| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 562,673 | (C)6→7 | coding (338/984 nt) | sfmH → | putative fimbrial adhesin protein SfmH |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 562,667 | 1 | . | C | 99.4% | 603.0 / ‑3.8 | 166 | coding (332/984 nt) | sfmH | putative fimbrial adhesin protein SfmH |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/0); new base C (90/75); total (91/75) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.87e-01 | |||||||||||
Only 100 of 170 total aligned reads displayed.
GGTGAATTATACATACCGTAGTTATGTCACCAACTTTATTGTTCAGGAAACTATCGATAATTATAAATATATGCAATTACATGATTATCTATTAGGTGCGATGAGTCTGGTTGATAGTGTGATGGATATTCAGTT‑‑C‑CCCCCGCAAAATTATATTCGGATGGGAACAGATCCTAACGTTTCGCAAAACCTTCCATTCGGGGTGATGGATTCTCGTTTAATATTTCGTTTAAAGGTTATTCGTCCCTTTATTAACATGGTGGAGATCCCCA > NC_000913/562533‑562801 | ggTGAATTATACATACCGTAGTTATGTCACCAACTTTATTGTTCAGGAAACTATCGATAATTATAAATATATGCAATTACATGATTATCTATTAGGTGCGATGAGTCTGGTTGATAGTGTGATGGATATTCAGTT‑‑c‑cccc > 2:861312/1‑140 (MQ=255) tGAATTATACATACCGTAGTTATGTCACCAACTTTATTGTTCAGGAAACTATCGATAATTATAAATATATGCAATTACATGATTATCTATTAGGTGCGATGAGTCTGGTTGATAGTGTGATGGATATTCAGTT‑‑c‑cccccc > 1:104224/1‑139 (MQ=255) acCGTAGTTATGTCACCAACTTTATTGTTCAGGAAACTATCGATAATTATAAATATATGCAATTACATGATTATCTATTAGGTGCGATGAGTCTGGTTGATAGTGTGATGGATATTCAGTTC‑C‑CCCCCGCAAAATTatat > 2:129550/1‑140 (MQ=255) acCGTAGTTATGTCACCAACTTTATTGTTCAGGAAACTATCGATAATTATAAATATATGCAATTACATGATTATCTATTAGGTGCGATGAGTCTGGTTGATAGTGTGATGGATATTCAGTTC‑C‑CCCCCGCAAAATTatat > 1:8089/1‑140 (MQ=255) gTAGTTATGTCACCAACTTTATTGTTCAGGAAACTATCGATAATTATAAATATATGCAATTACATGATTATCTATTAGGTGCGATGAGTCTGGTTGATAGTGTGATGGATATTCAGTTC‑C‑CCCCCGCAAAATTATATTCg < 1:907710/140‑1 (MQ=255) aGTTATGTCACCAACTTTATTGTTCAGGAAACTATCGATAATTATAAATATATGCAATTACATGATTATCTATTAGGTGCGATGAGTCTGGTTGATAGTGTGATGGATATTCAGTTC‑C‑CCCCCGCAAAATTATATTCGGa > 1:1079045/1‑140 (MQ=255) gTTATGTCACCAACTTTATTGTTCAGGAAACTATCGATAATTATAAATATATGCAATTACATGATTATCTATTAGGTGCGATGAGTCTGGTTGATAGTGTGATGGATATTCAGTTC‑C‑CCCCCGCAAAATTATATTCGGAt < 2:974039/140‑1 (MQ=255) tATGTCACCAACTTTATTGTTCAGGAAACTATCGATAATTATAAATATATGCAATTACATGATTATCTATTAGGTGCGATGAGTCTGGTTGATAGTGTGATGGATATTCAGTTC‑C‑CCCCCGCAAAATTATAtt > 1:954913/1‑133 (MQ=255) tCACCAACTTTATTGTTCAGGAAACTATCGATAATTATAAATATATGCAATTACATGATTATCTATTAGGTGCGATGAGTCTGGTTGATAGTGTGATGGATATTCAGTTC‑C‑CCCCCGCAAAATTATATTCGGATGGGAAc < 2:1555576/140‑1 (MQ=255) tCACCAACTTTATTGTTCAGGAAACTATCGATAATTATAAATATATGCAATTACATGATTATCTATTAGGTGCGATGAGTCTGGTTGATAGTGTGATGGATATTCAGTTC‑C‑CCCCCGCAAAATTATATTCGGATGGGAAc > 1:631030/1‑140 (MQ=255) cACCAACTTTATTGTTCAGGAAACTATCGATAATTATAAATATATGCAATTACATGATTATCTATTAGGTGCGATGAGTCTGGTTGATAGTGTGATGGATATTCAGTTC‑C‑CCCCCGCAAAATTATATTCGGATGGGAACa < 2:1233134/140‑1 (MQ=255) cACCAACTTTATTGTTCAGGAAACTATCGATAATTATAAATATATGCAATTACATGATTATCTATTAGGTGCGATGAGTCTGGTTGATAGTGTGATGGATATTCAGTTC‑C‑CCCCCGCAAAATTATATTCGGATGGGAACa < 1:1358159/140‑1 (MQ=255) cACCAACTTTATTGTTCAGGAAACTATCGATAATTATAAATATATGCAATTACATGATTATCTATTAGGTGCGATGAGTCTGGTTGATAGTGTGATGGATATTCAGTTC‑C‑CCCCCGCAAAATTATATTCGGATGGGAACa < 2:631030/140‑1 (MQ=255) cACCAACTTTATTGTTCAGGAAACTATCGATAATTATAAATATATGCAATTACATGATTATCTATTAGGTGCGATGAGTCTGGTTGATAGTGTGATGGATATTCAGTTC‑C‑CCCCCGCAAAATTATATTCGGATGGGAACa < 1:1273154/140‑1 (MQ=255) aCCAACTTTATTGTTCAGGAAACTATCGATAATTATAAATATATGCAATTACATGATTATCTATTAGGTGCGATGAGTCTGGTTGATAGTGTGATGGATATTCAGTTC‑C‑CCCCCGCAAAATTATATTCGGATGGGAACAg > 2:1481621/1‑140 (MQ=255) aCCAACTTTATTGTTCAGGAAACTATCGATAATTATAAATATATGCAATTACATGATTATCTATTAGGTGCGATGAGTCTGGTTGATAGTGTGATGGATATTCAGTTC‑C‑CCCCCGCAAAATTATATTCGGATGGGAACAg > 1:1498264/1‑140 (MQ=255) tATTGTTCAGGAAACTATCGATAATTATAAATATATGCAATTACATGATTATCTATTAGGTGCGATGAGTCTGGTTGATAGTGTGATGGATATTCAGTTC‑C‑CCCCCGCAAAATTATATTCGGATGGGAACAGATCCTAAc > 2:399991/1‑140 (MQ=255) cAGGAAACTATCGATAATTATAAATATATGCAATTACATGATTATCTATTAGGTGCGATGAGTCTGGTTGATAGTGTGATGGATATTCAGTTC‑C‑CCCCCGCAAAATTATATTCGGATGGGAACAGATCCt < 2:610583/130‑1 (MQ=255) cAGGAAACTATCGATAATTATAAATATATGCAATTACATGATTATCTATTAGGTGCGATGAGTCTGGTTGATAGTGTGATGGATATTCAGTTC‑C‑CCCCCGCAAAATTATATTCGGATGGGAACAGATCCt > 1:610583/1‑130 (MQ=255) gAAACTATCGATAATTATAAATATATGCAATTACATGATTATCTATTAGGTGCGATGAGTCTGGTTGATAGTGTGATGGATATTCAGTTC‑C‑CCCCCGCAAAATTATATTCGGATGGGAACAGATCCTAACGTTTCGCaaa < 2:964143/140‑1 (MQ=255) gAAACTATCGATAATTATAAATATATGCAATTACATGATTATCTATTAGGTGCGATGAGTCTGGTTGATAGTGTGATGGATATTCAGTTC‑C‑CCCCCGCAAAATTATATTCGGATGGGAACAGATCCTAACGTTTCGCaaa > 1:181044/1‑140 (MQ=255) gAAACTATCGATAATTATAAATATATGCAATTACATGATTATCTATTAGGTGCGATGAGTCTGGTTGATAGTGTGATGGATATTCAGTTC‑C‑CCCCCGCAAAATTATATTCGGATGGGAACAGATCCTAACGTTTCGCaaa > 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tataAATATATGCAATTACATGATTATCTATTAGGTGCGATGAGTCTGGTTGATAGTGTGATGGATATTCAGTTC‑C‑CCCCCGCAAAATTATATTCGGATGGGAACAGATCCTAACGTTTCGCAAAACCTTCCATTCgggg < 1:1087652/140‑1 (MQ=255) aaTATATGCAATTACATGATTATCTATTAGGTGCGATGAGTCTGGTTGATAGTGTGATGGATATTCAGTTC‑C‑CCCCCGCAAAATTATATTCGGATGGGAACAGATCCTAACGTTTCGCAAAACCTTCCATTCGGGGTGAt < 1:1139639/140‑1 (MQ=255) tGCAATTACATGATTATCTATTAGGTGCGATGAGTCTGGTTGATAGTGTGATGGATATTCAGTTC‑C‑CCCCCGCAAAATTATATTCGGATGGGAACAGATCCTAACGTTTCGCAAAACCTTCCATTCGGGGTGATGGATtc > 1:1113847/1‑140 (MQ=255) tGCAATTACATGATTATCTATTAGGTGCGATGAGTCTGGTTGATAGTGTGATGGATATTCAGTTC‑C‑CCCCCGCAAAATTATATTCGGATGGGAACAGATCCTAACGTTTCGCAAAACCTTCCATTCGGGGTGATGGATtc > 1:1160145/1‑140 (MQ=255) tGCAATTACATGATTATCTATTAGGTGCGATGAGTCTGGTTGATAGTGTGATGGATATTCAGTTC‑C‑CCCCCGCAAAATTATATTCGGATGGGAACAGATCCTAACGTTTCGCAAAACCTTCCATTCGGGGTGATGGATtc > 1:1019258/1‑140 (MQ=255) tGCAATTACATGATTATCTATTAGGTGCGATGAGTCTGGTTGATAGTGTGATGGATATTCAGTTC‑C‑CCCCCGCAAAATTATATTCGGATGGGAACAGATCCTAACGTTTCGCAAAACCTTCCATTCGGGGTGATGGATtc > 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(MQ=255) atTCAGTTC‑C‑CCCCCGCAAAATTATATTCGGATGGGAACAGATCCTAACGTTTCGCAAAACCTTCCATTCGGGGTGATGGATTCTCGTTTAATATTTCGTTTAAAGGTTATTCGTCCCTTTATTAACATGGTGga < 2:892167/135‑1 (MQ=255) atTCAGTTC‑C‑CCCCCGCAAAATTATATTCGGATGGGAACAGATCCTAACGTTTCGCAAAACCTTCCATTCGGGGTGATGGATTCTCGTTTAATATTTCGTTTAAAGGTTATTCGTCCCTTTATTAACATGGTGGAGATcc > 1:1303692/1‑140 (MQ=255) tCAGTTC‑C‑CCCCCGCAAAATTATATTCGGATGGGAACAGATCCTAACGTTTCGCAAAACCTTCCATTCGGGGTGATGGATTCTCGTTTAATATTTCGTTTAAAGGTTATTCGTCCCTTTATTAACATGGTGGAGATcccc > 1:166451/1‑140 (MQ=255) cAGTTC‑C‑CCCCCGCAAAATTATATTCGGATGGGAACAGATCCTAACGTTTCGCAAAACCTTCCATTCGGGGTGATGGATTCTCGTTTAATATTTCGTTTAAAGGTTATTCGTCCCTTTATTAACATGGTGGAGATCCCCa < 2:1160145/140‑1 (MQ=255) | GGTGAATTATACATACCGTAGTTATGTCACCAACTTTATTGTTCAGGAAACTATCGATAATTATAAATATATGCAATTACATGATTATCTATTAGGTGCGATGAGTCTGGTTGATAGTGTGATGGATATTCAGTT‑‑C‑CCCCCGCAAAATTATATTCGGATGGGAACAGATCCTAACGTTTCGCAAAACCTTCCATTCGGGGTGATGGATTCTCGTTTAATATTTCGTTTAAAGGTTATTCGTCCCTTTATTAACATGGTGGAGATCCCCA > NC_000913/562533‑562801 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |