| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,594,256 | (C)8→10 | pseudogene (3831/5422 nt) | yneO ← | AIDA‑I family autotransporter YneO |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,594,248 | 1 | . | C | 98.1% | 187.4 / ‑3.6 | 53 | pseudogene (3839/5422 nt) | yneO | AIDA‑I family autotransporter YneO |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/0); new base C (30/22); total (31/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
| * | NC_000913 | 1,594,248 | 2 | . | C | 98.1% | 186.5 / ‑3.6 | 53 | pseudogene (3839/5422 nt) | yneO | AIDA‑I family autotransporter YneO |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/0); new base C (30/22); total (31/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
AGCGACACGCAGTGCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTC‑GGAACCGAAAGCAATTT‑‑CCCCCC‑‑CCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTACGCTCA > NC_000913/1594111‑1594376 || aGCGACACGCAGTGCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTC‑GGAACCGAAAGCAATTT‑‑cc > 1:488699/1‑140 (MQ=255)aGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTC‑GGAACCGAAAGCAATTT‑‑ccc < 2:561297/140‑1 (MQ=255) gCGACACGCAGTGCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTC‑GGAACCGAAAGCAATTT‑‑ccc > 2:887933/1‑140 (MQ=255) cGACACGCAGTGCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTC‑GGAACCGAAAGCAATTT‑‑cccc < 1:887933/140‑1 (MQ=255) ccccGCATTGCCCCCCCCAGGCTTAACGTTCTTATCACCTGCATTGGGGACATTCCCCGACACCCCCCGGCTGTTATGAAAATTAAGGTGTTGCCTTCCCAAATAAATGGC‑GGGTCGGGACCCGAAAGCAATTT‑‑cccccc < 2:431030/137‑1 (MQ=255) acGCAGTGCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTC‑GGAACCGAAACCAATTT‑‑cccccc‑‑cc > 2:217249/1‑140 (MQ=255) cccAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTC‑GGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCC‑‑CCACGATATCcgt > 1:511607/1‑140 (MQ=255) ccAGCCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTC‑GGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCC‑‑CCACGATATCcgtc > 1:258487/1‑140 (MQ=255) cAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTC‑GGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCC‑‑CCACGATATCcgtcg < 1:217249/140‑1 (MQ=255) cAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTC‑GGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCC‑‑CCACGATATCcgtcg < 1:586307/140‑1 (MQ=255) gTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTC‑GGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCC‑‑CCACGATATCCGTCGTACCCTGATa < 1:405474/140‑1 (MQ=255) tCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTC‑GGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCC‑‑CCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCcgcg > 1:67334/1‑140 (MQ=255) ccTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTC‑GGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCC‑‑CCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGaa < 2:576405/140‑1 (MQ=255) ccTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTC‑GGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCC‑‑CCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGaa < 2:776177/140‑1 (MQ=255) gCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTC‑GGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCC‑‑CCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCg < 2:511607/140‑1 (MQ=255) cAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTC‑GGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCC‑‑CCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCgt > 2:540226/1‑140 (MQ=255) ggtgACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTC‑GGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCC‑‑CCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCgttgtt < 2:909258/140‑1 (MQ=255) gACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTC‑GGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCC‑‑CCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAag > 2:377366/1‑140 (MQ=255) cATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTC‑GGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCC‑‑CCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAagag < 2:641656/140‑1 (MQ=255) aTTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTC‑GGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCC‑‑CCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGt > 2:871875/1‑140 (MQ=255) tCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTC‑GGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCC‑‑CCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCgttgtt < 2:905307/131‑1 (MQ=255) tCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTC‑GGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCC‑‑CCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCgttgtt > 1:905307/1‑131 (MQ=255) tCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTC‑GGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCC‑‑CCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAg > 2:514237/1‑140 (MQ=255) ccGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTC‑GGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCC‑‑CCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGa > 1:823978/1‑140 (MQ=255) ccGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTC‑GGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCC‑‑CCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGa < 1:377366/140‑1 (MQ=255) ccGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTC‑GGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCC‑‑CCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGa < 1:439487/140‑1 (MQ=255) aTCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTC‑GGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCC‑‑CCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCg < 2:258487/140‑1 (MQ=255) cacaCCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCTATATTAATGGCAGAGTC‑GGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCC‑‑CCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGt > 2:450093/1‑140 (MQ=255) cTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTC‑GGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCC‑‑CCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGt > 2:334655/1‑140 (MQ=255) tGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTC‑GGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCC‑‑CCGCGATATCCGTCGGACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGtt > 2:800999/1‑140 (MQ=255) aTGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTC‑GGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCC‑‑CCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGt < 2:823978/140‑1 (MQ=255) tGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTC‑GGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCC‑‑CCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTc < 2:488699/140‑1 (MQ=255) atatTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTC‑GGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCC‑‑CCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTcaca < 1:540226/140‑1 (MQ=255) tatTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTC‑GGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCC‑‑CCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACAt > 2:458118/1‑140 (MQ=255) tAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTC‑GGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCC‑‑CCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCac > 2:704043/1‑140 (MQ=255) tAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTC‑GGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCC‑‑CCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCac > 2:852775/1‑140 (MQ=255) gtgtTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTC‑GGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCC‑‑CCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCaccgct < 1:514237/140‑1 (MQ=255) gtgtTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTC‑GGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCC‑‑CCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCaccgct < 2:853349/140‑1 (MQ=255) tgtTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTC‑GGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCC‑‑CCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCaccgcta > 1:203246/1‑140 (MQ=255) ttGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTC‑GGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCC‑‑CCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCaccgctacc > 2:889334/1‑140 (MQ=255) ttGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTC‑GGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCC‑‑CCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGCCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCaccgctacc > 2:621197/1‑140 (MQ=255) gCCATATTAATGGCAGAGTC‑GGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCC‑‑CCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATa < 1:852775/140‑1 (MQ=255) tGGCAGAGTC‑GGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCC‑‑CCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCa < 1:704043/140‑1 (MQ=255) ggCAGAGTC‑GGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCC‑‑CCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCAt > 2:343678/1‑140 (MQ=255) ggCAGAGTC‑GGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCC‑‑CCACGATATCCGGCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCAt > 2:765584/1‑140 (MQ=255) cAGAGTC‑GGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCC‑‑CCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCg < 1:334655/140‑1 (MQ=255) agagTC‑GGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCC‑‑CCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCCCCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGc > 2:110334/1‑140 (MQ=255) agagTC‑GGAACCGAAAGCAATTT‑‑CCCCCCCGCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTTAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGc > 1:696497/1‑140 (MQ=255) agTC‑GGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCC‑‑CCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGccc > 2:614220/1‑140 (MQ=255) agTC‑GGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCC‑‑CCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGccc > 2:904506/1‑140 (MQ=255) agTC‑GGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCC‑‑CCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGccc > 1:762808/1‑140 (MQ=255) agTC‑GGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCC‑‑CCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGccc > 1:892430/1‑140 (MQ=255) agTC‑GGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCC‑‑CCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGccc > 2:671959/1‑140 (MQ=255) agTC‑GGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCC‑‑CCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGccc > 2:6518/1‑140 (MQ=255) tC‑GGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCC‑‑CCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAg > 1:537565/1‑140 (MQ=255) tC‑GGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCC‑‑CCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAg > 2:158598/1‑140 (MQ=255) ggAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCC‑‑CCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCt < 1:158598/140‑1 (MQ=255) aCCGAAAGCAATTTCCCCCCCC‑‑CCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTACg < 2:762808/140‑1 (MQ=255) aaaGCAATTTCCCCCCCC‑‑CCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTACGCTCa > 1:285138/1‑140 (MQ=255) || AGCGACACGCAGTGCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTC‑GGAACCGAAAGCAATTT‑‑CCCCCC‑‑CCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTACGCTCA > NC_000913/1594111‑1594376 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |