| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,185,389 | A→G | intergenic (+259/‑25) | ubiK → / → ygiL | ubiquinone biosynthesis accessory factor UbiK/putative fimbrial protein YgiL |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,185,389 | 0 | A | G | 98.4% | 224.6 / ‑5.1 | 63 | intergenic (+259/‑25) | ubiK/ygiL | ubiquinone biosynthesis accessory factor UbiK/putative fimbrial protein YgiL |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (38/24); total (38/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.97e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATAATTGCAATGTATTTTTTAAGTTTTACTTAATCGATATTTAGATAAACTAATTTTATAAAAAACACAAAATAAAATATCATATTTCAATGATTAGTAGTCCTTAAATAACAGTTACTAATCATTCTCTTTTCTACTTATCTTTATATAAAGGAATATTATGTCCGCTTTTAAAAAGTCACTTCTTGTTGCTGGCGTAGCAATGATTCTTTCCAATAACGTGTTTGCTGATGAAGGTCACGGTATTGTTAAATTTAAAGGTGAAGTTATCT > NC_000913/3185254‑3185525 | ataATTGCAATGTATTTTTTAAGTTTTACTTAATCGATATTTAGATAAACTAATTTTATAAAAAACACAAAATAAAATATCATATTTCAATGATTAGTAGTCCTTAAATAACAGTTACTAATCATTCTCTTTTCTGCTTa > 2:574986/1‑140 (MQ=255) tGTATTTTTTAAGTTTTACTTAATCGATATTTAGATAAACTAATTTTATAAAAAACACAAAATAAAATATCATATTTCAATGATTAGTAGTCCTTAAATAACAGTTACTAATCATTCTCTTTTCTGCTTATCTTtatata < 1:919172/140‑1 (MQ=255) tGTATTTTTTAAGTTTTACTTAATCGATATTTAGATAAACTAATTTTATAAAAAACACAAAATAAAATATCATATTTCAATGATTAGTAGTCCTTAAATAACAGTTACTAATCATTCTCTTTTCTGCTTATCTTtatata < 1:18511/140‑1 (MQ=255) aTTTTTTAAGTTTTACTTAATCGATATTTAGATAAACTAATTTTATAAAAAACACAAAATAAAATATCATATTTCAATGATTAGTAGTCCTTAAATAACAGTTACTAATCATTCTCTTTTCTGCTTATCTTTATATAAAg < 1:40477/140‑1 (MQ=255) ttAGATAAACTAATTTTATAAAAAACACAAAATAAAATATCATATTTCAATGATTAGTAGTCCTTAAATAACAGTTACTAATCATTCTCTTTTCTGCTTATCTTTATATAAAGGAATATTATGTCCGCTTTTAAAAAGTc < 1:920963/140‑1 (MQ=255) aTAAACTAATTTTATAAAAAACACAAAATAAAATATCATATTTCAATGATTAGTAGTCCTTAAATAACAGTTACTAATCATTCTCTTTTCTGCTTATCTTTATATAAAGGAATATTATGTCCGCTTTTAAAAAGTCActt > 2:975553/1‑140 (MQ=255) aaCTAATTTTATAAAAAACACAAAATAAAATATCATATTTCAATGATTAGTAGTCCTTAAATAACAGTTACTAATCATTCTCTTTTCTGCTTATCTTTATATAAAGGAATATTGTGTCCGCTTTTAAAAAGTCActtctt > 1:863155/1‑140 (MQ=255) aCTAATTTTATAAAAAACACAAAATAAAATATCATATTTCAATGATTAGTAGTCCTTAAATAACAGTTACTAATCATTCTCTTTTCTGCTTATCTTTATATAAAGGAATATTATGTCCGCTTTTAAAAAGTCACTTCttg > 2:834250/1‑140 (MQ=255) cTAATTTTATAAAAAACACAAAATAAAATATCATATTTCAATGATTAGTAGTCCTTAAATAACAGTTACTAATCATTCTCTTTTCTGCTTATCTTTATATAAAGGAATATTATGTCCGCTTTTAAAAAGTCACTTCttgt > 2:140693/1‑140 (MQ=255) ataAAAAACACAAAATAAAATATCATATTTCAATGATTAGTAGTCCTTAAATAACAGTTACTAATCATTCTCTTTTCTGCTTATCTTTATATAAAGGAATATTATGTCCGCTTTTAAAAAGTCACTTCTTGTTGCTGGCg > 1:307279/1‑140 (MQ=255) taAAAAACACAAAATAAAATATCATATTTCAATGATTAGTAGTCCTTAAATAACAGTTACTAATCATTCTCTTTTCTGCTTATCTTTATATAAAGGAATATTATGTCCGCTTTTAAAAAGTCACTTCTTGTTGCTGGCGt < 2:1117932/140‑1 (MQ=255) taAAAAACACAAAATAAAATATCATATTTCAATGATTAGTAGTCCTTAAATAACAGTTACTAATCATTCTCTTTTCTGCTTATCTTTATATAAAGGAATATTATGTCCGCTTTTAAAAAGTCACTTCTTGTTGCTGGCGt > 2:454945/1‑140 (MQ=255) aaaataaaatATCATATTTCAATGATTAGTAGTCCTTAAATAACAGTTACTAATCATTCTCTTTTCTGCTTATCTTTATATAAAGGAATATTATGTCCGCTTTTAAAAAGTCACTTCTTGTTGCTGGCGTAGCAATGAtt < 1:574986/140‑1 (MQ=255) aataTCATATTTCAATGATTAGTAGTCCTTAAATAACAGTTACTAATCATTCTCTTTTCTGCTTATCTTTATATAAAGGAATATTATGTCCGCTTTTAAAAAGTCACTTCTTGTTGCTGGCGTAGCAATGATTCTTTCCa > 2:519185/1‑140 (MQ=255) atCATATTTCAATGATTAGTAGTCCTTAAATAACAGTTACTAATCATTCTCTTTTCTGCTTATCTTTATATAAAGGAATATTATGTCCGCTTTTAAAAAGTCACTTCTTGTTGCTGGCGTAGCAATGATTCTTTCCAATa > 2:844565/1‑140 (MQ=255) cATATTTCAATGATTAGTAGTCCTTAAATAACAGTTACTAATCATTCTCTTTTCTGCTTATCTTTATATAAAGGAATATTATGTCCGCTTTTAAAAAGTCACTTCTTGTTGCTGGCGTAGCAATGATTCTTTCCAATAAc > 2:822487/1‑140 (MQ=255) cATATTTCAATGATTAGTAGTCCTTAAATAACAGTTACTAATCATTCTCTTTTCTGCTTATCTTTATATAAAGGAATATTATGTCCGCTTTTAAAAAGTAACTTCTTGTTGCTGGCGTAGCAATGATTCTTTCCAATAAc > 2:30925/1‑140 (MQ=255) tatTTCAATGATTAGTAGTCCTTAAATAACAGTTACTAATCATTCTCTTTTCTGCTTATCTTTATATAAAGGAATATTATGTCCGCTTTTAAAAAGTCACTTCTTGTTGCTGGCGTAGCAATGATTCTTTCCAATAACgt > 2:319060/1‑140 (MQ=255) tatTTCAATGATTAGTAGTCCTTAAATAACAGTTACTAATCATTCTCTTTTCTGCTTATCTTTATATAAAGGAATATTATGTCCGCTTTTAAAAAGTCACTTCTTGTTGCTGGCGTAGCAATGATTCTTTCCAATAACgt > 2:691696/1‑140 (MQ=255) cAATGATTAGTAGTCCTTAAATAACAGTTACTAATCATTCTCTTTTCTGCTTATCTTTATATAAAGGAATATTATGTCCGCTTTTAAAAAGTCACTTCTTGTTGCTGGCGTAGCAATGATTCTTTCCAATAACGTGTTTg < 2:307279/140‑1 (MQ=255) cAATGATTAGTAGTCCTTAAATAACAGTTACTAATCATTCTCTTTTCTGCTTATCTTTATATAAAGGAATATTATGTCCGCTTTTAAAAAGTCACTTCTTGTTGCTGGCGTAGCAATGATTCTTTCCAATAACGTGTTTg > 1:691046/1‑140 (MQ=255) cAATGATTAGTAGTCCTTAAATAACAGTTACTAATCATTCTCTTTTCTGCTTATCTTTATATAAAGGAATATTATGTCCGCTTTTAAAAAGTCACTTCTTGTTGCTGGCGTAGCAATGATTCTTTCCAATAACGTGTTTg > 1:320542/1‑140 (MQ=255) aTTAGTAGTCCTTAAATAACAGTTACTAATCATTCTCTTTTCTGCTTATCTTTATATAAAGGAATATTATGTCCGCTTTTAAAAAGTCACTTCTTGTTGCTGGCGTAGCAATGATTCTTTCCAATAACGTGTTTGCtgat > 2:274334/1‑140 (MQ=255) aTTAGTAGTCCTTAAATAACAGTTACTAATCATTCTCTTTTCTGCTTATCTTTATATAAAGGAATATTATGTCCGCTTTTAAAAAGTCACTTCTTGTTGCTGGCGTAGCAATGATTCTTTCCAATAACGTGTTTGCtgat > 1:779492/1‑140 (MQ=255) ttAGTAGTCCTTAAATAACAGTTACTAATCATTCTCTTTTCTGCTTATCTTTATATAAAGGAATATTATGTCCGCTTTTAAAAAGTCACTTCTTGTTGCTGGCGTAGCAATGATTCTTTCCAATAACGTGTTTGCtgatg < 1:454945/140‑1 (MQ=255) ttAGTAGTCCTTAAATAACAGTTACTAATCATTCTCTTTTCTGCTTATCTTTATATAAAGGAATATTATGTCCGCTTTTAAAAAGTCACTTCTTGTTGCTGGCGTAGCAATGATTCTTTCCAATAACGTGTTTGCtgatg < 2:691046/140‑1 (MQ=255) tagtagTCCTTAAATAACAGTTACTAATCATTCTCTTTTCTGCTTATCTTTATATAAAGGAATATTATGTCCGCTTTTAAAAAGTCACTTCTTGTTGCTGGCGTAGCAATGATTCTTTCCAATAACGTGTTTGCtgatga > 2:657153/1‑140 (MQ=255) agtagtCCTTAAATAACAGTTACTAATCATTCTCTTTTCTGCTTATCTTTATATAAAGGAATATTATGTCCGCTTTTAAAAAGTCACTTCTTGTTGCTGGCGTAGCAATGATTCTTTCCAATAACGTGTTTGCTGATGaa 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aCAGTTACTAATCATTCTCTTTTCTGCTTATCTTTATATAAAGGAATATTATGTCCGCTTTTAAAAAGTCACTTCTTGTTGCTGGCGTAGCAATGATTCTTTCCAATAACGTGTTTGCTGATGAAGGTCa < 2:1048605/130‑1 (MQ=255) aCAGTTACTAATCATTCTCTTTTCTGCTTATCTTTATATAAAGGAATATTATGTCCGCTTTTAAAAAGTCACTTCTTGTTGCTGGCGTAGCAATGATTCTTTCCAATAACGTGTTTGCTGATGAAGGTCACGGTATTGtt > 2:455861/1‑140 (MQ=255) cAGTTACTAATCATTCTCTTTTCTGCTTATCTTTATATAAAGGAATATTATGTCCGCTTTTAAAAAGTCACTTCTTGTTGCTGGCGTAGCAATGATTCTTTCCAATAACGTGTTTGCTGATGAAGGTCACGGTATTGTTa > 1:139268/1‑140 (MQ=255) cAGTTACTAATCATTCTCTTTTCTGCTTATCTTTATATAAAGGAATATTATGTCCGCTTTTAAAAAGTCACTTCTTGTTGCTGGCGTAGCAATGATTCTTTCCAATAACGTGTTTGCTGATGAAGGTCACGGTATTGTTa > 1:35183/1‑140 (MQ=255) aGTTACTAATCATTCTCTTTTCTGCTTATCTTTATATAAAGGAATATTATGTCCGCTTTTAAAAAGTCACTTCTTGTTGCTGGCGTAGCAATGATTCTTTCCAATAACGTGTTTGCTGATGAAGGTCACGGTATTGTTaa > 2:527156/1‑140 (MQ=255) gTTACTAATCATTCTCTTTTCTGCTTATCTTTATATAAAGGAATATTATGTCCGCTTTTAAAAAGTCACTTCTTGTTGCTGGCGTAGCAATGATTCTTTCCAATAACGTGTTTGCTGATGAAGGTCACGGTATTGTTaaa > 2:1225604/1‑140 (MQ=255) ttACTAATCATTCTCTTTTCTGCTTATCTTTATATAAAGGAATATTATGTCCGCTTTTAAAAAGTCACTTCTTGTTGCTGGCGTAGCAATGATTCTTTCCAATAACGTGTTTGCTGATGAAGGTCACGGTATCGTTAAAt > 1:327835/1‑140 (MQ=255) tACTAATCATTCTCTTTTCTACTTATCTTTATATAAAGGAATATTATGTCCGCTTTTAAAAAGTCACTTCTTGTTGCTGGCGTAGCAATGATTCTTTCCAATAACGTGTTTGCTGATGAAGGTCACGGTATTGTTAAAtt < 2:493695/140‑1 (MQ=255) aCTAATCATTCTCTTTTCTGCTTATCTTTATATAAAGGAATATTATGTCCGCTTTTAAAAAGTCACTTCTTGTTGCTGGCGTAGCAATGATTCTTTCCAATAACGTGTTTGCTGATGAAGGTCACGGTATTGTTAAAttt > 1:209714/1‑140 (MQ=255) aCTAATCATTCTCTTTTCTGCTTATCTTTATATAAAGGAATATTATGTCCGCTTTTAAAAAGTCACTTCTTGTTGCTGGCGTAGCAATGATTCTTTCCAATAACGTGTTTGCTGATGAAGGTCACGGTATTGTTAAAttt > 1:274736/1‑140 (MQ=255) cTAATCATTCTCTTTTCTGCTTATCTTTATATAAAGGAATATTATGTCCGCTTTTAAAAAGTCACTTCTTGTTGCTGGCGTAGCAATGATTCTTTCCAATAACGTGTTTGCTGATGAAGGTCACGGTATTGTTAAATTTa < 1:455861/140‑1 (MQ=255) cATTCTCTTTTCTGCTTATCTTTATATAAAGGAATATTATGTCCGCTTTTAAAAAGTCACTTCTTGTTGCTGGCGTAGCAATGATTCTTTCCAATAACGTGTTTGCTGATGAAGGTCACGGTATTGTTAAATTTAAAGGt < 2:274736/140‑1 (MQ=255) cATTCTCTTTTCTGCTTATCTTTATATAAAGGAATATTATGTCCGCTTTTAAAAAGTCACTTCTTGTTGCTGGCGTAGCAATGATTCTTTCCAATAACGTGTTTGCTGATGAAGGTCACGGTATTGTTAAATTTAAAGGt > 1:62493/1‑140 (MQ=255) cATTCTCTTTTCTGCTTATCTTTATATAAAGGAATATTATGTCCGCTTTTAAAAAGTCACTTCTTGTTGCTGGCGTAGCAATGATTCTTTCCAATAACGTGTTTGCTGATGAAGGTCACGGTATTGTTAAATTTAAAGGt < 1:69335/140‑1 (MQ=255) ttCTCTTTTCTGCTTATCTTTATATAAAGGAATATTATGTCCGCTTTTAAAAAGTCACTTCTTGTTGCTGGCGTAGCAATGATTCTTTCCAATAACGTGTTTGCTGATGAAGGTCACGGTATTGTTAAATTTAAAg > 1:36746/1‑136 (MQ=255) ttCTCTTTTCTGCTTATCTTTATATAAAGGAATATTATGTCCGCTTTTAAAAAGTCACTTCTTGTTGCTGGCGTAGCAATGATTCTTTCCAATAACGTGTTTGCTGATGAAGGTCACGGTATTGTTAAATTTAAAg < 2:36746/136‑1 (MQ=255) ttCTCTTTTCTGCTTATCTTTATATAAAGGAATATTATGTCCGCTTTTAAAAAGTCACTTCTTGTTGCTGGCGTAGCAATGATTCTTTCCAATAACGTGTTTGCTGATGAAGGTCACGGTATTGTTAAATTTAAAGGTGa > 1:358642/1‑140 (MQ=255) tctcTTTTCTGCTTATCTTTATATAAAGGAATATTATGTCCGCTTTTAAAAAGTCACTTCTTGTTGCTGGCGTAGCAATGATTCTTTCCAATAACGTGTTTGCTGATGAAGGTCACGGTATTGTTAAATTTAAAGGTGaa < 2:358642/140‑1 (MQ=255) tctcTTTTCTGCTTATCTTTATATAAAGGAATATTATGTCCGCTTTTAAAAAGTCACTTCTTGTTGCTGGCGTAGCAATGATTCTTTCCAATAACGTGTCTGCTGATGAAGGTCACGGTATTGTTAAATTTAAAGGTGaa > 2:617573/1‑140 (MQ=255) tctTTTCTGCTTATCTTTATATAAAGGAATATTATGTCCGCTTTTAAAAAGTCACTTCTTGTTGCTGGCGTAGCAATGATTCTTTCCAATAACGTGTTTGCTGATGAAGGTCACGGTATTGTTAAATTTAAAGGTGAAGt < 2:320542/140‑1 (MQ=255) tctTTTCTGCTTATCTTTATATAAAGGAATATTATGTCCGCTTTTAAAAAGTCACTTCTTGTTGCTGGCGTAGCAATGATTCTTTCCAATAACGTGTTTGCTGATGAAGGTCACGGTATTGTTAAATTTAAAGGTGAAGt < 1:834250/140‑1 (MQ=255) tCTGCTTATCTTTATATAAAGGAATATTATGTCCGCTTTTAAAAAGTCACTTCTTGTTGCTGGCGTAGCAATGATTCTTTCCAATAACGTGTTTGCTGATGAAGGTCACGGTATTGTTAAATTTAAAGGTGAAGTTAtct < 2:501253/140‑1 (MQ=255) tCTGCTTATCTTTATATAAAGGAATATTATGTCCGCTTTTAAAAAGTCACTTCTTGTTGCTGGCGTAGCAATGATTCTTTCCAATAACGTGTTTGCTGATGAAGGTCACGGTATTGTTAAATTTAAAGGTGAAGTTAtct < 2:1167453/140‑1 (MQ=255) tCTGCTTATCTTTATATAAAGGAATATTATGTCCGCTTTTAAAAAGTAACTTCTTGTTGCTGGCGTAGCAATGATTCTTTCCAATAACGTGTTTGCTGATGAAGGTCACGGTATTGTTAAATTTAAAGGTGAAGTTAtct < 1:30925/140‑1 (MQ=255) | ATAATTGCAATGTATTTTTTAAGTTTTACTTAATCGATATTTAGATAAACTAATTTTATAAAAAACACAAAATAAAATATCATATTTCAATGATTAGTAGTCCTTAAATAACAGTTACTAATCATTCTCTTTTCTACTTATCTTTATATAAAGGAATATTATGTCCGCTTTTAAAAAGTCACTTCTTGTTGCTGGCGTAGCAATGATTCTTTCCAATAACGTGTTTGCTGATGAAGGTCACGGTATTGTTAAATTTAAAGGTGAAGTTATCT > NC_000913/3185254‑3185525 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |