| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 570,520 | T→C | intergenic (+92/‑373) | ybcK → / → ybcL | DLP12 prophage; putative recombinase/DLP12 prophage; periplasmic protein YbcL |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 570,520 | 0 | T | C | 98.8% | 284.2 / ‑4.5 | 82 | intergenic (+92/‑373) | ybcK/ybcL | DLP12 prophage; putative recombinase/DLP12 prophage; periplasmic protein YbcL |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (42/39); total (42/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.88e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.00e-01 | |||||||||||
GATAAGTGCTCTCAAATATATGGTTGATGGTGAGATTTATTTCTAAATAATGATCTCGGATTTTAAGTTATGCTATGGTGATAAAGTGCAAGACAGAATTAATTATCTTTGACGAAACTTAATGGGTAATTACTTTGTTTGCTCCCACAAGCGAGTTTTGTACGGCTGTATTGGGGTAGTAAATGAGCTATACAATCTTAATCATTTGTTAGGTGAGAACTCTTGGTCGCAGATTCAAATACTGAAAATACGTGACAAATTATTATGAGCAAA > NC_000913/570383‑570655 | gATAAGTGCTCTCAAATATATGGTTGATGGTGAGATTTATTTCTAAATAATGATCTCGGATTTTAAGTTATGCTATGGTGATAAAGTGCAAGACAGAATTAATTATCTTTGACGAAACTTAATGGGTAATTACtttgctt > 2:934720/1‑140 (MQ=255) aaaTATATGGTTGATGGTGAGATTTATTTCTAAATAATGATCTCGGATTTTAAGTTATGCTATGGTGATAAAGTGCAAGACAGAATTAATTATCTTTGACGAAACTTAATGGGTAATTACTTTGCTTGCTCCCACAAGCg < 2:125658/140‑1 (MQ=255) aaaTATATGGTTGATGGTGAGATTTATTTCTAAATAATGATCTCGGATTTTAAGTTATGCTATGGTGATAAAGTGCAAGACAGAATTAATTATCTTTGACGAAACTTAATGGGTAATTACTTTGCTTGCTCCCACAAGCg < 2:245483/140‑1 (MQ=255) ggTTGATGGTGAGATTTATTTCTAAATAATGATCTCGGATTTTAAGTTATGCTATGGTGATAAAGTGCAAGACAGAATTAATTATCTTTGACGAAACTTAATGGGTAATTACTTTGCTTGCTCCCACAAGCGAGTTTTGt > 2:1106517/1‑140 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |