| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,412,143 | T→C | Y151C (TAC→TGC) | yfbU ← | UPF0304 family protein YfbU |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,412,143 | 0 | T | C | 98.4% | 206.5 / ‑4.4 | 62 | Y151C (TAC→TGC) | yfbU | UPF0304 family protein YfbU |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (36/25); total (36/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.19e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.38e-01 | |||||||||||
AGTTGCTCCACGCCCGTTCTACCGCAGGCAGGGAATCCACCAGCGTTCCATCAAGATCAAACAGAAAACCTTTGCACCGCACGCGGGCCTCCTCAGGCATTGATAATTTGATTAATTTCGTTGGCGCTCAAATGGTACTGACGCGGGCAGGCATGCCACACATTAAGCATGCGCTGATATTTTTCCCACATTGGCGTCTGGGCGTTAAAACCGTGAGTTCCGGCGTCAAAATGGGTATAGCGCCCTTCCACATTAACCATAAAGCGGAC > NC_000913/2412008‑2412276 | aGTTGCTCCACGCCCGTTCTACCGCAGGCAGGGAATCCACCAGCGTTCCATCAAGATCAAACAGCAAACCTTTGCACCGCACGCGGGCCTCCTCAGGCATTGATAATTTGATTAATTTCGTTGGCGCTCAAATGGCACTg < 2:795044/140‑1 (MQ=255) gTTGCTCCACGCCCGTTCTACCGCAGGCAGGGAATCCACCAGCGTTCCATCAAGATCAAACAGAAAACCTTTGCACCGCACGCGGGCCTCCTCAGGCATTGATAATTTGATTAATTTCGTTGGCGCTCAAATGGCACTGa > 2:88887/1‑140 (MQ=255) gTTGCTCCACGCCCGTTCTACCGCAGGCAGGGAATCCACCAGCGTTCCATCAAGATCAAACAGAAAACCTTTGCACCGCACGCGGGCCTCCTCAGGCATTGATAATTTGATTAATTTCGTTGGCGCTCAAATGGCACTGa > 2:487939/1‑140 (MQ=255) cGCCCGTTCTACCGCAGGCAGGGAATCCACCAGCGTTCCATCAAGATCAAACAGAAAACCTTTGCACCGCACGCGGGCCTCCTCAGGCATTGATAATTTGATTAATTTCGTTGGCGCTCAAATGGCACTGACGCGggcag > 2:452855/1‑140 (MQ=255) cccGTTCTACCGCAGGCAGGGAATCCACCAGCGTTCCATCAAGATCAAACAGAAAACCTTTGCACCGCACGCGGGCCTCCTCAGGCATTGATAATTTGATTAATTTCGTTGGCGCTCAAATGGCACTGACGCGggcaggc < 1:88887/140‑1 (MQ=255) cccGTTCTACCGCAGGCAGGGAATCCACCAGCGTTCCATCAAGATCAAACAGAAAACCTTTGCACCGCACGCGGGCCTCCTCAGGCATTGATAATTTGATTAATTTCGTTGGCGCTCAAATGGCACTGACGCGggcaggc > 1:25607/1‑140 (MQ=255) ttCTACCGCAGGCAGGGAATCCACCAGCGTTCCATCAAGATCAAACAGAAAACCTTTGCACCGCACGCGGGCCTCCTCAGGCATTGATAATTTGATTAATTTCGTTGGCGCTCAAATGGTACTGACGCGGGCAGGCATGc < 1:134278/140‑1 (MQ=255) ttCTACCGCAGGCAGGGAATCCACCAGCGTTCCATCAAGATCAAACAGAAAACCTTTGCACCGCACGCGGGCCTCCTCAGGCATTGATAATTTGATTAATTTCGTTGGCGCTCAAATGGCACTGACGCGGGCAGGCATGc > 1:1003076/1‑140 (MQ=255) ttCTACCGCAGGCAGGGAATCCACCAGCGTTCCATCAAGATCAAACAGAAAACCTTTGCACCGCACGCGGGCCTCCTCAGGCATTGATAATTTGATTAATTTCGTTGGCGCTCAAATGGCACTGACGCGGGCAGGCATGc < 1:164995/140‑1 (MQ=255) tCTACCGCAGGCAGGGAATCCACCAGCGTTCCATCAAGATCAAACAGAAAACCTTTGCACCGCACGCGGGCCTCCTCAGGCATTGATAATTTGATTAATTTCGTTGGCGCTCAAATGGCACTGACGCGGGCAGGCATGcc < 2:559281/140‑1 (MQ=255) tCTACCGCAGGCAGGGAATCCACCAGCGTTCCATCAAGATCAAACAGAAAACCTTTGCACCGCACGCGGGCCTCCTCAGGCATTGATAATTTGATTAATTTCGTTGGCGCTCAAATGGCACTGACGCGGGCAGGCATGcc < 1:487939/140‑1 (MQ=255) cTACCGCAGGCAGGGAATCCACCAGCGTTCCATCAAGATCAAACAGAAAACCTTTGCACCGCACGCGGGCCTCCTCAGGCATTGATAATTTGATTAATTTCGTTGGCGCTCAAATGGCACTGACGCGGGCAGGCATGCca < 1:1290821/140‑1 (MQ=255) cTACCGCAGGCAGGGAATCCACCAGCGTTCCATCAAGATCAAACAGAAAACCTTTGCACCGCACGCGGGCCTCCTCAGGCATTGATAATTTGATTAATTTCGTTGGCGCTCAAATGGCACTGACGCGGGCAGGCATGCca < 2:689164/140‑1 (MQ=255) cTACCGCAGGCAGGGAATCCACCAGCGTTCCATCAAGATCAAACAGAAAACCTTTGCACCGCACGCGGGCCTCCTCAGGCATTGATAATTTGATTAATTTCGTTGGCGCTCAAATGGCACTGACGCGGGCAGGCATGCca < 2:67358/140‑1 (MQ=255) cTACCGCAGGCAGGGAATCCACCAGCGTTCCATCAAGATCAAACAGAAAACCTTTGCACCGCACGCGGGCCTCCTCAGGCATTGATAATTTGATTAATTTCGTTGGCGCTCAAATGGCACTGACGCGGGCAGGCATGCca < 2:1003076/140‑1 (MQ=255) cTACCGCAGGCAGGGAATCCACCAGCGTTCCATCAAGATCAAACAGAAAACCTTTGCACCGCACGCGGGCCTCCTCAGGCATTGATAATTTGATTAATTTCGTTGGCGCTCAAATGGCACTGACGCGGGCAGGCATGCca < 1:935721/140‑1 (MQ=255) ggcaggGAATCCACCAGCGTTCCATCAAGATCAAACAGAAAACCTTTGCACCGCACGCGGGCCTCCTCAGGCATTGATAATTTGATTAATTTCGTTGGCGCTCAAATGGCACTGACGCGGGCAGGCATGCCACACATTaa > 2:1138920/1‑140 (MQ=255) gcaggGAATCCACCAGCGTTCCATCAAGATCAAACAGAAAACCTTTGCACCGCACGCGGGCCTCCTCAGGCATTGATAATTTGATTAATTTCGTTGGCGCTCAAATGGCACTGACGCGGGCAGGCATGCCACACATTAAg > 1:1032785/1‑140 (MQ=255) ggAATCCACCAGCGTTCCATCAAGATCAAACAGAAAACCTTTGCACCGCACGCGGGCCTCCTCAGGCATTGATAATTTGATTAATTTCGTTGGCGCTCAAATGGCACTGACGCGGGCAGGCATGCCACACATTAAGCATg > 2:1461616/1‑140 (MQ=255) ttCCATCAAGATCAAACAGAAAACCTTTGCACCGCACGCGGGCCTCCTCAGGCATTGATAATTTGATTAATTTCGTTGGCGCTCAAATGGCACTGACGCGGGCAGGCATGCCACACATTAAGCATGCGCTGATATTTTTc > 2:1344071/1‑140 (MQ=255) cATCAAGATCAAACAGAAAACCTTTGCACCGCACGCGGGCCTCCTCAGGCATTGATAATTTGATTAATTTCGTTGGCGCTCAAATGGCACTGACGCGGGCAGGCATGCCACACATTAAGCATGCGCTGATATTTTTCCca > 1:456488/1‑140 (MQ=255) aTCAAGATCAAACAGAAAACCTTTGCACCGCACGCGGGCCTCCTCAGGCATTGATAATTTGATTAATTTCGTTGGCGCTCAAATGGCACTGACGCGGGCAGGCATGCCACACATTAAGCATGCGCTGATATTTTTCCcac < 2:456488/140‑1 (MQ=255) aCAGAAAACCTTTGCACCGCACGCGGGCCTCCTCAGGCATTGATAATTTGATTAATTTCGTTGGCGCTCAAATGGCACTGACGCGGGCAGGCATGCCACACATTAAGCATGCGCTGATATTTTTCCCACATTGGCGTCTg > 1:1183633/1‑140 (MQ=255) aCAGAAAACCTTTGCACCGCACGCGGGCCTCCTCAGGCATTGATAATTTGATTAATTTCGTTGGCGCTCAAATGGCACTGACGCGGGCAGGCATGCCACACATTAAGCATGCGCTGATATTTTTCCCACATTGGCGTCTg > 2:163011/1‑140 (MQ=255) aCAGAAAACCTTTGCACCGCACGCGGGCCTCCTCAGGCATTGATAATTTGATTAATTTCGTTGGCGCTCAAATGGCACTGACGCGGGCAGGCATGCCACACATTAAGCATGCGCTGATATTTTTCCCACATTGGCGTCTg < 1:163011/140‑1 (MQ=255) aCAGAAAACCTTTGCACCGCACGCGGGCCTCCTCAGGCATTGATAATTTGATTAATTTCGTTGGCGCTCAAATGGCACTGACGCGGGCAGGCATGCCACACATTAAGCATGCGCTGATATTTTTCCCACATTGGCGTCTg > 2:1254170/1‑140 (MQ=255) aCAGAAAACCTTTGCACCGCACGCGGGCCTCCTCAGGCATTGATAATTTGATTAATTTCGTTGGCGCTCAAATGGCACTGACGCGGGCAGGCATGCCACACATTAAGCATGCGCTGATATTTTTCCCACATTGGCGTCTg > 2:1237181/1‑140 (MQ=255) aGAAAACCTTTGCACCGCACGCGGGCCTCCTCAGGCATTGATAATTTGATTAATTTCGTTGGCGCTCAAATGGCACTGACGCGGGCAGGCATGCCACACATTAAGCATGCGCTGATATTTTTCCCACATTGGCGTCTggg < 2:25607/140‑1 (MQ=255) aGAAAACCTTTGCACCGCACGCGGGCCTCCTCAGGCATTGATAATTTGATTAATTTCGTTGGCGCTCAAATGGCACTGACGCGGGCAGGCATGCCACACATTAAGCATGCGCTGATATTTTTCCCACATTGGCGTCTggg < 1:548646/140‑1 (MQ=255) aaCCTTTGCACCGCACGCGGGCCTCCTCAGGCATTGATAATTTGATTAATTTCGTTGGCGCTCAAATGGCACTGACGCGGGCAGGCATGCCACACATTAAGCATGCGCTGATATTTTTCCCACATTGGCGTCTGGGCGtt > 2:1303100/1‑140 (MQ=255) cGCACGCGGGCCTCCTCAGGCATTGATAATTTGATTAATTTCGTTGGCGCTCAAATGGCACTGACGCGGGCAGGTATGCCACACATTAAGCATGCGCTGATATTTTTCCCACATTGGCGTCTGGGCGTTAAAACCGTGAg > 1:1430862/1‑140 (MQ=255) cACGCGGGCCTCCTCAGGCATTGATAATTTGATTAATTTCGTTGGCGCTCAAATGGCACTGACGCGGGCAGGCATGCCACACATTAAGCATGCGCTGATATTTTTCCCACATTGGCGTCTGGGCGTTAAAACCGTGAGtt > 2:1215837/1‑140 (MQ=255) cACGCGGGCCTCCTCAGGCATTGATAATTTGATTAATTTCGTTGGCGCTCAAATGGCACTGACGCGGGCAGGCATGCCACACATTAAGCATGCGCTGATATTTTTCCCACATTGGCGTCTGGGCGTTAAAACCGTGAGtt > 2:1106396/1‑140 (MQ=255) cACGCGGGCCTCCTCAGGCATTGATAATTTGATTAATTTCGTTGGCGCTCAAATGGCACTGACGCGGGCAGGCATGCCACACATTAAGCATGCGCTGATATTTTTCCCACATTGGCGTCTGGGCGTTAAAACCGTGAGtt > 1:683106/1‑140 (MQ=255) cACGCGGGCCTCCTCAGGCATTGATAATTTGATTAATTTCGTTGGCGCTCAAATGGCACTGACGCGGGCAGGCATGCCACACATTAAGCATGCGCTGATATTTTTCCCACATTGGCGTCTGGGCGTTAAAACCGTGAGtt > 1:299107/1‑140 (MQ=255) cACGCGGGCCTCCTCAGGCATTGATAATTTGATTAATTTCGTTGGCGCTCAAATGGCACTGACGCGGGCAGGCATGCCACACATTAAGCATGCGCTGATATTTTTCCCACATTGGCGTCTGGGCGTTAAAACCGTGAGtt > 1:53273/1‑140 (MQ=255) cACGCGGACCTCCTCAGGCATTGATAATTTGATTAATTTCGTTGGCGCTCAAATGGCACTGACGCGGGCAGGCATGCCACACATTAAGCATGCGCTGATATTTTTCCCACATTGGCGTCTGGGCGTTAAAACCGTGAGtt > 2:556732/1‑140 (MQ=255) cACGCGGACCTCCTCAGGCATTGATAATTTGATTAATTTCGTTGGCGCTCAAATGGCACTGACGCGGGCAGGCATGCCACACATTAAGCATGCGCTGATATTTTTCCCACATTGGCGTCTGGGCGTTAAAACCGTGAGtt < 1:556732/140‑1 (MQ=255) cgcgGGCCTCCTCAGGCATTGATAATTTGATTAATTTCGTTGGCGCTCAAATGGCACTGACGCGGGCAGGCATGCCACACATTAAGCATGCGCTGATATTTTTCCCACATTGGCGTCTGGGCGTTAAAACCGTGAGTTcc > 1:507407/1‑140 (MQ=255) gcgGGCCTCCTCAGGCATTGATAATTTGATTAATTTCGTTGGCGCTCAAATGGCACTGACGCGGGCAGGCATGCCACACATTAAGCATGCGCTGATATTTTTCCCACATTGGCGTCTGGGCGTTAAAACCGTGAGTTCCg > 1:561796/1‑140 (MQ=255) tcctcAGGCATTGATAATTTGATTAATTTCGTTGGCGCTCAAATGGCACTGACGCGGGCAGGCATGCCACACATTAAGCATGCGCTGATATTTTTCCCACATTGGCGTCTGGGCGTTAAAACCGTGAGTTCCGGCGTCaa > 2:258360/1‑140 (MQ=255) aGGCATTGATAATTTGATTAATTTCGTTGGCGCTCAAATGGCACTGACGCGGGCAGGCATGCCACACATTAAGCATGCGCTGATATTTTTCCCACATTGGCGTCTGGGCGTTAAAACCGTGAGTTCCGGCGTCAAAATgg < 2:53273/140‑1 (MQ=255) aTTGATAATTTGATTAATTTCGTTGGCGCTCAAATGTCACTGACGCGGGCAGGCATGCCACACATTAAGCATGCGCTGATATTTTTCCCACATTGGCGTCTGGGCGTTAAAACCGTGAGTTCCGGCGTCAAAATGGGtat > 1:548920/1‑140 (MQ=255) tGATAATTTGATTAATTTCGTTGGCGCTCAAATGGCACTGACGCGGGCAGGCATGCCACACATTAAGCATGCGCTGATATTTTTCCCACATTGGCGTCTGGGCGTTAAAACCGTGAGTTCCGGCGTCAAAATGGGTATAg > 1:15902/1‑140 (MQ=255) tGATAATTTGATTAATTTCGTTGGCGCTCAAATGGCACTGACGCGGGCAGGCATGCCACACATTAAGCATGCGCTGATATTTTTCCCACATTGGCGTCTGGGCGTTAAAACCGTGAGTTCCGGCGTCAAAATGGGTATAg < 2:507407/140‑1 (MQ=255) tGATAATTTGATTAATTTCGTTGGCGCTCAAATGGCACTGACGCGGGCAGGCATGCCACACATTAAGCATGCGCTGATATTTTTCCCACATTGGCGTCTGGGCGTTAAAACCGTGAGTTCCGGCGTCAAAATGGGTATAg < 1:1106396/140‑1 (MQ=255) gATAATTTGATTAATTTCGTTGGCGCTCAAATGGCACTGACGCGGGCAGGCATGCCACACATTAAGCATGCGCTGATATTTTTCCCACATTGGCGTCTGGGCGTTAAAACCGTGAGTTCCGGCGTCAAAATGGGTATAgc > 1:964466/1‑140 (MQ=255) gATAATTTGATTAATTTCGTTGGCGCTCAAATGGCACTGACGCGGGCAGGCATGCCACACATTAAGCATGCGCTGATATTTTTCCCACATTGGCGTCTGGGCGTTAAAACCGTGAGTTCCGGCGTCAAAATGGGTATAgc > 2:268803/1‑140 (MQ=255) gATAATTTGATTAATTTCGTTGGCGCTCAAATGGCACTGACGCGGGCAGGCATGCCACACATTAAGCATGCGCTGATATTTTTCCCACATTGGCGTCTGGGCGTTAAAACCGTGAGTTCCGGCGTCAAAATGGGTATAgc > 1:453610/1‑140 (MQ=255) gATAATTTGATTAATTTCGTTGGCGCTCAAATGGCACTGACGCGGGCAGGCATGCCACACATTAAGCATGCGCTGATATTTTTCCCACATTGGCGTCTGGGCGTTAAAACCGTGAGTTCCGGCGTCAAAATGGGTATAgc > 2:1114414/1‑140 (MQ=255) tttGATTAATTTCGTTGGCGCTCAAATGGCACTGACGCGGGCAGGCATGCCACACATTAAGCATGCGCTGATATTTTTCCCACATTGGCGTCTGGGCGTTAAAACCGTGAGTTCCGGCGTCAAAATGGGTATAGCGCCCt < 2:683106/140‑1 (MQ=255) tttGATTAATTTCGTTGGCGCTCAAATGGCACTGACGCGGGCAGGCATGCCACACATTAAGCATGCGCTGATATTTTTCCCACATTGGCGTCTGGGCGTTAAAACCGTGAGTTCCGGCGTCAAAATGGGTATAGCGCCCt > 1:1039742/1‑140 (MQ=255) ttGATTAATTTCGTTGGCGCTCAAATGGCACTGACGCGGGCAGGCATGCCACACATTAAGCATGCGCTGATATTTTTCCCACATTGGCGTCTGGGCGTTAAAACCGTGAGTTCCGGCGTCAAAATGGGTATAGCGCCCtt < 1:1344071/140‑1 (MQ=255) gATTAATTTCGTTGGCGCTCAAATGGCACTGACGCGGGCAGGCATGCCACACATTAAGCATGCGCTGATATTTTTCACACATTGGCGTCTGGGCGTTAAAACCGTGAGTTCCGGCGTCAAAATGGGTATAGCGCCCTTcc < 1:452855/140‑1 (MQ=255) aTTAATTTCGTTGGCGCTCAAATGGCACTGACGCGGGCAGGCATGCCACACATTAAGCATGCGCTGATATTTTTCCCACATTGGCGTCTGGGCGTTAAAACCGTGAGTTCCGGCGTCAAAATGGGTATAGCGCCCTTCca > 1:1295756/1‑140 (MQ=255) aTTAATTTCGTTGGCGCTCAAATGGCACTGACGCGGGCAGGCATGCCACACATTAAGCATGCGCTGATATTTTTCCCACATTGGCGTCTGGGCGTTAAAACCGTGAGTTCCGGCGTCAAAATGGGTATAGCGCCCTTCca > 2:1226765/1‑140 (MQ=255) aTTTCGTTGGCGCTCAAATGGCACTGACGCGGGCAGGCATGCCACACATTAAGCATGCGCTGATATTTTTCCCACATTGGCGTCTGGGCGTTAAAACCGTGAGTTCCGGCGTCAAAATGGGTATAGCGCCCTTCCACAtt < 1:264204/140‑1 (MQ=255) aTTTCGTTGGCGCTCAAATGGCACTGACGCGGGCAGGCATGCCACACATTAAGCATGCGCTGATATTTTTCCCACATTGGCGTCTGGGCGTTAAAACCGTGAGTTCCGGCGTCAAAATGGGTATAGCGCCCTTCCACAtt < 1:1388668/140‑1 (MQ=255) ttCGTTGGCGCTCAAATGGCACTGACGCGGGCAGGCATGCCACACATTAAGCATGCGCTGATATTTTTCCCACATTGGCGTCTGGGCGTTAAAACCGTGAGTTCCGGCGTCAAAATGGGTATAGCGCCCTTCCACATTaa > 1:1224355/1‑140 (MQ=255) gTTGGCGCTCAAATGGCACTGACGCGGGCAGGCATGCCACACATTAAGCATGCGCTGATATTTTTCCCACATTGGCGTCTGGGCGTTAAAACCGTGAGTTCCGGCGTCAAAATGGGTATAGCGCCCTTCCACATTAACCa < 2:1039742/140‑1 (MQ=255) cTCAAATGGCACTGACGCGGGCAGGCATGCCACACATTAAGCATGCGCTGATATTTTTCCCACATTGGCGTCTGGGCGTTAAAACCGTGAGTTCCGGCGTCAAAATGGGTATAGCGCCCTTCCACATTAACCATAAAGCg > 1:475412/1‑140 (MQ=255) aaaTGGCACTGACGCGGGCAGGCATGCCACACATTAAGCATGCGCTGATATTTTTCCCACATTGGCGTCTGGGCGTTAAAACCGTGAGTTCCGGCGTCAAAATGGGTATAGCGCCCTTCCACATTAACCATAAAGCGGAc < 1:1237181/140‑1 (MQ=255) | AGTTGCTCCACGCCCGTTCTACCGCAGGCAGGGAATCCACCAGCGTTCCATCAAGATCAAACAGAAAACCTTTGCACCGCACGCGGGCCTCCTCAGGCATTGATAATTTGATTAATTTCGTTGGCGCTCAAATGGTACTGACGCGGGCAGGCATGCCACACATTAAGCATGCGCTGATATTTTTCCCACATTGGCGTCTGGGCGTTAAAACCGTGAGTTCCGGCGTCAAAATGGGTATAGCGCCCTTCCACATTAACCATAAAGCGGAC > NC_000913/2412008‑2412276 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |