| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,594,132 | (C)8→9 | pseudogene (3955/5422 nt) | yneO ← | AIDA‑I family autotransporter YneO |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,594,124 | 1 | . | C | 88.6% | 213.1 / 20.5 | 70 | pseudogene (3963/5422 nt) | yneO | AIDA‑I family autotransporter YneO |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (4/4); new base C (33/29); total (37/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.92e-01 | |||||||||||
ACGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCC‑GCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAG‑TG‑‑CCCCCC‑C‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCC > NC_000913/1593987‑1594256 | aCGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCC‑GCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAG‑TG‑‑cc < 1:131108/140‑1 (MQ=255) cGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCC‑GCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAG‑TG‑‑ccc < 1:308592/140‑1 (MQ=255) cGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCC‑GCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAG‑TG‑‑ccc < 2:562790/140‑1 (MQ=255) cGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCATTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCC‑GCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAG‑TG‑‑ccc < 2:408549/140‑1 (MQ=255) tgcatcaGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTACCGGCCTGTACATTCCCCGCTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTCCCGCCATTCTCCAGTTTGCC‑GCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAG‑TG‑‑cccc < 2:618853/138‑1 (MQ=255) catcaGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCC‑GCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAG‑TG‑‑cccccc > 1:592447/1‑140 (MQ=255) tcaGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCC‑GCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAG‑TG‑‑cccccc‑c‑c < 1:338912/140‑1 (MQ=255) tcaGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCC‑GCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAG‑TG‑‑cccccc‑c‑c < 2:574021/140‑1 (MQ=255) caGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCC‑GCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAG‑TG‑‑cccccc‑c‑cc < 1:507278/140‑2 (MQ=255) caGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCC‑GCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAG‑TG‑‑cccccc‑c‑cc > 2:473101/1‑139 (MQ=255) cATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCC‑GCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAG‑TGC‑CCCCCC‑C‑CAGGCa > 1:17910/1‑140 (MQ=255) ttGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCC‑GCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAG‑TGC‑CCCCCC‑C‑CAGGCATa > 2:24632/1‑140 (MQ=255) gTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCC‑GCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAG‑TGC‑CCCCCC‑C‑CAGGCATAAc < 1:24632/140‑1 (MQ=255) tCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCC‑GCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAG‑TGC‑CCCCCC‑C‑CAGGCTTAACGtt > 2:940913/1‑140 (MQ=255) ccGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCC‑GCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAG‑TGC‑CCCCCC‑C‑CAGGCATAACGTTc > 1:261343/1‑140 (MQ=255) ccGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCC‑GCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAG‑TGC‑CCCCCC‑C‑CAGGCATAACGTTc > 2:991187/1‑140 (MQ=255) ggTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCC‑GCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAG‑TGC‑CCCCCC‑C‑CAGGCATAACGTTCat < 2:468666/140‑1 (MQ=255) ggTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCC‑GCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAG‑TGC‑CCCCCC‑C‑CAGGCATAACGTTCat < 1:100839/140‑1 (MQ=255) ttGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCC‑GCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAG‑TGCCCCCCCC‑C‑CAGGCATAACGTTCATATCAcc > 2:1017928/1‑140 (MQ=255) tGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCGGGTTGCC‑GCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAG‑TGC‑CCCCCC‑C‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTg < 2:808710/140‑1 (MQ=255) cGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCC‑GCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAG‑TGC‑CCCCCC‑C‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAg > 2:324664/1‑140 (MQ=255) cGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCC‑GCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAG‑TGC‑CCCCCC‑C‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGa < 1:96032/140‑1 (MQ=255) cGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCCCCAGGTTGCC‑GCCGATAGTTGTTTTAGCGACCCGCAG‑TGC‑CCCCCC‑C‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGa < 1:940913/140‑1 (MQ=255) aGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCC‑GCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAG‑TGC‑CCCCCC‑C‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGc > 2:886495/1‑127 (MQ=255) aGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCC‑GCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAG‑TGC‑CCCCCC‑C‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGc < 1:886495/127‑1 (MQ=255) aGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCC‑GCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAG‑TGC‑CCCCCC‑C‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACAttt < 1:895648/140‑1 (MQ=255) gTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCC‑GCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAG‑TGC‑CCCCCC‑C‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTc > 2:753370/1‑140 (MQ=255) tACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCC‑GCCGATTGTGGTTTTAGCGACACGCAG‑TGC‑CCCCCC‑C‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTcc < 2:17910/140‑1 (MQ=255) aTTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCC‑GCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAG‑TGC‑CCCCCC‑C‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGa < 1:473101/140‑1 (MQ=255) tCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCC‑GCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAG‑TGC‑CCCCCC‑C‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACa > 2:141154/1‑140 (MQ=255) tCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCC‑GCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAG‑TGC‑CCCCCC‑C‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACa > 2:309879/1‑140 (MQ=255) tCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCC‑GCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAG‑TGC‑CCCCCC‑C‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACa > 1:663873/1‑140 (MQ=255) ccccGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCC‑GCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAG‑TGC‑CCCCCC‑C‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACAt > 1:39038/1‑140 (MQ=255) ccccGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCC‑GCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAG‑TGC‑CCCCCC‑C‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACAt > 2:414044/1‑140 (MQ=255) ccGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCC‑GCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAG‑TGC‑CCCCCC‑C‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATca < 2:39038/140‑1 (MQ=255) ccGGTTTCCCCACTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCGCCAGGTTCCC‑GCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAG‑TGC‑CCCCCC‑C‑CATGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATca > 2:392883/1‑140 (MQ=255) ggTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCC‑GCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAG‑TGC‑CCCCCC‑C‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATcaca > 1:853563/1‑140 (MQ=255) ggTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCC‑GCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAG‑TGC‑CCCCCC‑C‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATcaca > 1:146101/1‑140 (MQ=255) ggTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCC‑GCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAG‑TGC‑CCCCCC‑C‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATcaca > 2:662725/1‑140 (MQ=255) gTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCC‑GCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAG‑TGC‑CCCCCC‑C‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCacac < 2:261343/140‑1 (MQ=255) gTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCC‑GCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAG‑TGC‑CCCCCC‑C‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCacac < 1:309879/140‑1 (MQ=255) gTTTCCCCCCTTCCGTTTTCATTTTAACCGGGCCCGCCTTCCCCAGGGTGCCGGCCAATATGGGTTTTAGCGACCCGC‑G‑TGC‑CCCCCC‑C‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCacac < 2:592447/140‑1 (MQ=255) tttCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCC‑GCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAG‑TGCCCCCCCC‑C‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCacac < 1:1017928/140‑1 (MQ=255) tttCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCC‑GCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAG‑TG‑‑CCCCCC‑C‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCg > 2:355090/1‑140 (MQ=255) tttCCACCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCC‑GCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAG‑TGCCCCCCCC‑C‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCacac > 1:763314/1‑140 (MQ=255) 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< 1:355090/140‑1 (MQ=255) | ACGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCC‑GCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAG‑TG‑‑CCCCCC‑C‑CAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCC > NC_000913/1593987‑1594256 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |