Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,204,239 | G→A | pseudogene (70/234 nt) A24T (GCA→ACA) |
oweE → ymfN → |
phage replication protein e14 prophage; chimeric replication protein/phage terminase YmfN |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,204,239 | 0 | G | A | 100.0% | 207.8 / NA | 59 | pseudogene (70/234 nt) A24T (GCA→ACA) | oweE ymfN | phage replication protein e14 prophage; chimeric replication protein/phage terminase YmfN |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (31/28); total (31/28) |
GAATGCTTCAGCCCGCTCGAACAGTTTCGTCGTAAATTCAGGGAAATAGAGGTCGGTCATGAGCACTAAATTAACCGGCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGGCAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACGAAGGTGTGTGCTGGCCATCAATTGAAACCATTGCCCGTCAGATTGGCGCGGGGATGAGTACCGTCAGAACGGCTATCGCACGGCTGGAAGCAGAAGGCT > NC_000913/1204112‑1204374 | gAATGCTTCAGCCCGCTCGAACAGTTTCGTCGTAAATTCAGGGAAATAGAGGTCGGTCATGAGCACTAAATTAACCGGCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGACAATTATGGccc > 2:77631/1‑140 (MQ=255) aaTGCTTCAGCCCGCTCGAACAGTTTCGTCGTAAATTCAGGGAAATAGAGGTCGGTCATGAGCACTAAATTAACCGGCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGACAATTATGGCCCg < 2:34132/140‑1 (MQ=255) tGCTTCAGCCCGCTCGAACAGTTTCGTCGTAAATTCAGGGAAATAGAGGTCGGTCATGAGCACTAAATTAACCGGCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGACAATTATGGCCCGcc < 2:18286/140‑1 (MQ=255) cccGCTCGAACAGTTTCGTCGTAAATTCAGGGAAATAGAGGTCGGTCATGAGCACTAAATTAACCGGCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGACAATTATGGCCCGCCTGGCTGAt < 2:961060/140‑1 (MQ=255) cccGCTCGAACAGTTTCGTCGTAAATTCAGGGAAATAGAGGTCGGTCATGAGCACTAAATTAACCGGCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGACAATTATGGCCCGCCTGGCTGAt > 1:426363/1‑140 (MQ=255) cTCGAACAGTTTCGTCGTAAATTCAGGGAAATAGAGGTCGGTCATGAGCACTAAATTAACCGGCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGACAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCa > 1:685384/1‑140 (MQ=255) cGAACAGTTTCGTCGTAAATTCAGGGAAATAGAGGTCGGTCATGAGCACTAAATTAACCGGCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGACAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGt < 2:845025/140‑1 (MQ=255) cGAACAGTTTCGTCGTAAATTCAGGGAAATAGAGGTCGGTCATGAGCACTAAATTAACCGGCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGACAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGt < 2:670504/140‑1 (MQ=255) tttCGTCGTAAATTCAGGGAAATAGAGGTCGGTCATGAGCACTAAATTAACCGGCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGACAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACg < 1:1019283/140‑1 (MQ=255) tttCGTCGTAAATTCAGGGAAATAGAGGTCGGTCATGAGCACTAAATTAACCGGCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGACAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACg < 2:685384/140‑1 (MQ=255) aaTTCAGGGAAATAGAGGTCGGTCATGAGCACTAAATTAACCGGCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGACAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACGAAGGtgtgtg > 2:462647/1‑140 (MQ=255) aaTTCAGGGAAATAGAGGTCGGTCATGAGCACTAAATTAACCGGCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGACAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACGAAGGtgtgtg < 2:426363/140‑1 (MQ=255) gggAAATAGAGGTCGGTCATGAGCACTAAATTAACCGGCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGACAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGT‑ATGACGAAGGTGTGTGCTGGCCa < 1:991538/140‑1 (MQ=255) aTAGAGGTCGGTCATGAGCACTAAATTAACCGGCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGACAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACGAAGGTGTGTGCTGGCCATCaa > 2:370013/1‑140 (MQ=255) tAGAGGTCGGTCATGAGCACTAAATTAACCGGCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGACAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACGAAGGTGTGTGCTGGCCATCAAt > 2:273693/1‑140 (MQ=255) agGTCGGTCATGAGCACTAAATTAACCGGCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGACAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACGAAGGTGTGTGCTGGCCATCAATTGa < 1:896651/140‑1 (MQ=255) cggtcATGAGCACTAAATTAACCGGCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGACAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACGAAGGTGTGTGCTGGCCATCAATTGAAAcc > 2:335234/1‑140 (MQ=255) ggtcATGAGCACTAAATTAACCGGCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGACAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACGAAGGTGTGTGCTGGCCATCAATTGAAACCa < 1:419512/140‑1 (MQ=255) gtcATGAGCACTAAATTAACCGGCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGACAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACGAAGGTGTGTGCTGGCCATCAATTGAAACCAt > 1:265347/1‑140 (MQ=255) gtcATGAGCACTAAATTAACCGGCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGACAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACGAAGGTGTGTGCTGGCCATCAATTGAAACCAt > 1:262826/1‑140 (MQ=255) cATGAGCACTAAATTAACCGGCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGACAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACGAAGGTGTGTGCTGGCCATCAATTGAAACCATTg < 1:21812/140‑1 (MQ=255) cATGAGCACTAAATTAACCGGCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGACAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACGAAGGTGTGTGCTGGCCATCAATTGAAACCATTg < 1:462647/140‑1 (MQ=255) cATGAGCACTAAATTAACCGGCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGACAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACGAAGGTGTGTGCTGGCCATCAATTGAAACCATTg < 1:370013/140‑1 (MQ=255) aGCACTAAATTAACCGGCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGACAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACGAAGGTGTGTGCTGGCCATCAATTGAAACCAtt > 1:785444/1‑135 (MQ=255) aGCACTAAATTAACCGGCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGACAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACGAAGGTGTGTGCTGGCCATCAATTGAAACCAtt < 2:785444/135‑1 (MQ=255) aGCACTAAATTAACCGGCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGACAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACGAAGGTGTGTGCTGGCCATCAATTGAAACCATTGCCCg > 2:283024/1‑140 (MQ=255) tAAATTAACCGGCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGACAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACGAAGGTGTGTGCTGGCCATCAATTGAAACCATTGCCCGTCAGa > 2:218575/1‑140 (MQ=255) tAAATTAACCGGCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGACAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACGAAGGTGTGTGCTGGCCATCAATTGAAACCATTGCCCGTCAGa > 2:243962/1‑140 (MQ=255) aaaTTAACCGGCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGACAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACGAAGGTGTGTGCTGGCCATCAATTGAAACCATTGCCCGTCAGAt < 2:262826/140‑1 (MQ=255) aaaTTAACCGGCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGACAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACGAAGGTGTGTGCTGGCCATCAATTGAAACCATTGCCCGTCAGAt < 2:265347/140‑1 (MQ=255) aaTTAACCGGCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGACAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACGAAGGTGTGTGCTGGCCATCAATTGAAAc > 1:577213/1‑124 (MQ=255) aaTTAACCGGCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGACAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACGAAGGTGTGTGCTGGCCATCAATTGAAAc < 2:577213/124‑1 (MQ=255) aaCCGGCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGACAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACGAAGGTGTGTGCTGGCCATCAATTGAAACCATTGCCCGTCAGATTGgcg < 1:243962/140‑1 (MQ=255) aCCGGCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGACAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACGAAGGTGTGTGCTGGCCATCAATTGAAACCATTGCCCGTCAGATTGgcgc > 2:327369/1‑140 (MQ=255) ccagCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGACAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACGAAGGTGTGTGCTGGCCATCAATTGAAACCATTGCCCGTCAGATTGGcgcg < 2:844317/137‑1 (MQ=255) ccGGCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGACAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACGAAGGTGTGTGCTGGCCATCAATTGAAACCATTGCCCGTCAGATTGGcgcg < 1:327369/140‑1 (MQ=255) cTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGACAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACGAAGGTGTGTGCTGGCCATCAATTGAAACCATTGCCCGTCAGATTGGCGCggggg > 2:656837/1‑139 (MQ=255) cTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGACAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACGAAGGTGTGTGCTGGCCATCAATTGAAACCATTGCCCGTCAGATTGGCGCGGGGa > 2:1004575/1‑140 (MQ=255) atgtatgGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGACAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACGAAGGTGTGTGCTGGCCATCAATTGAAACCATTGCCCGTCAGATTGGCGCGGGGATg > 1:533157/1‑140 (MQ=255) aTGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGACAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACGAAGGTGTGTGCTGGCCATCAATTGAAACCATTGCCCGTCAGATTGGCGCGGGGATGAGTACCGTc < 1:283024/140‑1 (MQ=255) ggTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGACAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACGAAGGTGTGTGCTGGCCATCAATTGAAACCATTGCCCGTCAGATTGGCGCGGGGATGAGTACCGTCAg > 1:70782/1‑140 (MQ=255) ggTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGACAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACGAAGGTGTGTGCTGGCCATCAATTGAAACCATTGCCCGTCAGATTGGCGCGGGGATGAGTACCGTCAg > 1:667439/1‑140 (MQ=255) gTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGACAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACGAAGGTGTGTGCTGGCCATCAATTGAAACCATTGCCCGTCAGATTGGCGCGGGGATGAGTACCGTCAGa > 2:288847/1‑140 (MQ=255) ttGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGACAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACGAAGGTGTGTGCTGGCCATCAATTGAAACCATTGCCCGTCAGATTGGCGCGGGGATGAGTACCGTCAGaa > 1:958131/1‑140 (MQ=255) gcTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGACAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACGAAGGTGTGTGCTGGCCATCAATTGAAACCATTGCCCGTCAGATTGGCGCGGGGATGAGTACCGTCAGAACGGc < 2:958131/140‑1 (MQ=255) cTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGACAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACGAAGGTGTGTGCTGGCCATCAATTGAAACCATTGCCCGTCAGATTGGCGCGGGGATGAGTACCGTCAGAACGGCt > 2:397446/1‑140 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tATCCAGCGTGACAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACGAAGGTGTGTGCTGGCCATCAATTGAAACCATTGCCCGTCAGATTGGCGCGGGGATGAGTACCGTCAGAACGGCTATCGCACGGCTGGAAGCa < 2:667439/140‑1 (MQ=255) aTCCAGCGTGACAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACGAAGGTGTGTGCTGGCCATCAATTGAAACCATTGCCCGTCAGATTGGCGCGGGGATGAGTACCGTCAGAACGGCTATCGCACGGCTGGAAGCAg > 2:273833/1‑140 (MQ=255) tCCAGCGTGACAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACGAAGGTGTGTGCTGGCCATCAATTGAAACCATTGCCCGTCAGATTGGCGCGGGGATGAGTACCGTCAGAACGGCTATCGCACGGCTGGAAGCAGa > 2:395490/1‑140 (MQ=255) cAGCGTGACAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACGAAGGTGTGTGCTGGCCATCAATTGAAACCATTGCCCGTCAGATTGGCGCGGGGATGAGTACCGTCAGAACGGCTATCGCACGGCTGGAAGCAGAAg < 2:70782/140‑1 (MQ=255) cGTGACAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACGAAGGTGTGTGCTGGCCATCAATTGAAACCATTGCCCGTCAGATTGGCGCGGGGATGAGTACCGTCAGAACGGCTATCGCACGGCTGGAAGCAGAAGGCt > 1:355024/1‑140 (MQ=255) cGTGACAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACGAAGGTGTGTGCTGGCCATCAATTGAAACCATTGCCCGTCAGATTGGCGCGGGGATGAGTACCGTCAGAACGGCTATCGCACGGCTGGAAGCAGAAGGCt > 2:81052/1‑140 (MQ=255) cGTGACAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACGAAGGTGTGTGCTGGCCATCAATTGAAACCATTGCCCGTCAGATTGGCGCGGGGATGAGTACCGTCAGAACGGCTATCGCACGGCTGGAAGCAGAAGGCt < 1:656837/140‑1 (MQ=255) | GAATGCTTCAGCCCGCTCGAACAGTTTCGTCGTAAATTCAGGGAAATAGAGGTCGGTCATGAGCACTAAATTAACCGGCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGGCAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACGAAGGTGTGTGCTGGCCATCAATTGAAACCATTGCCCGTCAGATTGGCGCGGGGATGAGTACCGTCAGAACGGCTATCGCACGGCTGGAAGCAGAAGGCT > NC_000913/1204112‑1204374 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |