Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 3,551,116 | +G | coding (1358/2394 nt) | malP ← | maltodextrin phosphorylase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,551,112 | 1 | . | G | 97.2% | 121.2 / ‑3.1 | 36 | coding (1362/2394 nt) | malP | maltodextrin phosphorylase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/1); new base G (22/13); total (22/14) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.89e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.79e-01 |
GCTGACGGAATTTCGCATCATCAGCGAATTTTTCCAGATTGATCAGCTGATCGAGATCGTTAGCCCACTCTTTTTGCAGTGATTTATCCAACAGAGCCGCCAGTGCCGGGTTGCACTGTTTGATCCAGCGACGT‑GGGGTAATACCGTTGGTGACGTTATGGAATTTGTTCGGCCATAGCTGGTGATATTCCGGGAACAGATCTTTCACCACCAGATCCGAGTGCAGCGCCGCAACACCGTTCACCGCGAAACCGCCAACCACACACA > NC_000913/3550979‑3551245 | gCTGACGGAATTTCGCATCATCAGCGAATTTTTCCAGATTGATCAGCTGATCGAGATCGTTAGCCCACTCTTTTTGCAGTGATTTATCCAACAGAGCCGCCAGTGCCGGGTTGCACTGTTTGATCCAGCGACGT‑gggggt < 1:797770/140‑3 (MQ=255) cTGACGGAATTTCGCATCATCAGCGAATTTTTCCAGATTGATCAGCTGATCGAGATCGTTAGCCCACTCTTTTTGCAGTGATTTATCCAACAGAGCCGCCAGTGCCGGGTTGCACTGTTTGATCCAGCGACGt > 2:162897/1‑133 (MQ=255) cTGACGGAATTTCGCATCATCAGCGAATTTTTCCAGATTGATCAGCTGATCGAGATCGTTAGCCCACTCTTTTTGCAGTGATTTATCCAACAGAGCCGCCAGTGCCGGGTTGCACTGTTTGATCCAGCGACGt < 1:162897/133‑1 (MQ=255) cTGACGGAATTTCGCATCATCAGCGAATTTTTCCAGATTGATCAGCTGATCGAGATCGTTAGCCCACTCTTTTTGCAGTGATTTATCCAACAGAGCCGCCAGTGCCGGGTTGCACTGTTTGATCCAGCGACGT‑GGGGTaa < 2:424209/140‑1 (MQ=255) ggAATTTCGCATCATCAGCGAATTTTTCCAGATTGATCAGCTGATCGAGATCGTTAGCCCACTCTTTTTGCAGTGATTTATCCAACAGAGCCGCCAGTGCCGGGTTGCACTGTTTGATCCAGCGACGTGGGGGTAATAcc > 2:299477/1‑140 (MQ=255) cGCATCATCAGCGAATTTTTCCAGATTGATCAGCTGATCGAGATCGTTAGCCCACTCTTTTTGCAGTGATTTATCCAACAGAGCCGCCAGTGCCGGGTTGCACTGTTTGATCCAGCGACGTGGGGGTAATACCGTTGGTg < 2:499403/140‑1 (MQ=255) atcaGCGAATTTTTCCAGATTGATCAGCTGATCGAGATCGTTAGCTCACTCTTTTTGCAGTGATTTATCCAACAGAGCCGCCAGTGCCGGGTTGCACTGTTTGATCCAGCGACGTGGGGGTAATACCGTTGGTGACGTTa < 2:888387/140‑1 (MQ=255) tttttCCAGATTGATCAGCTGATCGAGATCGTTAGCCCACTCTTTTTGCAGTGATTTATCCAACAGAGCCGCCAGTGCCGGGTTGCACTGTTTGATCCAGCGACGTGGGGGTAATACCGTTGGTGACGTTATGGAATTTg > 2:750887/1‑140 (MQ=255) cGAGATCGTTAGCCCACTCTTTTTGCAGTGATTTATCCAACAGAGCCGCCAGTGCCGGGTTGCACTGTTTGATCCAGCGACGTGGGGGTAATACCGTTGGTGACGTTATGGAATTTGTTCGGCCATAGCTGGTGATATTc > 2:339316/1‑140 (MQ=255) ttAGCCCACTCTTTTTGCAGTGATTTATCCAACAGAGCCGCCAGTGCCGGGTTGCACTGTTTGATCCAGCGACGTGGGGGTAATACCGTTGGTGACGTTATGGAATTTGTTCGGCCATAGCTGGTGATATTCCGGGAACa > 2:545705/1‑140 (MQ=255) cccACTCTTTTTGCAGTGATTTATCCAACAGAGCCGCCAGTGCCGGGTTGCACTGTTTGATCCAGCGACGTGGGGGTAATACCGTTGGTGACGTTATGGAATTTGTTCGGCCATAGCTGGTGATATTCCGGGAACAGATc > 1:328376/1‑140 (MQ=255) aCTCTTTTTGCAGTGATTTATCCAACAGAGCCGCCAGTGCCGGGTTGCACTGTTTGATCCAGCGACGTGGGGGTAATACCGTTGGTGACGTTATGGAATTTGTTCGGCCATAGCTGGTGATATTCCGGGAACAGATCttt < 1:54319/140‑1 (MQ=255) ctctTTTTGCAGTGATTTATCCAACAGAGCCGCCAGTGCCGGGTTGCACTGTTTGATCCAGCGACGTGGGGGTAATACCGTTGGTGACGTTATGGAATTTGTTCGGCCATAGCTGGTGATATTCCGGGAACAGATCTTTc < 1:545705/140‑1 (MQ=255) ctctTTTTGCAGTGATTTATCCAACAGAGCCGCCAGTGCCGGGTTGCACTGTTTGATCCAGCGACGTGGGGGTAATACCGTTGGTGACGTTATGGAATTTGTTCGGCCATAGCTGGTGATATTCCGGGAACAGATCTTTc > 2:648396/1‑140 (MQ=255) ctTTTTGCAGTGATTTATCCAACAGAGCCGCCAGTGCCGGGTTGCACTGTTTGATCCAGCGACGTGGGGGTAATACCGTTGGTGACGTTATGGAATTTGTTCGGCCATAGCTGGTGATATTCCGGGAACAGATCTTTcac < 1:648396/140‑1 (MQ=255) gTGATTTATCCAACAGAGCCGCCAGTGCCGGGTTGCACTGTTTGATCCAGCGACGTGGGGGTAATACCGTTGGTGACGTTATGGAATTTGTTCGGCCATAGCTGGTGATATTCCGGGAACAGATCTTTcacca > 2:887414/1‑133 (MQ=255) gTGATTTATCCAACAGAGCCGCCAGTGCCGGGTTGCACTGTTTGATCCAGCGACGTGGGGGTAATACCGTTGGTGACGTTATGGAATTTGTTCGGCCATAGCTGGTGATATTCCGGGAACAGATCTTTcacca < 1:887414/133‑1 (MQ=255) gTGATTTATCCAACAGAGCCGCCAGTGCCGGGTTGCACTGTTTGATCCAGCGACGTGGGGGTAATACCGTTGGTGACGTTATGGAATTTGTTCGGCCATAGCTGGTGATATTCCGGGAACAGATCTTTc > 1:892856/1‑129 (MQ=255) gTGATTTATCCAACAGAGCCGCCAGTGCCGGGTTGCACTGTTTGATCCAGCGACGTGGGGGTAATACCGTTGGTGACGTTATGGAATTTGTTCGGCCATAGCTGGTGATATTCCGGGAACAGATCTTTc < 2:892856/129‑1 (MQ=255) gTGATTTATCCAACAGAGCCGCCAGTGCCGGGTTGCACTGTTTGATCCAGCGACGTGGGGGTAATACCGTTGGTGACGTTATGGAATTTGTTCGGCCATAGCTGGTGATATTCCGGGAACAGATCTTTCACCACCAGATc > 1:212696/1‑140 (MQ=255) gTGATTTATCCAACAGAGCCGCCAGTGCCGGGTTGCACTGTTTGATCCAGCGACGTGGGGGTAATACCGTTGGTGACGTTATGGAATTTGTTCGGCCATAGCTGGTGATATTCCGGGAACAGATCTTTCACCACCAGATc > 1:149622/1‑140 (MQ=255) gTGATTTATCCAACAGAGCCGCCAGTGCCGGGTTGCACTGTTTGATCCAGCGACGTGGGGGTAATACCGTTGGTGACGTTATGGAATTTGTTCGGCCATAGCTGGTGATATTCCGGGAACAGATCTTTCACCACCAGATc > 1:128214/1‑140 (MQ=255) aTTTATCCAACAGAGCCGCCAGTGCCGGGTTGCACTGTTTGATCCAGCGACGTGGGGGTAATACCGTTGGTGACGTTATGGAATTTGTTCGGCCATAGCTGGTGATATTCCGGGAACAGATCTTTCACCACCAGATCCGa > 1:379637/1‑140 (MQ=255) cAGAGCCGCCAGTGCCGGGTTGCACTGTTTGATCCAGCGATGTGGGGGTAATACCGTTGGTGACGTTATGGAATTTGTTCGGCCATAGCTGGTGATATTCCGGGAACAGATCTTTCACCACCAGATCCGAGTGCAgcg < 2:899808/138‑1 (MQ=255) cAGAGCCGCCAGTGCCGGGTTGCACTGTTTGATCCAGCGACGTGGGGGTAATACCGTTGGTGACGTTATGGAATTTGTTCGGCCATAGCTGGTGATATTCCGGGAACAGATCTTTCACCACCAGATCCGAGTGCAgcg > 1:899808/1‑138 (MQ=255) cAGAGCCGCCAGTGCCGGGTTGCACTGTTTGATCCAGCGACGTGGGGGTAATACCGTTGGTGACGTTATGGAATTTGTTCGGCCATAGCTGGTGATATTCCGGGAACAGATCTTTCACCACCAGATCCGAGTGCAGcgcc > 2:101044/1‑140 (MQ=255) cAGAGCCGCCAGTGCCGGGTTGCACTGTTTGATCCAGCGACGTGGGGGTAATACCGTTGGTGACGTTATGGAATTTGTTCGGCCATAGCTGGTGATATTCCGGGAACAGATCTTTCACCACCAGATCCGAGTGCAGcgcc > 2:721260/1‑140 (MQ=255) cAGAGCCGCCAGTGCCGGGTTGCACTGTTTGATCCAGCGACGTGGGGGTAATACCGTTGGTGACGTTATGGAATTTGTTCGGCCATAGCTGGTGATATTCCGGGAACAGATCTTTCACCACCAGATCCGAGTGCAGcgcc < 1:299477/140‑1 (MQ=255) agCCGCCAGTGCCGGGTTGCACTGTTTGATCCAGCGACGTGGGGGTAATACCGTTGGTGACGTTATGGAATTTGTTCGGCCATAGCTGGTGATATTCCGGGAACAGATCTTTCACAACCAGATTCGAGTGCAg < 2:432844/133‑1 (MQ=255) agCCGCCAGTGCCGGGTTGCACTGTTTGATCCAGCGACGTGGGGGTAATACCGTTGGTGACGTTATGGAATTTGTTCGGCCATAGCTGGGGATATTCCGGGAACAGATCTTTCACCACCAGATTCGAGTGCAg > 1:432844/1‑133 (MQ=255) ccgccAGTGCCGGGTTGCACTGTTTGATCCAGCGACGTGGGGGTAATACCGTTGGTGACGTTATGGAATTTGTTCGGCCATAGCTGGTGATATTCCGGGAACAGATCTTTCACCACCAGATCCGAGTGCAGCGCCGCAac > 1:866046/1‑140 (MQ=255) ccgccAGTGCCGGGTTGCACTGTTTGATCCAGCGACGTGGGGGTAATACCGTTGGTGACGTTATGGAATTTGTTCGGCCATAGCTGGTGATATTCCGGGAACAGATCTTTCACCACCAGATCCGAGTGCAGCGCCGCAac > 1:233257/1‑140 (MQ=255) cgccAGTGCCGGGTTGCACTGTTTGATCCAGCGACGTGGGGGTAATACCGTTGGTGACGTTATGGAATTTGTTCGGCCATAGCTGGTGATATTCCGGGAACAGATCTTTCACCACCAGATCCGAGTGCAGCGCCGCAaca < 1:101044/140‑1 (MQ=255) cACTGTTTGATCCAGCGACGTGGGGGTAATACCGTTGGTGACGTTATGGAATTTGTTCGGCCATAGCTGGTGATATTCCGGGAACAGATCTTTCACCACCAGATCCGAGTGCAGCGCCGCAACACCGTTCACCGCGAAAc > 1:207749/1‑140 (MQ=255) tGTTTGATCCAGCGACGTGGGGGTAATACCGTTGGTGACGTTATGGAATTTGTTCGGCCATAGCTGGTGATATTCCGGGAACAGATCTTTCACCACCAGATCCGAGTGCAGCGCCGCAACACCGTTCACCGCGAAACCGc < 2:379637/140‑1 (MQ=255) gTTTGATCCAGCGACGTGGGGGTAATACCGTTGGTGACGTTATGGAATTTGTTCGGCCATAGCTGGTGATATTCCGGGAACAGATCTTTCACCACCAGATCCGAGTGCAGCGCCGCAACACCGTTCACCGCGAAACCGcc < 2:207749/140‑1 (MQ=255) ttGATCCAGCGACGTGGGGGTAATACCGTTGGTGACGTTATGGAATTTGTTCGGCCATAGCTGGTGATATTCCGGGAACAGATCTTTCACCACCAGATCCGAGTGCAGCGCCGCAACACCGTTCACCGCGAAACCGCCaa < 1:750887/140‑1 (MQ=255) aGCGACGTGGGGGTAATACCGTTGGAGACGTTATGGGATTTGTTCGGCCATAGCAGGTGATATTCCGGGAACAGATCTTTCACTACCAGATCCGAGTGCAGCGCCGCAACACCGTTCACCGCGAAACCACCAACcacaca > 2:153080/1‑140 (MQ=255) cGACGTGGGGGTAATACCGTTGGTGACGTTATGGAATTTGTTCGGCCATAGCTGGTGATATTCCGGGAACAGATCTTTCACCACCAGATCCGAGTGCAGCGCCGCAACACCGTTCACCGCGAAACCGCCAACcacacaca > 2:27335/1‑140 (MQ=255) cGACGTGGGGGTAATACCGTTGGTGACGTTATGGAATTTGTTCGGCCATAGCTGGTGATATTCCGGGAACAGATCTTTCACCACCAGATCCGAGTGCAGCGCCGCAACACCGTTCACCGCGAAACCGCCAACcacacaca > 1:14988/1‑140 (MQ=255) | GCTGACGGAATTTCGCATCATCAGCGAATTTTTCCAGATTGATCAGCTGATCGAGATCGTTAGCCCACTCTTTTTGCAGTGATTTATCCAACAGAGCCGCCAGTGCCGGGTTGCACTGTTTGATCCAGCGACGT‑GGGGTAATACCGTTGGTGACGTTATGGAATTTGTTCGGCCATAGCTGGTGATATTCCGGGAACAGATCTTTCACCACCAGATCCGAGTGCAGCGCCGCAACACCGTTCACCGCGAAACCGCCAACCACACACA > NC_000913/3550979‑3551245 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |