| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,330,676 | (G)5→6 | coding (175/1503 nt) | proP → | osmolyte:H(+) symporter ProP |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,330,671 | 1 | . | G | 95.5% | 381.6 / 8.5 | 111 | coding (170/1503 nt) | proP | osmolyte:H(+) symporter ProP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/3); new base G (58/48); total (60/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.60e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.38e-01 | |||||||||||
Only 100 of 123 total aligned reads displayed.
ACCCTTCGTGATGTCACCATTATTGATGACGGTAAACTGCGTAAAGCCATTACCGCAGCATCACTGGGTAATGCAATGGAATGGTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCC‑GG‑GGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCGATAAATATGGTCGCCAGAAGATCCTCGCTATCA > NC_000913/4330532‑4330805 | aCCCTTCGTGATGTCACCATTATTGATGACGGTAAACTGCGTAAAGCCATTACCGCAGCATCACTGGGTAATGCAATGGAATGGTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTccc < 1:1386620/140‑1 (MQ=255) gTGATGTCACCATTATTGATGACGGTAAACTGCGTAAAGCCATTACCGCAGCATCACTGGGTAATGCAATGGAATGGTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCC‑gg‑ggggc < 2:1153351/140‑3 (MQ=255) gTCACCATTATTGATGACGGTAAACTGCGTAAAGCCATTACCGCAGCATCACTGGGTAATGCAATGGAATGGTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCC‑gg‑ggggctggcc > 2:1054555/1‑133 (MQ=255) gTCACCATTATTGATGACGGTAAACTGCGTAAAGCCATTACCGCAGCATCACTGGGTAATGCAATGGAATGGTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCC‑gg‑ggggctggcc > 1:140060/1‑133 (MQ=255) gTCACCATTATTGATGACGGTAAACTGCGTAAAGCCATTACCGCAGCATCACTGGGTAATGCAATGGAATGGTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCC‑gg‑ggggctggcc < 1:302434/140‑8 (MQ=255) gTCACCATTATTGATGACGGTAAACTGCGTAAAGCCATTACCGCAGCATCACTGGGTAATGCAATGGAATGGTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCC‑gg‑ggggctggcc > 2:266970/1‑133 (MQ=255) aCCATTATTGATGACGGTAAACTGCGTAAAGCCATTACCGCAGCATCACTGGGTAATGCAATGGAATGGTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGG‑GGGCTGGCCCCa > 2:124033/1‑140 (MQ=255) aCCATTATTGATGACGGTAAACTGCGTAAAGCCATTACCGCAGCATCACTGGGTAATGCAATGGAATGGTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGG‑GGGCTGGCCCCa > 1:1370909/1‑140 (MQ=255) aCCATTATTGATGACGGTAAACTGCGTAAAGCCATTACCGCAGCATCACTGGGTAATGCAATGGAATGGTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGG‑GGGCTGGCCCCa > 1:781356/1‑140 (MQ=255) aCCATTATTGATGACGGTAAACTGCGTAAAGCCATTACCGCAGCATCACTGGGTAATGCAATGGAATGGTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGG‑GGGCTGGCCCCa < 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ttACCGCAGCATCACTGGGTAATGCAATGGAATGGTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGG‑GGGCTGGCCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTtctc > 1:180460/1‑140 (MQ=255) ttACCGCAGCATCACTGGGTAATGCAATGGAATGGTTCGATTTTGGTGTTTAT‑GTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGG‑GGGCTGGCCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTcc > 1:595957/1‑140 (MQ=255) ccGCAGCATCACTGGGTAATGCAATGGAATGGTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGG‑GGGCTGGCCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGt < 2:395637/140‑1 (MQ=255) agcaTCACTGGGTAATGCAATGGAATGGTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGG‑GGGCTGGCCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTccc > 2:1136600/1‑140 (MQ=255) aCTGGGTAATGCAATGGAATGGTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGG‑GGGCTGGCCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTg > 2:805099/1‑140 (MQ=255) ggTAATGCAATGGAATGGTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCCGGG‑GGGCTGGCCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTc < 1:401516/140‑1 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1:1225523/1‑140 (MQ=255) tAAAGTTTTTTTCCCGGG‑GGGCTGGCCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCGATAAATATGGTCGCCAGAAGATc < 1:646083/140‑1 (MQ=255) aaaGTTTTTTTCCCGGG‑GGGCTGGCCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCGATAAATATGGTCGCCAGAAGATcc < 1:1022873/140‑1 (MQ=255) aaGTTTTTTTCCCGGG‑GGGCTGGCCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCGATAAATATGGTCGCCAGAAGATCCt < 2:1141684/140‑1 (MQ=255) aaGTTTTTTTCCCGGG‑GGGCTGGCCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCGATAAATATGGTCGCCAGAAGATCCt < 1:805099/140‑1 (MQ=255) aGTTTTTTTCCCGGG‑GGGCTGGCCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCGATAAATATGGTCGCCAGAAGATCCTc > 2:1370234/1‑140 (MQ=255) tttttttCCCGGG‑GGGCTGGCCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCGATAAATATGGTCGCCAGAAGATCCTCGc < 1:1314922/140‑1 (MQ=255) tttttttCCCGGG‑GGGCTGGCCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCGATAAATATGGTCGCCAGAAGATCCTCGc < 1:186438/140‑1 (MQ=255) ttttcCCG‑GG‑GGGCTGGCCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCGATAAATATGGTCGCCAGAAGATCCTCGCTAt < 2:726515/140‑1 (MQ=255) ttttcCCG‑GG‑GGGCTGGCCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCGATAAATATGGTCGCCAGAAGATCCTCGCTAt < 2:333658/140‑1 (MQ=255) tttcCCG‑GG‑GGGCTGGCCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCGATAAATATGGTCGCCAGAAGATCCTCGCTATc < 2:900497/140‑1 (MQ=255) tttCCCGGG‑GGGCTGGCCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCGATAAATATGGTCGCCAGAAGATCCTCGCTATc > 1:676350/1‑140 (MQ=255) ttCCCGGG‑GGGCTGGCCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCGATAAATATGGTCGCCAGAAGATCCTCGCTATCa < 1:204221/140‑1 (MQ=255) ttCCCGGG‑GGGCTGGCCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCGATAAATATGGTCGCCAGAAGATCCTCGCTATCa < 2:801394/140‑1 (MQ=255) ttCCCGGG‑GGGCTGGCCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCGATAAATATGGTCGCCAGAAGATCCTCGCTATCa < 1:580691/140‑1 (MQ=255) ttCCCGGG‑GGGCTGGCCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCGATAAATATGGTCGCCAGAAGATCCTCGCTATCa < 2:809399/140‑1 (MQ=255) | ACCCTTCGTGATGTCACCATTATTGATGACGGTAAACTGCGTAAAGCCATTACCGCAGCATCACTGGGTAATGCAATGGAATGGTTCGATTTTGGTGTTTATGGTTTTGTTGCTTACGCATTAGGTAAAGTTTTTTTCCC‑GG‑GGGCTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGACCGCTTGGCGGACTCTTCTTTGGTATGTTGGGCGATAAATATGGTCGCCAGAAGATCCTCGCTATCA > NC_000913/4330532‑4330805 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |