Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 529,055 | (T)8→9 | pseudogene (416/491 nt) | ybbD → | putative uncharacterized protein YbbD |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 529,047 | 1 | . | T | 98.5% | 236.4 / ‑3.7 | 67 | pseudogene (408/491 nt) | ybbD | putative uncharacterized protein YbbD |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/1); new base T (31/35); total (31/36) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 |
TGATGGGGGTAGGTTTAAGAAAACATTGACAGTGAGGGCCAGGGAACAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAAGGGGATGGTGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGCTTGTGCAGAGTAATTGCTTGAATTAAGAGTCTATCCCATATCGAAGTCGTCAACTTCGTA > NC_000913/528908‑529177 | tgatgGGGGTAGGTTTAAGAAAACATTGACAGTGAGGGCCAGGGAACAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAAGGGGATGGTGTAAAcc > 1:211262/1‑140 (MQ=255) tgatgGGGGTAGGTTTAAGAAAACATTGACAGTGAGGGCCAGGGAACAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGCAAATATGGTAAGATACCAGGGCAAGGGGATGGTGTAAAcc > 1:631717/1‑140 (MQ=255) atgGGGGTAGGTTTAAGAAAACATTGACAGTGAGGGCCAGGGAACAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAAGGGGATGGTGTAAACC‑tt > 1:626973/1‑140 (MQ=255) tgGGGGTAGGTTTAAGAAAACATTGACAGTGAGGGCCAGGGAACAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAAGGGGATGGTGTAAACC‑ttt > 2:426050/1‑140 (MQ=255) 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2:627485/140‑1 (MQ=255) aGGGCCAGGGAACAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAAGGGGATGGTGTAAACCTTTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCatt > 2:98547/1‑140 (MQ=255) aGGGAACAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAAGGGGATGGTGTAAACCTTTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTta > 2:616866/1‑140 (MQ=255) ggAACAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAAGGGGATGGTGTAAACCTTTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCa > 2:378323/1‑130 (MQ=255) ggAACAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAAGGGGATGGTGTAAACCTTTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCa < 1:378323/130‑1 (MQ=255) ggAACAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAAGGGGATGGTGTAAACCTTTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTtata > 1:1421190/1‑140 (MQ=255) ggAACAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAAGGGGATGGTGTAAACCTTTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTtata > 1:1274298/1‑140 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(MQ=255) aCAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAAGGGGATGGTGTAAACCTTTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGCTTGTGCa > 1:983722/1‑136 (MQ=255) aCAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAAGGGGATGGTGTAAACCTTTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGCTTGTGCa < 2:983722/136‑1 (MQ=255) aCAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAAGGGGATGGTGTAAACCTTTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGCTTGTGCAGAGt > 2:259667/1‑140 (MQ=255) aaaaaaaGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAAGGGGATGGTGTAAACCTTTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCt < 2:517417/122‑1 (MQ=255) aaaaaaaGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAAGGGGATGGTGTAAACCTTTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCt > 1:517417/1‑122 (MQ=255) aaaaaaaGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAAGGGGATGGTGTAAACCTTTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGc < 1:95461/127‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tgtAAATATGGTAAGATACCAGGGCAAGGGGATGGTGTAAACCTTTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGCTTGTGCAGAGTAATTGCTTGAATTaa < 2:998654/140‑1 (MQ=255) tgtAAATATGGTAAGATACCAGGGCAAGGGGATGGTGTAAACCTTTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGCTTGTGCAGAGTAATTGCTTGAATTaa < 1:5236/140‑1 (MQ=255) aaTATGGTAAGATACCAGGGCAAGGGGATGGTGTAAACCTTTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGCTTGTGCAGAGTAATTGCTTGAATTAAGAGt < 2:211262/140‑1 (MQ=255) ggTAAGATACCAGGGCAAGGGGATGGTGTAAACCTTTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGCTTGTGCAGAGTAATTGCTTGAATTAAGAGTCTATc < 1:802730/140‑1 (MQ=255) gTAAGATACCAGGGCAAGGGGATGGTGTAAACCTTTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGCTTGTGCAGAGTAATTGCTTGAATTAAGAGTCTATcc < 1:98547/140‑1 (MQ=255) gTAAGATACCAGGGCAAGGGGATGGTGTAAACCTTTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGCTTGTGCAGAGTAATTGCTTGAATTAAGAGTCTATcc < 2:1168803/140‑1 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(MQ=255) aGGGGATGGTGTAAACCTTTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGCTTGTGCAGAGTAATTGCTTGAATTAAGAGTCTATCCCATATCGAAGTCGTCa > 1:298731/1‑140 (MQ=255) ggTGTAAACCTTTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGCTTGTGCAGAGTAATTGCTTGAATTAAGAGTCTATCCCATATCGAAGTCGTCAACTTCGt > 2:335409/1‑140 (MQ=255) gtgtAAACCTTTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGCTTGTGCAGAGTAATTGCTTGAATTAAGAGTCTATCCCATATCGAAGTCGTCAACTTCGTa > 2:399629/1‑140 (MQ=255) tAAACCTTTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGCTTGTGCAGAGTAATTGCTTGAATTAAGAGTCTATCCCATATCGAAgtcgt > 2:359438/1‑127 (MQ=255) tAAACCTTTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGCTTGTGCAGAGTAATTGCTTGAATTAAGAGTCTATCCCATATCGAAgtcgt < 1:359438/127‑1 (MQ=255) | TGATGGGGGTAGGTTTAAGAAAACATTGACAGTGAGGGCCAGGGAACAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAAGGGGATGGTGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGCTTGTGCAGAGTAATTGCTTGAATTAAGAGTCTATCCCATATCGAAGTCGTCAACTTCGTA > NC_000913/528908‑529177 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |