| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 635,915 | A→G | Y219H (TAT→CAT) | ybdN ← | putative PAPS reductase/DUF3440 domain‑containing protein YbdN |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 635,915 | 0 | A | G | 98.0% | 174.2 / ‑5.1 | 51 | Y219H (TAT→CAT) | ybdN | putative PAPS reductase/DUF3440 domain‑containing protein YbdN |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (21/29); total (21/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTCGATAACGTGATAGAGCCATAATCCTTGTCGTTGCTCCGGGCCAAAAGGTTCGCAAATTCGCATATGACGCAGAGGAACGCCTGCCTGATACATTAGGTTATACAGTGGGTTGCAGAGACTTTGATGATTTGCATACCAGGTCCAGATATCAGCCACTTTCCAGTCGTAAATGGGGTAAATGTACCAGCTATGACCGCCTGGTGCGGCCGTAGTCCAGGGTTTATCGTCGGCAAAACGTTGTTTATTTAAACTGGCGATGGCGACAAAACGG > NC_000913/635778‑636051 | ttCGATAACGTGATAGAGCCATAATCCTTGTCGTTGCTCCGGGCCAAAAGGTTCGCAAATTCGCATATGACGCAGAGGAACGCCTGCCTGATACATTAGGTTATACAGTGGGTTGCAGAGACTTTGATGATTTGCATGcc < 2:365740/140‑1 (MQ=255)ttCGATAACGTGATAGAGCCATAATCCTTGTCGTTGCTCCGGGCCAAAAGGTTCGCAAATTCGCATATGACGCAGAGGAACGCCTGCCTGATACATTAGGTTATACAGTGGGTTGCAGAGACTTTGATGATTTGCATGcc < 2:138414/140‑1 (MQ=255) cGATAACGTGATAGAGCCATAATCCTTGTCGTTGCTCCGGGCCAAAAGGTTCGCAAATTCGCATATGACGCAGAGGAACGCCTGCCTGATACATTAGGTTATACAGTGGGTTGCAGAGACTTTGATGATTTGCATGCCAg < 1:103396/140‑1 (MQ=255) aCGTGATAGAGCCATAATCCTTGTCGTTGCTCCGGGCCAAAAGGTTCGCAAATTCGCATATGACGCAGAGGAACGCCTGCCTGATACATTAGGTTATACAGTGGGTTGCAGAGACTTTGATGATTTGCATGCCAGGTCCa > 1:818588/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) cTCCGGGCCAAAAGGTTCGCAAATTCGCATATGACGCAGAGGAACGCCTGCCTGATACATTAGGTTATACAGTGGGTTGCAGAGACTTTGATGATTTGCATGCCAGGTCCAGATATCAGCCACTTTCCAGTCGTAAATgg > 1:337535/1‑140 (MQ=255) gggCCAAAAGGTTCGCAAATTCGCATATGACGCAGAGGAACGCCTGCCTGATACATTAGGTTATACAGTGGGTTGCAGAGACTTTGATGATTTGCATGCCAGGTCCAGATATCAGCCACTTTCCAGTCGTAAATGGGGTa < 2:110659/140‑1 (MQ=255) aaaGGTTCGCAAATTCGCATATGACGCAGAGGAACGCCTGCCTGATACATTAGGTTATACAGTGGGTTGCAGAGACTTTGATGATTTGCATGCCAGGTCCAGATATCAGCCACTTTCCAGTCGTAAATGGGGTAAATGTa < 1:510137/140‑1 (MQ=255) aaaGGTTCGCAAATTCGCATATGACGCAGAGGAACGCCTGCCTGATACATTAGGTTATACAGTGGGTTGCAGAGACTTTGATGATTTGCATGCCAGGTCCAGATATCAGCCACTTTCCAGTCGTAAATGGGGTAAATGTa < 1:895390/140‑1 (MQ=255) cGCAAATTCGCATATGACGCAGAGGAACGCCTGCCTGATACATTAGGTTATACAGTGGGTTGCAGAGACTTTGATGATTTGCATGCCAGGTCCAGATATCAGCCACTTTCCAGTCGTAAATGGGGTAAATGTACCAGCTa > 2:463986/1‑140 (MQ=255) cAAATTCGCATATGACGCAGAGGAACGCCTGCCTGATACATTAGGTTATACAGTGGGTTGCAGAGACTTTGATGATTTGCATGCCAGGTCCAGATATCAGCCACTTTCCAGTCGTAAATGGGGTAAATGTACCAGCTATg < 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(MQ=255) aCTTTGATGATTTGCATGCCAGGTCCAGATATCAGCCACTTTCCAGTCGTAAATGGGGTAAATGTACCAGCTATGACCGCCTGGTGCGGCCGTAGTCCAGGGTTTATCGTCGGCAAAACGTTGTTTATTTAAACtggcga > 2:857574/1‑140 (MQ=255) aCTTTGATGATTTGCATGCCAGGTCCAGATATCAGCCACTTTCCAGTCGTAAATGGGGTAAATGTACCAGCTATGACCGCCTGGTGCGGCCGTAGTCCAGGGTTTATCGTCGGCAAAACGTTGTTTATTTAAACtggcga > 1:564782/1‑140 (MQ=255) aCTTTGATGATTTGCATGCCAGGTCCAGATATCAGCCACTTTCCAGTCGTAAATGGGGTAAATGTACCAGCTATGACCGCCTGGTGCGGCCGTAGTCCAGGGTTTATCGTCGGCAAAACGTTGTTTATTTAAACtggcga > 2:682544/1‑140 (MQ=255) tttGCATGCCAGGTCCAGATATCAGCCACTTTCCAGTCGTAAATGGGGTAAATGTACCAGCTATGACCGCCTGGTGCGGCCGTAGTCCAGGGTTTATCGTCGGCAAAACGTTGTTTATTTAAACTGGCGATGGCGACaaa < 2:564782/140‑1 (MQ=255) cATACCAGGTCCAGATATCAGCCACTTTCCAGTCGTAAATGGGGTAAATGTACCAGCTATGACCGCCTGGTGCGGCCGTAGTCCAGGGTTTATCGTCGGCAAAACGTTGTTTATTTAAACTGGCGATGGCGACAAAACgg < 2:614564/140‑1 (MQ=255) | TTCGATAACGTGATAGAGCCATAATCCTTGTCGTTGCTCCGGGCCAAAAGGTTCGCAAATTCGCATATGACGCAGAGGAACGCCTGCCTGATACATTAGGTTATACAGTGGGTTGCAGAGACTTTGATGATTTGCATACCAGGTCCAGATATCAGCCACTTTCCAGTCGTAAATGGGGTAAATGTACCAGCTATGACCGCCTGGTGCGGCCGTAGTCCAGGGTTTATCGTCGGCAAAACGTTGTTTATTTAAACTGGCGATGGCGACAAAACGG > NC_000913/635778‑636051 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |