| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,338,135 | T→C | E109E (GAA→GAG) | mlaD ← | intermembrane phospholipid transport system, substrate binding protein MlaD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,338,135 | 0 | T | C | 98.4% | 433.4 / ‑4.0 | 123 | E109E (GAA→GAG) | mlaD | intermembrane phospholipid transport system, substrate binding protein MlaD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base C (60/61); total (61/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
Only 100 of 123 total aligned reads displayed.
TACTACCGTAAAGGAACTGACCAATGAGATCTTCCAGCACCATCGCAGACTTAGTGTCCTGAATTGTATCGCCATCCTTCAGGATAGCAGTCCCCAGTTCCGGGTCTTCAAAACCGACGTTTAATGCCAGATATTGTTCCCCCAGCAGGCCGGAAGTACGAATGCTCAGCGAACTGGTATCTGGAATGTGGTTATAACGTTGTTCAATTTCCAGCGTTACGCGCGGCAGATAGGTTTTCGGGTCCAGCGTAATATCCGCCACC > NC_000913/3337999‑3338261 | tactacCGTAAAGGAACTGACCAATGAGATCTTCCAGCACCATCGCAGACTTAGTGTCCTGAATTGTATCGCCATCCTTCAGGATAGCAGTCCCCAGTTCCGGGTCTTCAAAACCGACGTTTAATGCCAGATATTGCTcc > 2:1118561/1‑140 (MQ=255) cGTAAAGGAACTGACCAATGAGATCTTCCAGTACCATCGCAGACTTAGTGTCCTGAATTGTATCGCCATCCTTCAGGATAGCAGTCCCCAGTTCCGAGTCTTCAAAACCGACGTTTAATGCCAGATATTGCTCCCCcagc > 2:943599/1‑140 (MQ=255) gTAAAGGAACTGACCAATGAGATCTTCCAGCACCATCGCAGACTTAGTGTCCTGAATTGTATCGCCATCCTTCAGGATAGCAGTCCCCAGTTCCGGGTCTTCAAAACCGACGTTTAATGCCAGATATTGCTCCCCcagca > 2:748133/1‑140 (MQ=255) gTAAAGGAACTGACCAATGAGATCTTCCAGCACCATCGCAGACTTAGTGTCCTGAATTGTATCGCCATCCTTCAGGATAGCAGTCCCCAGTTCCGGGTCTTCAAAACCGACGTTTAATGCCAGATATTGCTCCCCcag > 2:1215119/1‑138 (MQ=255) gTAAAGGAACTGACCAATGAGATCTTCCAGCACCATCGCAGACTTAGTGTCCTGAATTGTATCGCCATCCTTCAGGATAGCAGTCCCCAGTTCCGGGTCTTCAAAACCGACGTTTAATGCCAGATATTGCTCCCCcag < 1:1215119/138‑1 (MQ=255) tAAAGGAACTGACCAATGAGATCTTCCAGCACCATCGCAGACTTAGTGTCCTGAATTGTATCGCCATCCTTCAGGATAGCAGTCCCCAGTTCCGGGTCTTCAAAACCGACGTTTAATGCCAGATATTGCTCCCCcagcag > 1:299546/1‑140 (MQ=255) aaaGGAACTGACCAATGAGATCTTCCAGCACCATCGCAGACTTAGTGTCCTGAATTGTATCGCCATCCTTCAGGATAGCAGTCCCCAGTTCCGGGTCTTCAAAACCGACGTTTAATGCCAGATATTGCTCCCCCAGCAgg < 1:833423/140‑1 (MQ=255) aaaGGAACTGACCAATGAGATCTTCCAGCACCATCGCAGACTTAGTGTCCTGAATTGTATCGCCATCCTTCAGGATAGCAGTCCCCAGTTCCGGGTCTTCAAAACCGACGTTTAATGCCAGATATTGCTCCCCCAGCAgg < 1:126877/140‑1 (MQ=255) aGGAACTGACCAATGAGATCTTCCAGCACCATCGCAGACTTAGTGTCCTGAATTGTATCGCCATCCTTCAGGATAGCAGTCCCCAGTTCCGGGTCTTCAAAACCGACGTTTAATGCCAGATATTGCTCCCCCAGCAGGcc < 1:1070241/140‑1 (MQ=255) ggAACTGACCAATGAGATCTTCCAGCACCATCGCAGACTTAGTGTCCTGAATTGTATCGCCATCCTTCAGGATAGCAGTCCCCAGTTCCGGGTCTTCAAAACCGACGTTTAATGCCAGATATTGCTCCCCCAGCAGGCCg > 2:553373/1‑140 (MQ=255) aCTGACCAATGAGATCTTCCAGCACCATCGCAGACTTAGTGTCCTGAATTGTATCGCCATCCTTCAGGATAGCAGTCCCCAGTTCCGGGTCTTCAAAACCGACGTTTAATGCCAGATATTGCTCCCCCAGCAGGCCg > 2:759941/1‑137 (MQ=255) aCTGACCAATGAGATCTTCCAGCACCATCGCAGACTTAGTGTCCTGAATTGTATCGCCATCCTTCAGGATAGCAGTCCCCAGTTCCGGGTCTTCAAAACCGACGTTTAATGCCAGATATTGCTCCCCCAGCAGGCCg < 1:759941/137‑1 (MQ=255) aCTGACCAATGAGATCTTCCAGCACCATCGCAGACTTAGTGTCCTGAATTGTATCGCCATCCTTCAGGATAGCAGTCCCCAGTTCCGGGTCTTCAAAACCGACGTTTAATGCCAGATATTGCTCCCCCAGCAGGCCGGaa > 1:548536/1‑140 (MQ=255) aCTGACCAATGAGATCTTCCAGCACCATCGCAGACTTAGTGTCCTGAATTGTATCGCCATCCTTCAGGATAGCAGTCCCCAGTTCCGGGTCTTCAAAACCGACGTTTAATGCCAGATATTGCTCCCCCAGCAGGCCGGaa > 1:1086525/1‑140 (MQ=255) cTGACCAATGAGATCTTCCAGCACCATCGCAGACTTAGTGTCCTGAATTGTATCGCCATCCTTCAGGATAGCAGTCCCCAGTTCCGGGTCTTCAAAACCGACGTTTAATGCCAGATATTGCTCCCCCAGCAGGCCGGAAg < 1:748133/140‑1 (MQ=255) cTGACCAATGAGATCTTCCAGCACCATCGCAGACTTAGTGTCCTGAATTGTATCGCCATCCTTCAGGATAGCAGTCCCCAGTTCCGGGTCTTCAAAACCGACGTTTAATGCCAGATATTGCTCCCCCAGCAGGCCGGAAg > 2:1142900/1‑140 (MQ=255) gACCAATGAGATCTTCCAGCACCATCGCAGACTTAGTGTCCTGAATTGTATCGCCATCCTTCAGGATAGCAGTCCCCAGTTCCGGGTCTTCAAAACCGACGTTTAATGCCAGATATTGCTCCCCCAGCAGGCCGGAAGTa > 1:891244/1‑140 (MQ=255) gACCAATGAGATCTTCCAGCACCATCGCAGACTTAGTGTCCTGAATTGTATCGCCATCCTTCAGGATAGCAGTCCCCAGTTCCGGGTCTTCAAAACCGACGTTTAATGCCAGATATTGCTCCCCCAGCAGGCCGGAAGTa > 2:303917/1‑140 (MQ=255) aCCAATGAGATCTTCCAGCACCATCGCAGACTTAGTGTCCTGAATTGTATCGCCATCCTTCAGGATAGCAGTCCCCAGTTCCGGGTCTTCAAAACCGACGTTTAATGCCAGATATTGCTCCCCCAGCAGGCCGGAAGTAc > 1:64849/1‑140 (MQ=255) aCCAATGAGATCTTCCAGCACCATCGCAGACTTAGTGTCCTGAATTGTATCGCCATCCTTCAGGATAGCAGTCCCCAGTTCCGGGTCTTCAAAACCGACGTTTAATGCCAGATATTGCTCCCCCAGCAGGCCGGAAGTAc > 2:827939/1‑140 (MQ=255) cAATGAGATCTTCCAGCACCATCGCAGACTTAGTGTCCTGAATTGTATCGCCATCCTTCAGGATAGCAGTCCCCAGTTCCGGGTCTTCAAAACCGACGTTTAATGCCAGATATTGCTCCCCCAGCAGGCCGGAAGTACGa < 2:754872/140‑1 (MQ=255) tGAGATCTTCCAGCACCATCGCAGACTTAGTGTCCTGAATTGTATCGCCATCCTTCAGGATAGCAGTCCCCAGTTCCGGGTCTTCAAAACCGACGTTTAATGCCAGATATTGCTCCCCCAGCAGGCCGGa < 1:602081/130‑1 (MQ=255) tGAGATCTTCCAGCACCATCGCAGACTTAGTGTCCTGAATTGTATCGCCATCCTTCAGGATAGCAGTCCCCAGTTCCGGGTCTTCAAAACCGACGTTTAATGCCAGATATTGCTCCCCCAGCAGGCCGGAAGTACGAATg > 2:1261948/1‑140 (MQ=255) tGAGATCTTCCAGCACCATCGCAGACTTAGTGTCCTGAATTGTATCGCCATCCTTCAGGATAGCAGTCCCCAGTTCCGGGTCTTCAAAACCGACGTTTAATGCCAGATATTGCTCCCCCAGCAGGCCGGAAGTACGAATg > 2:509636/1‑140 (MQ=255) gaTCTTCCAGCACCATCGCAGACTTAGTGTCCTGAATTGTATCGCCATCCTTCAGGATAGCAGTCCCCAGTTCCGGGTCTTCAAAACCGACGTTTAATGCCAGATATTGCTCCCCCAGCAGGCCGGAAGTACGAATGCTc > 1:141094/1‑140 (MQ=255) tCTTCCAGCACCATCGCAGACTTAGTGTCCTGAATTGTATCGCCATCCTTCAGGATAGCAGTCCCCAGTTCCGGGTCTTCAAAACCGACGTTTAATGCCAGATATTGCTCCCCCAGCAGGCCGGa > 2:1209162/1‑125 (MQ=255) tCTTCCAGCACCATCGCAGACTTAGTGTCCTGAATTGTATCGCCATCCTTCAGGATAGCAGTCCCCAGTTCCGGGTCTTCAAAACCGACGTTTAATGCCAGATATTGCTCCCCCAGCAGGCCGGa < 1:1209162/125‑1 (MQ=255) tCTTCCAGCACCATCGCAGACTTAGTGTCCTGAATTGTATCGCCATCCTTCAGGATAGCAGTCCCCAGTTCCGGGTCTTCAAAACCGACGTTTAATGCCAGATATTGCT‑CCCCAGCAGGCCGGAAGTACGAATGCTCAGc > 2:1111454/1‑140 (MQ=255) ttCCAGCACCATCGCAGACTTAGTGTCCTGAATTGTATCGCCATCCTTCAGGATAGCAGTCCCCAGTTCCGGGTCTTCAAAACCGACGTTTAATGCCAGATATTGCTCCCCCAGCAGGCCGGAAGTACGAATGCTCAGCg > 1:787017/1‑140 (MQ=255) ttCCAGCACCATCGCAGACTTAGTGTCCTGAATTGTATCGCCATCCTTCAGGATAGCAGTCCCCAGTTCCGGGTCTTCAAAACCGACGTTTAATGCCAGATATTGCTCCCCCAGCAGGCCGGAAGTACGAATGCTCAGCg < 2:787017/140‑1 (MQ=255) tCCAGCACCATCGCAGACTTAGTGTCCTGAATTGTATCGCCATCCTTCAGGATAGCAGTCCCCAGTTCCGGGTCTTCAAAACCGACGTTTAATGCCAGATATTGCT‑CCCCAGCAGGCCGGAAGTACGAATGCTCAGCGaa < 1:1111454/140‑1 (MQ=255) ccAGCACCATCGCAGACTTAGTGTCCTGAATTGTATCGCCATCCTTCAGGATAGCAGTCCCCAGTTCCGGGTCTTCAAAACCGACGTTTAATGCCAGATATTGCTCCCCCAGCAGGCCGGAAGTACGAATGCTCAGCGaa < 1:1384406/140‑1 (MQ=255) ccAGCACCATCGCAGACTTAGTGTCCTGAATTGTATCGCCATCCTTCAGGATAGCAGTCCCCAGTTCCGGGTCTTCAAAACCGACGTTTAATGCCAGATATTGCTCCCCCAGCAGGCCGGAAGTACGAATGCTCAGCGaa < 2:891244/140‑1 (MQ=255) aGCACCATCGCAGACTTAGTGTCCTGAATTGTATCGCCATCCTTCAGGATAGCAGTCCCCAGTTCCGGGTCTTCAAAACCGACGTTTAATGCCAGATATTGCTCCCCCAGCAGGCCGGAAGTACGAATGCTCAGCGAACt < 1:1073382/140‑1 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aCTTAGTGTCCTGAATTGTATCGCCATCCTTCAGGATAGCAGTCCCCAGTTCCGGGTCTTCAAAACCGACGTTTAATGCCAGATATTGCTCCCCCAGCAGGCCGGAAGTACGAATGCTCAGCGAACTGGTATCTGGAAtg < 1:366503/140‑1 (MQ=255) cTTAGTGTCCTGAATTGTATCGCCATCCTTCAGGATAGCAGTCCCCAGTTCCGGGTCTTCAAAACCGACGTTTAATGCCAGATATTGCTCCCCCAGCAGGCCGGAAGTACGAATGCTCAGCGAACTGGTATCTGGAAtgt < 1:1150911/140‑1 (MQ=255) cTTAGTGTCCTGAATTGTATCGCCATCCTTCAGGATAGCAGTCCCCAGTTCCGGGTCTTCAAAACCGACGTTTAATGCCAGATATTGCTCCCCCAGCAGGCCGGAAGTACGAATGCTCAGCGAACTGGTATCTGGAAtgt < 1:397377/140‑1 (MQ=255) aGTGTCCTGAATTGTATCGCCATCCTTCAGGATAGCAGTCCCCAGTTCCGGGTCTTCAAAACCGACGTTTAATGCCAGATATTGCTCCCCCAGCAGGCCGGAAGTACGAATGCTCAGCGAACTGGTATCTGGAATGTGGt > 1:1373684/1‑140 (MQ=255) aGTGTCCTGAATTGTATCGCCATCCTTCAGGATAGCAGTCCCCAGTTCCGGGTCTTCAAAACCGACGTTTAATGCCAGATATTGCTCCCCCAGCAGGCCGGAAGTACGAATGCTCAGCGAACTGGTATCTGGAATGTGGt > 1:502726/1‑140 (MQ=255) tgtCCTGAATTGTATCGCCATCCTTCAGGATAGCAGTCCCCAGTTCCGGGTCTTCAAAACCGACGTTTAATGCCAGATATTGCTCCCCCAGCAGGCCGGAAGTACGAATGCTCAGCGAACTGGTATCTGGAATGTGGTta > 1:982257/1‑140 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(MQ=255) ggTCTTCAAAACCGACGTTTAATGCCAGATATTGCTCCCCCAGCAGGCCGGAAGTACGAATGCTCAGCGAACTGGTATCTGGAATGTGGTTATAACGTTGTTCAATTTCCAGCGTTACGCGCGGCAGATAGGTTTTCggg > 1:1301601/1‑140 (MQ=255) tCTTCAAAACCGACGTTTAATGCCAGATATTGCTCCCCCAGCAGGCCGGAAGTACGAATGCTCAGCGAACTGGTATCTGGAATGTGGTTATAACGTTGTTCAATTTCCAGCGTTACGCGCGGCAGATAGGTTTTCGGGTc < 2:502726/140‑1 (MQ=255) tCTTCAAAACCGACGTTTAATGCCAGATATTGCTCCCCCAGCAGGCCGGAAGTACGAATGCTCAGCGAACTGGTATCTGGAATGTGGTTATAACGTTGTTCAATTTCCAGCGTTACGCGCGGCAGATAGGTTTTCGGGTc < 1:827939/140‑1 (MQ=255) cTTCAAAACCGACGTTTAATGCCAGATATTGCTCCCCCAGCAGGCCGGAAGTACGAATGCTCAGCGAACTGGTATCTGGAATGTGGTTATAACGTTGTTCAATTTCCAGCGTTACGCGCGGCAGATAGGTTTTCGGGTcc < 2:650007/140‑1 (MQ=255) ttCAAAACCGACGTTTAATGCCAGATATTGCTCCCCCAGCAGGCCGGAAGTACGAATGCTCAGCGAACTGGTATCTGGAATGTGGTTATAACGTTGTTCAATTTCCAGCGTTACGCGCGGCAGATAGGTTTTCGGGTCCa < 2:1301601/140‑1 (MQ=255) aCGTTTAATGCCAGATATTGCTCCCCCAGCAGGCCGGAAGTACGAATGCTCAGCGAACTGGTATCTGGAATGTGGTTATAACGTTGTTCAATTTCCAGCGTTACGCGCGGCAGATAGGTTTTCGGGTCCAGCGTAATATc > 2:731575/1‑140 (MQ=255) gTTTAATGCCAGATATTGCTCCCCCAGCAGGCCGGAAGTACGAATGCTCAGCGAACTGGTATCTGGAATGTGGTTATAACGTTGTTCAATTTCCAGCGTTACGCGCGGCAGATAGGTTTTCGGGTCCAGCGTAATATCCg < 2:299546/140‑1 (MQ=255) gTTTAATGCCAGATATTGCTCCCCCAGCAGGCCGGAAGTACGAATGCTCAGCGAACTGGTATCTGGAATGTGGTTATAACGTTGTTCAATTTCCAGCGTTACGCGCGGCAGATAGGTTTTCGGGTCCAGCGTAATATCCg < 2:29192/140‑1 (MQ=255) gTTTAATGCCAGATATTGCTCCCCCAGCAGGCCGGAAGTACGAATGCTCAGCGAACTGGTATCTGGAATGTGGTTATAACGTTGTTCAATTTCCAGCGTTACGCGCGGCAGATAGGTTTTCGGGTCCAGCGTAATATCCg < 2:625228/140‑1 (MQ=255) aTGCCAGATATTGCTCCCCCAGCAGGCCGGAAGTACGAATGCTCAGCGAACTGGTATCTGGAATGTGGTTATAACGTTGTTCAATTTCCAGCGTTACGCGCGGCAGATAGGTTTTCGGGTCCAGCGTAATATCCGCCAcc < 2:548536/140‑1 (MQ=255) aTGCCAGATATTGCTCCCCCAGCAGGCCGGAAGTACGAATGCTCAGCGAACTGGTATCTGGAATGTGGTTATAACGTTGTTCAATTTCCAGCGTTACGCGCGGCAGATAGGTTTTCGGGTCCAGCGTAATATCCGCCAcc < 1:566995/140‑1 (MQ=255) aTGCCAGATATTGCTCCCCCAGCAGGCCGGAAGTACGAATGCTCAGCGAACTGGTATCTGGAATGTGGTTATAACGTTGTTCAATTTCCAGCGTTACGCGCGGCAGATAGGTTTTCGGGTCCAGCGTAATATCCGCCAcc < 1:1155893/140‑1 (MQ=255) aTGCCAGATATTGCTCCCCCAGCAGGCCGGAAGTACGAATGCTCAGCGAACTGGTATCTGGAATGTGGTTATAACGTTGTTCAATTTCCAGCGTTACGCGCGGCAGATAGGTTTTCGGGTCCAGCGTAATATCCGCCAcc < 2:599174/140‑1 (MQ=255) | TACTACCGTAAAGGAACTGACCAATGAGATCTTCCAGCACCATCGCAGACTTAGTGTCCTGAATTGTATCGCCATCCTTCAGGATAGCAGTCCCCAGTTCCGGGTCTTCAAAACCGACGTTTAATGCCAGATATTGTTCCCCCAGCAGGCCGGAAGTACGAATGCTCAGCGAACTGGTATCTGGAATGTGGTTATAACGTTGTTCAATTTCCAGCGTTACGCGCGGCAGATAGGTTTTCGGGTCCAGCGTAATATCCGCCACC > NC_000913/3337999‑3338261 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |