| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,931,183 | (G)7→8 | intergenic (‑90/‑133) | ravA ← / → kup | regulatory ATPase RavA/K(+):H(+) symporter Kup |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,931,176 | 1 | . | G | 96.0% | 347.9 / 5.0 | 100 | intergenic (‑83/‑140) | ravA/kup | regulatory ATPase RavA/K(+):H(+) symporter Kup |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (3/1); new base G (48/48); total (51/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.18e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
TTCCAACGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTC‑AA‑A‑‑GGGGG‑GGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGATTTTGCCGTTAATCGTGCATACTGTGCGCTTTTTTGTGGGCCAAGGGACTAAGCACACATTTCATATTTCAACGAAAGACT > NC_000913/3931037‑3931310 | ttCCAACGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTC‑aa‑a > 2:31211/1‑140 (MQ=255)ttCCAACGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTC‑aa‑a > 2:1236262/1‑140 (MQ=255) cAACGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTC‑AA‑A‑‑ggg < 2:122533/140‑1 (MQ=255) aCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTC‑AA‑A‑‑ggggg > 2:764090/1‑140 (MQ=255) aCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTC‑AA‑A‑‑ggggg < 1:409564/140‑1 (MQ=255) cTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTC‑AA‑A‑‑ggggg‑ggggg > 1:270512/1‑137 (MQ=255) cTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTC‑aa‑a > 1:1028394/1‑127 (MQ=255) cTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTC‑aa‑a < 2:1028394/127‑1 (MQ=255) gCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTC‑AA‑AG‑GGGGG‑GGTATTTTTCtt > 2:540067/1‑140 (MQ=255) gCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTC‑AA‑AG‑GGGGG‑GGTATTTTTCtt > 2:11359/1‑140 (MQ=255) ggAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTC‑AA‑AG‑GGGGG‑GGTATTTTTCTTTGa > 1:178481/1‑140 (MQ=255) gAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTC‑AA‑AG‑GGGGG‑GGTATTTTTCTTTGAg < 1:416992/140‑1 (MQ=255) gAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCAGGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTC‑AA‑AG‑GGGGG‑GGTATTTTTCTTTGAg < 2:1247943/140‑1 (MQ=255) aaaTTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTC‑AA‑AG‑GGGGG‑GGTATTTTTCTTTGAGc < 1:563021/140‑1 (MQ=255) cTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTC‑AA‑AG‑GGGGG‑GGTATTTTTCTTTGAGCCAGGt > 1:960236/1‑140 (MQ=255) cTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTC‑AA‑AG‑GGGGG‑GGTATTTTTCTTTGAGCCAGGt > 2:847489/1‑140 (MQ=255) tCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTC‑AA‑AGGGGGGG‑GGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTa > 2:787772/1‑140 (MQ=255) ccGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTC‑AA‑AG‑GGGGG‑GGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAAt < 2:126050/140‑1 (MQ=255) taataaATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTC‑AA‑AG‑GGGGG‑GGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTgg < 2:1308877/140‑1 (MQ=255) taataaATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTC‑AA‑AG‑GGGGG‑GGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTgg < 1:1236262/140‑1 (MQ=255) taataaATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTC‑AA‑AG‑GGGGG‑GGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTgg < 1:461129/140‑1 (MQ=255) aataaATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTC‑AA‑AG‑GGGGG‑GGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGc > 1:484973/1‑140 (MQ=255) ataaATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTC‑AA‑AG‑GGGGG‑GGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGcc < 2:1188897/140‑1 (MQ=255) tGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTC‑AA‑AG‑GGGGG‑GGTATTTTTCTTTGAGACAGGTTAATGTGGCCGCAtt > 1:1158249/1‑140 (MQ=255) gAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTC‑AA‑AG‑GGGGG‑GGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCAttt < 1:36807/140‑1 (MQ=255) gAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTC‑AA‑AG‑GGGGG‑GGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCAttt < 1:539989/140‑1 (MQ=255) gggTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTC‑AA‑AG‑GGGGG‑GGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAg > 2:947081/1‑140 (MQ=255) gggTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTC‑AA‑AG‑GGGGG‑GGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAg > 2:1314652/1‑140 (MQ=255) ggTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTC‑AA‑AG‑GGGGG‑GGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAgg > 2:161583/1‑140 (MQ=255) gTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTC‑AA‑AG‑GGGGG‑GGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGa > 2:672516/1‑140 (MQ=255) gTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTC‑AA‑AG‑GGGGG‑GGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGa > 1:987958/1‑140 (MQ=255) tGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTC‑AAGG‑‑GGGGG‑GGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAg > 1:76493/1‑140 (MQ=255) tGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTC‑AA‑AG‑GGGGG‑GGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAg > 2:1254712/1‑140 (MQ=255) aGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTC‑AA‑AG‑GGGGG‑GGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTa > 2:1298297/1‑140 (MQ=255) aGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTC‑AA‑AG‑GGGGG‑GGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTa > 1:780430/1‑140 (MQ=255) aGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTC‑AA‑AG‑GGGGG‑GGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTa > 2:462759/1‑140 (MQ=255) tAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTC‑AA‑AG‑GGGGG‑GGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCAttt > 1:57807/1‑128 (MQ=255) tAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTC‑AA‑AG‑GGGGG‑GGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCAttt < 2:57807/128‑1 (MQ=255) tAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTC‑AA‑AG‑GGGGG‑GGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGAtt < 2:1335909/140‑1 (MQ=255) aaTGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTC‑AA‑AG‑GGGGG‑GGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGAttt > 2:1012011/1‑140 (MQ=255) aaTGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTC‑AA‑AG‑GGGGG‑GGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGAttt > 1:365000/1‑140 (MQ=255) aaTGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTC‑AA‑AG‑GGGGG‑GGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGAttt > 1:587395/1‑140 (MQ=255) aaTGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTC‑AA‑AG‑GGGGG‑GGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGAttt > 2:955464/1‑140 (MQ=255) 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ttGCTGGTGGCTAAAATAGTCTC‑AA‑AG‑GGGGG‑GGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGATTTTGCCGTTAATCGTGCATACTGTGCGCTTTTTTGTGGGCCAAGGGACTAAGCACACAt > 1:125012/1‑140 (MQ=255) tGCTGGTGGCTAAAATAGTCTC‑AA‑A‑‑GGGGG‑GGGATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGATTTTGCCGTTAATCGTGCATACTGTGCGCTTTTTTGTGGGCCAAGGGACTAAGCACACAttt > 2:455191/1‑140 (MQ=255) ggtggCTAAAATAGTCTC‑AA‑AG‑GGGGG‑GGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGATTTTGCCGTTAATCGTGCATACTGCGCGCTTTTTTGTGGGCCAAGGGACTAAGCACACATTTCat > 2:1228723/1‑140 (MQ=255) tggCTAAAATAGTCTC‑AA‑AG‑GGGGG‑GGAATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGATTTTGCCGTTAATCGTGCATACTGTGCGCTTTTTTGTGGGCCAAGGGACTAAGCACACATTTCatat > 1:798213/1‑140 (MQ=255) ggCTAAAATAGTCTC‑AA‑AG‑GGGGG‑GGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGATTTTGCCGTTAATCGTGCATACTGTGCGCTTTTTTGTGGGCCAAGGGACTAAGCACACATTTCATAtt > 2:548676/1‑140 (MQ=255) 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2:294764/140‑1 (MQ=255) ctc‑AA‑AG‑GGGGG‑GGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGATTTTGCCGTTAATCGTGCATACTGTGCGCTTTTTTGTGGGCCAAGGGACTAAGCACACATTTCATATTTCAACGAAAGAc < 1:1184812/140‑1 (MQ=255) tc‑AA‑AG‑GGGGG‑GGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGATTTTGCCGTTAATCGTGCATACTGTGCGCTTTTTTGTGGGCCAAGGGACTAAGCACACATTTCATATTTCAACGAAAGACt < 1:161583/140‑1 (MQ=255) | TTCCAACGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTC‑AA‑A‑‑GGGGG‑GGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGATTTTGCCGTTAATCGTGCATACTGTGCGCTTTTTTGTGGGCCAAGGGACTAAGCACACATTTCATATTTCAACGAAAGACT > NC_000913/3931037‑3931310 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |