Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 212,602 | C→T | A91V (GCC→GTC) | tilS → | tRNA(Ile)‑lysidine synthetase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 212,602 | 0 | C | T | 98.1% | 160.6 / NA | 52 | A91V (GCC→GTC) | tilS | tRNA(Ile)‑lysidine synthetase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (26/25); minor base G (1/0); total (27/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CGCTATTCATGTGCATCACGGTTTAAGTGCCAATGCCGATGCCTGGGTTACGCATTGCGAAAACGTCTGCCAACAGTGGCAGGTGCCGCTGGTGGTCGAACGCGTACAACTTGCGCAAGAAGGACTGGGCATTGAGGCCCAGGCGCGGCAGGCACGTTATCAGGCATTTGCCCGCACCTTGTTGCCCGGTGAAGTGCTGGTCACCGCGCAACATCTCGACGATCAATGTGAAACCTTTCTGCTGGCGCTAAAACGCGGCAGTGGCCCTGCCG > NC_000913/212465‑212736 | cgcTATTCATGTGCATCACGGTTTAAGTGCCAATGCCGATGCCTGGGTTACGCATTGCGAAAACGTCTGCCAACAGTGGCAGGTGCCGCTGGTGGTCGAACGCGTACAACTTGCGCAAGAAGGACTGGGCATTTAGGtcc > 2:885023/1‑140 (MQ=255) tgtgCATCACGGTTTAAGTGCCAATGCCGATGCCTGGGTTACGCATTGCGAAAACGTCTGCCAACAGTGGCAGGTGCCGCTGGTGGTCGAACGCGTACAACTTGCGCAAGAAGGACTGGGCATTGAGGTCCAGGCGCggc < 2:168771/140‑1 (MQ=255) aTCACGGTTTAAGTGCCAATGCCGATGCCTGGGTTACGCATTGCGAAAACGTCTGCCAACAGTGGCAGGTGCCGCTGGTGGTCGAACGCGTACAACTTGCGCAAGAAGGACTGGGCATTGAGGTCCAGGCGCggcaggca < 1:694797/140‑1 (MQ=255) tCACGGTTTAAGTGCCAATGCCGATGCCTGGGTTACGCATTGCGAAAACGTCTGCCAACAGTGGCAGGTGCCGCTGGTGGTCGTACGCGTACAACTTTCGCAAGAAGGGCTGGGGATTGAGGTCCAGGCGCGGCCGGCAc > 2:178015/1‑140 (MQ=255) tCACGGTTTAAGTGCCAATGCCGATGCCTGGGTTACGCATTGCGAAAACGTCTGCCAACAGTGGCAGGTGCCGCTGGTGGTCGAACGCGTACAACTTGCGCAAGAAGGACTGGGCATTGAGGTCCAGGCGCGGCAGGCAc > 1:961571/1‑140 (MQ=255) tCACGGTTTAAGTGCCAATGCCGATGCCTGGGTTACGCATTGCGAAAACGTCTGCCAACAGTGGCAGGTGCCGCTGGTGGTCGAACGCGTACAACTTGCGCAAGAAGGACTGGGCATTGAGGTCCAGGCGCGGCAGGCAc > 2:490811/1‑140 (MQ=255) tCACGGTTTAAGTGCCAATGCCGATGCCTGGGTTACGCATTGCGAAAACGTCTGCCAACAGTGGCAGGCGCCCCGGGTGGTCGAACGCGTACAACATGCGCAAAAAGGACTGGGCGTTGAGGTCCAAGCGCGGCAGGCAc > 2:755130/1‑140 (MQ=255) cACGGTTTAAGTGCCAATGCCGATGCCTGGGTTACGCATTGCGAAAACGTCTGCCAACAGTGGCAGGTGCCGCTGGTGGTCGAACGCGTACAACTTGCGCAAGAAGGACTGGGCATTGAGGTCCAGGCGCGGCAGGCACg > 2:1076661/1‑140 (MQ=255) ggTTTAAGTGCCAATGCCGATGCCTGGGTTACGCATTGCGAAAACGTCTGCCAACAGTGGCAGGTGCCGCTGGTGGTCGAACGCGTACAACTTGCGCAAGAAGGACTGGGCATTGAGGTCCAGGCGCGGCAGGCACGTTa > 2:795363/1‑140 (MQ=255) tttAAGTGCCAATGCCGATGCCTGGGTTACGCATTGCGAAAACGTCTGCCAACAGTGGCAGGTGCCGCTGGTGGTCGAACGCGTACAACTTGCGCAAGAAGGACTGGGCATTGAGGTCCAGGCGCGGCAGGCACGTTATc < 1:469584/140‑1 (MQ=255) tAAGTGCCAATGCCGATGCCTGGGTTACGCATTGCGAAAACGTCTGCCAACAGTGGCAGGTGCCGCTGGTGGTCGAACGCGTACAACTTGCGCAAGAAGGACTGGGCATTGAGGTCCAGGCGCGGCAGGCACGTTATCAg > 1:906077/1‑140 (MQ=255) gTGCCAATGCCGATGCCTGGGTTACGCATTGCGAAAACGTCTGCCAACAGTGGCAGGTGCCGCTGGTGGTCGAACGCGTACAACTTGCGCAAGAAGGACTGGGCATTGAGGTCCAGGCGCGGCAGGCACGTTATCAGGCa < 1:680921/140‑1 (MQ=255) tGCCAATGCCGATGCCTGGGTTACGCATTGCGAAAACGTCTGCCAACAGTGGCAGGTGCCGCTGGTGGTCGAACGCGTACAACTTGCGCAAGAAGGACTGGGCATTGAGGTCCAGGCGCGGCAGGCACGTTATCAGGCAt < 2:37722/140‑1 (MQ=255) ccAATGCCGATGCCTGGGTTACGCATTGCGAAAACGTCTGCCAACAGTGGCAGGTGCCGCTGGTGGTCGAACGCGTACAACTTGCGCAAGAAGGACTGGGCATTGAGGTCCAGGCGCGGCAGGCACGTTATCAGGCAttt > 2:262504/1‑140 (MQ=255) aaTGCCGATGCCTGGGTTACGCATTGCGAAAACGTCTGCCAACAGTGGCAGGTGCCGCTGGTGGTCGAACGCGTACAACTTGCGCAAGAAGGACTGGGCATTGAGGTCCAGGCGCGGCAGGCACGTTATCAGGCATTTGc > 1:45865/1‑140 (MQ=255) gATGCCTGGGTTACGCATTGCGAAAACGTCTGCCAACAGTGGCAGGTGCCGCTGGGGGGCGAACGCGCACAACTTGCGCAAGAAGGACTGGGCATTGAGGTCCACGCGCGGCAGGCCCGTTGTTGGGGATTTGTCCGCAc > 2:138547/1‑140 (MQ=255) gggTTACGCATTGCGAAAACGTCTGCCAACAGTGGCAGGTGCCGCTGGTGGTCGAACGCGTACAACTTGCGCAAGAAGGACTGGGCATTGAGGTCCAGGCGCGGCAGGCACGTTATCAGGCATTTGCCCGCACCttgttg > 1:391741/1‑140 (MQ=255) gTTACGCATTGCGAAAACGTCTGCCAACAGTGGCAGGTGCCGCTGGTGGTCGAACGCGTACAACTTGCGCAAGAAGGACTGGGCATTGAGGTCCAGGCGCGGCAGGCACGTTATCAGGCATTTGCCCGCACCTTGTTGcc < 1:138547/140‑1 (MQ=255) gTTACGCATTGCGAAAACGTCTGCCAACAGTGGCAGGTGCCGCTGGTGGTCGAACGCGTACAACTTGCGCAAGAAGGACTGGGCATTGAGGTCCAGGCGCGGCAGGCACGTTATCAGGCATTTGCCCGCACCTTGTTGcc < 1:490811/140‑1 (MQ=255) gTTACGCATTGCGAAAACGTCTGCCAACAGTGGCAGGTGCCGCTGGTGGTCGAACGCGTACAACTTGCGCAAGAAGGACTGGGCATTGAGGTCCAGGCGCGGCAGGCACGTTATCAGGCATTTGCCCGCACCTTGTTGcc < 1:820435/140‑1 (MQ=255) gTTACGCATTGCGAAAACGTCTGCCAACAGTGGCAGGTGCCGCTGGTGGTCGAACGCGTACAACTTGCGCAAGAAGGACTGGGCATTGAGGTCCAGGCGCGGCAGGCACGTTATCAGGCATTTGCCCGCACCTTGTTGcc < 1:1076661/140‑1 (MQ=255) aCGCATTGCGAAAACGTCTGCCAACAGTGGCAGGTGCCGCTGGTGGTCGAACGCGTACAACTTGCGCAAGAAGGACTGGGGATTGAGGTCCAGGCGCGGCAGGCACGTTATCAGGCATTTGCCCGCACCCTGTTGCCCgg > 2:562481/1‑140 (MQ=255) aCGCATTGCGAAAACGTCTGCCAACAGTGGCAGGTGCCGCTGGTGGTCGAACGCGTACAACTTGCGCAAGAAGGACTGGGCATTGAGGTCCAGGCGCGGCAGGCACGTTATCAGGCATTTGCCCGCACCTTGTTGCCCgg < 2:1170769/140‑1 (MQ=255) cGCATTGCGAAAACGTCTGCCAACAGTGGCAGGTGCCGCTGGTGGTCGAACGCGTACAACTTGCGCAAGAAGGACTGGGCATTGAGGGCCAGGCGCGGCAGGCACGTTATCAGGCATTTGCCCGCACCCTGTTGCCCggg > 2:1162819/1‑139 (MQ=255) gCATTGCGAAAACGTCTGCCAACAGTGGCAGGTGCCGCTGGTGGTCGAACGCGTACAACTTGCGCAAGAAGGACTGGGCATTGAGGTCCAGGCGCGGCAGGCACGTTATCAGGCATTTGCCCGCACCTTGTTGCCCGGTg < 1:795363/140‑1 (MQ=255) gCATTGCGAAAACGTCTGCCAACAGTGGCAGGTGCCGCTGGTGGTCGAACGCGTACAACTTGCGCAAGAAGGACTGGGCATTGAGGTCCAGGCGCGGCAGGCACGTTATCAGGCATTTGCCCGCACCTTGTTGCCCGGTg < 1:595728/140‑1 (MQ=255) gCATTGCGAAAACGTCTGCCAACAGTGGCAGGTGCCGCTGGTGGTCGAACGCGTACAACTTGCGCAAGAAGGACTGGGCATTGAGGTCCAGGCGCGGCAGGCACGTTATCAGGCATTTGCCCGCACCTTGTTGCCCGGTg < 2:451333/140‑1 (MQ=255) gCATTGCGAAAACGTCTGCCAACAGTGGCAGGTGCCGCTGGTGGTCGAACGCGTACAACTTGCGCAAGAAGGACTGGGCATTGAGGTCCAGGCGCGGCAGGCACGTTATCAGGCATTTGCCCGCACCTTGTTGCCCGGTg < 1:1041214/140‑1 (MQ=255) gCATTGCGAAAACGTCTGCCAACAGTGGCAGGTGCCGCTGGTGGTCGAACGCGTACAACTTGCGCAAGAAGGACTGGGCATTGAGGTCCAGGCGCGGCAGGCACGTTATCAGGCATTTGCCCGCACCTTGTTGCCCGGTg < 1:262504/140‑1 (MQ=255) tGCGAAAACGTCTGCCAACAGTGGCAGGTGCCGCTGGTGGTCGAACGCGTACAACTTGCGCAAGAAGGACTGGGCATTGAGGTCCAGGCGCGGCAGGCACGTTATCAGGCATTTGCCCGCACCTTGTTGCCCGGTGAAGt > 1:106117/1‑140 (MQ=255) gCGAAAACGTCTGCCAACAGTGGCAGGTGCCGCTGGTGGTCGAACGCGTACAACTTGCGCAAGAAGGACTGGGCATTGAGGTCCAGGCGCGGCAGGCACGTTATCAGGCATTTGCCCCCACCTTGTTGCCCGGGGAAGTg > 2:52654/1‑140 (MQ=255) tGCCAACAGTGGCATGTGCCGCTGGTGGTCGAACGCGTACAACTTGCGCAAGAAGGACTGGGCATTGAGGTCCAGGCGCGGCAGGCACGTTATCAGGCATTTGCCCGCACCTTGTTGCCCGGTGAAGTGCTGGTCACcgc > 2:821130/1‑140 (MQ=255) aCAGTGGCAGGTGCCGCTGGTGGTCGAACGCGTACAACTTGCGCAAGAAGGACTGGGCATTGAGGTCCAGGCGCGGCAGGCACGTTATCAGGCATTTGCCCGCACCTTGTTGCCCGGTGAAGTGCTGGTCACCGCGCAAc < 2:106117/140‑1 (MQ=255) gTGGCAGGTGCCGCTGGTGGTCGAACGCGTACAACTTGCGCAAGAAGGACTGGGCATTGAGGTCCAGGCGCGGCAGGCACGTTATCAGGCATTTGCCCGCACCTTGTTGCCCGGTGAAGTGCTGGTCACCGCGCAACAtc > 1:802518/1‑140 (MQ=255) cAGGTGCCGCTGGTGGTCGAACGCGTACAACTTGCGCAAGAAGGACTGGGCATTGAGGTCCAGGCGCGGCAGGCACGTTATCAGGCATTTTCCCGCACCTTTTTGCCCGGGGGAGTGCTGGTCACCCCGCAACATCTcga > 2:344313/1‑140 (MQ=255) ggTGCCGCTGGTGGTCGAACGCGTACAACTTGCGCAAGAAGGACTGGGCATTGAGGTCCAGGCGCGGCAGGCACGTTATCAGGCATTTGCCCGCACCTTGTTGCCCGGTGAAGTGCTGGTCACCGCGCAACATCTcgacg < 1:1198061/140‑1 (MQ=255) tGCCGCTGGTGGTCGAACGCGTACAACTTGCGCAAGAAGGACTGGGCATTGAGGTCCAGGCGCGGCAGGCACGTTATCAGGCATTTTCCCGCCCCCTGTTGCCCGGGGGAGGGCTGGTCACCCCGCAACAACTCGACGAt > 2:556574/1‑140 (MQ=255) gCCGCTGGTGGTCGAACGCGTACAACTTGCGCAAGAAGGACTGGGCATTGAGGTCCAGGCGCGGCAGGCACGTTATCAGGCATTTGCCCGCACCTTGTTGCCCGGTGAAGTGCTGGTCACCGCGCAACATCTCGACGATc > 1:1237846/1‑140 (MQ=255) gCCGCTGGTGGTCGAACGCGTACAACTTGCGCAAGAAGGACTGGGCATTGAGGTCCAGGCGCGGCAGGCACGTTATCAGGCATTTGCCCGCACCTTGTTGCCCGGTGAAGTGCTGGTCACCGCGCAACATCTCGACGATc < 1:344313/140‑1 (MQ=255) gCCGCTGGGGGTCGAACGCGTACAACTTGCGCAAGAAAGACTGGGCATTGAGGGCCAGGCGCGGCAGGCACCTTATCAGGCATTTGCCCCCCCCCTGTTGCCCCGTGGAGGGCTGGGCCCCCCGCCACAACTCGACGGTc > 2:1083620/1‑140 (MQ=255) cgatggtggTCGAACGCGTACAACTTGCGCAAGAAGGACTGGGCATTGAGGTCCAGGCGCGGCAGGCACGTTATCAGGCATTTGCCCGCACCTTGTTGCCCGGTGAAGTGCTGGTCACCGCGCAACATCTCGACGATCaa > 1:1088793/4‑140 (MQ=255) cGCTGGTGGTCGAACGCGTACAACTTGCGCAAGAAGGACTGGGCATTGAGGTCCAGGCGCGGCAGGCACGTTATCAGGCATTTGCCCGCACCTTGTTGCCCGGTGAAGTGCTGGTCACCGCGCAACATCTCGACGATCaa > 1:1230370/1‑140 (MQ=255) cGCTGGTGGTCGAACGCGTACAACTTGCGCAAGAAGGACTGGGCATTGAGGTCCAGGCGCGGCAGGCACGTTATCAGGCATTTGCCCGCACCTTGTTGCCCGGTGAAGTGCTGGTCACCGCGCAACATCTCGACGATCaa > 2:435819/1‑140 (MQ=255) gcgTACAACTTGCGCAAGAAGGACTGGGCATTGAGGTCCAGGCGCGGCAGGCACGTTATCAGGCATTTGCCCGCACCTTGTTGCCCGGTGAAGTGCTGGTCACCGCGCAACATCTCGACGATCAATGTGAAACCTTTctg > 2:1145810/1‑140 (MQ=255) cgTACAACTTGCGCAAGAAGGACTGGGCATTGAGGTCCAGGCGCGGCAGGCACGTTATCAGGCATTTGCCCGCACCTTGTTGCCCGGTGAAGTGCTGGTCACCGCGCAACATCTCGACGATCAATGTGAAACCTTTctgc > 2:1108743/1‑140 (MQ=255) catACAACTTGCGCAAGAAGGACTGGGCATTGAGGTCCAGGCGCGGCAGGCACGTTATCAGGCATTTGCCCGCACCTTGTTGCCCGGTGAAGTGCTGGTCACCGCGCAACATCTCGACGATCAATGTGAAACCTTTctgc > 2:819056/3‑140 (MQ=255) aCTTGCGCAAGAAGGACTGGGCATTGAGGTCCAGGCGCGGCAGGCACGTTATCAGGCATTTGCCCGCACCTTGTTGCCCGGTGAAGTGCTGGTCACCGCGCAACATCTCGACGATCAATGTGAAACCTTTCTGCTGgcgc < 2:391741/140‑1 (MQ=255) cgcAAGAAGGACTGGGCATTGAGGTCCAGGCGCGGCAGGCACGTTATCAGGCATTTGCCCGCACCTTGTTGCCCGGTGAAGTGCTGGTCACCGCGCAACATCTCGACGATCAATGTGAAACCTTTCTGCTGGCGCTaaaa > 1:1070167/1‑140 (MQ=255) cgcAAGAAGGACTGGGCATTGAGGTCCAGGCGCGGCAGGCACGTTATCAGGCATTTGCCCGCACCTTGTTGCCCGGTGAAGTGCTGGTCACCGCGCAACATCTCGACGATCAATGTGAAACCTTTCTGCTGGCGCTaaaa > 2:1347234/1‑140 (MQ=255) cgcAAGAAGGACTGGGCATTGAGGTCCAGGCGCGGCAGGCACGTTATCAGGCATTTGCCCGCACCTTGTTGCCCGGTGAAGTGCTGGTCACCGCGCAACATCTCGACGATCAATGTGAAACCTTTCTGCTGGCGCTaaaa > 1:268273/1‑140 (MQ=255) cAAGAAGGACTGGGCATTGAGGTCCAGGCGCGGCAGGCACGTTATCAGGCATTTGCCCGCACCTTGTTGCCCGGTGAAGTGCTGGTCACCGCGCAACATCTCGACGATCAATGTGAAACCTTTCTGCTGGCGCTAAAAcg < 1:1347234/140‑1 (MQ=255) aagaagGACTGGGCATTGAGGTCCAGGCGCGGCAGGCACGTTATCAGGCATTTGCCCGCACCTTGTTGCCCGGTCAAGTGCTGGTCACCGCGCAACATCTCGACGATCAATGTGAAACCTTTCTGCTGGCGCTAAAAcgc < 2:1230370/140‑1 (MQ=255) cTGGGCATTGAGGTCCAGGCGCGGCAGGCACGTTATCAGGCATTTGCCCGCACCTTGTTGCCCGGTGAAGTGCTGGTCACCGCGCAACATCTCGACGATCAATGTGAAACCTTTCTGCTGGCGCTAAAACGCGGCAGTgg < 1:1145810/140‑1 (MQ=255) tGGGCATTGAGGTCCAGGCGCGGCAGGCACGTTATCAGGCATTTGCCCGCACCTTGTTGCCCGGTGAAGTGCTGGTCACCGCGCAACATCTCGACGATCAATGTGAAACCTTTCTGCTGGCGCTAAAACGCGGCAGTGGc < 2:322840/140‑1 (MQ=255) tGGGCATTGAGGTCCAGGCGCGGCAGGCACGTTATCAGGCATTTGCCCGCACCTTGTTGCCCGGTGAAGTGCTGGTCACCGCGCAACATCTCGACGATCAATGTGAAACCTTTCTGCTGGCGCTAAAACGCGGCAGTGGc < 1:328786/140‑1 (MQ=255) gCATTGAGGTCCAGGCGCGGCAGGCACGTTATCAGGCATTTGCCCGCACCTTGTTGCCCGGTGAAGTGCTGGTCACCGCGCAACATCTCGACGATCAATGTGAAACCTTTCTGCTGGCGCTAAAACGCGGCAGTgg < 2:1050207/136‑1 (MQ=255) gCATTGAGGTCCAGGCGCGGCAGGCACGTTATCAGGCATTTGCCCGCACCTTGTTGCCCGGTGAAGTGCTGGTCACCGCGCAACATCTCGACGATCAATGTGAAACCTTTCTGCTGGCGCTAAAACGCGGCAGTgg > 1:1050207/1‑136 (MQ=255) tGAGGTCCAGGCGCGGCAGGCACGTTATCAGGCATTTGCCCGCACCTTGTTGCCCGGTGAAGTGCTGGTCACCGCGCAACATCTCGACGATCAATGTGAAACCTTTCTGCTGGCGCTAAAACGCGGCAGTGGCCCTGCCg > 2:1176235/1‑140 (MQ=255) tGAGGTCCAGGCGCGGCAGGCACGTTATCAGGCATTTGCCCGCACCTTGTTGCCCGGTGAAGTGCTGGTCACCGCGCAACATCTCGACGATCAATGTGAAACCTTTCTGCTGGCGCTAAAACGCGGCAGTGGCCCTGCCg > 1:919634/1‑140 (MQ=255) | CGCTATTCATGTGCATCACGGTTTAAGTGCCAATGCCGATGCCTGGGTTACGCATTGCGAAAACGTCTGCCAACAGTGGCAGGTGCCGCTGGTGGTCGAACGCGTACAACTTGCGCAAGAAGGACTGGGCATTGAGGCCCAGGCGCGGCAGGCACGTTATCAGGCATTTGCCCGCACCTTGTTGCCCGGTGAAGTGCTGGTCACCGCGCAACATCTCGACGATCAATGTGAAACCTTTCTGCTGGCGCTAAAACGCGGCAGTGGCCCTGCCG > NC_000913/212465‑212736 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |