| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,190,744 | A→G | Y38C (TAC→TGC) | yqiI → | putative fimbrial protein YqiI |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,190,744 | 0 | A | G | 99.1% | 385.4 / ‑4.9 | 111 | Y38C (TAC→TGC) | yqiI | putative fimbrial protein YqiI |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (53/57); total (54/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.86e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
TGTAGCCAACCGAGATCAATAATATGCGCTACTTGTTAATTGTTATTACTTTTTTTATGGGTTTTAGTTCATTACCTGCATGGGCAATGGACTGCTATGCTGAACATGAAGGTGGAAATACCGTTGTCATT‑GGTTACGTACCAAGAATCTCTAT‑CCCCAGCGATGGTAAAAAAGGTGATAAAATCTGGCAAAGCAGTGAATATTTTATGAATGTTTTCTGTAATAATGCACTACCAGGCCCATCTCCAGGAGAAGAATACCCATCTGCATGG > NC_000913/3190609‑3190880 | ccAACCGAGATCAATAATATGCGCTACTTGTTAATTGTTATTACTTTTTTTATGGGTTTTAGTTCATTACCTGCATGGGCAATGGACTGCTATGCTGAACATGAAGGTGGAAATACCGTTGTCATT‑GGTTGCGTACCAAg < 1:934594/140‑1 (MQ=255) cAACCGAGATCAATAATATGCGCTACTTGTTAATTGTTATTACTTTTTTTATGGGTTTTAGTTCATTACCTGCATGGGCAATGGACTGCTATGCTGAACATGAAGGTGGAAATACCGTTGTCATT‑GGTTGCGTACCAAGa < 1:1157712/140‑1 (MQ=255) aaCCGAGATCAATAATATGCGCTACTTGTTAATTGTTATTACTTTTTTTATGGGTTTTAGTTCATTACCTGCATGGGCAATGGACTGCTATGCTGAACATGAAGGTGGAAATACCGTTGTCATT‑GGTTGCGTACCAAGaa < 1:1329320/140‑1 (MQ=255) aaCCGAGATCAATAATATGCGCTACTTGTTAATTGTTATTACTTTTTTTATGGGTTTTAGTTCATTACCTGCATGGGCAATGGACTGCTATGCTGAACATGAAGGTGGAAATACCGTTGTCATT‑GGTTGCGTACCAAGaa < 1:566233/140‑1 (MQ=255) agaTCAATAATATGCGCTACTTGTTAATTGTTATTACTTTTTTTATGGGTTTTAGTTCATTACCTGCATGGGCAATGGACTGCTATGCTGAACATGAAGGTGGAAATACCGTTGTCATT‑GGTTGCGTACCAAGAATctct < 1:399230/140‑1 (MQ=255) agaTCAATAATATGCGCTACTTGTTAATTGTTATTACTTTTTTTATGGGTTTTAGTTCATTACCTGCATGGGCAATGGACTGCTATGCTGAACATGAAGGTGGAAATACCGTTGTCATT‑GGTTGCGTACCAAGAATctct < 2:1469770/140‑1 (MQ=255) aTCAATAATATGCGCTACTTGTTAATTGTTATTACTTTTTTTATGGGTTTTAGTTCATTACCTGCATGGGCAATGGACTGCTATGCTGAACATGAAGGTGGAAATACCGTTGTCATT‑GGTTGCGTACCAAg > 1:915154/1‑131 (MQ=255) aTCAATAATATGCGCTACTTGTTAATTGTTATTACTTTTTTTATGGGTTTTAGTTCATTACCTGCATGGGCAATGGACTGCTATGCTGAACATGAAGGTGGAAATACCGTTGTCATT‑GGTTGCGTACCAAg < 2:915154/131‑1 (MQ=255) tCAATAATATGCGCTACTTGTTAATTGTTATTACTTTTTTTATGGGTTTTAGTTCATTACCTGCATGGGCAATGGACTGCTATGCTGAACATGAAGGTGGAAATACCGTTGTCATT‑GGTTGCGTACCAAGAATCTCTAT‑c > 1:95766/1‑140 (MQ=255) aataTGCGCTACTTGTTAATTGTTATTACTTTTTTTATGGGTTTTAGTTCATTACCTGCATGGGCAATGGACTGCTATGCTGAACATGAAGGTGGAAATACCGTTGTCATT‑GGTTGCGTACCAAGAATCTCTAT‑CCCCAg > 2:747491/1‑140 (MQ=255) aataTGCGCTACTTGTTAATTGTTATTACTTTTTTTATGGGTTTTAGTTCATTACCTGCATGGGCAATGGACTGCTATGCTGAACATGAAGGTGGAAATACCGTTGTCATT‑GGTTGCGTACCAAGAATCTCTAT‑CCCCAg < 1:1117541/140‑1 (MQ=255) atGCGCTACTTGTTAATTGTTATTACTTTTTTTATGGGTTTTAGTTCATTACCTGCATGGGCAATGGACTGCTATGCTGAACATGAAGGTGGAAATACCGTTGTCATT‑GGTTGCGTACCAAGAATCTCTAT‑CCCCAGCGa > 2:744974/1‑140 (MQ=255) atGCGCTACTTGTTAATTGTTATTACTTTTTTTATGGGTTTTAGTTCATTACCTGCATGGGCAATGGACTGCTATGCTGAACATGAAGGTGGAAATACCGTTGTCATT‑GGTTGCGTACCAAGAATCTCTAT‑CCCCAGCGa > 2:524820/1‑140 (MQ=255) tGCGCTACTTGTTAATTGTTATTACTTTTTTTATGGGTTTTAGTTCATTACCTGCATGGGCAATGGACTGCTATGCTGAACATGAAGGTGGAAATACCGTTGTCATT‑GGTTGCGTACCAAGAATCTCTAT‑CCCCAGCg > 2:591802/1‑138 (MQ=255) tGCGCTACTTGTTAATTGTTATTACTTTTTTTATGGGTTTTAGTTCATTACCTGCATGGGCAATGGACTGCTATGCTGAACATGAAGGTGGAAATACCGTTGTCATT‑GGTTGCGTACCAAGAATCTCTAT‑CCCCAGCg < 1:591802/138‑1 (MQ=255) tGCGCTACTTGTTAATTGTTATTACTTTTTTTATGGGTTTTAGTTCATTACCTGCATGGGCAATGGACTGCTATGCTGAACATGAAGGTGGAAATACCGTTGTCATT‑GGTTGCGTACCAAGAATCTCTAT‑CCCCAGCGAt < 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tACTTGTTAATTGTTATTACTTTTTTTATGGGTTTTAGTTCATTACCTGCATGGGCAATGGACTGCTATGCTGAACATGAAGGTGGAAATACCGTTGTCATT‑GGTTGCGTACCAAGAATCTCTAT‑CCCCAGCGATGGTaa > 2:1474254/1‑140 (MQ=255) aCTTGTTAATTGTTATTACTTTTTTTATGGGTTTTAGTTCATTACCTGCATGGGCAATGGACTGCTATGCTGAACATGAAGGTGGAAATACCGTTGTCATT‑GGTTGCGTACCAAGAATCTCTAT‑CCCCAGCGATGGTaaa < 1:1112070/140‑1 (MQ=255) gTTAATTGTTATTACTTTTTTTATGGGTTTTAGTTCATTACCTGCATGGGCAATGGACTGCTATGCTGAACATGAAGGTGGAAATACCGTTGTCATT‑GGTTGCGTACCAAGAATCTCTAT‑CCCCAGCGATGGTAAAAAAg < 2:601149/140‑1 (MQ=255) tAATTGTTATTACTTTTTTTATGGGTTTTAGTTCATTACCTGCATGGGCAATGGACTGCTATGCTGAACATGAAGGTGGAAATACCGTTGTCATT‑GGTTGCGTACCAAGAATCTCTAT‑CCCCAGCGATGGTAAAAAAGGt > 1:903677/1‑140 (MQ=255) ttGTTATTACTTTTTTTATGGGTTTTAGTTCATTACCTGCATGGGCAATGGACTGCTATGCTGAACATGAAGGTGGAAATACCGTTGTCATT‑GGTTGCGTACCAAGAATCTCTAT‑CCCCAGCGATGGTAAAAAAGGTGAt > 2:281320/1‑140 (MQ=255) gTTATTACTTTTTTTATGGGTTTTAGTTCATTACCTGCATGGGCAATGGACTGCTATGCTGAACATGAAGGAGGAAATACCGTTGTCATT‑GGTTGCGTACCAAGAATCTCTAT‑CCCCAGCGATGGTAAAAAAGGTGATaa > 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tttATGGGTTTTAGTTCATTACCTGCATGGGCAATGGACTGCTATGCTGAACATGAAGGTGGAAATACCGTTGTCATT‑GGTTGCGTACCAAGAATCTCTAT‑CCCCAGCGATGGTAAAAAAGGTGATAAAATCTGGCAAAg > 1:230604/1‑140 (MQ=255) aTGGGTTTTAGTTCATTACCTGCATGGGCAATGGACTGCTATGCTGAACATGAAGGTGGAAATACCGTTGTCATTGGGTTGCGTACCAAGAATCTCTAT‑CCCCAGCGATGGTAAAAAAGGTGATAAAATCTGGCAAAGCa < 2:140847/140‑1 (MQ=255) gggTTTTAGTTCATTACCTGCATGGGCAATGGACTGCTATGCTGAACATGAAGGTGGAAATACCGTTGTCATT‑GGTTGCGTACCAAGAATCTCTAT‑CCCCAGCGATGGTAAAAAAGGTGATAAAATCTGGCAAAGCAGTg > 2:1445137/1‑140 (MQ=255) ggTTTTAGTTCATTACCTGCATGGGCAATGGACTGCTATGCTGAACATGAAGGTGGAAATACCGTTGTCATT‑GGTTGCGTACCAAGAATCTCTAT‑CCCCAGCGATGGTAAAAAAGGTGATAAAATCTGGCAAAGCAGTGa > 1:789582/1‑140 (MQ=255) gTTTTAGTTCATTACCTGCATGGGCAATGGACTGCTATGCTGAACATGAAGGTGGAAATACCGTTGTCATT‑GGTTGCGTACCAAGAATCTCTAT‑CCCCAGCGATGGTAAAAAAGGTGATAAAATCTGGCAAAGCAGTGaa < 2:412292/140‑1 (MQ=255) tACCTGCATGGGCAATGGACTGCTATGCTGAACATGAAGGTGGAAATACCGTTGTCATT‑GGTTGCGTACCAAGAATCTCTAT‑CCCCAGCGATGGTAAAAAAGGTGATAAAATCTGGCAAAGCAGTGAATATTTTATGAAt < 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gTTGTCATT‑GGTTGCGTACCAAGAATCTCTAT‑CCCCAGCGATGGTAAAAAAGGTGATAAAATCTGGCAAAGCAGTGAATATTTTATGAATGTTTTCTGTAATAATGCACTACCAGGCCCATCTCCAGGAGAAGAATAccc > 1:113518/1‑140 (MQ=255) tGTCATT‑GGTTGCGTACCAAGAATCTCTAT‑CCCCAGCGATGGTAAAAAAGGTGATAAAATCTGGCAAAGCAGTGAATATTTTATGAATGTTTTCTGTAATAATGCACTACCAGGCCCATCTCCAGGAGAAGAATACCCAt < 2:579176/140‑1 (MQ=255) tGTCATT‑GGTTGCGTACCAAGAATCTCTAT‑CCCCAGCGATGGTAAAAAAGGTGATAAAATCTGGCAAAGCAGTGAATATTTTATGAATGTTTTCTGTAATAATGCACTACCAGGCCCATCTCCAGGAGAAGAATACCCAt < 1:1296773/140‑1 (MQ=255) tGTCATT‑GGTTGCGTACCAAGAATCTCTAT‑CCCCAGCGATGGTAAAAAAGGTGATAAAATCTGGCAAAGCAGCGAATATTTTATGAATGTTTTCTGTAATAATGCACTACCAGGCCCATCTCCAGGAGAAGAATACCCAt < 2:95766/140‑1 (MQ=255) gTCATT‑GGTTGCGTACCAAGAATCTCTAT‑CCCCAGCGATGGTAAAAAAGGTGATAAAATCTGGCAAAGCAGTGAATATTTTATGAATGTTTTCTGTAACAATGCACTACCAGGCCCATCTCCAGGAGAAGAATACCCATc > 1:829470/1‑140 (MQ=255) tt‑GGTTGCGTACCAAGAATCTCTAT‑CCCCAGCGATGGTAAAAAAGGTGATAAAATCTGGCAAAGCAGTGAATATTTTATGAATGTTTTCTGTAATAATGCACTACCAGGCCCATCTCCAGGAGAAGAATACCCATCTGCa < 1:401489/140‑1 (MQ=255) tt‑GGTTGCGTACCAAGAATCTCTAT‑CCCCAGCGATGGTAAAAAAGGTGATAAAATCTGGCAAAGCAGTGAATATTTTATGAATGTTTTCTGTAATAATGCACTACCAGGCCCATCTCCAGGAGAAGAATACCCATCTGCa < 1:362285/140‑1 (MQ=255) tt‑GGTTGCGTACCAAGAATCTCTAT‑CCCCAGCGATGGTAAAAAAGGTGATAAAATCTGGCAAAGCAGTGAATATTTTATGAATGTTTTCTGTAATAATGCACTACCAGGCCCATCTCCAGGAGAAGAATACCCATCTGCa < 2:789582/140‑1 (MQ=255) tt‑GGTTGCGTACCAAGAATCTCTAT‑CCCCAGCGATGGTAAAAAAGGTGATAAAATCTGGCAAAGCAGTGAATATTTTATGAATGTTTTCTGTAATAATGCACTACCAGGCCCATCTCCAGGAGAAGAATACCCATCTGCa < 2:546009/140‑1 (MQ=255) ggTTGCGTACCAAGAATCTCTAT‑CCCCAGCGATGGTAAAAAAGGTGATAAAATCTGGCAAAGCAGTGAATATTTTATGAATGTTTTCTGTAATAATGCACTACCAGGCCCATCTCCAGGAGAAGAATACCCATCTGCATg > 1:1461227/1‑140 (MQ=255) gTTGCGTACCAAGAATCTCTAT‑CCCCAGCGATGGTAAAAAAGGTGATAAAATCTGGCAAAGCAGTGAATATTTTATGAATGTTTTCTGTAATAATGCACTACCAGGCCCATCTCCAGGAGAAGAATACCCATCTGCATgg < 2:113518/140‑1 (MQ=255) | TGTAGCCAACCGAGATCAATAATATGCGCTACTTGTTAATTGTTATTACTTTTTTTATGGGTTTTAGTTCATTACCTGCATGGGCAATGGACTGCTATGCTGAACATGAAGGTGGAAATACCGTTGTCATT‑GGTTACGTACCAAGAATCTCTAT‑CCCCAGCGATGGTAAAAAAGGTGATAAAATCTGGCAAAGCAGTGAATATTTTATGAATGTTTTCTGTAATAATGCACTACCAGGCCCATCTCCAGGAGAAGAATACCCATCTGCATGG > NC_000913/3190609‑3190880 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |