| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,177,187 | A→G | E190G (GAA→GGA) | lolD → | lipoprotein release complex ‑ ATP binding subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,177,187 | 0 | A | G | 97.6% | 136.5 / ‑4.9 | 42 | E190G (GAA→GGA) | lolD | lipoprotein release complex ‑ ATP binding subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (19/22); total (19/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
TCTGGCGGCGAACGCCAGCGTGTGGCGATTGCCCGTGCGCTGGTGAATAACCCGCGCCTGGTACTGGCGGATGAACCTACCGGTAACCTCGATGCGCGTAACGCCGACAGCATCTTCCAGTTGCTTGGGGAATTGAATCGCTTGCAGGGCACCGCCTTCCTGGTGGTTACTCACGACCTGCAACTGGCGAAACGTATGAGCCGCCAGTTAGAAATGCGTGATGGTCGTCTGACGGCGGAACTGAGCCTGATGGGGGCGGAGTA > NC_000913/1177057‑1177319 | tCTGGCGGCGAACGCCAGCGTGTGGCGATTGCCCGTGCGCTGGTGAATAACCCGCGCCTGGTACTGGCGGATGAACCTACCGGTAACCTCGATGCGCGTAACGCCGACAGCATCTTCCAGTTGCTTGGGGGATTGAATCg > 1:765365/1‑140 (MQ=255) cTGGCGGCGAACGCCAGCGTGTGGCGATTGCCCGTGCGCTGGTGAATAACCCGCGCCTGGTACTGGCGGATGAACCTACCGGTAACCTCGATGCGCGTAACGCCGACAGCATCTTCCAGTTGCTTGGGGGATTGAATCGc < 2:117927/140‑1 (MQ=255) aaCGCCAGCGTGTGGCGATTGCCCGTGCGCTGGTGAATAACCCGCGCCTGGTACTGGCGGATGAACCTACCGGTAACCTCGATGCGCGTAACGCCGACAGCATCTTCCAGTTGCTTGGGGGATTGAATCGCTTGCAGGGc > 1:172923/1‑140 (MQ=255) ccAGCGTGTGGCGATTGCCCGTGCGCTGGTGAATAACCCGCGCCTGGTACTGGCGGATGAACCTACCGGTAACCTCGATGCGCGTAACGCCGACAGCATCTTCCAGTTGCTTGGGGGATTGAATCGCTTGCAGGGCACCg < 1:819147/140‑1 (MQ=255) ccAGCGTGTGGCGATTGCCCGTGCGCTGGTGAATAACCCGCGCCTGGTACTGGCGGATGAACCTACCGGTAACCTCGATGCGCGTAACGCCGACAGCATCTTCCAGTTGCTTGGGGGATTGAATCGCTTGCAGGGCACCg < 1:762087/140‑1 (MQ=255) cAGCGTGTGGCGATTGCCCGTGCGCTGGTGAATAACCCGCGCCTGGTACTGGCGGATGAACCTACCGGTAACCTCGATGCGCGTAACGCCGACAGCATCTTCCAGTTGCTTGGGGGATTGAATCGCTTGCAGGGCACCGc < 2:170529/140‑1 (MQ=255) tgtgGCGATTGCCCGTGCGCTGGTGAATAACCCGCGCCTGGTACTGGCGGATGAACCTACCGGTAACCTCGATGCGCGTAACGCCGACAGCATCTTCCAGTTGCTTGGGGGATTGAATCGCTTGCAGGGCACCGCCTTcc < 2:765365/140‑1 (MQ=255) tgtgGCGATTGCCCGTGCGCTGGTGAATAACCCGCGCCTGGTACTGGCGGATGAACCTACCGGTAACCTCGATGCGCGTAACGCCGACAGCATCTTCCAGTTGCTTGGGGGATTGAATCGCTTGCAGGGCACCGCCTTcc < 1:872507/140‑1 (MQ=255) tgGCGATTGCCCGTGCGCTGGTGAATAACCCGCGCCTGGTACTGGCGGATGAACCTACCGGTAACCTCGATGCGCGTAACGCCGACAGCATCTTCCAGTTGCTTGGGGGATTGAATCGCTTGCAGGGCACCGCCTTCCtg > 2:824820/1‑140 (MQ=255) tgGCGATTGCCCGTGCGCTGGTGAATAACCCGCGCCTGGTACTGGCGGATGAACCTACCGGTAACCTCGATGCGCGTAACGCCGACAGCATCTTCCAGTTGCTTGGGGGATTGAATCGCTTGCAGGGCACCGCCTTCCtg < 1:966138/140‑1 (MQ=255) ggCGATTGCCCGTGCGCTGGTGAATAACCCGCGCCTGGTACTGGCGGATGAACCTACCGGTAACCTCGATGCGCGTAACGCCGACAGCATCTTCCAGTTGCTTGGGGGATTGAATCGCTTGCAGGGCACCGCCTTCCtgg > 1:666533/1‑140 (MQ=255) aTTGCCCGTGCGCTGGTGAATAACCCGCGCCTGGTACTGGCGGATGAACCTACCGGTAACCTCGATGCGCGTAACGCCGACAGCATCTTCCAGTTGCTTGGGGGATTGAATCGCTTGCAGGGCACCGCCTTCCTggtggt < 1:384155/140‑1 (MQ=255) tGCCCGTGCGCTGGTGAATAACCCGCGCCTGGTACTGGCGGATGAACCTACCGGTAACCTCGATGCGCGTAACGCCGACAGCATCTTCCAGTTGCTTGGGGGATTGAATCGCTTGCAGGGCACCGCCTTCCTGGTGGTTa > 1:94056/1‑140 (MQ=255) gCCCGTGCGCTGGTGAATAACCCGCGCCTGGTACTGGCGGATGAACCTACCGGTAACCTCGATGCGCGTAACGCCGACAGCATCTTCCAGTTGCTTGGGGGATTGAATCGCTTGCAGGGCACCGCCTTCCTGGTGGTTAc > 1:23640/1‑140 (MQ=255) cGTGCGCTGGTGAATAACCCGCGCCTGGTACTGGCGGATGAACCTACCGGTAACCTCGATGCGCGTAACGCCGACAGCATCTTCCAGTTGCTTGGGGGATTGAATCGCTTGCAGGGCACCGCCTTCCTGGTGGTTACTCa < 2:336392/140‑1 (MQ=255) tGGTGAATAACCCGCGCCTGGTACTGGCGGATGAACCTACCGGTAACCTCGATGCGCGTAACGCCGACAGCATCTTCCAGTTGCTTGGGGGATTGAATCGCTTGCAGGGCACCGCCTTCCtggtgg > 1:968906/1‑126 (MQ=255) tGGTGAATAACCCGCGCCTGGTACTGGCGGATGAACCTACCGGTAACCTCGATGCGCGTAACGCCGACAGCATCTTCCAGTTGCTTGGGGGATTGAATCGCTTGCAGGGCACCGCCTTCCtggtgg < 2:968906/126‑1 (MQ=255) gTGAATAACCCGCGCCTGGTACTGGCGGAAGAACCTACCGGTAACCTCGATGCGCGTAACGCCGACAGCATCTTCCCGTTGCTTGGGGGATTGAATCGCTTGCAGGGCACCGCCTTCCTGGTGGTTACTCACGACCTGCa > 2:711454/1‑140 (MQ=255) cccGCGCCTGGTACTGGCGGATGAACCTACCGGTAACCTCGATGCGCGTAACGCCGACAGCATCTTCCAGTTGCTTGGGGGATTGAATCGCTTGCAGGGCACCGCCTTCCTGGTGGTTACTCACGACCTGCAACTGGCGa < 2:94056/140‑1 (MQ=255) gcgcCTGGTACTGGCGGATGAACCTACCGGTAACCTCGATGCGCGTAACGCCGACAGCATCTTCCAGTTGCTTGGGGGATTGAATCGCTTGCAGGGCACCGCCTTCCTGGTGGTTACTCACGACCTGCAACTGGCGAAAc > 1:207289/1‑140 (MQ=255) cTGGTACTGGCGGATGAACCTACCGGTAACCTCGATGCGCGTAACGCCGACAGCATCTTCCAGTTGCTTGGGGGATTGAATCGCTTGCAGGGCACCGCCTTCCTGGTGGTTACTCACGACCTGCAACTGGCGAAACGTAt > 1:892945/1‑140 (MQ=255) tACTGGCGGATGAACCTACCGGTAACCTCGATGCGCGTAACGCCGACAGCATCTTCCAGTTGCTTGGGGAATTGAATCGCTTGCAGGGCACCGCCTTCCTGGTGGTTACTCACGACCTGCAACTGGCGAAACGTATGAgc < 2:148877/140‑1 (MQ=255) cTGGCGGATGAACCTACCGGTAACCTCGATGCGCGTAACGCCGACAGCATCTTCCAGTTGCTTGGGGGATTGAATCGCTTGCAGGGCACCGCCTTCCTGGTGGTTACTCACGACCTGCAACTGGCGAAACGTATGAgccg < 2:432953/140‑1 (MQ=255) cTGGCGGATGAACCTACCGGTAACCTCGATGCGCGTAACGCCGACAGCATCTTCCAGTTGCTTGGGGGATTGAATCGCTTGCAGGGCACCGCCTTCCTGGTGGTTACTCACGACCTGCAACTGGCGAAACGTATGAgccg < 2:254534/140‑1 (MQ=255) ggCGGATGAACCTACCGGTAACCTCGATGCGCGTAACGCCGACAGCATCTTCCAGTTGCTTGGGGGATTGAATCGCTTGCAGGGCACCGCCTTCCTGGTGGTTACTCACGACCTGCAACTGGCGAAACGTATGAgccgcc > 1:409582/1‑140 (MQ=255) ggCGGATGAACCTACCGGTAACCTCGATGCGCGTAACGCCGACAGCATCTTCCAGTTGCTTGGGGGATTGAATCGCTTGCAGGGCACCGCCTTCCTGGTGGTTACTCACGACCTGCAACTGGCGAAACGTATGAgccgcc < 1:711027/140‑1 (MQ=255) cGGATGAACCTACCGGTAACCTCGATGCGCGTAACGCCGACAGCATCTTCCAGTTGCTTGGGGGATTGAATCGCTTGCAGGGCACCGCCTTCCTGGTGGTTACTCACGACCTGCAACTGGCGAAACGTATGAGCCGCCAg < 2:172923/140‑1 (MQ=255) tGAACCTACCGGTAACCTCGATGCGCGTAACGCCGACAGCATCTTCCAGTTGCTTGGGGGATTGAATCGCTTGCAGGGCACCGCCTTCCTGGTGGTTACTCACGACCTGCAACTGGCGAAACGTATGAGCCGCCAGTTAg > 2:491336/1‑140 (MQ=255) aCCTCGATGCGCGTAACGCCGACAGCATCTTCCAGTTGCTTGGGGGATTGAATCGCTTGCAGGGCACCGCCTTCCTGGTGGTTACTCACGACCTGCAACTGGCGAAACGTATGAGCCGCCAGTTAGAAATGCGTGATGgt > 2:107721/1‑140 (MQ=255) aCCTCGATGCGCGTAACGCCGACAGCATCTTCCAGTTGCTTGGGGGATTGAATCGCTTGCAGGGCACCGCCTTCCTGGTGGTTACTCACGACCTGCAACTGGCGAAACGTATGAGCCGCCAGTTAGAAATGCGTGATGgt > 2:770781/1‑140 (MQ=255) aCCTCGATGCGCGTAACGCCGACAGCATCTTCCAGTTGCTTGGGGGATTGAATCGCTTGCAGGGCACCGCCTTCCTGGTGGTTACTCACGACCTGCAACTGGCGAAACGTATGAGCCGCCAGTTAGAAATGCGTGATGgt > 2:172410/1‑140 (MQ=255) tCGATGCGCGTAACGCCGACAGCATCTTCCAGTTGCTTGGGGGATTGAATCGCTTGCAGGGCACCGCCTTCCTGGTGGTTACTCACGACCTGCAACTGGCGAAACGTATGAGCCGCCAGTTAGAAATGCGTGATGgtcgt > 1:708761/1‑140 (MQ=255) tGCGCGTAACGCCGACAGCATCTTCCAGTTGCTTGGGGGATTGAATCGCTTGCAGGGCACCGCCTTCCTGGTGGTTACTCACGACCTGCAACTGGCGAAACGTATGAGCCGCCAGTTAGAAATGCGTGATGGTCGTCTGa > 1:355603/1‑140 (MQ=255) cgTAACGCCGACAGCATCTTCCAGTTGCTTGGGGGATTGAATCGCTTGCAGGGCACCGCCTTCCTGGTGGTTACTCACGACCTGCAACTGGCGAAACGTATGAGCCGCCAGTTAGAAATGCGTGATGGTCGTCTGAcggc > 2:199682/1‑140 (MQ=255) ccGACAGCATCTTCCAGTTGCTTGGGGGATTGAATCGCTTGCAGGGCACCGCCTTCCTGGTGGTTACTCACGACCTGCAACTGGCGAAACGTATGAGCCGCCAGTTAGAAATGCGTGATGGTCGTCTGACGGCGGAACTg < 1:199682/140‑1 (MQ=255) aCAGCATCTTCCAGTTGCTTGGGGGATTGAATCGCTTGCAGGGCACCGCCTTCCTGGTGGTTACTCACGACCTGCAACTGGCGAAACGTATGAGCCGCCAGTTAGAAATGCGTGATGGTCGTCTGACGGCGGAACTGAGc < 2:409582/140‑1 (MQ=255) ccAGTTGCTTGGGGGATTGAATCGCTTGCAGGGCACCGCCTTCCTGGTGGTTACTCACGACCTGCAACTGGCGAAACGTATGAGCCGCCAGTTAGAAATGCGTGATGGTCGTCTGACGGCGGAACTGAGCCTGATggggg < 1:824820/140‑1 (MQ=255) ccAGTTGCTTGGGGGATTGAATCGCTTGCAGGGCACCGCCTTCCTGGTGGTTACTCACGACCTGCAACTGGCGAAACGTATGAGCCGCCAGTTAGAAATGCGTGATGGTCGTCTGACGGCGGAACTGAGCCTGATggggg < 1:172410/140‑1 (MQ=255) ccAGTTGCTTGGGGGATTGAATCGCTTGCAGGGCACCGCCTTCCTGGTGGTTACTCACGACCTGCAACTGGCGAAACGTATGAGCCGCCAGTTAGAAATGCGTGATGGTCGTCTGACGGCGGAACTGAGCCTGATggggg < 1:491336/140‑1 (MQ=255) ccAGTTGCTTGGGGGATTGAATCGCTTGCAGGGCACCGCCTTCCTGGTGGTTACTCACGACCTGCAACTGGCGAAACGTATGAGCCGCCAGTTAGAAATGCGTGATGGTCGTCTGACGGCGGAACTGAGCCTGATggggg < 1:165256/140‑1 (MQ=255) aGTTGCTTGGGGGATTGAATCGCTTGCAGGGCACCGCCTTCCTGGTGGTTACTCACGACCTGCAACTGGCGAAACGTATGAGCCGCCAGTTAGAAATGCGTGATGGTCGTCTGACGGCGGAACTGAGCCTGATGGGGGCg < 2:23640/140‑1 (MQ=255) cTTGGGGGATTGAATCGCTTGCAGGGCACCGCCTTCCTGGTGGTTACTCACGACCTGCAACTGGCGAAACGTATGAGCCGCCAGTTAGAAATGCGTGATGGTCGTCTGACGGCGGAACTGAGCCTGATGGGGGCGGAGTa > 1:317332/1‑140 (MQ=255) | TCTGGCGGCGAACGCCAGCGTGTGGCGATTGCCCGTGCGCTGGTGAATAACCCGCGCCTGGTACTGGCGGATGAACCTACCGGTAACCTCGATGCGCGTAACGCCGACAGCATCTTCCAGTTGCTTGGGGAATTGAATCGCTTGCAGGGCACCGCCTTCCTGGTGGTTACTCACGACCTGCAACTGGCGAAACGTATGAGCCGCCAGTTAGAAATGCGTGATGGTCGTCTGACGGCGGAACTGAGCCTGATGGGGGCGGAGTA > NC_000913/1177057‑1177319 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |