| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_000913 | 150,470 | A→G | S162P (TCC→CCC) | yadC ← | fimbrial tip‑adhesin YadC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 150,470 | 0 | A | G | 99.2% | 451.3 / ‑4.7 | 128 | S162P (TCC→CCC) | yadC | fimbrial tip‑adhesin YadC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (60/67); total (61/67) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.77e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.92e-01 | |||||||||||
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
TTAAGTGTAGGATCGAAATTAGTATCTGTATAAAATTCAACAGTTATGTTGTGTACTATACCACCAATAGCCCAAAACTTATCGTAGTCGTCTGCTTTGTTGCAACCCTTAGTTTGTAGATCGCTGTCTGTGACGGAAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGACCAGGAACAGATGTATTAAAT > NC_000913/150334‑150603 | ttAAGTGTAGGATCGAAATTAGTATCTGTATAAAATTCAACAGTTATGTTGTGTACTATACCACCAATAGCCCAAAACTTATCGTAGTCGTCTGCTTTGTTGCAACCCTTAGTTTGTAGATCGCTGTCTGTGACGggaaa > 2:455170/1‑140 (MQ=255) aGTGTAGGATCGAAATTAGTATCTGTATAAAATTCAACAGTTATGTTGTGTACTATACCACCAATAGCCCAAAACTTATCGTAGTCGTCTGCTTTGTTGCAACCCTTAGTTTGTAGATCGCTGTCTGTGACGggaaagaa < 1:1057332/140‑1 (MQ=255) gATCGAAATTAGTATCTGTATAAAATTCAACAGTTATGTTGTGTACTATACCACCAATAGCCCAAAACTTATCGTAGTCGTCTGCTTTGTTGCAACCCTTAGTTTGTAGATCGCTGTCTGTGACGGGAAAGAAAAATTCt > 1:724155/1‑140 (MQ=255) cGAAATTAGTATCTGTATAAAATTCAACAGTTATGTTGTGTACTATACCACCAATAGCCCAAAACTTATCGTAGTCGTCTGCTTTGTTGCAACCCTTAGTTTGTAGATCGCTGTCTGTGACGGGAAAGAAAAATTCttgg < 1:1031823/140‑1 (MQ=255) aaaTTAGTATCTGTATAAAATTCAACAGTTATGTTGTGTACTATACCACCAATAGCCCAAAACTTATCGTAGTCGTCTGCTTTGTTGCAACCCTTAGTTTGTAGATCGCTGTCTGTGACGGGAAAGAAAAATTCttggtt > 1:533027/1‑140 (MQ=255) aaaTTAGTATCTGTATAAAATTCAACAGTTATGTTGTGTACTATACCACCAATAGCCCAAAACTTATCGTAGTCGTCTGCTTTGTTGCAACCCTTAGTTTGTAGATCGCTGTCTGTGACGGGAAAGAAAAATTCttggtt > 2:1058465/1‑140 (MQ=255) gTATCTGTATAAAATTCAACAGTTATGTTGTGTACTATACCACCAATAGCCCAAAACTTATCGTAGTCGTCTGCTTTGTTGCAACCCTTAGTTTGTAGATCGCTGTCTGTGACGGGAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAAgg < 1:967429/140‑1 (MQ=255) tGTATAAAATTCAACAGTTATGTTGTGTACTATACCACCAATAGCCCAAAACTTATCGTAGTCGTCTGCTTTGTTGCAACCCTTAGTTTGTAGATCGCTGTCTGTGACGGGAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAAGGAtctc > 1:1016489/1‑140 (MQ=255) tGTATAAAATTCAACAGTTATGTTGTGTACTATACCACCAATAGCCCAAAACTTATCGTAGTCGTCTGCTTTGTTGCAACCCTTAGTTTGTAGATCGCTGTCTGTGACGGGAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAAGGAtctc > 1:636346/1‑140 (MQ=255) tGTATAAAATTCAACAGTTATGTTGTGTACTATACCACCAATAGCCCAAAACTTATCGTAGTCGTCTGCTTTGTTGCAACCCTTAGTTTGTAGATCGCTGTCTGTGACGGGAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAAGGAtct < 2:191522/139‑1 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aCCCTTAGTTTGTAGATCGCTGTCTGTGACGGGAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATGgt > 2:837968/1‑135 (MQ=255) aCCCTTAGTTTGTAGATCGCTGTCTGTGACGGGAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATGgt < 1:837968/135‑1 (MQ=255) aCCCTTAGTTTGTAGATCGCTGTCTGTGACGGGAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATGGTGTAAt > 1:32334/1‑140 (MQ=255) cccTTAGTTTGTAGATCGCTGTCTGTGACGGGAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATGGTGTAATa < 2:647732/140‑1 (MQ=255) cccTTAGTTTGTAGATCGCTGTCTGTGACGGGAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATGGTGTAATa < 2:612733/140‑1 (MQ=255) ccTTAGTTTGTAGATCGCTGTCTGTGACGGGAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATGGTGTAATAc < 1:331164/140‑1 (MQ=255) aGTTTGTAGATCGCTGTCTGTGACGGGAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGAc > 1:686436/1‑140 (MQ=255) tAGATCGCTGTCTGTGACGGGAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGa < 1:570221/133‑1 (MQ=255) tAGATCGCTGTCTGTGACGGGAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGa > 2:570221/1‑133 (MQ=255) tAGATCGCTGTCTGTGACGGGAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGACCAGGaa > 1:738894/1‑140 (MQ=255) aGATCGCTGTCTGTGACGGAAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGACCAGGAAc > 1:459545/1‑140 (MQ=255) cGCTGTCTGTGACGGGAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGACCAGGAACAGAt < 2:32334/140‑1 (MQ=255) gCTGTCTGTGACGGGAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGACCAGGAACAg > 2:903632/1‑137 (MQ=255) gCTGTCTGTGACGGGAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGACCAGGAACAg < 1:903632/137‑1 (MQ=255) tgtctgtGACGGGAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGAcc > 2:517187/1‑127 (MQ=255) tgtctgtGACGGGAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGAcc < 1:517187/127‑1 (MQ=255) tgtctgtGACGGGAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGACCAGGAACAGATGTa < 1:357336/140‑1 (MQ=255) gtgACGGGAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGACCAGGAACAGATGTATTaaa < 1:826593/140‑1 (MQ=255) tgACGGGAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGACCAGGAACAGATGTATTAAAt < 2:738894/140‑1 (MQ=255) | TTAAGTGTAGGATCGAAATTAGTATCTGTATAAAATTCAACAGTTATGTTGTGTACTATACCACCAATAGCCCAAAACTTATCGTAGTCGTCTGCTTTGTTGCAACCCTTAGTTTGTAGATCGCTGTCTGTGACGGAAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGACCAGGAACAGATGTATTAAAT > NC_000913/150334‑150603 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |