| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 308,054 | (C)7→8 | coding (1279/2526 nt) | ecpC ← | putative fimbrial usher protein EcpC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 308,047 | 1 | . | C | 97.1% | 113.6 / ‑6.8 | 35 | A429G (GCG→GGG) | ecpC | putative fimbrial usher protein EcpC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/0); major base C (16/18); minor base A (0/1); total (16/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CAATTGATTGCCAATGCGGGTTTTTTCCTGATTAACCCACAGCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATC‑G‑CCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTGCCGCCCAGCTAAGCGTACTCAATGAGCCGGAGGTCGAGGCACCTGCTAGCCAACTCTCTTTA > NC_000913/307911‑308175 | cAATTGATTGCCAATGCGGGTTTTTTCCTGATTAACCCACAGCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATC‑G‑ccc > 1:427942/1‑140 (MQ=255) ttgattgCCAATGCGGGTTTTTTCCTGATTAACCCACAGCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATC‑G‑cccccc > 1:594684/1‑140 (MQ=255) tgCCAATGCGGGTTTTTTCCTGATTAACCCACAGCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATC‑G‑ccccccccaag > 1:491785/1‑136 (MQ=255) tgCCAATGCGGGTTTTTTCCTGATTAACCCACAGCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATC‑G‑ccccccccaag > 2:49074/1‑136 (MQ=255) gCCAATGCGGGTTTTTTCCTGATTAACCCACAGCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATC‑G‑ccccccccaagc > 1:826229/1‑135 (MQ=255) cAATGCGGGTTTTTTCCTGATTAACCCACAGCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATC‑GCCCCCCCCAAGCgg < 2:625827/140‑1 (MQ=255) aTGCGGGTTTTTTCCTGATTAACCCACAGCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATC‑GCCCCCCCCAAGCGGCa > 2:1013599/1‑140 (MQ=255) gggTTTTTTCCTGATTAACCCACAGCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATC‑GCCCCCCCCAAGCGGCAGCGt < 2:594684/140‑1 (MQ=255) tAACCCACAGCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATC‑GACCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTcacc < 2:1017531/140‑1 (MQ=255) aCCCACAGCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATC‑GCCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTcaccca > 1:740967/1‑140 (MQ=255) cccACAGCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATC‑GCCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTcacccac > 1:263103/1‑140 (MQ=255) cccACAGCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATC‑GCCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTcacccac < 2:263103/140‑1 (MQ=255) cccACAGCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATC‑GCCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTcacccac < 2:746507/140‑1 (MQ=255) acaGCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATC‑GCCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGc < 2:2527/140‑1 (MQ=255) acaGCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCCGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATC‑GCCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGc < 2:413068/140‑1 (MQ=255) aGCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATC‑GCCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCt > 1:352567/1‑140 (MQ=255) aGCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATC‑GCCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCAACCGccc > 1:653762/1‑139 (MQ=255) cGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATC‑GCCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGa > 1:395252/1‑140 (MQ=255) aCTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATC‑GCCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGa < 2:1066615/137‑1 (MQ=255) aCTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATC‑GCCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGa > 1:1066615/1‑137 (MQ=255) aCTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATC‑GCCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTa > 2:668075/1‑140 (MQ=255) aCTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATC‑GCCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTa > 1:292973/1‑140 (MQ=255) aaaGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATC‑GCCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATCg < 2:395252/140‑1 (MQ=255) tGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATC‑GCCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATCGTATCCa > 1:950728/1‑129 (MQ=255) tGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATC‑GCCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATCGTATCCa < 2:950728/129‑1 (MQ=255) tGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATC‑GCCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTgc > 1:254177/1‑140 (MQ=255) cgcgattgctgcCGATTCTGATCCATGAGCTATTGCTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCGG‑CCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTgccgc < 2:653762/134‑1 (MQ=255) cgcTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATC‑GCCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTgccgc < 2:254177/140‑1 (MQ=255) tGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATC‑GCCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTGCCGCCCa < 1:1013599/140‑1 (MQ=255) aTGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATC‑GCCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTGCCGCCCAGc < 2:421373/140‑1 (MQ=255) tgcCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATC‑GCCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTg < 2:401059/127‑1 (MQ=255) tgcCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATC‑GCCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTg > 1:401059/1‑127 (MQ=255) tgcCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATC‑GCCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTGCCGCCCAGCTAAg < 2:427942/140‑1 (MQ=255) tgcCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATC‑GCCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTGCCGCCCAGCTAAg < 2:826229/140‑1 (MQ=255) gATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATC‑GCCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTGCCGCCCAGCTAAGCGTa < 2:352567/140‑1 (MQ=255) tGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATC‑GCCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTGCCGCCCAGCTAAGCGTACTCAATGAGCCg > 1:621917/1‑140 (MQ=255) ggCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATC‑GCCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTGCCGCCCAGCTAAGCGTACTCAATGAGCCGGAGGTCGAGGCa > 2:854262/1‑140 (MQ=255) ttGCAGGTTAACGTTGATC‑GCCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTGCCGCCCAGCTAAGCGTACTCAATGAGCCGGAGGTCGAGGCACCTGCTAGCCaa < 2:801742/140‑1 (MQ=255) ttGCAGGTTAACGTTGATC‑GCCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTGCCGCCCAGCTAAGCGTACTCAATGAGCCGGAGGCCGAGGCACCTGCTAGCCaa < 1:668075/140‑1 (MQ=255) gTTAACGTTGATC‑GCCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTGCCGCCCAGCTAAGCGTACTCAATGAGCCGGAGGTCGAGGCACCTGCTAGc < 1:864581/131‑1 (MQ=255) gTTAACGTTGATC‑GCCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTGCCGCCCAGCTAAGCGTACTCAATGAGCCGGAGGTCGAGGCACCTGCTAGc > 2:864581/1‑131 (MQ=255) aaCGTTGATC‑GCCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTGCCGCCCAGCTAAGCGTACTCAATGAGCCGGAGGTCGAGGCACCTGCTAGCCAACTCTCTTTa > 1:353533/1‑140 (MQ=255) | CAATTGATTGCCAATGCGGGTTTTTTCCTGATTAACCCACAGCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATC‑G‑CCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTGCCGCCCAGCTAAGCGTACTCAATGAGCCGGAGGTCGAGGCACCTGCTAGCCAACTCTCTTTA > NC_000913/307911‑308175 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |