| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,724,478 | (G)6→8 | coding (178/522 nt) | sodC ← | superoxide dismutase (Cu‑Zn) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,724,472 | 1 | . | G | 97.1% | 115.6 / ‑4.6 | 35 | G62R (GGT→CGT) | sodC | superoxide dismutase (Cu‑Zn) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/0); major base G (21/13); minor base T (0/1); total (21/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.00e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | NC_000913 | 1,724,472 | 2 | . | G | 94.3% | 110.7 / 0.3 | 35 | coding (184/522 nt) | sodC | superoxide dismutase (Cu‑Zn) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/0); new base G (19/14); total (21/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.06e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.17e-01 | |||||||||||
TGGCCCTTCATGTTTACCGGTATTTTGTGGATCAAGATGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCAGCTTCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCATGTTCACC‑‑GGGGGGTAATGCTTTCAGATCGGGCGAAAACTCCAGACCTTTATCGGTTTCAGTAATGGTGACGCTACCAATTGACTGCCCTACCCCTTGCGACGTGACGAGGTTCATCTCGACTTTTTCACTGGCAGCT > NC_000913/1724344‑1724602 || tGGCCCTTCATGTTTACCGGTATTTTGTGGATCAAGATGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCAGCTTCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCATGTTCACC‑‑ggggggggtaa < 1:1094651/140‑6 (MQ=255)tGGCCCTTCATGTTTACCGGTATTTTGTGGATCAAGATGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCAGCTTCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCATGTTCACC‑‑ggggggggtaa < 1:658491/140‑6 (MQ=255)tGGCCCTTCATGTTTACCGGTATTTTGTGGATCAAGATGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTACCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCAGCTTCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCATGTTCACC‑‑ggggggggtaa < 2:722026/140‑6 (MQ=255) cATGTTTACCGGTATTTTGTGGATCAAGATGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCAGCTTCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCATGTTCACCGGGGGGGGTAATGCTTTCa > 2:348187/1‑140 (MQ=255) cATGTTTACCGGTATTTTGTGGATCAAGATGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCAGCTTCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCATGTTCACC‑‑ggggggggtaa > 1:259632/1‑127 (MQ=255) cATGTTTACCGGTATTTTGTGGATCAAGATGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCAGCTTCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCATGTTCACC‑‑ggggggggtaa < 2:259632/132‑6 (MQ=255) gTTTACCGGTATTTTGTGGATCAAGATGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCAGCTTCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCATGTTCACCGGGGGGGGTAATGCTTTCAGAt < 1:126561/140‑1 (MQ=255) tACCGGTATTTTGTGGATCAAGATGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCAGCTTCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCATGTTCACCGGGGGGGGTAATGCTTTCAGATCgg > 2:208201/1‑140 (MQ=255) cGGTATTTTGTGGATCAAGATGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCAGCTTCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCATGTTCACCGGGGGGGGTAATGCTTTCAGATCGGGCg > 2:932269/1‑140 (MQ=255) ggTATTTTGTGGATCAAGATGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCAGCTTCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCATGTTCACCGGGGGGGGTAATGCTTTCAGATCGGGCGa < 1:348187/140‑1 (MQ=255) gTATTTTGTGGATCAAGATGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCAGCTTCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCATGTTCACCGGGGGGGGTAATGCTTTCAGATCGGGCGaa < 1:761726/140‑1 (MQ=255) ttGTGGATCAAGATGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCAGCTTCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCATGTTCACCGGGGGGGGTAATGCTTTCAGATCGGGCGAAAACTc < 1:1039786/140‑1 (MQ=255) cAAGATGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCAGCTTCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCATGTTCACCGGGGGGGGTAATGCTTTCAGATCGGGCGAAAACTCCAGACCtt > 1:283339/1‑140 (MQ=255) gATGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCAGCTTCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCATGTTCACCGGGGGGGGTAATGCTTTCAGATCGGGCGAAAACTCCAGACCTTTAt < 1:446221/140‑1 (MQ=255) gATGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCAGCTTCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCATGTTCACCGGGGGGGGTAATGCTTTCAGATCGGGCGAAAACTCCAGACCTTTAt > 2:603293/1‑140 (MQ=255) aTGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCAGCTTCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCATGTTCACCGGGGGGGGTAATGCTTTCAGATCGGGCGaa < 1:188650/123‑1 (MQ=255) aTGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCAGCTTCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCATGTTCACCGGGGGGGGTAATGCTTTCAGATCGGGCGaa > 2:188650/1‑123 (MQ=255) aTGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCAGCTTCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCATGTTCACCGGGGGGGGTAATGCTTTCAGATCGGGCGAAAACTCCAGACCTTTATc < 2:529325/140‑1 (MQ=255) ccGCCTGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCAGCTTCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCATGTTCACCGGGGGGGGTAATGCTTTCAGATCGGGCGAAAACTCCAGACCTTTATCGGtt > 1:703248/1‑140 (MQ=255) ccGCCTGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCAGCTTCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCATGTTCACCGGGGGGGGTAATGCTTTCAGATCGGGCGAAAACTCCAGACCTTTATCGGtt > 2:489212/1‑140 (MQ=255) tGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCAGCTTCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCATGTTCACCGGGGGGGGTAATGCTTTCAGATCGGGCGAAAACTCCAGACCTTTATCGGTTTCAGt < 1:489212/140‑1 (MQ=255) ttCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCAGCTTCCTTTGGCATGAATCTGGAAGCCATGTTCACCTGGGGGGGTAATGCTTTCAGATCGGGCGAAAACTCCAGACCTTTATCGGTTTCAGTAATGGt < 2:1027032/140‑1 (MQ=255) cgcTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCAGCTTCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCATGTTCACCGGGGGGGGTAATGCTTTCAGATCGGGCGAAAACTCCAGACCTTTATCGGTTTCAGTAATGGTGACGCTAc > 1:357812/1‑140 (MQ=255) tGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCAGCTTCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCATGTTCACCGGGGGGGGTAATGCTTTCAGATCGGGCGAAAACTCCAGACCTTTATCGGTTTCAGTAATGGTGACGCTACCaa > 2:556431/1‑140 (MQ=255) tttGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCAGCTTCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCATGTTCACCGGGGGGGGTAATGCTTTCAGATCGGGCGAAAACTCCAGACCTTTATCGGTTTCAGTAATGGTGACGCTACCAATTGa < 2:283339/140‑1 (MQ=255) tttGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCAGCTTCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCATGTTCACCGGGGGGGGTAATGCTTTCAGATCGGGCGAAAACTCCAGACCTTTATCGGTTTCAGTAATGGTGACGCTACCAATTGa < 2:521053/140‑1 (MQ=255) ggtggCTGGCTGGCAGCTTCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCATGTTCACCGGGGGGGGTAATGCTTTCAGATCGGGCGAAAACTCCAGACCTTTATCGGTTTCAGTAATGGTGACGCTACCAATTGACTGccc < 1:574582/134‑1 (MQ=255) ggtggCTGGCTGGCAGCTTCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCATGTTCACCGGGGGGGGTAATGCTTTCAGATCGGGCGAAAACTCCAGACCTTTATCGGTTTCAGTAATGGTGACGCTACCAATTGACTGccc > 2:574582/1‑134 (MQ=255) ggtggCTGGCTGGCAGCTTCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCATGTTCACCGGGGGGGGTAATGCTTTCAGATCGGGCGAAAACTCCAGACCTTTATCGGTTTCAGTAATGGTGACGCTACCAATTGACTGCCCTAcccc > 2:881739/1‑140 (MQ=255) tCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCATGTTCACCGGGGGGGGTAATGCTTTCAGATCGGGCGAAAACTCCAGACCTTTATCGGTTTCAGTAATGGTGACGCTACCAATTGACTGCCCTACCCCTTGCGACGTGACGAGGtt > 1:902983/1‑140 (MQ=255) cATGAATATGGAAGCCATGTTCACCGGGGGGGGTAATGCTTTCAGATCGGGCGAAAACTCCAGACCTTTATCGGTTTCAGTAATGGTGACGCTACCAATTGACTGCCCTACCCCTTGCGACGTGACGAGGTTCATCTCGa > 2:298159/1‑140 (MQ=255) cATGAATATGGAAGCCATGTTCACCGGGGGGGGTAATGCTTTCAGATCGGGCGAAAACTCCAGACCTTTATCGGTTTCAGTAATGGTGACGCTACCAATTGACTGCCCTACCCCTTGCGACGTGACGAGGTTCATCTCGa > 1:310457/1‑140 (MQ=255) tGAATATGGAAGCCATGTTCACCGGGGGGGGTAATGCTTTCAGATCGGGCGAAAACTCCAGACCTTTATCGGTTTCAGTAATGGTGACGCTACCAATTGACTGCCCTACCCCTTGCGACGTGACGAGGTTCATCTCGACt < 1:932269/140‑1 (MQ=255) aaTATGGAAGCCATGTTCACCG‑GGGGGGTAATGCTTTCAGATCGGGCGAAAACTCCAGACCTTTATCGGTTTCAGTAATGGTGACGCTACCAATTGACTGCCCTACCCCTTGCGACGTGACGAGGTTCATCTCGACtttt > 2:771885/1‑140 (MQ=255) aGCCATGTTCACCGGGGGGGGTAATGCTTTCAGATCGGGCGAAAACTCCAGACCTTTATCGGTTTCAGTAATGGTGACGCTACCAATTGACTGCCCTACCCCTTGCGACGTGACGAGGTTCATCTCGACTTTTTCACTgg > 2:737932/1‑140 (MQ=255) gCCATGTTCACCGGGGGGGGTAATGCTTTCAGATCGGGCGAAAACTCCAGACCTTTATCGGTTTCAGTAATGGTGACGCTACCAATTGACTGCCCTACCCCTTGCGACGTGACGAGGTTCATCTCGACTTTTTCACTGGc < 2:721546/140‑1 (MQ=255) ccATGTTCACCGGGGGGGGTAATGCTTTCAGATCGGGCGAAAACTCCAGACCTTTATCGGTTTCAGTAATGGTGACGCTACCAATTGACTGCCCTACCCCTTGCGACGTGACGAGGTTCATCTCGACTTTTTCACTGGCa > 2:518652/1‑140 (MQ=255) ccATGTTCACCGGGGGGGGTAATGCTTTCAGATCGGGCGAAAACTCCAGACCTTTATCGGTTTCAGTAATGGTGACGCTACCAATTGACTGCCCTACCCCTTGCGACGTGACGAGGTTCATCTCGACTTTTTCACTGGCa > 1:865532/1‑140 (MQ=255) aTGTTCACCGGGGGGGGTAATGCTTTCAGATCGGGCGAAAACTCCAGACCTTTATCGGTTTCAGTAATGGTGACGCTACCAATTGACTGCCCTACCCCTTGCGACGTGACGAGGTTCATCTCGACTTTTTCACTGGCAGc > 2:848114/1‑140 (MQ=255) aTGTTCACCG‑GGGGGGTAATGCTTTCAGATCGGGCGAAAACTCCAGACCTTTATCGGTTTCAGTAATGGTGACGCTACCAATTGACTGCCCTACCCCTTGCGACGTGACGAGGTTCATCTCGACTTTTTCACTGGCAGCt > 2:160165/1‑140 (MQ=255) || TGGCCCTTCATGTTTACCGGTATTTTGTGGATCAAGATGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCAGCTTCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCATGTTCACC‑‑GGGGGGTAATGCTTTCAGATCGGGCGAAAACTCCAGACCTTTATCGGTTTCAGTAATGGTGACGCTACCAATTGACTGCCCTACCCCTTGCGACGTGACGAGGTTCATCTCGACTTTTTCACTGGCAGCT > NC_000913/1724344‑1724602 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |