| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,925,508 | +C | coding (126/1890 nt) | mnmG ← | 5‑carboxymethylaminomethyluridine‑tRNA synthase subunit MnmG |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,925,504 | 1 | . | C | 98.0% | 346.2 / ‑0.7 | 99 | coding (130/1890 nt) | mnmG | 5‑carboxymethylaminomethyluridine‑tRNA synthase subunit MnmG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/1); new base C (56/40); total (57/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.84e-01 | |||||||||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
TTGCTTGCGTTTAGTATCCTAAACTGGATACCCGCCTGATCGATCGCTTTCGCCATCAGACCGCCGAGTGCATCCACTTCTTTTACCAGATGTCCCTTCCCAATACCGCCGATCGCCGGGTTGCAGCTCATCTG‑CC‑CCAGAGTGTCGATATTGTGTGTCAAAAGCAGAGTCTGTTGACCCATACGCGCCGCGGCCATCGCGGCCTCGGTGCCTGCATGACCCCCGCCAATGATGATGACGTCAAAAGGATCCGGATAAAACATGGTGA > NC_000913/3925371‑3925638 | ttgcttgcGTTTAGTATCCTAAACTGGATACCCGCCTGATCGATCGCTTTCGCCATCAGACCGCCGAGTGCATCCACTTCTTTTACCAGATGTCCCTTCCCAATACCGCCGATCGCCGGGTTGCAGCTCATCTG‑cc‑ccca > 1:1067045/1‑138 (MQ=255) tgtttgcTTTTATTATCCAAACCTGGATCCCCGCCTGATCGATCGCTTTCGCCATCAGACCGCCGAGTGCATCCACTTCTTTTACCAGATGTCCCTTCCCAATACCGCCGATCGCCGGGTTGCAGCTCATCTG‑cc‑cccag < 2:620294/137‑4 (MQ=255) tgtttgcTTTTAGTATCCTAAACGGGATCCCCGCCTGATCGATCGCTTTCGCCATCAGACCGCCGAGTGCATCCACTTCTTTTACCAGATGTCCCTTCCCAATACCGCCGATCGCCGGGTTGCAGCTCATCTG‑cc‑cccag < 2:592197/137‑4 (MQ=255) tgcttgcGTTTAGTATCCTAAACTGGATACCCGCCTGATCGATCGCTTTCGCCATCAGACCGCCGAGTGCATCCACTTCTTTTACCAGATGTCCCTTCCCAATACCGCCGATCGCCGGGTTGCAGCTCATCTG‑cc‑cccag > 1:575242/1‑137 (MQ=255) 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2:1027884/1‑140 (MQ=255) aTCGCCGGGTTGCAGCTCATCTGCCC‑CCAGAGTGTCGATATTGTGTGTCAAAAGCAGAGTCTGTTGACCCATACGCGCCGCGGCCATCGCGGCCTCGGTGCCTGCATGACCCCCGCCAATGATGATGACGTCAAAAGGAt > 1:997628/1‑140 (MQ=255) aTCGCCGGGTTGCAGCTCATCTGCCC‑CCAGAGTGTCGATATTGTGTGTCAAAAGCAGAGTCTGTTGACCCATACGCGCCGCGGCCATCGCGGCCTCGGTGCCTGCATGACCCCCGCCAATGATGATGACGTCAAAAGGAt > 2:242553/1‑140 (MQ=255) aTCGCCGGGTTGCAGCTCATCTGCCC‑CCAGAGTGTCGATATTGTGTGTCAAAAGCAGAGTCTGTTGACCCATACGCGCCGCGGCCATCGCGGCCTCGGTGCCTGCATGACCCCCGCCAATGATGATGACGTCAAAAGGAt < 1:1325753/140‑1 (MQ=255) tCGCCGGGTTGCAGCTCATCTGCCC‑CCAGAGTGTCGATATTGTGTGTCAAAAGCAGAGTCTGTTGACCCATACGCGCCGCGGCCATCGCGGCCTCGGTGCCTGCATGACCCCCGCCAATGATGATGACGTCAAAAGGATc < 1:1520423/140‑1 (MQ=255) tCGCCGGGTTGCAGCTCATCTGCCC‑CCAGAGTGTCGATATTGTGTGTCAAAAGCAGAGTCTGTTGACCCATACGCGCCGCGGCCATCGCGGCCTCGGTGCCTGCATGACCCCCGCCAATGATGATGACGTCAAAAGGATc < 1:1514107/140‑1 (MQ=255) cGCCGGGTTGCAGCTCATCTGCCC‑CCAGAGTGTCGATATTGTGTGTCAAAAGCAGAGTCTGTTGACCCATACGCGCCGCGGCCATCGCGGCCTCGGTGCCTGCATGACCCCCGCCAATGATGATGACGTCAAAAGGATcc > 2:42704/1‑140 (MQ=255) cGGGTTGCAGCTCATCTGCCC‑CCAGAGTGTCGATATTGTGTGTCAAAAGCAGAGTCTGTTGACCCATACGCGCCGCGGCCATCGCGGCCTCGGTGCCTGCATGACCCCCGCCAATGATGATGACGTCAAAAGGATCCGGa > 2:765027/1‑140 (MQ=255) ggTTGCAGCTCATCTGCCC‑CCAGAGTGTCGATATTGTGTGTCAAAAGCAGAGTCTGTTGACCCATACGCGCCGCGGCCATCGCGGCCTCGGTGCCTGCATGACCCCCGCCAATGATGATGACGTCAAAAGGATCCGGATa > 2:91923/1‑140 (MQ=255) ggTTGCAGCTCATCTGCCC‑CCAGAGTGTCGATATTGTGTGTCAAAAGCAGAGTCTGTTGACCCATACGCGCCGCGGCCATCGCGGCCTCGGTGCCTGCATGACCCCCGCCAATGATGATGACGTCAAAAGGATCCGGATa > 2:387032/1‑140 (MQ=255) tGCAGCTCATCTGCCC‑CCAGAGTGTCGATATTGTGTGTCAAAAGCAGAGTCTGTTGACCCATACGCGCCGCGGCCATCGCGGCCTCGGTGCCTGCATGACCCCCGCCAATGATGATGACGTCAAAAGGATCCGGATaaaa < 1:668482/140‑1 (MQ=255) cAGCTCATCTGCCC‑CCAGAGTGTCGATATTGTGTGTCAAAAGCAGAGTCTGTTGACCCATACGCGCCGCGGCCATCGCGGCCTCGGTGCCTGCATGACCCCCGCCAATGATGATGACGTCAAAAGGATCCGGGTAAAACa < 2:454874/140‑1 (MQ=255) cAGCTCATCTGCCC‑CCAGAGTGTCGATATTGTGTGTCAAAAGCAGAGTCTGTTGACCCATACGCGCCGCGGCCATCGCGGCCTCGGTGCCTGCATGACCCCCGCCAATGATGATGACGTCAAAAGGATCCGGATAAAACa < 1:607483/140‑1 (MQ=255) gCTCATCTGCCC‑CCAGAGTGTCGATATTGTGTGTCAAAAGCAGAGTCTGTTGACCCATACGCGCCGCGGCCATCGCGGCCTCGGTGCCTGCATGACCCCCGCCAATGATGATGACGTCAAAAGGATCCGGATAAAACATg > 1:435239/1‑140 (MQ=255) aTCTGCCC‑CCAGAGTGTCGATATTGTGTGTCAAAAGCAGAGTCTGTTGACCCATACGCGCCGCGGCCATCGCGGCCTCGGTGCCTGCATGACCCCCGCCAATGATGATGACGTCAAAAGGATCCGGATAAAACATGGTGa < 2:737709/140‑1 (MQ=255) aTCTGCCC‑CCAGAGTGTCGATATTGTGTGTCAAAAGCAGAGTCTGTTGACCCATACGCGCCGCGGCCATCGCGGCCTCGGTGCCTGCATGACCCCCGCCAATGATGATGACGTCAAAAGGATCCGGATAAAACATGGTGa < 1:469739/140‑1 (MQ=255) | TTGCTTGCGTTTAGTATCCTAAACTGGATACCCGCCTGATCGATCGCTTTCGCCATCAGACCGCCGAGTGCATCCACTTCTTTTACCAGATGTCCCTTCCCAATACCGCCGATCGCCGGGTTGCAGCTCATCTG‑CC‑CCAGAGTGTCGATATTGTGTGTCAAAAGCAGAGTCTGTTGACCCATACGCGCCGCGGCCATCGCGGCCTCGGTGCCTGCATGACCCCCGCCAATGATGATGACGTCAAAAGGATCCGGATAAAACATGGTGA > NC_000913/3925371‑3925638 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |