| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,207,908 | (G)5→6 | coding (408/630 nt) | ycfK → | e14 prophage; protein StfP |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,207,903 | 1 | . | G | 77.3% | 183.8 / 49.3 | 66 | coding (403/630 nt) | ycfK | e14 prophage; protein StfP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (9/6); new base G (30/21); total (39/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.65e-01 | |||||||||||
CACTGTGCAAACGGCTCTCGAAAACCTTGGTTTGGGAGAAGGAGCAAAACTCAATGCAGCAACGGCTACATTAGGACGCACCGGTTTCATAGCTATACCGGTTATGATTGGTGGTATTGAGCAATCAGTAATCATTCAGT‑GGGG‑G‑TGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCTGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGT > NC_000913/1207764‑1208036 | ttgttatttcttcattttcataaacgTTGGTTTGGGAGAAGGAGCAAAACTCAATGCAGCAACGGCTACATTAGGACGCACCGGTTTCATAGCTATACCGGTTATGATTGGTGGTATTGAGCAATCAGTAATCATTCAGt > 1:770432‑M1/27‑140 (MQ=255)ttgttatttcttcattttcataaacgTTGGTTTGGGAGAAGGAGCAAAACTCAATGCAGCAACGGCTACATTAGGACGCACCGGTTTCATAGCTATACCGGTTATGATTGGTGGTATTGAGCAATCAGTAATCATTCAGt > 2:93572‑M1/27‑140 (MQ=255)ttgttatttcttcattttcataaacgTTGGTTTGGGAGAAGGAGCAAAACTCAATGCAGCAACGGCTACATTAGGACGCACCGGTTTCATAGCTATACCGGTTATGATTGGTGGTATTGAGCAATCAGTAATCATTCAGt > 2:4003‑M1/27‑140 (MQ=255) ttatttcttcattttcataaacgTTGGTTTGGGAGAAGGAGCAAAACTCAATGCAGCAACGGCTACATTAGGACGCACCGGTTTCATAGCTATACCGGTTATGATTGGTGGTATTGAGCAATCAGTAATCATTCAGT‑ggg > 1:142790‑M1/24‑140 (MQ=255) ttatttcttcattttcataaacgTTGGTTTGGGAGAAGGAGCAAAACTCAATGCAGCAACGGCTACATTAGGACGCACCGGTTTCATAGCTATACCGGTTATGATTGGTGGTATTGAGCAATCAGTAATCATTCAGT‑ggg > 2:163093‑M1/24‑140 (MQ=255) ttatttcttcattttcataaacgTTGGTTTGGGAGAAGGAGCAAAACTCAATGCAGCAACGGCTACATTAGGACGCACCGGTTTCATAGCTATACCGGTTATGATTGGTGGTATTGAGCAATCAGTAATCATTCAGT‑ggg > 1:325310‑M1/24‑140 (MQ=255) tcattttcataaacgTTGGTTTGGGAGAAGGAGCAAAACTCAATGCAGCAACGGCTACATTAGGACGCACCGGTTTCATAGCTATACCGGTTATGATTGGTGGTATTGAGCAATCAGTAATCATTCAGT‑GGGG‑GGTGGaa > 2:78721‑M1/16‑140 (MQ=255) cgTTAGTTTGGGAGAAGGAGCAAAACTCAATGCAGCAACGGCTACATTAGGACGCACCGGTTTCATAGCTATACCGGTTATGATTGGTGGTATTGAGCAATCAGTAATCATTCAGT‑GGGG‑GGTGGAATGCCGCAAAAGCa < 1:533611‑M1/138‑1 (MQ=255) gTTGGTTTGGGAGAAGGAGCAAAACTCAATGCAGCAACGGCTACATTAGGACGCACCGGTTTCATAGCTATACCGGTTATGATTGGTGGTATTGAGCAATCAGTAATCATTCAGT‑GGGG‑GGTGGAATGCCGCAAAAGCAt > 2:409491‑M1/2‑140 (MQ=255) 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2:762403‑M1/1‑140 (MQ=255) cAATGCAGCAACGGCTACATTAGGACGCACCGGTTTCATAGCTATACCGGTTATGATTGGTGGTATTGAGCAATCAGTAATCATTCAGTGGGGG‑G‑TGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCTGGGGGGGATGGAAATACa < 2:301385/140‑1 (MQ=255) aaTGCAGCAACGGCTACATTAGGACGCACCGGTTTCATAGCTATACCGGTTATGATTGGTGGTATTGAGCAATCAGTAATCATTCAGTGGGGG‑G‑TGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCTGGGGGGGATGGAAATACAg < 1:9167/140‑1 (MQ=255) caACGGCTACATTAGGACGCACCGGTTTCATAGCTATACCGGTTATGATTGGTGGTATTGAGCAATCAGTAATCATTCAGTGGGGG‑G‑TGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCTGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTAtt > 1:540248/1‑140 (MQ=255) aCGGCTACATTAGGACGCACCGGTTTCATAGCTATACCGGTTATGATTGGTGGTATTGAGCAATCAGTAATCATTCAGTGGGGG‑G‑TGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCTGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTcc < 1:413067/140‑1 (MQ=255) cTACATTAGGACGCACCGGTTTCATAGCTATACCGGTTATGATTGGTGGTATTGAGCAATCAGTAATCATTCAGTGGGGG‑G‑TGGAATGCCGC‑AAAGCATCTGCCTCTGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGtt < 1:784490/140‑1 (MQ=255) 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2:482979/1‑140 (MQ=255) cACCGGTTTCATAGCTATACCGGTTATGATTGGTGGTATTGAGCAATCAGTAATCATTCAGTGGGGG‑G‑TGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCTGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTaataat > 2:406870/1‑140 (MQ=255) aCCGGTTTCATAGCTATACCGGTTATGATTGGTGGTATTGAGCAATCAGTAATCATTCAGTGGGGG‑G‑TGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCTGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATg > 1:324811/1‑140 (MQ=255) gTTTCATAGCTATACCGGTTATGATTGGTGGTATTGAGCAATCAGTAATCATTCAGTGGGGG‑G‑TGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCTGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCtg > 1:160192/1‑140 (MQ=255) tCATAGCTATACCGGTTATGATTGGTGGTATTGAGCAATCAGTAATCATTCAGTGGGGG‑G‑TGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCTGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTgtgt > 2:348885/1‑140 (MQ=255) tAGCTATACCGGTTATGATTGGTGGTATTGAGCAATCAGTAATCATTCAGTGGGGG‑G‑TGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCTGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGc > 2:765213/1‑140 (MQ=255) 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1:871442/1‑140 (MQ=255) gATTGGTGGTATTGAGCAATCAGTAATCATTCAGTGGGGG‑G‑TGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCTGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTAt > 1:630532/1‑140 (MQ=255) tggtggTATTGAGCAATCAGTAATCATTCAGTGGGGG‑G‑TGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCTGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGAc > 2:35591/1‑140 (MQ=255) gtggtATTGAGCAATCAGTAATCATTCAGTGGGGG‑G‑TGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCTGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACaa < 2:575904/140‑1 (MQ=255) gtggtATTGAGCAATCAGTAATCATTCAGTGGGGG‑G‑TGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCTGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACaa < 2:296715/140‑1 (MQ=255) gtggtATTGAGCAATCAGTAATCATTCAGTGGGGG‑G‑TGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCTGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACaa > 2:859840/1‑140 (MQ=255) gtggtATTGAGCAATCAGTAATCATTCAGT‑GGGGAG‑TGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCTGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGGGTTGCCGTTGTTGCAAATTACGACaa > 2:816650/1‑140 (MQ=255) tggtATTGAGCAATCAGTAATCATTCAGTGGGGG‑G‑TGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCTGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAAt > 1:195286/1‑140 (MQ=255) tggtATTGAGCAATCAGTAATCATTCAGTGGGGG‑G‑TGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCTGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAAt > 2:490022/1‑140 (MQ=255) tggtATTGAGCAATCAGTAATCATTCAGTGGGGG‑G‑TGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCTGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAAt > 2:501775/1‑140 (MQ=255) tATTGAGCAATCAGTAATCATTCAGTGGGGG‑G‑TGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCTGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTc > 1:862462/1‑140 (MQ=255) aTTGAGCAATCAGTAATCATTCAGTGGGGG‑G‑TGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCTGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCa > 1:478626/1‑140 (MQ=255) aTTGAGCAATCAGTAATCATTCAGTGGGGG‑G‑TGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCTGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCa > 1:552200/1‑140 (MQ=255) ttGAGCAATCAGTAATCATTCAGTGGGGG‑G‑TGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCTGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAg > 2:631937/1‑140 (MQ=255) ttGAGCAATCAGTAATCATTCAGTGGGGG‑G‑CGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCTGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAg > 2:517740/1‑140 (MQ=255) gAGCAATCAGTAATCATTCAGTGGGGG‑G‑TGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCTGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAgcg < 1:424849/140‑1 (MQ=255) aGCAATCAGTAATCATTCAGTGGGGG‑G‑TGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCTGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAgcgc > 1:813571/1‑140 (MQ=255) gCAATCAGTAATCATTCAGTGGGGG‑G‑TGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCTGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCa < 1:153946/140‑1 (MQ=255) gCAATCAGTAATCATTCAGTGGGGG‑G‑TGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCTGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCa < 2:540248/140‑1 (MQ=255) gCAATCAGTAATCATTCAGTGGGGG‑G‑TGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCTGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCa < 2:524780/140‑1 (MQ=255) gCAATCAGTAATCATTCAGTGGGGG‑G‑TGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCTGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCa < 1:222594/140‑1 (MQ=255) tCAGTAATCATTCAGTGGGGG‑G‑TGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCTGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTa < 2:828478/140‑1 (MQ=255) cAGTAATCATTCAGTGGGGG‑G‑TGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCTGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTAt < 1:501775/140‑1 (MQ=255) aGTAATCATTCAGTGGGGG‑G‑TGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCTGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATc > 1:25290/1‑140 (MQ=255) aaTCATTCAGTGGGGG‑G‑TGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCTGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGt > 2:684040/1‑124 (MQ=255) aaTCATTCAGTGGGGG‑G‑TGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCTGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGt < 1:684040/124‑1 (MQ=255) aaTCATTCAGTGGGGG‑G‑TGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCTGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAAt > 1:704384/1‑140 (MQ=255) ttCAGTGGGGG‑G‑TGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCTGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGt > 2:460307/1‑140 (MQ=255) ttCAGTGGGGG‑G‑TGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCTGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGt > 2:255896/1‑140 (MQ=255) ttCAGTGGGGG‑G‑TGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCTGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGt > 1:94648/1‑140 (MQ=255) ttCAGTGGGGG‑G‑TGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCTGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGt > 1:590781/1‑140 (MQ=255) | CACTGTGCAAACGGCTCTCGAAAACCTTGGTTTGGGAGAAGGAGCAAAACTCAATGCAGCAACGGCTACATTAGGACGCACCGGTTTCATAGCTATACCGGTTATGATTGGTGGTATTGAGCAATCAGTAATCATTCAGT‑GGGG‑G‑TGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCTGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGT > NC_000913/1207764‑1208036 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |