| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,594,132 | (C)8→9 | pseudogene (3955/5422 nt) | yneO ← | AIDA‑I family autotransporter YneO |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,594,124 | 1 | . | C | 88.7% | 160.7 / 13.5 | 53 | pseudogene (3963/5422 nt) | yneO | AIDA‑I family autotransporter YneO |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/4); new base C (22/25); total (24/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.78e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCC‑C‑CCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCCACG > NC_000913/1593987‑1594259 | aCGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑cc < 2:698582/140‑1 (MQ=255)aCGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑cc < 1:94001/140‑1 (MQ=255) gTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCACTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑ccc‑c < 2:914812/140‑1 (MQ=255) cATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCC‑C‑CCC‑CAGGCa > 1:881963/1‑140 (MQ=255) cATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCC‑C‑CCC‑CAGGCa < 1:476588/140‑1 (MQ=255) aTTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTCTTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCC‑C‑CCC‑CAGGCAt < 2:881963/140‑1 (MQ=255) aTTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCC‑C‑CCC‑CAGGCAt < 2:586313/140‑1 (MQ=255) aTTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCC‑C‑CCC‑CAGGCAt < 2:530681/140‑1 (MQ=255) aTTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑ccc‑c‑ccc‑cccaggca < 1:630534/140‑8 (MQ=255) ttGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCC‑C‑CCC‑CAGGCATa > 1:431426/1‑140 (MQ=255) tGCCTTTAACGGTCAGTACATCCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTAGAACCGTGCCGCCCTTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTA‑CCC‑CACCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTg < 2:272072/140‑1 (MQ=255) gCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCC‑C‑CCC‑CAGGCATAACg > 1:818251/1‑126 (MQ=255) gCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCC‑C‑CCC‑CAGGCATAACg < 2:818251/126‑1 (MQ=255) gTTAACGGTCAGTACATTCCCGGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCC‑C‑CCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAgt > 1:448960/1‑140 (MQ=255) gTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCC‑C‑CCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAgt > 2:941724/1‑140 (MQ=255) gTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCC‑C‑CCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAgt > 1:584324/1‑140 (MQ=255) gTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCC‑C‑CCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAgt > 1:578910/1‑140 (MQ=255) ttACCGGTCAGTACATCCCCCGGTTCCCCCCCTTCCCTTTTAATTTAAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCC‑C‑CCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAgtg < 2:912195/140‑1 (MQ=255) ttAAGGGGCTGTACAAGCCCCGGGTCCCCCCCTTCCCGTGTCTTTTTATCCGGGCCGCCATTCGCCATGCTGCCGCCGATATTGTTTGTATCGACGCGCAGTG‑CCC‑C‑CCCTCAGGCAGAACGTTCATATCACCTGCAgtg < 2:912196/140‑1 (MQ=255) tCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCC‑C‑CCC‑CACGCAAAACGTTCATATCACCACCAGTGGAGACAt > 1:562779/1‑140 (MQ=255) tACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCAC‑CCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTcc < 1:836667/140‑1 (MQ=255) tCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCC‑C‑CCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACa > 1:552806/1‑140 (MQ=255) tCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCC‑C‑CCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACa > 2:31099/1‑140 (MQ=255) tCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAAGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCC‑C‑CCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACa > 1:818868/1‑140 (MQ=255) ggTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCC‑C‑CCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTcc < 1:692850/130‑1 (MQ=255) ggTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCC‑C‑CCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTcc > 2:692850/1‑130 (MQ=255) ggTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCC‑C‑CCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTcc > 2:465420/1‑130 (MQ=255) ggTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCC‑C‑CCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTcc < 1:465420/130‑1 (MQ=255) gtgcgcccccTTGGCTATTCATTTGACCCGTGCCGCCATTCCCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCC‑C‑CCC‑CAGTCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCacac < 2:186705/135‑1 (MQ=255) gTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCC‑C‑CCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCacac < 1:31099/140‑1 (MQ=255) ttCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCC‑C‑CCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCg < 1:905198/140‑1 (MQ=255) ttCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCC‑C‑CCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCg < 1:941724/140‑1 (MQ=255) tCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCC‑C‑CCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGc > 1:887932/1‑140 (MQ=255) tCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCC‑C‑CCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGc > 2:447962/1‑140 (MQ=255) tCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCC‑C‑CCC‑CAGGCTTAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGCCATCACACCGCTGTTATgg > 1:186705/1‑140 (MQ=255) aTTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCC‑C‑CCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATAtt < 2:584324/140‑1 (MQ=255) tCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCC‑C‑CCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCacac < 2:322603/122‑1 (MQ=255) tCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCC‑C‑CCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCacac > 1:322603/1‑122 (MQ=255) tCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCC‑C‑CCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTaa < 1:283138/140‑1 (MQ=255) tGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCC‑C‑CCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGtt > 1:809527/1‑140 (MQ=255) gAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCC‑C‑CCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGtt < 1:234345/140‑1 (MQ=255) ccGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCC‑C‑CCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGAc < 2:431426/140‑1 (MQ=255) ccGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCC‑C‑CCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACt > 2:385321/1‑140 (MQ=255) cGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCC‑C‑CCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACt < 2:818868/140‑1 (MQ=255) tGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCC‑C‑CCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAAtgt > 2:890290/1‑131 (MQ=255) tGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCC‑C‑CCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAAtgt < 1:890290/131‑1 (MQ=255) ccgccATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCC‑C‑CCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGcc > 1:169235/1‑140 (MQ=255) ccgccATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCC‑C‑CCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGcc < 2:552806/140‑1 (MQ=255) ccgccATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCC‑C‑CCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGcc < 1:447962/140‑1 (MQ=255) ccAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCC‑C‑CCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGc < 1:385321/140‑1 (MQ=255) cAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCC‑C‑CCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGc > 1:168581/1‑140 (MQ=255) aTAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCC‑C‑CCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTa < 2:196758/122‑1 (MQ=255) aTAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCC‑C‑CCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTa > 1:196758/1‑122 (MQ=255) aGCGACACGCAGTGCCCC‑C‑CCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTc > 2:968726/1‑140 (MQ=255) cGACACGCAGTGCCCC‑C‑CCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTccc < 1:968726/140‑1 (MQ=255) cacGCAGTGCCCC‑C‑CCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTcccccc < 2:578910/140‑1 (MQ=255) cGCAGTGCCCC‑C‑CCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTcccccccc < 2:448960/140‑1 (MQ=255) cGCAGTGCCCC‑C‑CCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTcccccccc < 2:168581/140‑1 (MQ=255) cAGTG‑CCC‑C‑CCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTcccccccccac < 2:440070/140‑4 (MQ=255) | ACGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCC‑C‑CCC‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCCACG > NC_000913/1593987‑1594259 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |