| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 235,181 | G→A | W122* (TGG→TGA) | yafS → | putative S‑adenosyl‑L‑methionine‑dependent methyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 235,181 | 0 | G | A | 98.2% | 187.9 / ‑5.0 | 56 | W122* (TGG→TGA) | yafS | putative S‑adenosyl‑L‑methionine‑dependent methyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (29/26); total (30/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
GTACAGGCGGACCCACTTCATCTTCCTTTTGCCGATAAATCCGTTGATGTTTGTCTACTGGCACATACATTGCCGTGGTGCACCGATCCGCATCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTATTGATTGATGATGGCTGGCTGGTCATTAGTGGCTTCAATCCCATCAGTTTTATGGGATTACGCAAACTTGTGCCGGTATTGCGCAAAACCTCGCCCTATAACAGCCGGATGTTTACTCTGATGCGGCAGCTGGACTGGCTCTCTTTGTT > NC_000913/235044‑235312 | gTACAGGCGGACCCACTTCATCTTCCTTTTGCCGATAAATCCGTTGATGTTTGTCTACTGGCACATACATTGCCGTGGTGCACCGATCCGCATCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTATTGATTGATGATggctgact > 1:89878/1‑140 (MQ=255) cAGGCGGACCCACTTCATCTTCCTTTTGCCGATAAATCCGTTGATGTTTGTCTACTGGCACATACATTGCCGTGGTGCACCGATCCGCATCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTATTGATTGATGATGGCTGACTGGt < 2:76239/140‑1 (MQ=255) gCGGACCCACTTCATCTTCCTTTTGCCGATAAATCCGTTGATGTTTGTCTACTGGCACATACATTGCCGTGGTGCACCGATCCGCATCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTATTGATTGATGATGGCTGGCTGGTCAt > 1:462191/1‑140 (MQ=255) gCGGACCCACTTCATCTTCCTTTTGCCGATAAATCCGTTGATGTTTGTCTACTGGCACATACATTGCCGTGGTGCACCGATCCGCATCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTATTGATTGATGATGGCTGACTGGTCAt > 2:155755/1‑140 (MQ=255) aCCCACTTCATCTTCCTTTTGCCGATAAATCCGTTGATGTTTGTCTACTGGCACATACATTGCCGTGGTGCACCGATCCGCATCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTATTGATTGATGATGGCTGACTGGTCATTAGt < 1:155755/140‑1 (MQ=255) aCTTCATCTTCCTTTTGCCGATAAATCCGTTGATGTTTGTCTACTGGCACATACATTGCCGTGGTGCACCGATCCGCATCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTATTGATTGATGATGGCTGACTGGTCATTAGTGGCt > 2:590458/1‑140 (MQ=255) ccTTTTGCCGATAAATCCGTTGATGTTTGTCTACTGGCACATACATTGCCGTGGTGCACCGATCCGCATCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTATTGATTGATGATGGCTGACTGGTCATTAGTGGCTTCAATCCCAt < 2:707229/140‑1 (MQ=255) cTTTTGCCGATAAATCCGTTGATGTTTGTCTACTGGCACATACATTGCCGTGGTGCACCGATCCGCTTCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTATTGATTGATGATGGCTGACTGGTCATTAGTGGCTTCAATCCCATc < 2:734024/140‑1 (MQ=255) ttttGCCGATAAATCCGTTGATGTTTGTCTACTGGCACATACATTGCCGTGGTGCACCGATCCGCATCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTATTGATTGATGATGGCTGACTGGTCATTAGTGGCTTCAATCCCATCa > 2:900711/1‑140 (MQ=255) ttttGCCGATAAATCCGTTGATGTTTGTCTACTGGCACATACATTGCCGTGGTGCACCGATCCGCATCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTATTGATTGATGATGGCTGACTGGTCATTAGTGGCTTCAATCCCATCa > 2:373688/1‑140 (MQ=255) aTAAATCCGTTGATGTTTGTCTACTGGCACATACATTGCCGTGGTGCACCGATCCGCATCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTATTGATTGATGATGGCTGACTGGTCATTAGTGGCTTCAATCCCATCAGTTTTATg > 2:73390/1‑140 (MQ=255) aaTCCGTTGATGTTTGTCTACTGGCACATACATTGCCGTGGTGCACCGATCCGCATCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTATTGATTGATGATGGCTGACTGGTCATTAGTGGCTTCAATCCCATCAGTTTTATGGGa < 1:373688/140‑1 (MQ=255) gTTGATGTTTGTCTACTGGCACATACATTGCCGTGGTGCACCGATCCGCATCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTATTGATTGATGATGGCTGACTGGTCATTAGTGGCTTCAATCCCATCAGTTTTATGGGATTACg < 2:196531/140‑1 (MQ=255) ttGTCTACTGGCACATACATTGCCGTGGTGCACCGATCCGCATCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTATTGATTGATGATGGCTGACTGGTCATTAGTGGCTTCAATCCCATCAGTTTTATGGGATTACGc < 2:952596/133‑1 (MQ=255) ttGTCTACTGGCACATACATTGCCGTGGTGCACCGATCCGCATCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTATTGATTGATGATGGCTGACTGGTCATTAGTGGCTTCAATCCCATCAGTTTTATGGGATTACGc > 1:952596/1‑133 (MQ=255) cTGGCACATACATTGCCGTGGTGCACCGATCCGCATCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTATTGATTGATGATGGCTGACTGGTCATTAGTGGCTTCAATCCCATCAGTTTTATGGGATTACGCAAACTTGTGCCGGt > 2:817585/1‑140 (MQ=255) catacatTGCCGTGGTGCACCGATCCGCATCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTATTGATTGATGATGGCTGACTGGTCATTAGTGGCTTCAATCCCATCAGTTTTATGGGATTACGCAAACTTGTGCCGGTATTgcg > 1:982980/1‑140 (MQ=255) tGCCGTGGTGCACCGATCCGCATCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTATTGATTGATGATGGCTGACTGGTTATTAGTGGCTTCAATCCCATCAGTTTTATGGGATTACGCAAACTTGTGCCGGTATTGCGCAAAAcc > 2:854382/1‑140 (MQ=255) tGCCGTGGTGCACCGATCCGCATCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTATTGATTGATGATGGCTGACTGGTCATTAGTGGCTTCAATCCCATCAGTTTTATGGGATTACGCAAACTTGTGCCGGTATTGCGCAAAAcc > 1:76837/1‑140 (MQ=255) tGCCGTGGTGCACCGATCCGCATCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTATTGATTGATGATGGCTGACTGGTCATTAGTGGCTTCAATCCCATCAGTTTTATGGGATTACGCAAACTTGTGCCGGTATTGCGCAAAAcc > 1:553727/1‑140 (MQ=255) gCCGTGGTGCACCGATCCGCATCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTATTGATTGATGATGGCTGACTGGTCATTAGTGGCTTCAATCCCATCAGTTTTATGGGATTACGCAAACTTGTGCCGGTATTGCGCAAAACCt < 1:854382/140‑1 (MQ=255) gCCGTGGTGCACCGATCCGCATCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTATTGATTGATGATGGCTGACTGGTCATTAGTGGCTTCAATCCCATCAGTTTTATGGGATTACGCAAACTTGTGCCGGTATTGCGCAAAACCt < 1:900711/140‑1 (MQ=255) tggtgCACCGATCCGCATCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTATTGATTGATGATGGCTGACTGGTCATTAGTGGCTTCAATCCCATCAGTTTTATGGGATTACGCAAACTTGTGCCGGTATTGCGCAAAACCTCGcc < 2:173185/140‑1 (MQ=255) tggtgCACCGATCCGCATCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTATTGATTGATGATGGCTGACTGGTCATTAGTGGCTTCAATCCCATCAGTTTTATGGGATTACGCAAACTTGTGCCGGTATTGCGCAAAACCTCGcc > 1:152399/1‑140 (MQ=255) gtgCACCGATCCGCATCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTATTGATTGATGATGGCTGACTGGTCATTAGTGGCTTCAATCCCATCAGTTTTATGGGATTACGCAAACTTGTGCCGGTATTGCGCAAAACCTCGCCCt > 1:789309/1‑140 (MQ=255) cACCGATCCGCATCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTATTGATTGATGATGGCTGACTGGTCATTAGTGGCTTCAATCCCATCAGTTTTATGGGATTACGCAAACTTGTGCCGGTATTGCGCAAAACCt > 1:273047/1‑131 (MQ=255) cACCGATCCGCATCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTATTGATTGATGATGGCTGACTGGTCATTAGTGGCTTCAATCCCATCAGTTTTATGGGATTACGCAAACTTGTGCCGGTATTGCGCAAAACCt < 2:273047/131‑1 (MQ=255) aCCGATCCGCATCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTATTGATTGATGATGGCTGACTGGTCATTAGTGGCTTCAATCCCATCAGTTTTATGGGATTACGCAAACTTGTGCCGGTATTGCGCAAAACCTCGCCCTATaa < 2:89878/140‑1 (MQ=255) aCCGATCCGCATCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTATTGATTGATGATGGCTGACTGGTCATTAGTGGCTTCAATCCCATCAGTTTTATGGGATTACGCAAACTTGTGCCGGTATTGCGCAAAACCTCGCCCTATaa < 2:254538/140‑1 (MQ=255) aTCCGCATCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTATTGATTGATGATGGCTGACTGGTCATTAGTGGCTTCAATCCCATCAGTTTTATGGGATTACGCAAACTTGTGCCGGTATTGCGCAAAACCt < 1:249299/126‑1 (MQ=255) aTCCGCATCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTATTGATTGATGATGGCTGACTGGTCATTAGTGGCTTCAATCCCATCAGTTTTATGGGATTACGCAAACTTGTGCCGGTATTGCGCAAAACCt > 2:249299/1‑126 (MQ=255) tCCGCATCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTATTGATTGATGATGGCTGACTGGTCATTAGTGGCTTCAATCCCATCAGTTTTATGGGATTACGCAAACTTGTGCCGGTATTGCGCAAAACCTCGCCCTATAACAGcc < 2:365082/140‑1 (MQ=255) ccGCATCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTATTGATTGATGATGGCTGACTGGTCATTAGTGGCTTCAATCCCATCAGTTTTATGGGATTACGCAAACTTGTGCCGGTATTGCGCAAAACCTCGCCCTATAACAGCCg < 2:553727/140‑1 (MQ=255) cGCATCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTATTGATTGATGATGGCTGACTGGTCATTAGTGGCTTCAATCCCATCAGTTTTATGGGATTACGCAAACTTGTGCCGGTATTGCGCAAAACCTCGCCCTATAACAGCCgg > 2:631695/1‑140 (MQ=255) cATCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTATTGATTGATGATGGCTGACTGGTCATTAGTGGCTTCAATCCCATCAGTTTTATGGGATTACGCAAACTTGTGCCGGTATTGCGCAAAACCTCGCCCTATAACAGCCGGAt > 1:61970/1‑140 (MQ=255) tCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTATTGATTGATGATGGCTGACTGGTCATTAGTGGCTTCAATCCCATCAGTTTTATGGGATTACGCAAACTTGTGCCGGTATTGCGCAAAACCTCGCCCTATAACAGCCGGATGt > 1:227693/1‑140 (MQ=255) tCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTATTGATTGATGATGGCTGACTGGTCATTAGTGGCTTCAATCCCATCAGTTTTATGGGATTACGCAAACTTGTGCCGGTATTGCGCAAAACCTCGCCCTATAACAGCCGGATGt < 2:61970/140‑1 (MQ=255) cGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTATTGATTGATGATGGCTGACTGGTCATTAGTGGCTTCAATCCCATCAGTTTTATGGGATTACGCAAACTTGTGCCGGTATTGCGCAAAACCTCGCCCTATAACAGCCg < 2:398263/134‑1 (MQ=255) cGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTATTGATTGATGATGGCTGACTGGTCATTAGTGGCTTCAATCCCATCAGTTTTATGGGATTACGCAAACTTGTGCCGGTATTGCGCAAAACCTCGCCCTATAACAGCCg > 1:398263/1‑134 (MQ=255) tGAAGCCGATCGGGTATTGATTGATGATGGCTGACTGGTCATTAGTGGCTTCAATCCCATCAGTTTTATGGGATTACGCAAACTTGTGCCGGTATTGCGCAAAACCTCGCCCTATAACAGCCGGATGTTTACTCTGATGc > 1:65836/1‑140 (MQ=255) gAAGCCGATCGGGTATTGATTGATGATGGCTGACTGGTCATTAGTGGCTTCAATCCCATCAGTTTTATGGGATTACGCAAACTTGTGCCGGTATTGCGCAAAACCTCGCCCTATAACAGCCGGATGTTTACTCTGATGCg < 2:398497/140‑1 (MQ=255) gAAGCCGATCGGGTATTGATTGATGATGGCTGACTGGTCATTAGTGGCTTCAATCCCATCAGTTTTATGGGATTACGCAAACTTGTGCCGGTATTGCGCAAAACCTCGCCCTATAACAGCCGGATGTTTACTCTGATGCg > 2:2186/1‑140 (MQ=255) ccGATCGGGTATTGATTGATGATGGCTGACTGGTCATTAGTGGCTTCAATCCCATCAGTTTTATGGGATTACGCAAACTTGTGCCGGTATTGCGCAAAACCTCGCCCTATAACAGCCGGATGTTTACTCTGATGCGGCAg < 2:143039/140‑1 (MQ=255) cGATCGGGTATTGATTGATGATGGCTGACTGGTCATTAGTGGCTTCAATCCCATCAGTTTTATGGGATTACGCAAACTTGTGCCGGTATTGCGCAAAACCTCGCCCTATAACAGCCGGATGTTTACTCTGATGCGGCAGc < 2:76837/140‑1 (MQ=255) aTCGGGTATTGATTGATGATGGCTGACTGGTCATTAGTGGCTTCAATCCCATCAGTTTTATGGGATTACGCAAACTTGTGCCGGTATTGCGCAAAACCTCGCCCTATAACAGCCGGATGTTTACTCTGATGCGGCAGCTg < 2:227693/140‑1 (MQ=255) tCGGGTATTGATTGATGATGGCTGACTGGTCATTAGTGGCTTCAATCCCATCAGTTTTATGGGATTACGCAAACTTGTGCCGGTATTGCGCAAAACCTCGCCCTATAACAGCCGGATGTTTACTCTGATGCGGCAGCTgg > 1:297485/1‑140 (MQ=255) cGGGTATTGATTGATGATGGCTGACTGGTCATTAGTGGCTTCAATCCCATCAGTTTTATGGGATTACGCAAACTTGTGCCGGTATTGCGCAAAACCTCGCCCTATAACAGCCGGATGTTTACTCTGATGCGGCAGCTGGa < 2:65836/140‑1 (MQ=255) gTATTGATTGATGATGGCTGACTGGTCATTAGTGGCTTCAATCCCATCAGTTTTATGGGATTACGCAAACTTGTGCCGGTATTGCGCAAAACCTCGCCCTATAACAGCCGGATGTTTACTCTGATGCGGCAGCTGGACTg < 2:297485/140‑1 (MQ=255) gattgatGATGGCTGACTGGTCATTAGTGGCTTCAATCCCATCAGTTTTATGGGATTACGCAAACTTGTGCCGGTATTGCGCAAAACCTCGCCCTATAACAGCCGGATGTTTACTCTGATGCGGCAGCTGGACTGGctct > 1:856003/1‑140 (MQ=255) atgatgGCTGACTGGTCATTAGTGGCTTCAATCCCATCAGTTTTATGGGATTACGCAAACTTGTGCCGGTATTGCGCAAAACCTCGCCCTATAACAGCCGGATGTTTACTCTGATGCGGCAGCTGGACTGGctctct > 2:67554/1‑137 (MQ=255) atgatgGCTGACTGGTCATTAGTGGCTTCAATCCCATCAGTTTTATGGGATTACGCAAACTTGTGCCGGTATTGCGCAAAACCTCGCCCTATAACAGCCGGATGTTTACTCTGATGCGGCAGCTGGACTGGctctct < 1:67554/137‑1 (MQ=255) atgatgGCTGACTGGTCATTAGTGGCTTCAATCCCATCAGTTTTATGGGATTACGCAAACTTGTGCCGGTATTGCGCAAAACCTCGCCCTATAACAGCCGGATGTTTACTCTGATGCGGCAGCTGGACTGGCTCTCTttg > 1:389975/1‑140 (MQ=255) atgatgGCTGACTGGTCATTAGTGGCTTCAATCCCATCAGTTTTATGGGATTACGCAAACTTGTGCCGGTATTGCGCAAAACCTCGCCCTATAACAGCCGGATGTTTACTCTGATGCGGCAGCTGGACTGGCTCTCTttg > 1:440973/1‑140 (MQ=255) atgatgGCTGACTGGTCATTAGTGGCTTCAATCCCATCAGTTTTATGGGATTACGCAAACTTGTGCCGGTATTGCGCAAAACCTCGCCCTATAACAGCCGGATGTTTACTCTGATGCGGCAGCTGGACTGGCTCTCTttg > 1:943698/1‑140 (MQ=255) atgatgGCTGACTGGTCATTAGTGGCTTCAATCCCATCAGTTTTATGGGATTACGCAAACTTGTGCCGGTATTGCGCAAAACCTCGCCCTATAACAGCCGGATGTTTACTCTGATGCGGCAGCTGGACTGGCTCTCTttg > 1:434055/1‑140 (MQ=255) atgatgGCTGACTGGTCATTAGTGGCTTCAATCCCATCAGTTTTATGGGATTACGCAAACTTGTGCCGGTATTGCGCAAAACCTCGCCCTATAACAGCCGGATGTTTACTCTGATGCGGCAGCTGGACTGGCTCTCTttg > 2:400240/1‑140 (MQ=255) gatgGCTGACTGGTCATTAGTGGCTTCAATCCCATCAGTTTTATGGGATTACGCAAACTTGTGCCGGTATTGCGCAAAACCTCGCCCTATAACAGCCGGATGTTTACTCTGATGCGGCAGCTGGACTGGCTCTCTttgtt < 2:434055/140‑1 (MQ=255) | GTACAGGCGGACCCACTTCATCTTCCTTTTGCCGATAAATCCGTTGATGTTTGTCTACTGGCACATACATTGCCGTGGTGCACCGATCCGCATCGTTTATTGCGTGAAGCCGATCGGGTATTGATTGATGATGGCTGGCTGGTCATTAGTGGCTTCAATCCCATCAGTTTTATGGGATTACGCAAACTTGTGCCGGTATTGCGCAAAACCTCGCCCTATAACAGCCGGATGTTTACTCTGATGCGGCAGCTGGACTGGCTCTCTTTGTT > NC_000913/235044‑235312 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |