| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,802,766 | T→C | intergenic (‑196/‑328) | thrS ← / → arpB | threonine‑‑tRNA ligase/putative ankyrin repeat protein B, N‑terminal fragment |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,802,766 | 0 | T | C | 98.7% | 271.0 / ‑4.8 | 76 | intergenic (‑196/‑328) | thrS/arpB | threonine‑‑tRNA ligase/putative ankyrin repeat protein B, N‑terminal fragment |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (40/35); total (41/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
TTTATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAATGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGAACAACTGATAACATCACGGTGCGTCTGAAAGGTTTACTGCGAGCGGATTTACAGCAGCATAAACT > NC_000913/1802630‑1802901 | tttATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAATGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAGGGAGATTGCAcc > 1:617041/1‑140 (MQ=255) ttattaACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAATGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAGGGAGATTGCACCt > 1:164600/1‑140 (MQ=255) taACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAATGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAGGGAGATTGCACCTTTcc < 1:123981/140‑1 (MQ=255) cATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAATGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAGGGAGATTGCACCTTTCCGTTTcaca > 2:425267/1‑140 (MQ=255) cATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAATGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAGGGAGATTGCACCTTTCCGTTTcaca < 2:161289/140‑1 (MQ=255) tGCGAAACCATCTAGCCAACAAATGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAGGGAGATTGCACCTTTCCGTTTCACATTg > 2:71519/1‑140 (MQ=255) aaCCATCTAGCCAACAAATGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAGGGAGATTGCACCTTTCCGTTTCACATTgattcg > 2:385743/1‑140 (MQ=255) aaCCATCTAGCCAACAAATGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAGGGAGATTGCACCTTTCCGTTTCACATTgattcg > 2:198959/1‑140 (MQ=255) ccAACAAATGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAGGGAGATTGCACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAAtt < 1:687077/140‑1 (MQ=255) acaaATGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTCACACTAAAAAAAGGGAGATTGCACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGt < 2:637691/140‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAGGGAGATTGCACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTa < 1:71519/140‑1 (MQ=255) tGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAGGGAGATTGCACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTa < 2:617041/140‑1 (MQ=255) aaTTGGTTCGCAATCAGGTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAGGGAGATTGCACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAg < 1:658408/140‑1 (MQ=255) gTTCGCAATCAGGTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAGGGAGATTGCACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTacac > 2:76940/1‑140 (MQ=255) gTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAGGGAGATTGCACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCt < 2:281225/140‑1 (MQ=255) gTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAGGGAGATTGCACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCt < 2:795001/140‑1 (MQ=255) cacaAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAGGGAGATTGCACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTaa > 2:666420/1‑140 (MQ=255) acaAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTaaa > 1:844220/1‑140 (MQ=255) acaAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAGGGAGATTGCACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACTCCAGCAAAACGCTTaaa > 2:820836/1‑140 (MQ=255) aaaTGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAGGGAGATTGCACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGa > 2:171821/1‑140 (MQ=255) aaaTGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAGGGAGATTGCACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGa > 1:287351/1‑140 (MQ=255) aaTGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAGGGAGATTGCACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGaa < 2:609515/140‑1 (MQ=255) aaTGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAGGGAGATTGCACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGaa > 2:603049/1‑140 (MQ=255) aaTGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAGGGAGATTGCACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGaa < 1:198959/140‑1 (MQ=255) gAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAGGGAGATTGCACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGcacaa > 2:849549/1‑140 (MQ=255) aaaGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAGGGAGATTGCACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGaacaac > 1:181073/1‑140 (MQ=255) aaaGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAGGGAGATTGCACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGaa > 2:351531/1‑136 (MQ=255) aaaGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAGGGAGATTGCACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGaa < 1:351531/136‑1 (MQ=255) gACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAGGGAGATTGCACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGAACAACTGa < 1:318836/140‑1 (MQ=255) aCATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAGGGAGATTGCACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGAACAACTAAt > 1:589036/1‑140 (MQ=255) cATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAGGGAGATTGCACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGaacaa > 2:783925/1‑134 (MQ=255) cATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAGGGAGATTGCACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGaacaa < 1:783925/134‑1 (MQ=255) ctcACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAGGGAGATTGCACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGaa < 1:578624/122‑1 (MQ=255) ctcACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAGGGAGATTGCACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGaa > 2:643539/1‑122 (MQ=255) ctcACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAGGGAGATTGCACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGaa < 1:643539/122‑1 (MQ=255) ctcACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAGGGAGATTGCACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGaa > 2:578624/1‑122 (MQ=255) tcACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAGGGAGATTGCACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGAACAACTGATAACATCACGGt > 1:233267/1‑140 (MQ=255) tcACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAGGGAGATTGCACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGAACAACTGATAACATCACGGt > 1:554892/1‑140 (MQ=255) tcACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAGGGAGATTGCACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGAACAACTGATAACATCACGGt > 2:552550/1‑140 (MQ=255) tcACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAGGGAGATTGCACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGAACAACTGATAACATCACGGt > 1:724124/1‑140 (MQ=255) 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1:425267/140‑1 (MQ=255) gagaTTGCACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGAACAACTGATAACATCACGGTGCGTCTGAAAGGTTTACTGCGAGCGGATTTACAGCAGCATaa > 2:66977/1‑140 (MQ=255) agaTTGCACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGAACAACTGATAACATCACGGTGCGTCTGAAAGGTTTACTGCGAGCGGATTTACAGCAGCATaaa < 2:554892/140‑1 (MQ=255) agaTTGCACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGAACAACTGATAACATCACGGTGCGTCTGAAAGGTTTACTGCGAGCGGATTTACAGCAGCATaaa < 2:233267/140‑1 (MQ=255) gaTTGCACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGAACAACTGATAACATCACGGTGCGTCTGAAAGGTTTACTGCGAGCGGATTTACAGCAGCATAAAc > 1:64421/1‑140 (MQ=255) gaTTGCACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGAACAACTGATAACATCACGGTGCGTCTGAAAGGTTTACTGCGAGCGGATTTACAGCAGCATAAAc > 1:870588/1‑140 (MQ=255) aTTGCACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGAACAACTGATAACATCACGGTGCGTCTGAAAGGTTTACTGCGAGCGGATTTACAGCAGCATAAACt < 1:280383/140‑1 (MQ=255) | TTTATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAATGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTACACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAGGGAGATTGTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGAACAACTGATAACATCACGGTGCGTCTGAAAGGTTTACTGCGAGCGGATTTACAGCAGCATAAACT > NC_000913/1802630‑1802901 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |