCTGTCCAGGTTGTCAGTGAATTCTTTGGTGTTCGCAAACCAGGTAGAGTTCCATGGTTTTACAATACCCAGGCGAATACCA‑TAGGATGTACTTTCTGACCCATTGCTa > 1:266819/1‑129 (MQ=255) cTGACGTACTTTAAAATCGCTGTCCAGGTTGTCAGTGAATTCTTTGGTGTTCGCAAACCAGGTAGAGTTCCATGGTTTTACAATACCCAGGCGAATACCATTAGGATGTACTTTCTGACCCATTGCTAGTCTCCAGAGtc > 1:486883/1‑140 (MQ=255) aCGTACTTTAAAATCGCTGTCCAGGTTGTCAGTGAATTCTTTGGTGTTCGCAAACCAGGTAGAGTTCCATGGTTTTACAATACCCAGGCGAATACCATTAGGATGTACTTTCTGACCCATTGCTAg < 1:1220507/126‑1 (MQ=255) 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tAAAATCGCTGTCCAGGTTGTCAGTGAATTCTTTGGTGTTCGCAAACCAGGTAGAGTTCCATGGTTTTACAATACCCAGGCGAATACCATTAGGATGTACTTTCTGACCCATTGCTAGTCTCCAGAGTCTCAGCGATCgg > 1:106791/1‑140 (MQ=255) aaaaTCGCTGTCCAGGTTGTCAGTGAATTCTTTGGTGTTCGCAAACCAGGTAGAGTTCCATGGTTTTACAATACCCAGGCGAATACCATTAGGATGTACTTTCTGACCCATTGCTAGTCTCCAGAGTCTCAGCGATCGGa < 2:233709/140‑1 (MQ=255) aTCGCTGTCCAGGTTGTCAGTGAATTCTTTGGTGTTCGCAAACCAGGTAGAGTTCCATGGTTTTACAATACCCAGGCGAATACCATTAGGATGTACTTTCTGACCCATTGCTAGTCTCCAGAGTCTCAGCGATCGGacac < 2:960116/140‑1 (MQ=255) cGCTGTCCAGGTTGTCAGTGAATTCTTTGGTGTTCGCAAACCAGGTAGAGTTCCATGGTTTTACAATACCCAGGCGAATACCATTAGGATGTACTTTCTGACCCATTGCTAGTCTCCAGAGTCTCAGCGATCGGACACaa < 2:196966/140‑1 (MQ=255) gCTGTCCAGGTTGTCAGTGAATTCTTTGGTGTTCGCAAACCAGGTAGAGTTCCATGGTTTTACAATACCCAGGCGAATACCATTAGGATGTACTTTCTGACCCATTGCTAGTCTCCAGAGTCTCAGCGATCGGACACAAc < 2:214407/140‑1 (MQ=255) cTGTCCAGGTTGTCAGTGAATTCTTTGGTGTTCGCAAACCAGGTAGAGTTCCATGGTTTTACAATACCCAGGCGAATACCATTAGGATGTACTTTCTGACCCATTGCTAGTCTCCAGAGTCTCAGCGATCGGACACAAcc > 1:901357/1‑140 (MQ=255) cTGTCCAGGTTGTCAGTGAATTCTTTGGTGTTCGCAAACCAGGTAGAGTTCCATGGTTTTACAATACCCAGGCGAATACCATTAGGATGTACTTTCTGACCCATTGCTAGTCTCCAGAGTCTCAGCGATCGGACACAAcc > 2:1139253/1‑140 (MQ=255) cTGTCCAGGTTGTCAGTGAATTCTTTGGTGTTCGCAAACCAGGTAGAGTTCCATGGTTTTACAATACCCAGGCGAATACCATTAGGATGTACTTTCTGACCCATTGCTAGTCTCCAGAGTCTCAGCGATCGGACACAAcc > 2:494998/1‑140 (MQ=255) gTCCAGGTTGTCAGTGAATTCTTTGGTGTTCGCAAACCAGGTAGAGTTCCATGGTTTTACAATACCCAGGCGAATACCATTAGGATGTACTTTCTGACCCATTGCTAGTCTCCAGAGTCTCAGCGATCGGACACAACcac < 1:793003/140‑1 (MQ=255) tCCAGGTTGTCAGTGAATTCTTTGGTGTTCGCAAACCAGGTAGAGTTCCATGGTTTTACAATACCCAGGCGAATACCATTAGGATGTACTTTCTGACCCATTGCTAGTCTCCAGAGTCTCAGCGATCGGACACAACca < 2:1211626/138‑1 (MQ=255) tCCAGGTTGTCAGTGAATTCTTTGGTGTTCGCAAACCAGGTAGAGTTCCATGGTTTTACAATACCCAGGCGAATACCATTAGGATGTACTTTCTGACCCATTGCTAGTCTCCAGAGTCTCAGCGATCGGACACAACca > 1:1211626/1‑138 (MQ=255) ggTTGTCAGTGAATTCTTTGGTGTTCGCAAACCAGGTAGAGTTCCATGGTTTTACAATACCCAGGCGAATACCATTAGGATGTACTTTCTGACCCATTGCTAGTCTCCAGAGTCTCAGCGATCGGACACAACCACAGTGa < 1:595522/140‑1 (MQ=255) ggTTGTCAGTGAATTCTTTGGTGTTCGCAAACCAGGTAGAGTTCCATGGTTTTACAATACCCAGGCGAATACCATTAGGATGTACTTTCTGACCCATTGCTAGTCTCCAGAGTCTCAGCGATCGGACACAACCACAGTGa < 1:473775/140‑1 (MQ=255) gTTGTCAGTGAATTCTTTGGTGTTCGCAAACCAGGTAGAGTTCCATGGTTTTACAATACCCAGGCGAATACCATTAGGATGTACTTTCTGACCCATTGCTAGTCTCCAGAGTCTCAGCGATCGGACACAACCACAGTGAt < 2:106791/140‑1 (MQ=255) gTTGTCAGCGAATTCTTTGGTGTTCGCAAACCAGGTAGAGTTCCATGGTTTTACAATACCCAGGCGAATACCATTAGGATGTACTTTCTGACCCATTGCTAGTCTCCAGAGTCTCAGCGATCGGACACAACCACAGTGAt < 1:225042/140‑1 (MQ=255) cAGTGAATTCTTTGGTGTTCGCAAACCAGGTAGAGTTCCATGGTTTTACAATACCCAGGCGAATACCATTAGGATGTACTTTCTGACCCATTGCTAGTCTCCAGAGTCTCAGCGATCGGACACAACCACAGTGATGTGGc > 2:894971/1‑140 (MQ=255) cAGTGAATTCTTTGGTGCTCGCAAACCAGGTAGAGTTCCATGGTTTTACAATACCCAGGCGAATACCATTAGGATGTACTTTCTGACCCATTGCTAGTCTCCAGAGTCTCAGCGATCGGACACAACCACAGTGATGTGGc > 2:195003/1‑140 (MQ=255) | CCGGGCGAGCAGTGTGAATGGTTACACGGATGCTCTTAGCCGGACGCTCGATAACGATACGAGATACGGACGCTTTAGCCAGTTCCTTAGTCAGGTACTGACGTACTTTAAAATCGCTGTCCAGGTTGTCAGCGAATTCTTTGGTGTTCGCAAACCAGGTAGAGTTCCATGGTTTTACAATACCCAGGCGAATACCATTAGGATGTACTTTCTGACCCATTGCTAGTCTCCAGAGTCTCAGCGATCGGACACAACCACAGTGATGTGGC > NC_000913/3449664‑3449932 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |