| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,577,067 | (C)6→7 | coding (892/1047 nt) | mcrC ← | 5‑methylcytosine‑specific restriction enzyme subunit McrC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,577,061 | 1 | . | C | 94.9% | 124.7 / 0.1 | 39 | coding (898/1047 nt) | mcrC | 5‑methylcytosine‑specific restriction enzyme subunit McrC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/1); new base C (23/14); total (24/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.33e-01 | |||||||||||
ATTCATCGAAAATGTCGAGTAATTCTTGATGTATACACGGCCATTCCTGACCTAAATTGACGGTACACAAGCCAATATCGAAGCCATTAATTTTATAACGATGTTTCACTGCGGTATCTACGTGGGGATATATTAATAA‑‑CCCCCCTATGTTTTCGCCATTTTCAGGCTTTAACGACCATAAGTAATTCATCAGTTGATAAAGATTTTGCGAATGAAATTTTTCTGTTCCCATTCGTCGTGAAAAAATGCTCTTATAGTATTTGGCGTC > NC_000913/4576923‑4577190 | atTCATCGAAAATGTCGAGAAATTCTTGATGTATACACGGCCATTCCTGACCTAAATTGACGGTACACAAGCCAATATCGAAGCCATTAATTTTATAACGATGTTTCACTGCGGTATCTACGTGGGGATATATTAATAA‑‑c > 2:43461/1‑140 (MQ=255) ttCATCGAAAATGTCGAGTAATTCTTGATGTATACACGGCCATTCCTGACCTAAATTGACGGTACACAAGCCAATATCGAAGCCATTAATTTTATAACGATGTTTCACTGCGGTATCTACGTGGGGATATATTAATAA‑‑cc > 2:287781/1‑140 (MQ=255) ttCATCGAAAATGTCGAGTAATTCTTGATGTATACACGGCCATTCCTGACCTAAATTGACGGTACACAAGCCAATATCGAAGCCATTAATTTTATAACGATGTTTCACTGCGGTATCTACGTGGGGATATATTAATAA‑‑cc < 2:198962/140‑1 (MQ=255) gAAAATGTCGAGTAATTCTTGATGTATACACGGCCATTCCTGACCTAAATTGACGGTACACAAGCCAATATCGAAGCCATTAATTTTATAACGATGTTTCACTGCGGTATCTACGTGGGGATATATTAATAA‑‑ccccccct < 2:734176/140‑3 (MQ=255) tGTCGAGTAATTCTTGATGTATACACGGCCATTCCTGACCTAAATTGACGGTACACAAGCCAATATCGAAGCCATTAATTTTATAACGATGTTTCACTGCGGTATCTACGTGGGGATATATTAATAAC‑CCCCCCTATGtt > 1:234275/1‑140 (MQ=255) tCTTGATGTATACACGGCCATTCCTGACCTAAATTGACGGTACACAAGCCAATATCGAAGCCATTAATTTTATAACGATGTTTCACTGCGGTATCTACGTGGGGATATATTAATAAC‑CCCCCCTATGTTTTCGCCAtttt < 2:561151/140‑1 (MQ=255) taCACGGCCATTCCTGACCTAAATTGACGGTACACAAGCCAATATCGAAGCCATTAATTTTATAACGATGTTTCACTGCGGTATCTACGTGGGGATATATTAATAAC‑CCCCCCTATGTTTTCGCCAtttt > 1:96791/1‑130 (MQ=255) taCACGGCCATTCCTGACCTAAATTGACGGTACACAAGCCAATATCGAAGCCATTAATTTTATAACGATGTTTCACTGCGGTATCTACGTGGGGATATATTAATAAC‑CCCCCCTATGTTTTCGCCAtttt < 2:96791/130‑1 (MQ=255) ggCCATTCCTGACCTAAATTGACGGTACACAAGCCAATATCGAAGCCATTAATTTTATAACGATGTTTCACTGCGGTATCTACGTGGGGATATATTAATAAC‑CCCCCCTATGTTTTCGCCATTTTCAGGCTTTaa > 1:132208/1‑135 (MQ=255) ggCCATTCCTGACCTAAATTGACGGTACACAAGCCAATATCGAAGCCATTAATTTTATAACGATGTTTCACTGCGGTATCTACGTGGGGATATATTAATAAC‑CCCCCCTATGTTTTCGCCATTTTCAGGCTTTaa < 2:132208/135‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) cGAAGCCATTAATTTTATAACGATGTTTCACTGCGGTATCTACGTGGGGATATATTAATAAC‑CCCCCCTATGTTTTCGCCATTTTCAGGCTTTAACGACCATAAGTAATTCATCAGTTGATAAAGATTTTGCGAATGaaa > 1:267349/1‑140 (MQ=255) aaGCCATTAATTTTATAACGATGTTTCACTGCGGTATCTACGTGGGGATATATTAATAAC‑CCCCCCTATGTTTTCGCCATTTTCAGGCTTTAACGACCATAAGTAATTCATCAGTTGATAAAGATTTTGCGAATGAAAtt > 2:236945/1‑140 (MQ=255) aaGCCATTAATTTTATAACGATGTTTCACTGCGGTATCTACGTGGGGATATATTAATAAC‑CCCCCCTATGTTTTCGCCATTTTCAGGCTTTAACGACCATAAGTAATTCATCAGTTGATAAAGATTTTGCGAATGAAAtt > 2:903481/1‑140 (MQ=255) aaGCCATTAATTTTATAACGATGTTTCACTGCGGTATCTACGTGGGGATATATTAATAAC‑CCCCCCTATGTTTTCGCCATTTTCAGGCTTTAACGACCATAAGTAATTCATCAGTTGATAAAGATTTTGCGAATGAAAtt > 1:581277/1‑140 (MQ=255) ccATTAATTTTATAACGATGTTTCACTGCGGTATCTACGTGGGGATATATTAATAAC‑CCCCCCTATGTTTTCGCCATTTTCAGGCTTTAACGACCATAAGTAATTCATCAGTTGATAAAGATTTTGCGAATGAAAttttt < 1:236945/140‑1 (MQ=255) ccATTAATTTTATAACGATGTTTCACTGCGGTATCTACGTGGGGATATATTAATAA‑‑CCCCCCTATGTTTTCGCCATTTTCAGGCTTTAACGACCATAAGTAATTCATCAGTTGATAAAGATTTTGCGAATGAAATTTTTc < 1:5970/140‑1 (MQ=255) ttAATTTTATAACGATGTTTCACTGCGGTATCTACGTGGGGATATATTAATAAC‑CCCCCCTATGTTTTCGCCATTTTCAGGCTTTAACGACCATAAGTAATTCATCAGTTGATAAAGATTTTGCGAATGAAATTTTTCTg < 2:581277/140‑1 (MQ=255) taACGATGTTTCACTGCGGTATCTACGTGGGGATATATTAATAAC‑CCCCCCTATGTTTTCGCCATTTTCAGGCTTTAACGACGATAAGTAATTCATCAGTTGATAAAGATTTTGCGAATGAAATTTTTCTGTTCCCATtc > 1:18405/1‑140 (MQ=255) taACGATGTTTCACTGCGGTATCTACGTGGGGATATATTAATAAC‑CCCCCCTATGTTTTCGCCATTTTCAGGCTTTAACGACCATAAGTAATTCATCAGTTGATAAAGATTTTGCGAATGAAATTTTTCTGTTCCCATtc > 2:634942/1‑140 (MQ=255) aTGTTTCACTGCGGTATCTACGTGGGGATATATTAATAAC‑CCCCCCTATGTTTTCGCCATTTTCAGGCTTTAACGACCATAAGTAATTCATCAGTTGATAAAGATTTTGCGAATGAAATGTTTCTGTTCCCATTcgtcgt > 1:780299/1‑140 (MQ=255) tttCACTGCGGTATCTACGTGGGGATATATTAATAAC‑CCCCCCTATGTTTTCGCCATTTTCAGGCTTTAACGACCATAAGTAATTCATCAGTTGATAAAGATTTTGCGAATGAAATTTTTCTGTTCCCATTCGTCGTGaa > 2:616995/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) cGGTATCTACGTGGGGATATATTAATAAC‑CCCCCCTATGTTTTCGCCATTTTCAGGCTTTAACGACCATAAGTAATTCATCAGTTGATAAAGATTTTGCGAATGAAATTTTTCTGTTCCCATTCGTCGTGaaaaaa > 2:1130837/1‑136 (MQ=255) aCGTGGGGATATATTAATAAC‑CCCCCCTATGTTTTCGCCATTTTCAGGCTTTAACGACCATAGGTAATTCATCAGTTGATAAAGATTTTGCGAATGAAATTTTTCTGTTCCCATTCGTCGTGAAAAAATGCTCTTATAGt > 2:1024431/1‑140 (MQ=255) gTGGGGATATATTAATAAC‑CCCCCCTATGTTTTCGCCATTTTCAGGCTTTAACGACCATAAGTAATTCATCAGTTGATAAAGATTTTGCGAATGAAATTTTTCTGTTCCCATTCGTCGTGAAAAAATGCTCTTATAGTAt > 2:890290/1‑140 (MQ=255) ggggATATATTAATAAC‑CCCCCCTATGTTTTCGCCATTTTCAGGCTTTAACGACCATAAGTAATTCATCAGTTGATAAAGATTTTGCGAATGAAATTTTTCTGTTCCCATTCGTCGTGAAAAAATGCTCTTATAGTAttt > 1:1051381/1‑140 (MQ=255) gggATATATTAATAAC‑CCCCCCTATGTTTTCGCCATTTTCAGGCTTTAACGACCATAAGTAATTCATCAGTTGATAAAGATTTTGCGAATGAAATTTTTCTGTTCCCATTCGTCGTGAAAAAATGCTCTTATAGTATTTg > 1:651210/1‑140 (MQ=255) gATATATTAATAAC‑CCCCCCTATGTTTTCGCCATTTTCAGGCTTTAACGACCATAAGTAATTCATCAGTTGATAAAGATTTTGCGAATGAAATTTTTCTGTTCCCATTCGTCGTGAAAAAATGCTCTTATAGTATTTGGc > 2:85416/1‑140 (MQ=255) tatatTAATAAC‑CCCCCCTATGTTTTCGCCATTTTCAGGCTTTAACGACCATAAGTAATTCATCAGTTGATAAAGATTTTGCGAATGAAATTTTTCTGTTCCCATTCGTCGTGAAAAAATGctc > 2:394798/1‑124 (MQ=255) tatatTAATAAC‑CCCCCCTATGTTTTCGCCATTTTCAGGCTTTAACGACCATAAGTAATTCATCAGTTGATAAAGATTTTGCGAATGAAATTTTTCTGTTCCCATTCGTCGTGAAAAAATGctc < 1:394798/124‑1 (MQ=255) tatatTAATAAC‑CCCCCCTATGTTTTCGCCATTTTCAGGCTTTAACGACCATAAGTAATTCATCAGTTGATAAAGATTTTGCGAATGAAATTTTTCTGTTCCCATTCGTCGTGAAAAAATGCTCTTATAGTATTTGGCGt > 2:693277/1‑140 (MQ=255) atatTAATAAC‑CCCCCCTATGTTTTCGCCATTTTCAGGCTTTAACGACCATAAGTAATTCATCAGTTGATAAAGATTTTGCGAATGAAATTTTTCTGTTCCCATTCGTCGTGAAAAAATGCTCTTATAGTATTTGGCGTc > 2:875437/1‑140 (MQ=255) | ATTCATCGAAAATGTCGAGTAATTCTTGATGTATACACGGCCATTCCTGACCTAAATTGACGGTACACAAGCCAATATCGAAGCCATTAATTTTATAACGATGTTTCACTGCGGTATCTACGTGGGGATATATTAATAA‑‑CCCCCCTATGTTTTCGCCATTTTCAGGCTTTAACGACCATAAGTAATTCATCAGTTGATAAAGATTTTGCGAATGAAATTTTTCTGTTCCCATTCGTCGTGAAAAAATGCTCTTATAGTATTTGGCGTC > NC_000913/4576923‑4577190 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |