| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,594,256 | (C)8→9 | pseudogene (3831/5422 nt) | yneO ← | AIDA‑I family autotransporter YneO |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,594,248 | 1 | . | C | 98.2% | 388.5 / ‑0.8 | 109 | pseudogene (3839/5422 nt) | yneO | AIDA‑I family autotransporter YneO |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/1); new base C (59/48); total (60/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.26e-01 | |||||||||||
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
AGCGACACGCAGTGCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTACGCTCAGTGG > NC_000913/1594111‑1594380 | aGCGACACGCAGTGCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑‑cc > 2:1603875/1‑140 (MQ=255) gCGACACGCAGTGCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑‑ccc < 2:1500169/140‑1 (MQ=255) cacGCAGTGCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑‑ccccccc < 2:805264/140‑1 (MQ=255) cacGCAGTGCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑‑ccccccc > 1:425215/1‑140 (MQ=255) ccccccccAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCCCACGatat < 1:882407/140‑1 (MQ=255) ccccccccAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCCCACGatat < 2:960096/140‑1 (MQ=255) cccccAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCCCACGATATCcg > 1:704523/1‑140 (MQ=255) ccccAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCCCACGATATCcgt > 2:312712/1‑140 (MQ=255) ccAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCCCACGATATCcgtcg < 1:1232378/140‑1 (MQ=255) ccAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCCCACGATATCcgtcg < 1:1603875/140‑1 (MQ=255) ccAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCCCACGATATCcgtcg > 1:1084080/1‑140 (MQ=255) ccAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCCCACGATATCcgtcg < 1:1568048/140‑1 (MQ=255) aGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTa > 2:1051550/1‑140 (MQ=255) aCGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCCCACGATATCcgtcg < 2:260263/131‑1 (MQ=255) aCGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCCCACGATATCcgtcg > 1:260263/1‑131 (MQ=255) aCGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGAt > 1:1254692/1‑140 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2:1518802/1‑140 (MQ=255) cATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCC‑‑ATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATAcgccgc > 2:462045/1‑140 (MQ=255) cTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATc < 1:1051550/140‑1 (MQ=255) cTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCC‑‑ATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCgt < 1:462045/140‑1 (MQ=255) tGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCg < 1:1405642/140‑1 (MQ=255) cAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCgtt > 1:537762/1‑140 (MQ=255) cAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCgt < 2:1268289/139‑1 (MQ=255) cAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCgt > 1:1268289/1‑139 (MQ=255) tggtgACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCgttgtt < 1:87791/140‑1 (MQ=255) ggtgACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCgttgtt < 1:1399317/140‑1 (MQ=255) ggtgACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTa < 1:926621/140‑1 (MQ=255) ggtgACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGACGGGACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTa < 2:1177492/140‑1 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(MQ=255) agagTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGcc < 2:1185329/140‑1 (MQ=255) gagTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGccc > 1:764756/1‑140 (MQ=255) agTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCa < 1:521073/133‑1 (MQ=255) agTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCg < 2:337523/136‑1 (MQ=255) agTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCg > 1:337523/1‑136 (MQ=255) agTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCa > 2:784466/1‑140 (MQ=255) agTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCa > 1:183153/1‑140 (MQ=255) agTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCa > 1:928282/1‑140 (MQ=255) agTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCa > 1:979379/1‑140 (MQ=255) agTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACCCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCa > 2:521073/1‑133 (MQ=255) agTCGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCCCACGATATCCGGCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGGCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCa > 1:689861/1‑140 (MQ=255) cGGAACCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCt < 1:644218/140‑1 (MQ=255) gAACCGAAAGCAATTT‑‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTACg < 1:289524/140‑1 (MQ=255) aaCCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTACg < 2:537762/140‑1 (MQ=255) aaCCGAAAGCAATTTC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTACg < 1:1260344/140‑1 (MQ=255) cGAAAGCAATTTC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTACGCTc < 1:44340/140‑1 (MQ=255) cGAAAGCAATTTC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTACGCTc < 2:164953/140‑1 (MQ=255) cGAAAGCAATTTC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTACGCTc < 1:1372066/140‑1 (MQ=255) cGAAAGCAATTTC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTCGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTACGCTc < 2:1404566/140‑1 (MQ=255) gAAAGCAATTTCCCCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTACGCTc < 1:888841/140‑1 (MQ=255) gAAAGCAATTTC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTACGCTCa > 1:378049/1‑140 (MQ=255) aaaGCAATTTC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTACGCTCAg < 1:231922/140‑1 (MQ=255) aaaGCAATTTC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTACGCTCAg > 1:1431078/1‑140 (MQ=255) gCAATTTC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTACGCTCAGTgg < 2:105587/140‑1 (MQ=255) gCAATTTC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTACGCTCAGTgg < 2:378049/140‑1 (MQ=255) gCAATTTC‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCACAGCTACGCTCAGTgg < 2:689861/140‑1 (MQ=255) | AGCGACACGCAGTGCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTACGCTCAGTGG > NC_000913/1594111‑1594380 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |