| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,906,596 | (A)7→8 | intergenic (‑29/+257) | bglG ← / ← phoU | transcriptional antiterminator BglG/negative regulator of the pho regulon |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,906,589 | 1 | . | A | 98.0% | 173.8 / ‑3.4 | 50 | intergenic (‑22/+264) | bglG/phoU | transcriptional antiterminator BglG/negative regulator of the pho regulon |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/1); new base A (24/25); total (24/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.27e-01 | |||||||||||
TTCGCCAGCGCGTTTTTGAAAGCCAATTCCGCGCCCCATGACGACTTTTTCCCGCTGTTGATCATCAATAACCACCACAACATTATTGTTGAGAATTTTGGTGATTTGCATGTTCATAGCAAGGACCTTTTTTATAAAC‑AAAAAAACCCGACTTCACCAGTATTCTCTGGTTATGTCAGGTTTTGCCTGCGAATGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGTGCAGA > NC_000913/3906451‑3906722 | ttCGCCAGCGCGTTTTTGAAAGCCAATTCCGCGCCCCATGACGACTTTTTCCCGCTGTTGATCATCAATAACCACCACAACATTATTGTTGAGAATTTTGGTGATTTGCATGTTCATAGCAAGGACCTTTTTTATAAAC‑a > 1:89986/1‑140 (MQ=255) gCCAGCGCGTTTTTGAAAGCCAATTCCGCGCCCCATGACGACTTTTTCCCGCTGTTGATCATCAATAACCACCACAACATTATTGTTGAGAATTTTGGTGATTTGCATGTTCATAGCAAGGACCTTTTTTATAAAC‑aaaa < 2:317414/140‑1 (MQ=255) aGCGCGTTTTTGAAAGCCAATTCCGCGCCCCATGACGACTTTTTCCCGCTGTTGATCATCAATAACCACCACAACATTATTGTTGAGAATTTTGGTGATTTGCATGTTCATAGCAAGGACCTTTTTTATAAAC‑aaaaaaa > 2:275934/1‑140 (MQ=255) aGCGCGTTTTTGAAAGCCAATTCCGCGCCCCATGACGACTTTTTCCCGCTGTTGATCATCAATAACCACCACAACATTATTGTTGAGAATTTTGGTGATTTGCATGTTCATAGCAAGGACCTTTTTTATAAAC‑aaaaaaa > 2:144015/1‑140 (MQ=255) cgcgTTTTTGAAAGCCAATTCCGCGCCCCATGACGACTTTTTCCCGCTGTTGATCATCAATAACCACCACAACATTATTGTTGAGAATTTTGGTGATTTGCATGTTCATAGCAAGGACCTTTTTTATAAAC‑aaaaaaaac < 2:513814/140‑3 (MQ=255) cgcgTTTTTGAAAGCCAATTCCGCGCCCCATGACGACTTTTTCCCGCTGTTGATCATCAATAACCACCACAACATTATTGTTGAGAATTTTGGTGATTTGCATGTTCATAGCAAGGACCTTTTTTATAAAC‑aaaaaaaac < 2:6207/140‑3 (MQ=255) cgTTTTTGAAAGCCAATTCCGCGCCCCATGACGACTTTTTCCCGCTGTTGATCATCAATAACCACCACAACATTATTGTTGAGAATTTTGGTGATTTGCATGTTCATAGCAAGGACCTTTTTTATAAAC‑AAAAAAAaccc < 1:274661/140‑2 (MQ=255) ttttGAAAGCCAATTCCGCGCCCCATGACGACTTTTTCCCGCTGTTGATCATCAATAACCACCACAACATTATTGTTGAGAATTTTGGTGATTTGCATGTTCATAGCAAGGACCTTTTTTATAAACAAAAAAAACCCGAc < 2:826059/140‑1 (MQ=255) ttGAAAGCCAATTCCGCGCCCCATGACGACTTTTTCCCGCTGTTGATCATCAATAACCACCACAACATTATTGTTGAGAATTTTGGTGATTTGCATGTTCATAGCAAGGACCTTTTTTATAAACAAAAAAAACCCGACtt < 2:876208/140‑1 (MQ=255) cAATTCCGCGCCCCATGACGACTTTTTCCCGCTGTTGATGATCTATAACCACCACAACATTATTGTTGAGAATTTTGGTGATTTGCATGTTCATAGCAAGGACCTTTTTTATAAACAAAAAAAACCCGACTTCACCAGTa < 2:667964/140‑1 (MQ=255) cAATTCCGCGCCCCATGACGACTTTTTCCCGCTGTTGATCATCAATAACCACCACAACATTATTGTTGAGAATTTTGGTGATTTGCATGTTCATAGCAAGGACCTTTTTTATAAACAAAAAAAACCCGACTTCACCAGTa < 1:275934/140‑1 (MQ=255) cAATTCCGCGCCCCATGACGACTTTTTCCCGCTGTTGATCATCAATAACCACCACAACATTATTGTTGAGAATTTTGGTGATTTGCATGTTCATAGCAAGGACCTTTTTTATAAACAAAAAAAACCCGACTTCACCAGTa < 1:144015/140‑1 (MQ=255) cAATTCCGCGCCCCATGACGACTTTTTCCCGCTGTTGATCATCAATAACCACCACAACATTATTGTTGAGAATTTTGGTGATTTGCATGTTCATAGCAAGGACCTTTTTTATAAACAAAAAAAACCCGACTTCACCAGTa < 1:127825/140‑1 (MQ=255) cAATTCCGCGCCCCATGACGACTTTTTCCCGCTGTTGATCATCAATAACCACCACAACATTATTGTTGAGAATTTTGGTGATTTGCATGTTCATAGCAAGGACCTTTTTTATAAACAAAAAAAACCCGACTTCACCAGTa < 1:789157/140‑1 (MQ=255) tCCGCGCCCCATGACGACTTTTTCCCGCTGTTGATCATCAATAACCACCACAACATTATTGTTGAGAATTTTGGTGATTTGCATGTTCATAGCAAGGACCTTTTTTATAAACAAAAAAAACCCGACTTCACCAGTATtct < 2:47786/140‑1 (MQ=255) gcgcCCCATGACGACTTTTTCCCGCTGTTGATCATCAATAACCACCACAACATTATTGTTGAGAATTTTGGTGATTTGCATGTTCATAGCAAGGACCTTTTTTATAAACAAAAAAAACCCGACTTCACCAGTATTCTCTg < 2:869821/140‑1 (MQ=255) gcCCCATGACGACTTTTTCCCGCTGTTGATCATCAATAACCACCACAACATTATTGTTGAGAATTTTGGTGATTTGCATGTTCATAGCAAGGACCTTTTTTATAAACAAAAAAAACCCGACTTCACCAGTATTCTCTGGt > 2:366342/1‑140 (MQ=255) cTTTTTCCCGCTGTTGATCATCAATAACCACCACAACATTATTGTTGAGAATTTTGGTGATTTGCATGTTCATAGCAAGGACCTTTTTTATAAACAAAAAAAACCCGACTTCACCAGTATTCTCTGGTTATGTCAGGttt < 2:538520/140‑1 (MQ=255) gCTGTTGATCATCAATAACCACCACAACATTATTGTTGAGAATTTTGGTGATTTGCATGTTCATAGCAAGGACCTTTTTTATAAACAAAAAAAACCCGACTTCACCAGTATTCTCTGGTTATGTCAGGTTTTGCCTGCGa > 1:75510/1‑140 (MQ=255) cTGTTGATCATCAATAACCACCACAACATTATTGTTGAGAATTTTGGTGATTTGCATGTTCATAGCAAGGACCTTTTTTATAAACAAAAAAAACCCGACTTCACCAGTATTCTCTGGTTATGTCAGGTTTTGCCTGCGaa < 2:75510/140‑1 (MQ=255) tGTTGATCATCAATAACCACCACAACATTATTGTTGAGAATTTTGGTGATTTGCATGTTCATAGCAAGGACCTTTTTTATAAACAAAAAAAACCCGACTTCACCAGTATTCTCTGGTTATGTCAGGTTTTGCCTGCGAAt > 1:331643/1‑140 (MQ=255) gTTGATCATCAATAACCACCACAACATTATTGTTGAGAATTTTGGTGATTTGCATGTTCATAGCAAGGACCTTTTTTATAAACAAAAAAAACCCGACTTCACCAGTATTCTCTGGTTATGTCAGGTTTTGCCTGCGAATg < 1:403116/140‑1 (MQ=255) gTTGATCATCAATAACCACCACAACATTATTGTTGAGAATTTTGGTGATTTGCATGTTCATAGCAAGGACCTTTTTTATAAACAAAAAAAACCCGACTTCACCAGTATTCTCTGGTTATGTCAGGTTTTGCCTGCGAATg < 1:366342/140‑1 (MQ=255) caATAACCACCACAACATTATTGTTGAGAATTTTGGTGATTTGCATGTTCATAGCAAGGACCTTTTTTATAAACAAAAAAAACCCGACTTCACCAGTATTCTCTGGTTATGTCAGGTTTTGCCTGCGAATGCAGTAACaa > 1:377773/1‑140 (MQ=255) aTAACCACCACAACATTATTGTTGAGAATTTTGGTGATTTGCATGTTCATAGCAAGGACCTTTTTTATAAACAAAAAAAACCCGACTTCACCAGTATTCTCTGGTTATGTCAGGTTTTGCCTGCGAATGCAGTAACAATc < 2:377773/140‑1 (MQ=255) ccaccaCAACATTATTGTTGAGAATTTTGGTGATTTGCATGTTCATAGCAAGGACCTTTTTTATAAACAAAAAAAACCCGACTTCACCAGTATTCTCTGGTTATGTCAGGTTTTGCCTGCGAATGCAGTAACAATCCAGt > 1:520822/1‑140 (MQ=255) cacaACATTATTGTTGAGAATTTTGGTGATTTGCATGTTCATAGCAAGGACCTTTTTTATAAACAAAAAAAACCCGACTTCACCAGTATTCTCTGGTTATGTCAGGTTTTGCCTGCGAATGCAGTAACAATCCAGTCAtt > 1:770536/1‑140 (MQ=255) cacaACATTATTGTTGAGAATTTTGGTGATTTGCATGTTCATAGCAAGGACCTTTTTTATAAACAAAAAAAACCCGACTTCACCAGTATTCTCTGGTTATGTCAGGTTTTGCCTGCGAATGCAGTAACAATCCAGTCAtt > 2:90211/1‑140 (MQ=255) caTTATTGTTGAGAATTTTGGTGATTTGCATGTTCATAGCAAGGACCTTTTTTATAAACAAAAAAAACCCGACTTCACCAGTATTCTCTGGTTATGTCAGGTTTTGCCTGCGAATGCAGTAACAATCCAGTCATttatta > 1:777531/1‑140 (MQ=255) attattGTTGAGAATTTTGGTGATTTGCATGTTCATAGCAAGGACCTTTTTTATAAACAAAAAAAACCCGACTTCACCAGTATTCTCTGGTTATGTCAGGTTTTGCCTGCGAATGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTaa > 2:82953/1‑140 (MQ=255) ttattGTTGAGAATTTTGGTGATTTGCATGTTCATAGCAAGGACCTTTTTTATAAACAAAAAAAACCCGACTTCACCAGTATTCTCTGGTTATGTCAGGTTTTGCCTGCGAATGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAAt > 1:349375/1‑140 (MQ=255) gttgAGAATTTTGGTGATTTGCATGTTCATAGCAAGGACCTTTTTTATAAACAAAAAAAACCCGACTTCACCAGTATTCTCTGGTTATGTCAGGTTTTGCCTGCGAATGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGttt < 2:144658/140‑1 (MQ=255) ttgAGAATTTTGGTGATTTGCATGTTCATAGCAAGGACCTTTTTTATAAACAAAAAAAACCCGACTTCACCAGTATTCTCTGGTTATGTCAGGTTTTGCCTGCGAATGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGtttt > 1:710645/1‑140 (MQ=255) atgAGCATTTTGGTGATTTGCATGTTCCTATCAAGGACGTTTTTTATAAAC‑ACAAAAACCCGACTTCACCAGTCTTCCCTGGTTATGTCAGGTTTTGCCTGCGAATGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGttttt > 2:403464/2‑140 (MQ=255) gagaATTTTGGTGATTTGCATGTTCATAGCAAGGGCCTTTTTTATAAACAAAAAAAACCCGACTTCACCAGTATTCTCTGGTTATGTCAGGTTTTGCCTGCGAATGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTta > 2:852289/1‑140 (MQ=255) agaATTTTGGTGATTTGCATGTTCATAGCAAGGACCTTTTTTATAAACAAAAAAAACCCGACTTCACCAGTATTCTCTGGTTATGTCAGGTTTTGCCTGCGAATGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTtat > 2:467652/1‑140 (MQ=255) aTTTTGGTGATTTGCATGTTCATAGCAAGGACCTTTTTTATAAACAAAAAAAACCCGACTTCACCAGTATTCTCTGGTTATGTCAGGTTTTGCCTGCGAATGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAAc < 2:252817/140‑1 (MQ=255) ttttGGTGATTTGCATGTTCATAGCAAGGACCTTTTTTATAAACAAAAAAAACCCGACTTCACCAGTATTCTCTGGTTATGTCAGGTTTTGCCTGCGAATGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACg > 1:780548/1‑140 (MQ=255) tttGGTGATTTGCATGTTCATAGCAAGGACCTTTTTTATAAACAAAAAAAACCCGACTTCACCAGTATTCTCTGGTTATGTCAGGTTTTGCCTGCGAATGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGa < 2:540194/140‑1 (MQ=255) aTTTGCATGTTCATAGCAAGGACCTTTTTTATAAACAAAAAAAACCCGACTTCACCAGTATTCTCTGGTTATGTCAGGTTTTGCCTGCGAATGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCa > 2:707230/1‑140 (MQ=255) ttCATAGCAAGGACCTTTTTTATAAACAAAAAAAACCCGACTTCACCAGTATTCTCTGGTTATGTCAGGTTTTGCCTGCGAATGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGaa < 2:228727/140‑1 (MQ=255) ttCATAGCAAGGACCTTTTTTATAAACAAAAAAAACCCGACTTCACCAGTATTCTCTGGTTATGTCAGGTTTTGCCTGCGAATGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGaa < 2:520822/140‑1 (MQ=255) cATAGCAAGGACCTTTTTTATAAACAAAAAAAACCCGACTTCACCAGTATTCTCTGGTTATGTCAGGTTTTGCCTGCGAATGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAaat > 1:248065/1‑140 (MQ=255) cATAGCAAGGACCTTTTTTATAAACAAAAAAAACCCGACTTCACCAGTATTCTCTGGTTATGTCAGGTTTTGCCTGCGAATGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAaat > 1:10358/1‑140 (MQ=255) aGGACCTTTTTTATAAACAAAAAAAACCCGACTTCACCAGTATTCTCTGGTTATGTCAGGTTTTGCCTGCGAATGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAAttaattta > 1:526116/1‑140 (MQ=255) ggACCTTTTTTATAAACAAAAAAAACCCGACTTCACCAGTATTCTCTGGTTATGTCAGGTTTTGGCTGCGAATGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAAttaatttaa > 2:658157/1‑140 (MQ=255) ggACCTTTTTTATAAACAAAAAAAACCCGACTTCACCAGTATTCTCTGGTTATGTCAGGTTTTGCCTGCGAATGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGaa > 1:811661/1‑130 (MQ=255) ggACCTTTTTTATAAACAAAAAAAACCCGACTTCACCAGTATTCTCTGGTTATGTCAGGTTTTGCCTGCGAATGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGaa < 2:811661/130‑1 (MQ=255) ggACCTTTTTTATAAACAAAAAAAACCCGACTTCACCAGTATTCTCTGGTTATGTCAGGTTTTGCCTGCGAATGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAAttaatttaa > 2:628792/1‑140 (MQ=255) ggACCTTTTTTATAAACAAAAAAAACCCGACTTCACCAGTATTCTCTGGTTATGTCAGGTTTTGCCTGCGAATGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAAttaatttaa > 1:881471/1‑140 (MQ=255) gACCTTTTTTATAAACAAAAAAAACCCGACTTCACCAGTATTCTCTGGTTATGTCAGGTTTTGCCTGCGAATGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAAttaatttaat > 1:738807/1‑140 (MQ=255) aCCTTTTTTATAAACAAAAAAAACCCGACTTCACCAGTATTCTCTGGTTATGTCAGGTTTTGCCTGCGAATGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATtaatttaatt < 2:738807/140‑1 (MQ=255) tttttATAAACAAAAAAAACCCGACTTCACCAGTATTCTCTGGTTATGTCAGGTTTTGCCTGCGAATGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGt < 1:707230/140‑1 (MQ=255) ttttATAAACAAAAAAAACCCGACTTCACCAGTATTCTCTGGTTATGTCAGGTTTTGCCTGCGAATGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGTg > 1:306877/1‑140 (MQ=255) ttATAAACAAAAAAAACCCGACTTCACCAGTATTCTCTGGTTATGTCAGGTTTTGCCTGCGAATGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGTGCa < 1:628792/140‑1 (MQ=255) ttATAAACAAAAAAAACCCGACTTCACCAGTATTCTCTGGTTATGTCAGGTTTTGCCTGCGAATGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGTGCa < 2:490810/140‑1 (MQ=255) ataAACAAAAAAAACCCGACTTCACCAGTATTCTCTGGTTATGTCAGGTTTTGCCTGCGAATGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGTGCaga < 1:107573/140‑1 (MQ=255) | TTCGCCAGCGCGTTTTTGAAAGCCAATTCCGCGCCCCATGACGACTTTTTCCCGCTGTTGATCATCAATAACCACCACAACATTATTGTTGAGAATTTTGGTGATTTGCATGTTCATAGCAAGGACCTTTTTTATAAAC‑AAAAAAACCCGACTTCACCAGTATTCTCTGGTTATGTCAGGTTTTGCCTGCGAATGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGTGCAGA > NC_000913/3906451‑3906722 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |